View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10111_low_17 (Length: 344)

Name: NF10111_low_17
Description: NF10111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10111_low_17
NF10111_low_17
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (17-331)||(39245398-39245712)
chr7 (17-313)||(39251420-39251714)
chr7 (17-331)||(39260994-39261308)
chr7 (184-331)||(39239575-39239722)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 39245712 - 39245398
Alignment:
Q  17 acatcattgcagcaggcacagggggaattaagcccagcatcaccacacttggagccgaccaatttgatgagtttgagccgaaagagaagtctcaaaaact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39245712 acatcattgcagcaggcacagggggaattaagcccagcatcaccacacttggagccgaccaatttgatgagtttgagccgaaagagaagtctcaaaaact 39245613  T
Q  117 ttccttttacaattggtgggtgttctacattataattggagccattttagccgaaacagtattagtctacatacaagacaatgttggttttgcccttggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39245612 ttccttttacaattggtgggtgttctacattataattggagccattttagccgaaacagtattagtctacatacaagacaatgttggttttgcccttggt 39245513  T
Q  217 tatgggattccaaccatattgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccaatttatagacataaattgccttcaggaagtcctttaacta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39245512 tatgggattccaaccatattgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccaatttatagacataaattgccttctggaagtcctttaacta 39245413  T
Q  317 gaatggttcaagtct 331  Q
    |||||||||||||||    
T  39245412 gaatggttcaagtct 39245398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 39251714 - 39251420
Alignment:
Q  17 acatcattgcagcaggcacagggggaattaagcccagcatcaccacacttggagccgaccaatttgatgagtttgagccgaaagagaagtctcaaaaact 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  39251714 acatcattgcagcaggcacgggggga-ttaagcccaacatctccacacctggagccgaccaatttgatgagtttgagcctaaagagaggtcccaaaaact 39251616  T
Q  117 ttccttttacaattggtgggtgttctacattataattggagccattttagccgaaacagtattagtctacatacaagacaatgttggttttgcccttggt 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39251615 ttcctttttcaattggtgggtgttctgcattataactggaggcattttagccgaaacaggattagtctacatacaagacaatgttgg-tttgcccttggt 39251517  T
Q  217 tatgggattccaaccatattgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccaatttatagacataaattgccttcaggaagtcctttaa 313  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||    
T  39251516 tatgggattccaaccatcttgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccactttatagacatagattaccttctggaagccctttaa 39251420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 39261308 - 39260994
Alignment:
Q  17 acatcattgcagcaggcacagggggaattaagcccagcatcaccacacttggagccgaccaatttgatgagtttgagccgaaagagaagtctcaaaaact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  39261308 acatcattgcagcaggcacagggggaactaagcccaacatttccaccattggagcagaccaatttgatgagtttgagcctaaagagaggtcccaaaaact 39261209  T
Q  117 ttccttttacaattggtgggtgttctacattataattggagccattttagccgaaacagtattagtctacatacaagacaatgttggttttgcccttggt 216  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39261208 ttcattctacaattggtgggtgttttacattttaattggaaccatttcagctcaaacaatattggtttacatacaagacaatgttggttttgcccttggc 39261109  T
Q  217 tatgggattccaaccatattgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccaatttatagacataaattgccttcaggaagtcctttaacta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| |||| || || ||| ||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  39261108 tatgggattccaaccatattgcttgttgtttccatattggtgtttgtgttaggtactccactttataggcatagattaccttctggaagtcctttaacta 39261009  T
Q  317 gaatggttcaagtct 331  Q
    |||||||||||||||    
T  39261008 gaatggttcaagtct 39260994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 39239722 - 39239575
Alignment:
Q  184 tacatacaagacaatgttggttttgcccttggttatgggattccaaccatattgcttgttttttcaacattggtgtttttgtttggaacaccaatttata 283  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |  ||||| |||||  ||||||||||    ||||  ||||||| |||||||||||| || |||||||||  |||||    
T  39239722 tacatacaagacaatattggttgggaacttggatatggccttccaaccattggccttgcattttcaatattggtgtttttattaggaacaccatattata 39239623  T
Q  284 gacataaattgccttcaggaagtcctttaactagaatggttcaagtct 331  Q
    |||| ||||||||| |||| || ||| |||| || ||| |||||||||    
T  39239622 gacacaaattgcctccaggcagccctataacaaggatgcttcaagtct 39239575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University