View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10110_2D_high_1 (Length: 1141)

Name: NF10110_2D_high_1
Description: NF10110_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10110_2D_high_1
NF10110_2D_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-859)||(48650345-48651189)
chr7 (840-1122)||(48649987-48650269)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 777; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 859
Target Start/End: Complemental strand, 48651189 - 48650345
Alignment:
Q  9 actgagatgaaacaattcacagctcacgctgagaagtta-gagagataatgaaagaaagaatctgatgaatgaaatgaaacacctaggattaaaaataca 107  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  48651189 actgaaatgaaacaattcacagctcacgctgagaagttaagagagataatgaaagaaagaatatgatgaatgaaatgaaacacctaggattaaaaata-a 48651091  T
Q  108 taataaagaatccgaatgcagatgcagaacagatgaaataataatgtagctgcgtgcattcacgatcacgtccctctcctttgactctgactttgactct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||    
T  48651090 taataaagaatccgaatgcagatgcagaacagatgaaataataatgtagctgcgtgcattcacgatcacgtccctctcctttgactctgact------ct 48650997  T
Q  208 gactcagaccactacccttttgaagcattcacccgtgctaactgtacctatcaatattccacacccacaaagacaaactgtcactttaaaatacatacat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650996 gactcagaccactacccttttgaagcattcacccgtgccaactgtacctatcaatattccacacccacaaagacaaactgtcactttaaaatacatacat 48650897  T
Q  308 aaaatcaataaacaaatcttcaaggttacatacaaaagttcggacatgtttcttgtaaaaataaatatttacggatgagattaatttataaaagggtaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650896 aaaatcaataaacaaatcttcaaggttacatacaaaagttcggacatgtttcttgtaaaaataaatatttacggatgagattaatttataaaagggtaat 48650797  T
Q  408 attaacctgtagtaggagtgatggatggggcataatgatattgatgagtttggtggaagatttgaggtggagggacacccattgccatagcctcggttga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650796 attaacctgtagtaggagtgatggatggggcataatgatattgatgagtttggtggaagatttgaggtggagggacacccattgccatagcctcggttga 48650697  T
Q  508 tctgtagacaggagcagggtggtggtacatgattggcatcgcacccacaatagcctgcctcggcggcgggtacacgtagcccccacccattccatagctc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650696 tctgtagacaggagcagggtggtggtacatgattggcatcgcacccacaatagcctgcctcggcggcgggtacacgtagcccccacccattccatagctc 48650597  T
Q  608 agtttctgctgcatttgtccaacaattttttcaaattaaaataaaaatattatttcttgttattgaattgggcatgcaatacgtaataaccacctgacct 707  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48650596 agtttctgctgcattcgtccaacaattttttcaaataaaaataaaaatattatttcttgttattgaattgggcatgcaatacgtaataaccaccagacct 48650497  T
Q  708 acctgattgtaattgtaattcatatgatctgttgcaatgtaggtgggcgtgtacctgaatgaatgagagaaagagattcattaaatcacattatatgcct 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  48650496 acctgattgtaattgtaattcatatgatctgttgcaatgtaggtgggcgtgtacctgaatgaatgagagaaagagattcactaaatcacattatatgcca 48650397  T
Q  808 caactcaacgcctattttttagaacaaaaagcaagaataaaatataatatat 859  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650396 aaactcaacgcctattttttagaacaaaaagcaagaataaaatataatatat 48650345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 840 - 1122
Target Start/End: Complemental strand, 48650269 - 48649987
Alignment:
Q  840 aagaataaaatataatatatatacccgtagaaaggaatggcgtgatgatgatggaatattgaggaaggaggggtaggtgttaccaccggataataccatt 939  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650269 aagaataaaatataatatatatacccgtagaaaggaagggcatgatgatgatggaatattgaggaaggaggtgtaggtgttaccaccggataataccatt 48650170  T
Q  940 gaacctgctgctggtttctacggtggatattctttgttcctccttgtgtgtatggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgatgggagaagaccttgg 1039  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        |||||||||||||||||||    
T  48650169 gaacctgctgctgatttctacggtggatattctttgttcctccttgtgtgtatggaagaggaggaggagaaggaggaggagtgatgggagaagaccttgg 48650070  T
Q  1040 acgacgagcaccaagagaagcgatattgcagttggctcgtcgaccattgatgatcacagttggttcctcgcaagccttctttg 1122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48650069 acgacgagcaccaagagaagcgatattgcagttggctcgtcgaccattgatgatcacagttggttcctcgcaagccttctttg 48649987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University