View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10104_low_4 (Length: 456)

Name: NF10104_low_4
Description: NF10104
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10104_low_4
NF10104_low_4
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (39-436)||(27116418-27116815)
chr4 (39-436)||(21182797-21183194)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (91-387)||(28488029-28488322)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 27116815 - 27116418
Alignment:
39 tgtttgagtgatgataatccctcaggaagtttgccagaagctattagacagttgaaattagacatggaggaaaacagattttgttacataccacctagtg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27116815 tgtttgagtgatgataatccctcaggaagtttgccagaagctattagacagttgaaattagacatggaggaaaacagattttgttacataccacctagtg 27116716  T
139 tcaagcaggaaaagcttggttatgttcactatgtcagaaagaaggataaaggtgccctgtcctatgttgctcatgctgattattacattttgcttcgggc 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27116715 tcaagcaggaaaagcttggttatgttcactatgtcagaaagaaggataaaggtgccctgtcctatgttgctcatgctgattattacattttgcttcgggc 27116616  T
239 ttttgccagagctgcgcatgttgatgacattcggattttgcacattggtgttttgaaccttgaaagaagacttgcttggctggagaaacggattggtcaa 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27116615 ttttgccagagctgcgcatgttgatgacattcggattttgcatattggtgttttgaaccttgaaagaagacttgcttggctggagaaacggattggtcaa 27116516  T
339 tgcttgcatttgaagcctcccaatatttcttgcgagttttgtagtgttagggccactgaaaatggatcagatcatatgatggttgaagatgaactatc 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
27116515 tgcttgcatttgaagcctcccaatatttcttgcgagttttgtagtgttagagccactgaaaatggatcagatcatatgatggatgaagatgaactatc 27116418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 21183194 - 21182797
Alignment:
39 tgtttgagtgatgataatccctcaggaagtttgccagaagctattagacagttgaaattagacatggaggaaaacagattttgttacataccacctagtg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
21183194 tgtttgagtgatgataatccctcaggaagtttgccagaagctattagacagttgaaattagacatggaggaaaacagattttgttacattccacctagtg 21183095  T
139 tcaagcaggaaaagcttggttatgttcactatgtcagaaagaaggataaaggtgccctgtcctatgttgctcatgctgattattacattttgcttcgggc 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21183094 tcaagcaggaaaagcttggttatgttcactatgtcagaaagaaggataaaggtgccctgtcctatgttgctcatgctgattattacattttgcttcgggc 21182995  T
239 ttttgccagagctgcgcatgttgatgacattcggattttgcacattggtgttttgaaccttgaaagaagacttgcttggctggagaaacggattggtcaa 338  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21182994 ttttgccagagctgcgcatgttgatgacattcggattttgcatattggtgttttgaaccttgaaagaagacttgcttggctggagaaacggattggtcaa 21182895  T
339 tgcttgcatttgaagcctcccaatatttcttgcgagttttgtagtgttagggccactgaaaatggatcagatcatatgatggttgaagatgaactatc 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
21182894 tgcttgcatttgaagcctcccaatatttcttgcgagttttgtagtgttagtgccactgaaaatggatcagatcatatgatggatgaagatgaactatc 21182797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 91 - 387
Target Start/End: Original strand, 28488029 - 28488322
Alignment:
91 tgaaattagacatggaggaaaacagattttgttacataccacctagtgtcaagcaggaaaagcttggttatgttcactatgtcagaaagaaggataaagg 190  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| | ||||||| | | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
28488029 tgaaattagacatggaggaaaacctattttgttatgtaccacctcgcgtcaagccgaagaaccttgattatgttcactatgtcagaaagaaggataaagg 28488128  T
191 tgccctgtcctatgttgctcatgctgattattacattttgcttcgggcttttgccagagctgcgcatgttgatgacattcggattttgcacattggtgtt 290  Q
    |||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| || ||   ||||||| |||||||||| |||||||||    
28488129 tgccatgacttacgttgctcatgctgattattacattttgcttcggacttgtgccagaattgcacaagt---tgacattaggattttgcaaattggtgtt 28488225  T
291 ttgaaccttgaaagaagacttgcttggctggagaaacggattggtcaatgcttgcatttgaagcctcccaatatttcttgcgagttttgtagtgtta 387  Q
    ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||||||||||||    
28488226 ttgagacttgagaaaagacttgcttggctggagaaacgggttgatcaatgcttgcatttgaaaccttccagtatttcttgtcagttttgtagtgtta 28488322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University