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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10117_low_1 (Length: 933)
Name: NF10117_low_1
Description: NF10117
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10117_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 774
Target Start/End: Original strand, 22338967 - 22339711
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
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| T |
22338967 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactctttg |
22339065 |
T |
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| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
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| T |
22339066 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22339165 |
T |
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| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
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| T |
22339166 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22339265 |
T |
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| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
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| T |
22339266 |
gcttaggttactcgaattgatttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22339365 |
T |
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| Q |
430 |
caa-tgagatctcttttccaactctatgtcttcatcatcattcaactcactaactcatgcctgaagaggtaaaatattaactgtctccccaaatctttac |
528 |
Q |
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| T |
22339366 |
caaatgagatatcttttccaactctatgtcttcatcatcattcaactcactaactcatgcctgaagaggtaaaatattaactgtctccccaaatctttac |
22339465 |
T |
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| Q |
529 |
ttgttaaccattgagaacatttcatctagctccaagactaaagtatttggcctccatgaaatttgtcctagggttgtatcttctcttgaatacatttgac |
628 |
Q |
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| T |
22339466 |
ttgttaaccattgagaacagttcatctagctccaagactaaagtatttggcctccatgaaatttgtcctagggttgtatcttctcttgaatacatttgac |
22339565 |
T |
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| Q |
629 |
atcaaggaattatcccttataattattttctagtattgtttgcctagtaaaccattgttgaaatcaatgaatcatctaaatcccaacccacatttattct |
728 |
Q |
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| T |
22339566 |
atcaaggaattatcccttataattattttctagtattgtttgcctagtaaaccattgttgaaatcaatgaatcatctaaatcccaacccacatttattct |
22339665 |
T |
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| Q |
729 |
ttgttaatcctagctaacctaatgaactttcttatttttcttagaa |
774 |
Q |
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| T |
22339666 |
ttgtttatcctagctaacctaatgaactttcttatttttcttagaa |
22339711 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22323906 - 22324325
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
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| T |
22323906 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22324004 |
T |
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| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
| |
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| T |
22324005 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22324104 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
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| T |
22324105 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22324204 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
| |
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|
|
| T |
22324205 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22324304 |
T |
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| Q |
430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
| |
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| T |
22324305 |
caaatgagatatcttttccaa |
22324325 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22324717 - 22325136
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
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| T |
22324717 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22324815 |
T |
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| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
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| T |
22324816 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22324915 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
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| T |
22324916 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22325015 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
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| T |
22325016 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22325115 |
T |
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| Q |
430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
| |
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| T |
22325116 |
caaatgagatatcttttccaa |
22325136 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22326340 - 22326759
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
| |
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| T |
22326340 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22326438 |
T |
|
| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
| |
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| T |
22326439 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22326538 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
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|
| T |
22326539 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22326638 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22326639 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22326738 |
T |
|
| Q |
430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
| |
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| T |
22326739 |
caaatgagatatcttttccaa |
22326759 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22327154 - 22327573
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
| |
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| T |
22327154 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22327252 |
T |
|
| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
22327253 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22327352 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22327353 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22327452 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22327453 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22327552 |
T |
|
| Q |
430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
22327553 |
caaatgagatatcttttccaa |
22327573 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22327966 - 22328385
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
| |
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|
|
| T |
22327966 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22328064 |
T |
|
| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
22328065 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22328164 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22328165 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22328264 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22328265 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22328364 |
T |
|
| Q |
430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
22328365 |
caaatgagatatcttttccaa |
22328385 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22328779 - 22329198
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
22328779 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22328877 |
T |
|
| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
22328878 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22328977 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22328978 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22329077 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22329078 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22329177 |
T |
|
| Q |
430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
| |
|
| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
22329178 |
caaatgagatatcttttccaa |
22329198 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22329590 - 22330009
Alignment:
| Q |
31 |
tattaggtaaaactctcgaggctataaatatgttgttc-caacctaaaacaaggaatcttcaagttgttttatacatattcgaatttgcaagactctttg |
129 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
22329590 |
tattaggttaaactctcgaggctataaataggtcgttcacaacctaaaacaagga-tcttctagctgttttatacattttcaaatttgcaaaactcttta |
22329688 |
T |
|
| Q |
130 |
atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
22329689 |
atggaagcttaattttgtcgataaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatatgatttaatatcttttcct |
22329788 |
T |
|
| Q |
230 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22329789 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
22329888 |
T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 337; E-Value: 0
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Target Start/End: Original strand, 22330405 - 22330824
Alignment:
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Q |
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Q |
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T |
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c-aatgagatctcttttccaa |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22331219 - 22331638
Alignment:
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T |
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229 |
Q |
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T |
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ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
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Q |
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T |
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429 |
Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22332030 - 22332449
Alignment:
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Q |
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T |
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| Q |
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ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
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T |
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gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
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22332329 |
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22332428 |
T |
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430 |
c-aatgagatctcttttccaa |
449 |
Q |
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22332429 |
caaatgagatatcttttccaa |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22332841 - 22333260
Alignment:
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31 |
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129 |
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229 |
Q |
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|
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ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
329 |
Q |
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429 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 337; E-Value: 0
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229 |
Q |
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Q |
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gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
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c-aatgagatctcttttccaa |
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caaatgagatatcttttccaa |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 449
Target Start/End: Original strand, 22334463 - 22334882
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atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
229 |
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gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
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22334762 |
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22334861 |
T |
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| Q |
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c-aatgagatctcttttccaa |
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caaatgagatatcttttccaa |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #15
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atggaagcttaattttgtcgatcaatccacccattatgttttatgtcgaggttctaattcaaatgtcaatttcgttttatataatttaatttcttttcct |
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ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgtttcgtttcaaattcattcctgtttaattgtaattgtggacct |
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22325724 |
ttcgacttttgcaatgatcattacaatttataatttttgttattgtttgaacgcttgttttgtttcaaattcattcctgttaaattgtaattgtggacct |
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T |
|
| Q |
330 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgctgaagatgttag |
429 |
Q |
| |
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| T |
22325824 |
gcttaggttactcgaattggtttaggtgtataatgcttcattatataatggtttaggtgttttattatttattgtgcttcataatcgttgaagatgttag |
22325923 |
T |
|
| Q |
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c-aatgagatctcttttccaa |
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| |
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22325924 |
caaatgagatatcttttccaa |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 788 - 923
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tcgtctatcgatagatacttctctttccaccctatg |
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Back To:
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