View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10104A_low_79 (Length: 359)

Name: NF10104A_low_79
Description: NF10104A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10104A_low_79
NF10104A_low_79
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-353)||(21792017-21792369)
chr7 (1-339)||(21788235-21788573)
chr7 (1-339)||(21681656-21681994)
chr7 (68-336)||(21623266-21623534)
chr7 (1-336)||(15713629-15713964)
chr7 (1-339)||(21646749-21647091)
chr7 (1-338)||(21807970-21808307)
chr7 (1-339)||(21689419-21689757)
chr7 (1-339)||(21785412-21785750)
chr7 (1-339)||(21652075-21652413)
chr7 (1-339)||(21628131-21628469)
chr7 (1-339)||(21992179-21992526)
chr7 (1-336)||(21704649-21704984)
chr7 (21-338)||(21714209-21714526)
chr7 (1-336)||(21664104-21664442)
chr7 (68-339)||(21764135-21764406)
chr7 (1-339)||(21725902-21726240)
chr7 (1-339)||(21771967-21772305)
chr7 (1-336)||(21745538-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (210-340)||(25588-25718)
scaffold0182 (68-157)||(25383-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (259-333)||(18192049-18192123)
chr1 (30-143)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 21792017 - 21792369
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21792017 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacagat 21792116  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792117 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 21792216  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    |||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21792217 ttgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatatt 21792316  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792317 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21788235 - 21788573
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  ||||||    
T  21788235 acaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaaat 21788334  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  21788335 ttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataaca 21788434  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21788435 ttgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgtt 21788534  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788535 gttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21681656 - 21681994
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||    
T  21681656 acaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacagat 21681755  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||||||    
T  21681756 ctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataaca 21681855  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  21681856 ttgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgtt 21681955  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681956 gttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 68 - 336
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  68 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 167  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  168 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 267  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  268 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 336  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 15713629 - 15713964
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| || |||||||    
T  15713629 acaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatacaaat 15713728  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||||||    
T  15713729 ctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgataaca 15713828  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15713829 ttgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgtt 15713928  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 336  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713929 gttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21646749 - 21647091
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | ||||     
T  21646749 acaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatccaaag 21646848  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  21646849 ctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataaca 21646948  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| ||    
T  21646949 ttgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatatt 21647048  T
Q  301 gttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    ||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647049 gttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 21808307 - 21807970
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| | || ||||    
T  21808307 acaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaatataaat 21808208  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21808207 ctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgataaca 21808108  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21808107 tcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatggatgtt 21808008  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 338  Q
    ||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808007 gttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21689419 - 21689757
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||| || |  |    
T  21689419 acaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataaatct 21689518  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  21689519 ctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataaca 21689618  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  21689619 ttgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgtt 21689718  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    ||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689719 gttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21785412 - 21785750
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || | |||||    
T  21785412 acaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaatccaaat 21785511  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21785512 ctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgccgataaca 21785611  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21785612 ttaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgtt 21785711  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785712 gtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21652075 - 21652413
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  21652075 acaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaatacaaat 21652174  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
     || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  |||||||||||||||||||| |    
T  21652175 atgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgccgataaaa 21652274  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    || | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  21652275 ttaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgtt 21652374  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652375 gttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21628131 - 21628469
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21628131 acaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcagtacaaat 21628230  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| |||||||    
T  21628231 ctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgataaca 21628330  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21628331 ttgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgtt 21628430  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    ||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628431 gttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21992179 - 21992526
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa-- 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||| |||||      
T  21992179 acaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacaagc 21992278  T
Q  99 -------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 191  Q
           ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| ||||||||||||     
T  21992279 aatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaagatta 21992378  T
Q  192 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 291  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21992379 tcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtc 21992478  T
Q  292 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992479 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 21704649 - 21704984
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| || | ||| |    
T  21704649 acaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaatccaact 21704748  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||||||    
T  21704749 ctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagataaca 21704848  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||| ||    
T  21704849 ttgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatatt 21704948  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 336  Q
    |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704949 gttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 338
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714526
Alignment:
Q  21 tcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagta 120  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || | |||||||| ||  ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  121 caagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcat 220  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcat 21714408  T
Q  221 tttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctt 320  Q
    |||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21714409 tttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttctt 21714508  T
Q  321 tgttgcatatcttggaga 338  Q
    || | |||||||||||||    
T  21714509 tgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 21664104 - 21664442
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    |||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||    
T  21664104 acaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaatacagat 21664203  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||||||    
T  21664204 ctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgataaca 21664303  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggat 297  Q
    | ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  21664304 tcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgtggat 21664403  T
Q  298 gttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 336  Q
     ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664404 attgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 68 - 339
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  68 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 167  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  168 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 267  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  268 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21725902 - 21726240
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||||||    
T  21725902 acaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaacacaaat 21726001  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    |||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21726002 ctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataaca 21726101  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21726102 ttgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgtt 21726201  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726202 gttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 21771967 - 21772305
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  ||||||    
T  21771967 acaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataacacaaat 21772066  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    |||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21772067 ctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataaca 21772166  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  21772167 ttgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgtt 21772266  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 339  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772267 gttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 21745538 - 21745873
Alignment:
Q  1 acaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaat 100  Q
    ||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || | |||||    
T  21745538 acaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaat 21745637  T
Q  101 ctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataaca 200  Q
    ||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |||||||    
T  21745638 ctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttgataaca 21745737  T
Q  201 ttgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgtt 300  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||||||||    
T  21745738 ttgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgtt 21745837  T
Q  301 gttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 336  Q
     ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745838 attcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 210 - 340
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  210 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 309  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  310 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 340  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 68 - 157
Target Start/End: Original strand, 25383 - 25472
Alignment:
Q  68 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 157  Q
    ||||||||||| |||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25383 tcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 259 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  259 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 333  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 30 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  30 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 129  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  130 gtgggcagcagaat 143  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University