View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10104_low_39 (Length: 242)

Name: NF10104_low_39
Description: NF10104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10104_low_39
NF10104_low_39
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-225)||(8694409-8694627)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (1-219)||(28130120-28130338)
chr3 (1-224)||(28079574-28079797)
chr3 (1-209)||(27998748-27998956)
chr3 (1-209)||(28144048-28144256)
chr3 (5-219)||(11408968-11409179)
chr3 (1-224)||(28047587-28047807)
chr3 (1-178)||(27909968-27910145)
chr3 (1-219)||(17749055-17749270)
chr3 (1-219)||(19050375-19050590)
chr3 (1-217)||(28178197-28178413)
chr3 (1-96)||(27963038-27963133)
chr3 (1-219)||(28472041-28472256)
chr3 (1-219)||(28492082-28492297)
chr3 (1-219)||(28513063-28513278)
chr3 (2-129)||(27464176-27464303)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-178)||(9329731-9329908)
chr4 (1-178)||(9383514-9383691)
chr4 (1-219)||(9329987-9330202)
chr4 (1-219)||(9383770-9383985)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 8694627 - 8694409
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  8694627 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttc----gt 8694532  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8694531 caactgctcgaagcctattgttgttggagacactgaaaataattgattgc--gcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 8694434  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgatgataat 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  8694433 aggtgaaatagttgatgatgataat 8694409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 28130120 - 28130338
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  28130120 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgttattgaaaggatgcccgatgttgatctccctattacaactgt 28130219  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  28130220 caactgctgttagcctagtgttgttggagacgctggaaataattgactgtgagcttcttgaaaacataataatagatgaaagaaaagggcaggaatcgag 28130319  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  28130320 aggtgaaatagtcgatgat 28130338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 28079574 - 28079797
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28079574 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagtgtgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgt 28079673  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| | || |||||   || || |||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||    
T  28079674 caactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatacaggactgtgagggtcttgaaaacataataatagatgaaagaaaagggaaggaatcaag 28079773  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgatgataa 224  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  28079774 aggtgaaatagttgatgataataa 28079797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 27998748 - 27998956
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27998748 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagcgtgttgctggaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgt 27998847  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| | ||  |||||  || || |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||    
T  27998848 caactgctgttagcctagtgttgttggagagattggtaataaaggactgtgagggtcttgaaaacataataattgatgaaagaaaagggaaggaatcaag 27998947  T
Q  201 aggtgaaat 209  Q
    |||||||||    
T  27998948 aggtgaaat 27998956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 28144048 - 28144256
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28144048 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagattgtcattgaaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgt 28144147  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||||| |   ||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||| |||  |||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||| ||    
T  28144148 caactgttgttagcctagtgttgttggagagattgaaaataaaggattgtgagggtcttgaaaacataataataggtgaaagaaaagggaaggaatcaag 28144247  T
Q  201 aggtgaaat 209  Q
    |||||||||    
T  28144248 aggtgaaat 28144256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 5 - 219
Target Start/End: Original strand, 11408968 - 11409179
Alignment:
Q  5 atttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgtcaac 104  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11408968 atttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgttgttgaaaagatgcccgatgttgatctccctgtttcaactgtcaac 11409067  T
Q  105 tgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgagaggt 204  Q
    ||||   ||||||||||||||||||| | || |||||| ||| || |    ||||||| ||||||||   |||| ||| || | |||||||| |||||||    
T  11409068 tgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaataaatgactgtggatgtcttgaatacataata---gatgaaaggaacgaggaggaattgagaggt 11409164  T
Q  205 gaaatagttgatgat 219  Q
    |||||||||||||||    
T  11409165 gaaatagttgatgat 11409179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 28047587 - 28047807
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28047587 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtatcgttggaaggatgcccgatgttgatctccctatttcaactgt 28047686  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||   |||||||||| |||||||| | || |||||  ||| || |    ||||||| ||||||||   |||| |||||||| | ||||||||||    
T  28047687 caactgctgttagcctagtgtcgttggagagattggaaatagatgactgtggatgtcttgaatacataata---gatgaaagaaaagagcaggaatcgag 28047783  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgatgataa 224  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  28047784 aggtgaaatagttgatgataataa 28047807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 27909968 - 27910145
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  27909968 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaaactaaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccctatttcaactgt 27910067  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatg 178  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| | || |||||  ||| || |||  |||||||||||||||||| ||||    
T  27910068 caactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaaaacataataatagatg 27910145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 17749270 - 17749055
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  17749270 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtccttatttcatctgt 17749171  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| | || |||||   || || |    ||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||    
T  17749170 caactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatagaggactgtggatgtcttgaatacataata---gatgaaagaaaaggggaggaatcaag 17749074  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  17749073 aggtgaaatagttgatgat 17749055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 19050590 - 19050375
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  19050590 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgtcgctggaaaaatgcccgatgttgatgtccttatttcatctgt 19050491  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||| | || |||||   || || |    ||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||    
T  19050490 caactgctgttagcctagtgttgttggagagattggaaatagaggactgtggatgtcttgaatacataata---gatgaaagaaaaggggaggaatcaag 19050394  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  19050393 aggtgaaatagttgatgat 19050375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 28178197 - 28178413
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  | || ||| ||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28178197 aaacatttaaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctctgcaatctaaagagtctttcattggaagaatgcccgatgttgatatccctatttcaactgt 28178296  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||||| |   ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| | || || ||| ||||| |||| |||    
T  28178297 caactgttgttagcctagtgttgttggagaaactggaaataattgattgtgagcgccttgaaaacataataatagttgaaaaaaacggggacgaattgag 28178396  T
Q  201 aggtgaaatagttgatg 217  Q
    |||||||||| ||||||    
T  28178397 aggtgaaataattgatg 28178413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Original strand, 27963038 - 27963133
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaa 96  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  27963038 aaacatttgaaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagtgtgtcattggaaggatgcccgatgttgatctccccatttcaa 27963133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28472256 - 28472041
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||  | || |||  | |||| ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  28472256 aaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaatctaaagagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatatttcaaatgt 28472157  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||||| | || |||||  ||| || |||  ||||||| ||||||||   |||| ||||||| || ||||||||||    
T  28472156 caactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaatacataata---gatgaaagaaaatggcaggaatcgag 28472060  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    | || ||||||||||||||    
T  28472059 aagtaaaatagttgatgat 28472041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28492297 - 28492082
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||  | || |||  | |||| ||||||||||||||| |||||||| |||    
T  28492297 aaacatttgaaaatcttatttgagtgcaacataaacctctgcaatctaaagagtctttcattggtacgatgcccgatgttgatctccatatttcaattgt 28492198  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||||| | || |||||  ||| || |||  ||||||| ||||||||   |||| ||||||| || ||||||||||    
T  28492197 caactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaatacataata---gatgaaagaaaatggcaggaatcgag 28492101  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    | || ||||||||||||||    
T  28492100 aagtaaaatagttgatgat 28492082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 28513278 - 28513063
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    |||| |||| ||| ||||||  |||||||| ||||||| | ||||||||||||  | || ||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28513278 aaacgtttgaaaatcttattcgagtgcaacataaacctctgcaatctaaagagtctttcattggaacgatgcccgatgttgatctccatatttcaactgt 28513179  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||||||| | |||||  |||||||||||| | || |||||  ||| || |||  ||||||| ||||||||   |||| ||||||| || ||||||||||    
T  28513178 caactgcttgtagcctgatgttgttggagagattggaaatatatgactgtgagggtcttgaatacataata---gatgaaagaaaatggcaggaatcgag 28513082  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    | || ||||||||||||||    
T  28513081 aagtaaaatagttgatgat 28513063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 27464303 - 27464176
Alignment:
Q  2 aacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgtc 101  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| | ||||| ||| | ||| |  |||| ||  |||||| |||||||||||||| |||    
T  27464303 aacatttgcagagcttatttaagtgcaagctaaacctctgcaatttgaagagtgtgacattggagggatgcccattgttgacctccctatttcaaccgtc 27464204  T
Q  102 aactgctcgaagcctagtgttgttggag 129  Q
    |||||||||  || ||||||||||||||    
T  27464203 aactgctcgttgcttagtgttgttggag 27464176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 102; Significance: 9e-51; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9329908 - 9329731
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  9329908 aaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttcaactgt 9329809  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatg 178  Q
    ||||||||   |||||| || ||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9329808 caactgctgttagcctattgctgttggagagattggaaataattgattgtgagcttcttgaaaacataataatcgatg 9329731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9383691 - 9383514
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  9383691 aaacatttgaaaagtttattcaagtgcaacataaacctattcaatctaaagagtgtgtcgttggaaagatgcccgatgttgatcgccttatttcaactgt 9383592  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatg 178  Q
    ||||||||   |||||| || ||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9383591 caactgctgttagcctattgctgttggagagattggaaataattgattgtgagcttcttgaaaacataataatcgatg 9383514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 9330202 - 9329987
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9330202 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctccttatttcaactgt 9330103  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||| |||   ||| |||||| ||| || | | || ||||||  || || |    ||||||| ||||||||   |||| | ||||||| ||||| |||||    
T  9330102 caacagctgttagcttagtgtcgttagacagattggaaataaaggaatgtggaagtcttgaatacataata---gatgaaggaaaaggtgaggagtcgag 9330006  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  9330005 aggtgaaataattgatgat 9329987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 9383985 - 9383770
Alignment:
Q  1 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttgaaaagatgtccgatgttgatctccctatttcaactgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9383985 aaacatttgcaaagcttatttaagtgcaacctaaacctattcaatctaaagagcgtgtcgttagaaggatgcccgatgttgatctccttatttcaactgt 9383886  T
Q  101 caactgctcgaagcctagtgttgttggagacactgaaaataattgattgcgagcttcttgaaaacataataattgatgtaagaaaaggggaggaatcgag 200  Q
    |||| |||   ||| |||||| ||| || | | || ||||||  || || |    ||||||| ||||||||   |||| | ||||||| ||||| |||||    
T  9383885 caacagctgttagcttagtgtcgttagacagattggaaataaaggaatgtggaagtcttgaatacataata---gatgaaggaaaaggtgaggagtcgag 9383789  T
Q  201 aggtgaaatagttgatgat 219  Q
    |||||||||| ||||||||    
T  9383788 aggtgaaataattgatgat 9383770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University