View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10104A_low_40 (Length: 414)

Name: NF10104A_low_40
Description: NF10104A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10104A_low_40
NF10104A_low_40
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-409)||(36314413-36314808)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (17-361)||(19345129-19345458)
chr8 (29-361)||(19503885-19504202)
chr8 (17-335)||(19390543-19390864)
chr8 (17-364)||(19410740-19411072)
chr8 (17-364)||(19457759-19458091)
chr8 (17-364)||(19522987-19523319)
chr8 (17-361)||(19592090-19592416)
chr8 (17-364)||(19469355-19469684)
chr8 (17-364)||(19540279-19540608)
chr8 (31-186)||(19337427-19337582)
chr8 (18-155)||(19468610-19468747)
chr8 (18-155)||(19555531-19555668)
chr8 (29-186)||(19355445-19355602)
chr8 (249-361)||(19337681-19337793)
chr8 (262-361)||(19355714-19355813)
chr8 (238-361)||(19468410-19468533)
chr8 (238-361)||(19555331-19555454)
chr8 (238-343)||(19404923-19405028)
chr8 (244-341)||(19376801-19376898)
chr8 (17-143)||(19172846-19172972)
chr8 (17-146)||(19376577-19376706)
chr8 (17-143)||(19287674-19287800)
chr8 (17-155)||(19404708-19404846)
chr8 (31-143)||(19370934-19371046)
chr8 (253-335)||(19172660-19172742)
chr8 (250-348)||(19287901-19287999)
chr8 (31-143)||(19341154-19341266)
chr8 (272-319)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (238-334)||(19543241-19543337)
chr6 (14-146)||(19543023-19543155)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 36314808 - 36314413
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36314808 acatcaaaaaacgcgggaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagta 36314709  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314708 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 36314609  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314608 ggtgttgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 36314509  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314508 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 36314413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 361
Target Start/End: Original strand, 19345129 - 19345458
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  19345129 acatcaagaaaagcggcatagcgtattggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagta 19345228  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |       
T  19345229 cattattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta--- 19345325  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||| ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  19345326 ggtcatga------------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaatt 19345413  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 361  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345414 gtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 29 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 19504202 - 19503885
Alignment:
Q  29 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 128  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19504202 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19504103  T
Q  129 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||        
T  19504102 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga---- 19504010  T
Q  229 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 328  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  19504009 --------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19503918  T
Q  329 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 361  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  19503917 gtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 335
Target Start/End: Original strand, 19390543 - 19390864
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||    
T  19390543 acatcaagaaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaata 19390642  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| ||||    
T  19390643 cattattgtctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagt 19390742  T
Q  217 ggtgatga---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaa 313  Q
    | ||||||   ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19390743 gctgatgagggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaa 19390842  T
Q  314 cttgtagggaacctggtgaggt 335  Q
    |||| ||||| ||| |||||||    
T  19390843 cttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Original strand, 19410740 - 19411072
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19410740 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19410839  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19410840 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19410936  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19410937 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19411024  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 364  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411025 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Original strand, 19457759 - 19458091
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19457759 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19457858  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19457859 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19457955  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19457956 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19458043  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 364  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458044 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 19523319 - 19522987
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19523319 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19523220  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19523219 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19523123  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523122 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19523035  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 364  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523034 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 361
Target Start/End: Original strand, 19592090 - 19592416
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19592090 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19592189  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19592190 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19592286  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592287 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19592371  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 361  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19592372 gcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 19469684 - 19469355
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19469684 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19469585  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19469584 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19469488  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19469487 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19469403  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 364  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469402 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 19540608 - 19540279
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19540608 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19540509  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19540508 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19540412  T
Q  217 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 316  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540411 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19540327  T
Q  317 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 364  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540326 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 186
Target Start/End: Original strand, 19337427 - 19337582
Alignment:
Q  31 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||    
T  19337427 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtcta 19337526  T
Q  131 acaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgg 186  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  19337527 acaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 19468747 - 19468610
Alignment:
Q  18 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 117  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19468747 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19468648  T
Q  118 attattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 155  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19468647 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 19555668 - 19555531
Alignment:
Q  18 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 117  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19555668 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19555569  T
Q  118 attattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 155  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19555568 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 29 - 186
Target Start/End: Original strand, 19355445 - 19355602
Alignment:
Q  29 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 128  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  19355445 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtc 19355544  T
Q  129 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttcaagatgggaagtttatacgatgg 186  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  19355545 taacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 249 - 361
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  249 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 348  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  349 gtgggaacaccaa 361  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 262 - 361
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  262 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 361  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 238 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  238 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 337  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  338 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 361  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 238 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  238 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 337  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  338 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 361  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 238 - 343
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  238 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 337  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  338 ttcaga 343  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 244 - 341
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  244 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttca 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 19172972 - 19172846
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| ||    
T  19172972 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaata 19172873  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaaga 143  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  19172872 cattattgtctctaacaaggatgaaga 19172846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 146
Target Start/End: Original strand, 19376577 - 19376706
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||    
T  19376577 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggta 19376676  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattc 146  Q
    ||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19376677 catcattgtctctaacaaggatgaagattc 19376706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 143
Target Start/End: Original strand, 19287674 - 19287800
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||    
T  19287674 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaata 19287773  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaaga 143  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  19287774 cattattgtctctaacaaggatgaaga 19287800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 155
Target Start/End: Original strand, 19404708 - 19404846
Alignment:
Q  17 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 116  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| ||    
T  19404708 acatcaagaaaagaggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaata 19404807  T
Q  117 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 155  Q
    || |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19404808 cactattgtctctaacaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 31 - 143
Target Start/End: Original strand, 19370934 - 19371046
Alignment:
Q  31 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19370934 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19371033  T
Q  131 acaagaatgaaga 143  Q
    ||||  |||||||    
T  19371034 acaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 253 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  253 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 335  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 250 - 348
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  250 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 348  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 31 - 143
Target Start/End: Original strand, 19341154 - 19341266
Alignment:
Q  31 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19341154 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19341253  T
Q  131 acaagaatgaaga 143  Q
    ||||  |||||||    
T  19341254 acaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 272 - 319
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  272 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 319  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 238 - 334
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  238 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 334  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 146
Target Start/End: Original strand, 19543023 - 19543155
Alignment:
Q  14 tggacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatca 113  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| |    
T  19543023 tggaaatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatga 19543122  T
Q  114 gtacattattgtttctaacaagaatgaagattc 146  Q
     ||||||||||||||||| ||  ||||||||||    
T  19543123 atacattattgtttctaagaaagatgaagattc 19543155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University