View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10101_low_4 (Length: 587)

Name: NF10101_low_4
Description: NF10101
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10101_low_4
NF10101_low_4
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-563)||(13004096-13004658)
chr3 (1-530)||(31250945-31251474)
chr3 (22-476)||(31094939-31095373)
chr3 (24-331)||(16161882-16162184)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 563
Target Start/End: Original strand, 13004096 - 13004658
Alignment:
Q  1 tttttccataacattgaggtgatcaaatgcagcatttccggtatcacttgtagagtcgccaaagttgaatatggcttcatacggtagaggattagcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13004096 tttttccataacattgaggtgatcaaatgcagcatttccggtatcacttgtagagtcgccaaagttgaatatggcttcatacggtagaggattagcattt 13004195  T
Q  101 gaaataaagtttccaaaaaagccacatgcaaaggtgataccaaagagaatgaagatcttcatggtgttaaaggaaagatagaaaagaactgatattgatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13004196 gaaataaagtttccaaaaaagccacatgcaaaggtgataccaaagagaatgtagatcttcatggtgttaaaggaaagatagaaaagaactgatattgatg 13004295  T
Q  201 tttgctagaaaataagattgataatctttatatattgtcacgcttactcctttctcttgttatgaaacgatttctctaattttttagctggaacttgttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13004296 tttgctagaaaataagattgataatctttatatattgtcacgcttacttctttgtcctgttatgaaacgatttctctaagtttttagctggaacttgttt 13004395  T
Q  301 agctatttttagttttgtaaagttgggatgttagatcaaacttaaaacatctgacgcataaacactaattgatacgtattgattatgcttgtttgttgtc 400  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13004396 agctatttttagttttttaaggttgggatgttagatcaaacttaaaacatctgacgcataaacactaattgatacgtattgattatgcttgtttgttgtc 13004495  T
Q  401 actatttttctattgtttttgcttccacttttttccaccataattctctaaaaatatattaatatacgaaaattagttcataacaaaatatgatatctcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13004496 actatttttctattgtttttgcatccacttttttccaccagaattctctaaaaatatattaatatacgaaaattagttcataacaaaatatgatatctcc 13004595  T
Q  501 tcctctnnnnnnntgatatcttatgcccacnnnnnnnntagtaatcataacagtattcatata 563  Q
    ||||||       |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||    
T  13004596 tcctctaaaaaaatgatatcttatgcccacaaaaaaaatagtaatcataacagtattcatata 13004658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 31251474 - 31250945
Alignment:
Q  1 tttttccataacattgaggtgatcaaatgcagcatttccggtatcacttgtagagtcgccaaagttgaatatggcttcatacggtagaggattagcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31251474 tttttccataacattgaggtgatcaaatgcagcatttccggtatcacttgtagagtcgccaaagttgaatatggcttcatacggtagaggattagcattt 31251375  T
Q  101 gaaataaagtttccaaaaaagccacatgcaaaggtgataccaaagagaatgaagatcttcatggtgttaaaggaaagatagaaaagaactgatattgatg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31251374 gaaataaagtttccaaaaaagccacatgcaaaggtgataccaaagagaatggagatcttcatggtgttaaaggaaagatagaaaagaactgatattgatg 31251275  T
Q  201 tttgctagaaaataagattgataatctttatatattgtcacgcttactcctttctcttgttatgaaacgatttctctaattttttagctggaacttgttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31251274 tttgctagaaaataagattgataatctttatatattgtcacgcttacttctttgtcctgttatgaaacgatttctctaagtttttagctggaacttgttt 31251175  T
Q  301 agctatttttagttttgtaaagttgggatgttagatcaaacttaaaacatctgacgcataaacactaattgatacgtattgattatgcttgtttgttgtc 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31251174 agctatttttagttttgtaaggttgggatgttagatcaaacttaaaacatctgaggcataaacactaattgatacgtattgattatgcttgtttgttgtc 31251075  T
Q  401 actatttttctattgtttttgcttccacttttttccaccataattctctaaaaatatattaatatacgaaaattagttcataacaaaatatgatatctcc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31251074 actatttttctattgtttttgcttccacttttttccaccagaattctctaaaaatatattaatatacgaaaattagttcgtaacaaaatatgatatctcc 31250975  T
Q  501 tcctctnnnnnnntgatatcttatgcccac 530  Q
    ||||||       |||||||||||||||||    
T  31250974 tcctctaaaaaaatgatatcttatgcccac 31250945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 22 - 476
Target Start/End: Original strand, 31094939 - 31095373
Alignment:
Q  22 atcaaatgcagcatttccggtatcacttgtagagtcgccaaagttgaatatggcttcatacggtagaggattagcatttgaaataaagtttccaaaaaag 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31094939 atcaaatgcagcatttccggtatcacttatagagtcaccaaagttgaagatggcttcatacggtagaggattagcatttgaaatgaagtttccaaaaaag 31095038  T
Q  122 ccacatgcaaaggtgataccaaagagaatgaagatcttcatggtgttaaaggaaagatagaaaagaactgatattgatgtttgctagaaaataagattga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||| |||| |||||||||||  ||||||    
T  31095039 ccacatgcaaaggtgataccaaagagaatgaaaatcttcatggtgttaaaagaaagatagcaaaggaatgatattcatgtatgctagaaaatgtgattga 31095138  T
Q  222 taatctttatatattgtcacgcttactcctttctcttgttatgaaacgatttctctaattttttagctggaacttgtttagctatttttagttttgtaaa 321  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  31095139 taa--tttatatattgtcacgcttactcc-------tgttatgaaacgatttctctaattttttagctggaacttgtttagctatttttatgtttgtaaa 31095229  T
Q  322 gttgggatgttagatcaaacttaaaacatctgacgcataaacactaattgatacgtattgattatgcttgtttgttgtcactatt-tttctattgttttt 420  Q
    ||||            |||||||||| |||  |||||||| || ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31095230 gttg-----------taaacttaaaatatccaacgcataatcattaatgaatgtgtattgattatgcttgtttgttgtcactattctttctattgttttt 31095318  T
Q  421 gcttccacttttttccaccataattctctaaaaatatattaatatacgaaaattag 476  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||  ||| |||||||| ||||||||    
T  31095319 gcttccacttttttccacctaaattttctaaaacaata-taatatactaaaattag 31095373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 24 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 16162184 - 16161882
Alignment:
Q  24 caaatgcagcatttccggtatcacttgtagagtcgccaaagttgaatatggcttcatacggtagaggattagcatttgaaataaagtttccaaaaaagcc 123  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||  |||   ||||| ||    
T  16162184 caaaagcagcgtttccggtgtcacttgtagagtcaccaaagttaaagatggcttcatatggtagaggattagcattagaaacaattttt---aaaaatcc 16162088  T
Q  124 acatgcaaaggtgataccaaagagaatgaagatcttcatggtgttaaaggaaagatagaaaagaac------tgatattgatgtttgctagaaaataaga 217  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||  ||| || |||||  |||||||      |||||||||||||| ||| |||||  ||    
T  16162087 acatgcaaaggtaatactaaagagaatgaaaatcttcatggtg-gaaatgatagataacaaagaactgatattgatattgatgttttctataaaatgcga 16161989  T
Q  218 ttgataatctttatatattgtcacgcttactcctttctcttgttatgaaacgatttctctaattttttagctggaacttgtttagctatttttagttttg 317  Q
     |  ||||||||||||| |  || |||||||||       | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||| |||||    
T  16161988 attgtaatctttatatacttccaagcttactcc-------tattatgtaacgatttctctaatttgttagctggaacttcttcaactatttttatttttg 16161896  T
Q  318 taaagttgggatgt 331  Q
    ||||  ||||||||    
T  16161895 taaatatgggatgt 16161882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University