View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10107_low_1 (Length: 848)

Name: NF10107_low_1
Description: NF10107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10107_low_1
NF10107_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-831)||(47624925-47625756)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 831
Target Start/End: Original strand, 47624925 - 47625756
Alignment:
Q  1 tataaaccattgcatgaaactttatagtacagttatgaaatgtcatggtcatgacatagtttgttttgttttccacattgcaataccccaaaaaacgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47624925 tataaaccattgcatgaaactttatagtacagttatgaaatgtcatggtcatgacatagtttgttttgttttccacattgcaataccccaaaaaacgata 47625024  T
Q  101 tttagatcattgtctaccacagcaaaacttgcaggcagcagagttaacttgaataatttgcacagacatataaacactaaacaacaataatctagcagct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625025 tttagatcattgtctaccacagcaaaacttgcaggcagcagagttaacttgaataatttgcacagacatataaacactaaacaacaataatctagcagct 47625124  T
Q  201 taaacagctatagtaaaatcatgtcatgccactgagagtacagagtcatctcttaatattgaaggtaattggtaccttggagagctccagtgaaggagga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625125 taaacagctatagtaaaatcatgtcatgccactgacagtacagagtcatctcttaatattgaaggtaattgttaccttggagagctccagtgaaggagga 47625224  T
Q  301 ataactatagagctgatcttcaacaggcacctctctgaagaatctttctccctcttgtctgtgctgagaattctcctgtatattggaggagcccatatat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625225 ataactatagagctgatcttcaacaggcacctctctgaagaatctttctccctcttgtctgtgctgagaattctcctgtatattggaggagcccatatat 47625324  T
Q  401 gtgatgagtctctcatttgctcacttaattgaccagatagcttcattatagcctgccgacgaaaggttgaaattggttatcaaaagaaatttctacactt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625325 gtgatgagtctctcatttgctcacttaattgaccagatagcttcattatagcctgccgacgaaaggttgaaattggttatcaaaagaaatttctacactt 47625424  T
Q  501 taatatgaattcaaataataaacacaaaggagatccagagcaacatagccaggcatgcataaaagtctatttttagttagtcagtggcattgttgatgaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625425 taatatgaattcaaataataaacacaaaggagatccagagcaacatagccaggcatgcataaaagtctatttttagttagtcagtggcattgttgatgaa 47625524  T
Q  601 taataatacaaatgatgatctttggttctctctgtaataaattttaagacnnnnnnntatgttgataaaaaaggcaaagagaatagaagataagtt-aat 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47625525 taataatacaaatgatgatctttggttctctctgtaataaattttaagacaaaaaaatattttgataaaaaaggcaaagagaatagaagataagttaaat 47625624  T
Q  700 ttatatgataacttcctaaatctgagactccattttcggtcatcttaatggctcatagtggacacgatgtttccacagatatgcaataatgcaaagctat 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47625625 ttatatgataacttcctaaatctgagactccattttcggtcatcttaatggctcatagtggacacgatgtttccgcagatatgcaataatgcaaagctat 47625724  T
Q  800 cagacagctagaaataggcaagggtcaagcat 831  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47625725 cagacagctagaaataggcaagggtcaagcat 47625756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University