View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10116_low_3 (Length: 333)

Name: NF10116_low_3
Description: NF10116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10116_low_3
NF10116_low_3
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (13-318)||(18663022-18663327)
chr3 (13-318)||(18663223-18663528)
chr3 (13-285)||(18663424-18663696)
chr3 (130-318)||(18662938-18663126)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (13-318)||(37461184-37461489)
chr2 (13-244)||(37461057-37461288)
chr2 (130-318)||(37461385-37461573)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (13-318)||(13656542-13656847)
chr4 (13-318)||(13671188-13671493)
chr4 (13-318)||(13671389-13671694)
chr4 (13-285)||(5739240-5739512)
chr4 (13-285)||(13671590-13671862)
chr4 (13-285)||(13656743-13657015)
chr4 (130-318)||(5739156-5739344)
chr4 (130-318)||(13671104-13671292)
chr4 (130-318)||(13656458-13656646)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (13-318)||(18581513-18581818)
chr5 (13-285)||(18581345-18581617)
chr5 (130-318)||(18581714-18581902)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (13-318)||(12923790-12924092)
chr6 (80-318)||(12923589-12923827)
chr6 (13-285)||(12923421-12923693)
chr6 (130-318)||(12923988-12924176)
chr6 (100-159)||(19540742-19540801)
chr6 (87-159)||(19540631-19540702)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (10-274)||(22565-22829)
scaffold0014 (130-318)||(22722-22910)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Original strand, 18663022 - 18663327
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663022 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 18663121  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663122 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 18663221  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663222 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 18663321  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  18663322 tgatgt 18663327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Original strand, 18663223 - 18663528
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||  | | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18663223 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 18663322  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663323 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 18663422  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663423 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 18663522  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  18663523 tgatgt 18663528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 18663424 - 18663696
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| | | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18663424 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 18663523  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18663524 gatgtgtaggtttcattgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 18663623  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttgg 285  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  18663624 gaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtagatagggattgttgg 18663696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Original strand, 18662938 - 18663126
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18662938 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 18663037  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18663038 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 18663126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 37461489 - 37461184
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37461489 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaaattggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 37461390  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37461389 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggaaagtagacatttgtggacttgaagtagagag 37461290  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37461289 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggatgctttgtaaataaggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 37461190  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  37461189 tgatgt 37461184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 37461288 - 37461057
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||  |   |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37461288 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggatgctttgtaaataaggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 37461189  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37461188 gatgtgtaggtttcattgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacattagacatttgtggacttgaagtagagag 37461089  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagata 244  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37461088 gaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagata 37461057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 37461573 - 37461385
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  37461573 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 37461474  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37461473 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaaattggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 37461385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Original strand, 13656542 - 13656847
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656542 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcttttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 13656641  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656642 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 13656741  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656742 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtatatatggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 13656841  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  13656842 tgatgt 13656847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Original strand, 13671188 - 13671493
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671188 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 13671287  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671288 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 13671387  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671388 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 13671487  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  13671488 tgatgt 13671493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Original strand, 13671389 - 13671694
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| | | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13671389 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 13671488  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671489 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 13671588  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671589 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 13671688  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  13671689 tgatgt 13671694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 5739240 - 5739512
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |  | ||| |||||| | | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5739240 aaaggtgggaaatttgtatgtgtttgagatatgagatgatgtgtaggctgctttgtagatagcgattgttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 5739339  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5739340 gatgtgtaggtttcattgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 5739439  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttgg 285  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  5739440 gaaaggtgggaaatttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtagatagggattgttgg 5739512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 13671590 - 13671862
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| | | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13671590 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 13671689  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13671690 gatgtgtaggtttcattgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 13671789  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttgg 285  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  13671790 gaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtagatagggattgttgg 13671862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Original strand, 13656743 - 13657015
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaa-gttggatatttgaaggtgtgttagatgtaaga 111  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||  |  ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13656743 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtatata-tggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 13656841  T
Q  112 tgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagaga 211  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13656842 tgatgtgtaggtttcattgtagagtggggttgttggatatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagaga 13656941  T
Q  212 ggaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttgg 285  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  13656942 ggaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtagatagggattgttgg 13657015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Original strand, 5739156 - 5739344
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  5739156 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagtatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 5739255  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5739256 tatgtgtttgagatatgagatgatgtgtaggctgctttgtagatagcgattgttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 5739344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Original strand, 13671104 - 13671292
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13671104 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 13671203  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13671204 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 13671292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Original strand, 13656458 - 13656646
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  13656458 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 13656557  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| |   |||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13656558 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcttttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 13656646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 18581818 - 18581513
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18581818 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcgattgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 18581719  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18581718 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 18581619  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18581618 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 18581519  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  18581518 tgatgt 18581513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 18581617 - 18581345
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| | | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18581617 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 18581518  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18581517 gatgtgtaggtttcattgtagagcggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaaatgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 18581418  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttgg 285  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  18581417 gaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtagatagggattgttgg 18581345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 18581902 - 18581714
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18581902 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgagagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 18581803  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | | |||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18581802 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcgattgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 18581714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 12924092 - 12923790
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12924092 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 12923993  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12923992 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 12923893  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 312  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12923892 gaaaggtgggaagtttgtatttttttgaga---gggatgatgtgtaggttgctttgtaaatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaaga 12923796  T
Q  313 tgatgt 318  Q
    ||||||    
T  12923795 tgatgt 12923790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 80 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 12923827 - 12923589
Alignment:
Q  80 gttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatg 179  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12923827 gttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatg 12923728  T
Q  180 gacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggat 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  12923727 gacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggat 12923628  T
Q  280 ttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12923627 tgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 12923589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 13 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 12923693 - 12923421
Alignment:
Q  13 aaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagat 112  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||| | | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12923693 aaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggctgctttgtagatagggattgttggatatttgaaggtgttttagatgtaagat 12923594  T
Q  113 gatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagag 212  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12923593 gatgtgtaggtttcattgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggatagtagacatttgtggacttgaagtagagag 12923494  T
Q  213 gaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttgg 285  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  12923493 gaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtagatagggattgttgg 12923421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 12924176 - 12923988
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  12924176 gtagagtggggagattggatatatgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagaggaaaggtgggaaatttg 12924077  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12924076 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 12923988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 100 - 159
Target Start/End: Original strand, 19540742 - 19540801
Alignment:
Q  100 ttagatgtaagatgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggt 159  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540742 ttagatgtgagatgatatgtaggttgccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggt 19540801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 87 - 159
Target Start/End: Original strand, 19540631 - 19540702
Alignment:
Q  87 atttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggt 159  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  19540631 atttgaaggtattttagatgtaagatgatgtgtagatttccttgtagagtggtgttgtt-gatatttgtaggt 19540702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 22829 - 22565
Alignment:
Q  10 agcaaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcagttgccttgtaggttgtggaagttggatatttgaaggtgtgttagatgtaa 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22829 agcaaaggtgggaaatttgtaaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaaattggatatttgaaggtgtgttagatgtaa 22730  T
Q  110 gatgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtaga 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22729 gatgatgtgtaggtttccttgtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggaaagtagacatttgtggacttgaagtaga 22630  T
Q  210 gaggaaaggtgggaagtttgtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaata 274  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22629 gaggaaaggtgggaagttagtatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaata 22565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 130 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 22910 - 22722
Alignment:
Q  130 gtagagtggggttgttgggtatttgtaggtatttgagaagtgggagcatggacagtagacatttgtggacttgaagtagagaggaaaggtgggaagtttg 229  Q
    |||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22910 gtagagtggggagattggatatttgtaggtatttgagaggtgggagcatgaattgtagacatttgtggacttggagtagagagcaaaggtgggaaatttg 22811  T
Q  230 tatgtgtttgagatatgggatgatgtgtaggttgctttgtaaataaggatttttggatatttgaaggtgttttagatgtaagatgatgt 318  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | |||||| |||||  |   |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22810 taaatgtttgagatatgggatgatgtttcggttgccttgtaggttgtggaaattggatatttgaaggtgtgttagatgtaagatgatgt 22722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University