View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10105_low_2 (Length: 523)
Name: NF10105_low_2
Description: NF10105
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10105_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 504
Target Start/End: Original strand, 7652370 - 7652826
Alignment:
| Q |
48 |
attccaaataacaatgtgggtaaaaaggtaattggaatgggagaaagtggtgttcaaggtgtgatgaataatggcctcccaaacatgggttatggtcatc |
147 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
7652370 |
attccaaataacaatgtgggtaaaaaggtaaatggaatgggagaaagtggtgttcaaggtatgataaataatggacttccaaacatgggtggtggtcatc |
7652469 |
T |
|
| Q |
148 |
ctaatgcatgccacattgatggtaacatgagtggtatggtaatgggaggaggagcaatgggaaacaacttgccaatgatgggccaaatgggaggtaacat |
247 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7652470 |
ctaatgcatgccacattgatggtaatatgagtggtatggtaatgggaggaggagcaatggaaaacaacttgccaatgatgggccaaatgggaggtaacat |
7652569 |
T |
|
| Q |
248 |
gcaagctgtttcaggcataccggaagttgcaattaacgacaatggaggaagaggcggcggtgttggtggtggatatggtggtcatgaagtgatgatgggt |
347 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
7652570 |
gccagctgtttcaggcataccggaagttgcaattaacgacaatggaggaagaggcggcggtgttggtggtggatatggtggtcctgaagtgatgatgggt |
7652669 |
T |
|
| Q |
348 |
ggaaacccataccaccaacaacaccaacacatggctgcaatgatgaatcaacaaagggcaataccagctggtggatatgatatattgcaaccaatgatgc |
447 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7652670 |
ggaaacccataccaccaacaacaccaacacatggctgcaatgatgaatcaacaaagggcaataccagctggtggatatgatatattgcaaccaatgatgc |
7652769 |
T |
|
| Q |
448 |
atgcaagaccaccaatggctgttaattacatgtatcctccaccttatagctaccctc |
504 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7652770 |
atgcaagaccaccaatggctgttaattacatgtatcctccaccttatagctaccctc |
7652826 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 48 - 504
Target Start/End: Original strand, 7657792 - 7658251
Alignment:
| Q |
48 |
attccaaataacaatgtgggtaaaaaggtaattggaatgggagaaagtggtgttcaaggtgtgatgaataatggcctcccaaacatgggttatggtcatc |
147 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
7657792 |
attccaaataacaatgtgggtaaaaaggtaaatggaatgggagaaagtggtgttcaaggtatgataaataatggacttccaaacatgggtggtggtcatc |
7657891 |
T |
|
| Q |
148 |
ctaatgcatgccacattgatggtaaca---tgagtggtatggtaatgggaggaggag---caatgggaaacaacttgccaatgatgggccaaatgggagg |
241 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
7657892 |
ctaatgtgggccacatggtttctaacaatatgagtggtatgccaatgggaggaggaggagcaatgggaaacaacatggcaatgatgagtcaaatgggagg |
7657991 |
T |
|
| Q |
242 |
taacatgcaagctgtttcaggcataccggaagttgcaattaacgacaatggaggaagaggcggcggtgttggtggtggatatggtggtcatgaagtgatg |
341 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| |||| |||||| || ||| || |||| ||| || | || || ||||| || |||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
7657992 |
taacatgccagctgttcaaggcctaccggcagctgcgatgaacggtggtggtggtggtggtggtggtgtcggcggtggatatggtggtcctgaaatgatg |
7658091 |
T |
|
| Q |
342 |
atgggtggaaacccataccaccaacaacaccaacacatggctgcaatgatgaatcaacaaagggcaataccagctggtggatatgatatattgcaaccaa |
441 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
7658092 |
atgggtggaaacccataccaacaacaaca---atacatggctgcaatgatgaatcaacaaagggcaataccagctggtggaaatgatagatttcaaccaa |
7658188 |
T |
|
| Q |
442 |
tgatgcatgcaagaccaccaatggctgttaattacatgtatcctccaccttatagctaccctc |
504 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
7658189 |
tgatttatgcaagaccaccaatggctgttaattacatgtatcctccaccttatagctatcctc |
7658251 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University