View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10110_low_8 (Length: 397)

Name: NF10110_low_8
Description: NF10110
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10110_low_8
NF10110_low_8
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (21-386)||(29995524-29995888)
chr5 (21-383)||(30043320-30043682)
chr5 (21-385)||(30001198-30001562)
chr5 (21-385)||(30007314-30007678)
chr5 (24-385)||(30067840-30068201)
chr5 (21-385)||(29965034-29965398)
chr5 (21-385)||(30009400-30009764)
chr5 (21-344)||(29953807-29954130)
chr5 (21-382)||(29946808-29947169)
chr5 (21-385)||(29944833-29945197)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (171-281)||(31890593-31890703)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (171-236)||(43813075-43813140)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29995888 - 29995524
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29995888 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgactagaacca 29995789  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29995788 aatggtatagattcaaactcttgtccgagataattcagtttttc-tcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 29995690  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29995689 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 29995590  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttcat 386  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29995589 tggtgcaacagggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttcttcat 29995524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 21 - 383
Target Start/End: Original strand, 30043320 - 30043682
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30043320 tggaagttcccagttaaaacaatggataaattgagctataaccaatttaacagtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 30043419  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  30043420 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcatttttttctctacaaatctctctgggtaaaattctttagcattttctgaccaaacattaggat 30043519  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30043520 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattgttgtgctctctctagattcacgagggactagtaa 30043619  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttctt 383  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  30043620 cggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttctt 30043682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 21 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30001562 - 30001198
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30001562 tggaagttcccagttaaagcaatgcacgaattgagctataaccaacttaaccgtaatcatacccaattgaattccaggacaacgtctacgaccagaacca 30001463  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  30001462 aatggtatagattcaaactcttgtccgagataattcatttttttctcaataaatctctctgggtaaaattcttcagcattttctgaccaaacatcaggat 30001363  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||||| || || |||||||| | |||||||||| || |||    
T  30001362 ctctcccaattgcccatgcatttactataactcgtgtcttttcttttatagaataatcatcaattgttatgttctctctacattcacgagggattaataa 30001263  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttca 385  Q
     ||||| || || |||||||||||||| |||||||  ||||||||||  ||||| || |||||||    
T  30001262 aggtgcaacaggataaagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaggtaattaaaattcttca 30001198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 21 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30007678 - 30007314
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30007678 tggaagttcccagttaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaacgataattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 30007579  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||  ||    
T  30007578 aatggtatagattcaaactcatgtccttgataattcattttcttgtcaataaatctctctgggtaaaattcatcagcattttctgaccaaacgttacaat 30007479  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||| ||||||||| || ||||||||||| | |||||||||| || |||    
T  30007478 ctctcccaatagcccatgcatttactataactcgagtctttttcgttataaaatatccatcaattgttatgctctctctacattcacgagggattaataa 30007379  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttca 385  Q
     ||| | || || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30007378 gggtccaacaggataaagtcttaaggtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaacttcttca 30007314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 24 - 385
Target Start/End: Original strand, 30067840 - 30068201
Alignment:
Q  24 aagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaaccaaat 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||    
T  30067840 aagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaacagtagttaaacccaattgaattccagggcaacgtctacgaccataatcaaat 30067939  T
Q  124 ggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggatctc 223  Q
    |||| |  ||||||||||||||   ||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30067940 ggtaaactttcaaactcttgtctttgataattcattttcttttcaataaatctctttggataaaattcttcagcattttctgaccaaacattaggatctc 30068039  T
Q  224 tccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaatgg 323  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| | | | ||||||||||||| ||    
T  30068040 tccctattgcccatgcatttaccataattctcgtcttttcctttataaaataatcatcaattgttatgttctctctacatttaggagggactagtaaggg 30068139  T
Q  324 tgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttca 385  Q
    ||| || || || ||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30068140 tgcaacaggatacagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 30068201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29965398 - 29965034
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||  ||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  29965398 tggaagttcccaattaaagcaatgcaccaattgagctacaacaaatctaaccgtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaacca 29965299  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| || || || |||||| |||||| ||| | ||    
T  29965298 aatggtatagattcaaattgctgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcgttttctaaccaaatatttgaat 29965199  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| | |||||||| | || |||    
T  29965198 ctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataa 29965099  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttca 385  Q
     ||| | || |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29965098 gggtccaacagggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 29965034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 21 - 385
Target Start/End: Original strand, 30009400 - 30009764
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||  ||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  30009400 tggaagttcccaattaaagcaatgcaccaattgagctacaacaaatctaaccgtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaacca 30009499  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    ||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| || || || |||||| |||||| ||| | ||    
T  30009500 aatggtatagattcaaattgctgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcgttttctaaccaaatatttgaat 30009599  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| | |||||||| | || |||    
T  30009600 ctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataa 30009699  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttca 385  Q
     ||| | || |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30009700 gggtccaacagggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 30009764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 29954130 - 29953807
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || |||||||||||||  || | ||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  29954130 tggaagttcccaatcaaaacaatgcaccaattgggcaataaccaacttaacggtcactaaacccgattgaattccaggacaacgtctgcggccagaacca 29954031  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |   |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  29954030 aatggtagagattcaaactcttgtccttgataattcattttcttgccaatgaatctctctgggtaaaattcttcggcattttctgaccaaacatttgaat 29953931  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||||| | |||||||||| || |||    
T  29953930 ctctccctatagcccatgcatttactataactcgagtcttttcctttataaaatatccatcaattgttacactctctctacattcacgagggagtaataa 29953831  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaa 344  Q
     ||||| || ||||||||||||||    
T  29953830 gggtgcaacagggtaaagtcttaa 29953807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 21 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 29947169 - 29946808
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || || ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29947169 tggaagttcccaattaaagcaatgtaccaattgagctataaccattttaattgtgatcaaacccatttcaattccaggacaacgtctacgaccagaacca 29947070  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||   ||||||||||||    ||||||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||| ||    
T  29947069 aatggtatagatttaaacttatgtccttcataattcattttcatgtcaataaatctttctggatgaaattcttcataattttctgaccaaacactagaat 29946970  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || | ||||||||| | |||||||||| ||  ||    
T  29946969 ctctctctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttccattataaaatatccatcaattgttatactctctctacattcacgagggagtaacaa 29946870  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttct 382  Q
     ||||| || |||||||||||||| || |||| ||  ||||||||||| ||| | |||||||    
T  29946869 gggtgcaacagggtaaagtcttaaagtttcatgaaccaccatatctaagtaacttaacttct 29946808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 21 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29945197 - 29944833
Alignment:
Q  21 tggaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaacca 120  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    ||| |||  ||  | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  29945197 tggaagtttccaattaaagcaatgcaccaattgagctatgcttaacctaacagtcctcaaagccaattgaattccagggcaacgcctacgaccaaatcca 29945098  T
Q  121 aatggtatagattcaaactcttgtccaagataattcattttttcctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggat 220  Q
    |||||||||  |||||||||||||||   |||||||| ||| |  | |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29945097 aatggtatactttcaaactcttgtccttcataattcaatttcttattaataaacctctctggacaaaattcttcagcattttctgaccaaacattaggat 29944998  T
Q  221 ctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaa 320  Q
    ||||| ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||| | |||||||||| ||  ||    
T  29944997 ctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctctacattcacgagggagtaagaa 29944898  T
Q  321 tggtgctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaataaccatatctaaataattcaacttcttca 385  Q
     ||||  || || | ||||||||| || |||||||  ||||||||||| ||||| || |||||||    
T  29944897 gggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaaccaccatatctaagtaattaaaattcttca 29944833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 171 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 31890703 - 31890593
Alignment:
Q  171 aaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggatctctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttata 270  Q
    ||||||||||||||||||    || ||||| || |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| ||| ||     
T  31890703 aaatctctctggataaaacgtctcagcattatccgaccaaacattagtgtctctccctattgtccatgcatttattaaaattcttgtctttttcttgatg 31890604  T
Q  271 aaataaccatc 281  Q
     ||||||||||    
T  31890603 taataaccatc 31890593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 171 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 43813140 - 43813075
Alignment:
Q  171 aaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggatctctccctattgccca 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |  |||| |||||| |||||||||||    
T  43813140 aaatctctctggataaaattcttcggcattattagaccatatcttagaatctcttcctattgccca 43813075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University