View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10100_low_20 (Length: 261)

Name: NF10100_low_20
Description: NF10100
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10100_low_20
NF10100_low_20
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (17-254)||(41365839-41366076)
chr5 (31-240)||(41323762-41323971)
chr5 (53-252)||(41327682-41327881)
chr5 (31-245)||(41285761-41285975)
chr5 (47-254)||(41321759-41321966)
chr5 (118-240)||(41359599-41359724)
chr5 (31-240)||(41331673-41331882)
chr5 (47-249)||(41315709-41315911)
chr5 (45-241)||(41369273-41369469)
chr5 (31-254)||(31188975-31189198)
chr5 (45-254)||(31185455-31185664)
chr5 (31-254)||(31178927-31179150)
chr5 (31-245)||(41336602-41336816)
chr5 (31-235)||(31224612-31224819)
chr5 (17-104)||(41358671-41358758)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (56-240)||(17249677-17249861)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Original strand, 41365839 - 41366076
Alignment:
Q  17 aaaacattgagcgctaacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgc 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41365839 aaaacattgagcgctaacaactccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgagttcattgc 41365938  T
Q  117 cccatcaccacctcaaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41365939 cccatcaccacctcaaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgc 41366038  T
Q  217 caaagagattatgaaaacacatgatatcaacttctgtg 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366039 caaagagattatgaaaacacatgatatcaacttctgtg 41366076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Original strand, 41323762 - 41323971
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctc 130  Q
    ||||||||||| |  ||| || |||||||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||||||||||||||| | ||    
T  41323762 taacaattccactaccaaattgccacctggaccatgggaactacccctcataggaaacttacatcagattatcagcagatcattgccccatcaccgcttc 41323861  T
Q  131 aaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 230  Q
    ||||  ||||| ||  |||||||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41323862 aaaattttggctgataaatatggacctttaatgcaccttaaactaggagaggtaccatacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 41323961  T
Q  231 aaacacatga 240  Q
    ||||||||||    
T  41323962 aaacacatga 41323971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 53 - 252
Target Start/End: Original strand, 41327682 - 41327881
Alignment:
Q  53 ccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctcaaaaaattggcagaggaatatg 152  Q
    ||||| |||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||||||||||||| | | ||||||  ||||||||  ||||||    
T  41327682 ccaccaggaccatggaaactacccctcataggaaacttacatcagattatcagcagatcattgccccatcatctcttcaaaattttggcagataaatatg 41327781  T
Q  153 gacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatatcaacttctg 252  Q
    ||||  |||||||||| ||  |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41327782 gacctctaatgcaccttaaactaggagaggtaccatacgtaatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatctcaacttctg 41327881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 245
Target Start/End: Original strand, 41285761 - 41285975
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctc 130  Q
    ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |   | ||| ||||||||||   | ||    
T  41285761 taacagttccactatcaatttaccacctggaccatggacactgcccctcataggaaatatacatcatattattagtagctcactgccccatcattgcttc 41285860  T
Q  131 aaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 230  Q
    ||||  |||| |||| ||||||||||  | |||||| ||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41285861 aaaattttggaagagaaatatggacctctgatgcacttaaaactaggagaggtgccttacataatagttagttcaccagaaatggccaaagagattatga 41285960  T
Q  231 aaacacatgatatca 245  Q
    |||||||||| ||||    
T  41285961 aaacacatgacatca 41285975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 47 - 254
Target Start/End: Original strand, 41321759 - 41321966
Alignment:
Q  47 aatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctcaaaaaattggcagagg 146  Q
    ||||| ||||| |||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |   | |||||||||||||| | | ||||||  ||||||||      
T  41321759 aatttgccaccaggaccatggaaactacccttcataggaaacttacatcagattatcagcagatcattgccccatcatctcttcaaaattttggcagata 41321858  T
Q  147 aatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatatcaa 246  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41321859 aatatggacctctaatgcaccttaaactaggagaggtaccatacgtaatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatctcaa 41321958  T
Q  247 cttctgtg 254  Q
    ||| ||||    
T  41321959 cttttgtg 41321966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 118 - 240
Target Start/End: Original strand, 41359599 - 41359724
Alignment:
Q  118 ccatcaccacctcaaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtga---ggtaccttacataatagttagttcaccagaaatt 214  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41359599 ccatcaccacctaaaaaatttggctgagaaatatggactcttaatgcacctaaagttaggtgatcaggtaccttacataatagttagtccaccagaaatt 41359698  T
Q  215 gccaaagagattatgaaaacacatga 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  41359699 gccaaagagattatgaaaacacatga 41359724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Original strand, 41331673 - 41331882
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctc 130  Q
    ||||||||||| |  ||| || ||||| |||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||||||||||||||| | ||    
T  41331673 taacaattccactaccaaattgccaccaggaccatggaaactacccctcataggaaacttacatcagattatcagcagatcattgccccatcacctcttc 41331772  T
Q  131 aaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 230  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||| || |||||||| ||  |||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  41331773 aaaaagttggcagaaaaatatggacctttgatgcaccttaaactaggagaggtaccatatgtaatagttagttcaccagaaatggcaaaagaggttatga 41331872  T
Q  231 aaacacatga 240  Q
    ||||||||||    
T  41331873 aaacacatga 41331882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 47 - 249
Target Start/End: Original strand, 41315709 - 41315911
Alignment:
Q  47 aatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctcaaaaaattggcagagg 146  Q
    ||||| ||||| |||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||||| |   | ||||||||||||||||   | |||   ||||||||      
T  41315709 aatttgccaccaggaccatggaaactacccttcataggaaacttacatcagattatcagcagatcattgccccatcaccgttttaaatttttggcagata 41315808  T
Q  147 aatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatatcaa 246  Q
    ||||||||||||| ||| |||| || ||||| | ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41315809 aatatggacccttgatgtacctgaaattaggaggggtgccatacgtaatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatctcaa 41315908  T
Q  247 ctt 249  Q
    |||    
T  41315909 ctt 41315911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 241
Target Start/End: Original strand, 41369273 - 41369469
Alignment:
Q  45 tcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctcaaaaaattggcaga 144  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||| |   | ||| ||||||||||   | ||||||| |||||| |    
T  41369273 tcaatttaccaccagggccatggacactgcccctcacaggaaatatacatcaaattattagtagctcactgccccatcattgcttcaaaaatttggcaaa 41369372  T
Q  145 ggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgat 241  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||  |||| ||| || | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  41369373 gaaatatggacccttaatgcatctaaaactaggagagatatcatgcataatagttagttcaccagaaatggccaaagagattctaaaaacacatgat 41369469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31189198 - 31188975
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctc 130  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||  |||| |     |||||||| |||||   | ||    
T  31189198 taacaattccagtatcaatttaccaccaggaccatggacactacccatcataggaaacatgcatcaacttattagcaactcattgcctcatcaatgcttc 31189099  T
Q  131 aaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 230  Q
    ||||| || || ||   ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| | ||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  31189098 aaaaatttagctgatacatatggacccttaatgcacctaaaactaggagaggtatcatacctaatagttagttcaccatcaatggccaaagagattatga 31188999  T
Q  231 aaacacatgatatcaacttctgtg 254  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||    
T  31188998 aaacacatgacctcaacttttgtg 31188975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31185664 - 31185455
Alignment:
Q  45 tcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctcaaaaaattggcaga 144  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||| |||||   | ||||||| || || ||    
T  31185664 tcaatttaccacaaggaccacggacactacccatcataggaaacatacatcaaattattagaaactcattgcctcatcagtgcttcaaaaatttagctga 31185565  T
Q  145 ggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatgatatc 244  Q
      |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| | ||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  31185564 aaaatatggacccttaatgcacctaaaactaggagaggtatcatacctaatagttagttcaccatcaatggccaaagagattatgaaaacacatgacctc 31185465  T
Q  245 aacttctgtg 254  Q
    ||||| ||||    
T  31185464 aacttttgtg 31185455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 31179150 - 31178927
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctc 130  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||  |||| |     ||||| |  |||||   | ||    
T  31179150 taacaattccagtatcaatttaccaccaggaccatggacactacccgtcataggaaacatacatcaagttattagtaactcattacttcatcagtgcttc 31179051  T
Q  131 aaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 230  Q
    | ||| ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||  | |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||    
T  31179050 agaaatttggctgaaaaatatggacccttaatgtacctaaaattaggagaagtgtcatacataatagttagttcaccatcaatggccaaagagattatga 31178951  T
Q  231 aaacacatgatatcaacttctgtg 254  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||    
T  31178950 aaacacatgacctcaacttttgtg 31178927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 245
Target Start/End: Original strand, 41336602 - 41336816
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctc 130  Q
    ||||||||||| |  ||| || ||||| |||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||      | |||   |||||||||| | ||    
T  41336602 taacaattccactaccaaattgccaccaggaccatggaaactacccctcataggaaacatacaccagattagtggcagctcacccccccatcacctcttc 41336701  T
Q  131 aaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatga 230  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| || |||||||| ||  |||| |||||||| ||  || ||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  41336702 aaaaaattggcagaaaaatatggacctttgatgcaccttaaactaggagaggtaccatatgtagtagttagttcaccagaaatggcaaaagagattatga 41336801  T
Q  231 aaacacatgatatca 245  Q
    |||||||||| ||||    
T  41336802 aaacacatgacatca 41336816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 235
Target Start/End: Original strand, 31224612 - 31224819
Alignment:
Q  31 taacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattat----aacgcgttcattgccccatcacca 126  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||| |||||    ||| |  | |||||| |||||  |    
T  31224612 taacaattccaatatcaatttaccaccaggaccatggacactacccatcataggaaacttacatcaaattattagcaactcaat-attgcctcatcagta 31224710  T
Q  127 cctcaaaaaattggcagaggaatatggacccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagatt 226  Q
    | | ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | ||| |||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||    
T  31224711 cttaaaaaatttggctgaaaaatatggacccttaatgcacttaaaactaggagaggtatcatacctaatagttagttcaccatcaatggcccaagagatt 31224810  T
Q  227 atgaaaaca 235  Q
    |||||||||    
T  31224811 atgaaaaca 31224819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 104
Target Start/End: Original strand, 41358671 - 41358758
Alignment:
Q  17 aaaacattgagcgctaacaattccattgtcaatttaccacctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataa 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  41358671 aaaacattgagtgctaacaattctaccgtcaacttaccacctggaccatggacaatgccccttgtaggaaacttacatcagattataa 41358758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 57; Significance: 7e-24; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 17249861 - 17249677
Alignment:
Q  56 cctggaccatggacaatgcccctcataggaaacatacatcagattataacgcgttcattgccccatcaccacctcaaaaaattggcagaggaatatggac 155  Q
    |||| |||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||    ||| | ||||||||||   |||| |  ||||||||  |||||||||    
T  17249861 cctgcaccatggactttgccctttataggaaacatacatcaaattatcacttcctcacttccccatcaccggttcaagattttggcagataaatatggac 17249762  T
Q  156 ccttaatgcacctaaagttaggtgaggtaccttacataatagttagttcaccagaaattgccaaagagattatgaaaacacatga 240  Q
    |||||||||  |||||  |||| ||||||||  || |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17249761 ccttaatgctgctaaaactaggagaggtaccacacctaatagttagttcaccaacaatggccaaagagattatgaaaacacatga 17249677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University