View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10109_low_3 (Length: 421)

Name: NF10109_low_3
Description: NF10109
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10109_low_3
NF10109_low_3
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-406)||(32158739-32159144)
chr2 (1-406)||(32183037-32183445)
chr2 (1-406)||(32111327-32111738)
chr2 (1-404)||(32205415-32205824)
chr2 (1-406)||(32211136-32211547)
chr2 (1-234)||(32119548-32119781)
chr2 (259-404)||(32119351-32119496)
chr2 (1-240)||(32175188-32175424)
chr2 (259-406)||(32157321-32157468)
chr2 (259-403)||(32175001-32175145)
chr2 (10-84)||(32178470-32178544)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32159144 - 32158739
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32159144 agtgatgtttttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 32159045  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32159044 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 32158945  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatatagctggtctggtgatgtcaagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgcaattgat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32158944 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatatagctggtctggtgatgtcaagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgcaattgat 32158845  T
301 gaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagttttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggttacttgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
32158844 gaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagttttatagaagaacagggaaagcttggaaacgcggttacttgt 32158745  T
401 tgtatg 406  Q
    ||||||    
32158744 tgtatg 32158739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32183445 - 32183037
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||  | ||| ||  ||||||| ||||||||||  | ||||    
32183445 agtgatgttttcgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatagaagtggactcttcgcggattcgaagttacgatgatgactcctcggctgtgt 32183346  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
32183345 cagaaataagatcctatgagctgacttttcacaagaagcacaaagacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacaaattaa 32183246  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatat---agctggtctggtgatgtcaagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgcaatt 297  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||   ||||||  |  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
32183245 acaaggagacatggcaaacaagattcactcaaatgaatatggtagctggcgtcatgatgtcaagttcaatcatccaatgagtttcaacactcttgcaatt 32183146  T
298 gatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagttttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggttact 397  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
32183145 gatgaagaacttcaaagggatattgtgaatgatttggacaaatttgtgagggctagagagttttatagaagaacagggaaagcttggaaacgcggttact 32183046  T
398 tgttgtatg 406  Q
    |||||||||    
32183045 tgttgtatg 32183037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32111738 - 32111327
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||  | |||||| || ||||    
32111738 agtgatgtttttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgcatacaagtcgactcatcaagagttcgacattttgataggggctcctcgcctgtgt 32111639  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
32111638 cagaaataagatcatatgagctaacttttcacaagaaacacaaaaacaagatcattgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacaaattaa 32111539  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatata---gctggtctggtga---tgtcaagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgca 294  Q
    |||||||    || || | |||||| |||||||||||||||   | |||| |  |||   | | ||||| || |||||||||||||||  ||||||||||    
32111538 acaaggaattgtgacacttaagattcactcaaatgaatataatcgttggtgtcatgatcctattaagttcaaccatccaatgagtttcaccactcttgca 32111439  T
295 attgatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagttttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggtt 394  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
32111438 attgatgaagagcttcaaagggaaattaagaatgatttggacaaatttgtgagggctaaagaattttatagaagaacagggaaagcttggaaacgcggtt 32111339  T
395 acttgttgtatg 406  Q
    ||||||||||||    
32111338 acttgttgtatg 32111327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Original strand, 32205415 - 32205824
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||||  ||   |||| ||||| ||||| | ||||   || ||||| || |||    
32205415 agtgatgattttgaaggtattagagtaaagtggaaattaatatgcatacaagaagatggatcacgaattcgacataatgatatgtacgcctcatccatgt 32205514  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
32205515 cagaaattagatcctatgaactaacttttcacaagaaacacaagaacaagatcatcgattcatatttgccttatgtgatggagatggctaaacaaattaa 32205614  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatatag---ctggtctggtga---tgtcaagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgca 294  Q
    | ||| | ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |   ||||  |  |||   ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
32205615 agaagcaaacatggctatcaagattcactcaaatgactatggttgctggagtcatgaacctgtcaagttcaaccatccaatgagtttcaacactcttgca 32205714  T
295 attgatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagttttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggtt 394  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| | | | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
32205715 attgatgaagagcttcaaagggaaattatgaatgatttggacaattttgtgaaggccaaagagttttatagaagaacagggaaagcttggcaacgcggtt 32205814  T
395 acttgttgta 404  Q
    ||||||||||    
32205815 acttgttgta 32205824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Original strand, 32211136 - 32211547
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||  ||||||||| |||  |||||||||||| ||||||| |||||||  ||   |||| ||||| ||||| | ||||   || ||||| ||||||    
32211136 agtgatgattttgaaggtattacagtaaagtggaaattaatatgcatacaagaagatggatcacgaattcgacataatgatatgtacacctcatccgtgt 32211235  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
32211236 cagaaattagatcctatgaactaacttttcacaagaaacacaagaacacgatcttcgattcatatttcccttatgtgatggagatagctaaacaaattaa 32211335  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatatagctggtctgg-----tga---tgtcaagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttg 292  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||  ||||| |||| || | ||  ||||     |||   ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
32211336 acaaggaaacatggctatcaagattctctcaactgaacatggatg--ctggagccatgaacctgtcaagttcaaccatccaatgagtttcaacactcttg 32211433  T
293 caattgatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagttttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcgg 392  Q
    ||||||||  ||| |||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |   | | |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
32211434 caattgatatagaacttcgaagggaaattatgaatgatttggacaattttgtcaaagccaaagagttttatagaagaacaggaaaagcttggcaacgcgg 32211533  T
393 ttacttgttgtatg 406  Q
    ||||||||||||||    
32211534 ttacttgttgtatg 32211547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 32119781 - 32119548
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| || |||   ||  | ||| ||  ||||  | ||||||||||| ||||||    
32119781 agtgatgtttttgaaggtattagtgtaaagtggaaactaatttgcatacaggtagacaagtcgcggattcgaagttacagtgatgactcctcagccgtgt 32119682  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||    
32119681 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaaacacaagaacaagattttcgattcatatttgccttatgtgattgagatagctaatcaaatgaa 32119582  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaat 234  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
32119581 acaaggaaacatggcaatcaagattcgctcaaat 32119548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 259 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 32119496 - 32119351
Alignment:
259 aagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgcaattgatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagt 358  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
32119496 aagttcaaccatccaatgagtttcaacactcttgcaattgatgaagggcttcaaagggatattatgaatgatttggacaaatttgtgagtgctagagagt 32119397  T
359 tttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggttacttgttgta 404  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
32119396 tttatagaagaaccggcaaagcttggaaacgcggttacttgttgta 32119351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 32175424 - 32175188
Alignment:
1 agtgatgtctttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataatgactcctcacccgtgt 100  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||  | ||| ||  ||| ||||||||   |||| ||| ||    
32175424 agtgatgtttttggaggtgttagtgtaaagtggaaactaatttgcatacaagtggactcttcgcggattcgaagttatgataatga---ctcagccgagt 32175328  T
101 cagaaataagatcctatgagctaacttttcacaagaagcacaagaacaagatcttcgattcatatttgccttatgtgatggagatagctaaacagattaa 200  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
32175327 cagaattaagatcatatgagctaagttttcacaataaacacaaaaacaagatcattgattcatattttccttatgtgatggagatagctaaacaaattaa 32175228  T
201 acaaggagacatggcaatcaagatttactcaaatgaatat 240  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
32175227 acaaggaaacacggcaatcaagattcactcaattgaatat 32175188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 259 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 32157468 - 32157321
Alignment:
259 aagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgcaattgatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagt 358  Q
    ||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||  || |    
32157468 aagttcaaccatccaatgactttcaacactcttgcaattgatgaagagcttcaaagggaaattaagaatgatttggacaaatttgtgagggataatgaat 32157369  T
359 tttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggttacttgttgtatg 406  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32157368 tttatagaagaaccgggaaagcttggaaacgcggttacttgttgtatg 32157321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 259 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 32175145 - 32175001
Alignment:
259 aagtttaatcatccaatgagtttcgacactcttgcaattgatgaagagcttcaaagggatattaagaatgatttggacaaatttgtgaggtctagagagt 358  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||    
32175145 aagttcaaccatccaatgagtttcaacactcttgcgattgatgaagatcttcaaagggaaattatgaacgatttggacaaatttgtgagggctggagagt 32175046  T
359 tttatagaagaactgggaaagcttggaaacgcggttacttgttgt 403  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
32175045 tttctagaagaacagggaaagcttggaaacgcggttacttgttgt 32175001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 10 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 32178544 - 32178470
Alignment:
10 tttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataat 84  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32178544 tttgaaggtgttagtgtaaagtggaaactaatatgtatacaagtcgactcatcaagaattagacattacgataat 32178470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University