View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10122_low_4 (Length: 391)

Name: NF10122_low_4
Description: NF10122
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10122_low_4
NF10122_low_4
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (10-375)||(33642440-33642805)
chr6 (16-360)||(33059455-33059799)
chr6 (15-375)||(33306363-33306723)
chr6 (13-375)||(33389949-33390311)
chr6 (12-375)||(33402491-33402854)
chr6 (13-361)||(9168665-9169012)
chr6 (12-361)||(31566968-31567317)
chr6 (12-361)||(33273683-33274032)
chr6 (12-375)||(31560649-31561012)
chr6 (12-375)||(33264526-33264889)
chr6 (12-375)||(33411830-33412193)
chr6 (16-360)||(33359971-33360315)
chr6 (10-357)||(33287437-33287784)
chr6 (129-202)||(13609093-13609166)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-361)||(17438666-17439017)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (20-375)||(8637-8992)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (13-355)||(31496768-31497110)
chr4 (61-326)||(31476863-31477128)
chr4 (16-355)||(31501940-31502279)
chr4 (127-355)||(31019688-31019913)
chr4 (127-355)||(31029569-31029794)
chr4 (127-315)||(31489633-31489818)
chr4 (127-355)||(31159137-31159362)
chr4 (74-203)||(31150385-31150514)
chr4 (131-272)||(31245044-31245185)
chr4 (74-276)||(31033945-31034148)
chr4 (80-190)||(31161692-31161802)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (20-248)||(3-231)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 375
Target Start/End: Original strand, 33642440 - 33642805
Alignment:
Q  10 gcagagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33642440 gcagagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaag 33642539  T
Q  110 cattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggcttt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33642540 cattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggcttt 33642639  T
Q  210 atatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaa 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33642640 atatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaa 33642739  T
Q  310 atcctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33642740 atcctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgtaacatggcaactgatttg 33642805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 33059799 - 33059455
Alignment:
Q  16 attaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattac 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33059799 attaaagagattgttcaaaagataatcaatatattggaatgcaaatattcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatacaagcattac 33059700  T
Q  116 aaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatga 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||     
T  33059699 aaaatcatttgcttttgaactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaaaacaacccttgctacgactttatatgg 33059600  T
Q  216 ccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatccta 315  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||    
T  33059599 ccaaatatctcatcaatttagtgcatcttgttttattgacgatgtaaccaaaatttatggattacatgatgatccactcgatgtacaaaaacaaatccta 33059500  T
Q  316 tttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttac 360  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33059499 tttcaaactctcggcatagaacaccaacaaatatgcaatcgttac 33059455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 15 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 33306723 - 33306363
Alignment:
Q  15 gattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcatta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33306723 gattaaaaagattgttcaaaagataatgagtatattggagtgcaaatcttcatatatttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcatta 33306624  T
Q  115 caaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatg 214  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33306623 aaaaatcatttgcttttggactcggttgattgtgtttgtgctataggaatttctggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatggctttatatg 33306524  T
Q  215 accaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcct 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  33306523 accaaatatctcatcgatttagtgcatcctgctatattgatgatgtaaccaaaatttatagtttacatgatggtccactcaatgcacaaaagcaaatcct 33306424  T
Q  315 atttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  33306423 atttcaaactctaggcatagaacaccatctaataagcaatcgttacaacgcaactgatttg 33306363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 33390311 - 33389949
Alignment:
Q  13 gagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcat 112  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  33390311 gagattaaaaagattgttcaaaggataatgaatatattggagtgcaattcttcatgtgtttcgaaagatttagtagggattgattctcctatagaagcat 33390212  T
Q  113 tacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttata 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  33390211 tacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcatgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgccatgactttata 33390112  T
Q  213 tgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||  | || ||||||||||||||     
T  33390111 tgaccaaatatctcatcgatttagtgcaaattgttttattgatgatgtaagcaaaatatatagattatgtgatggtcctttggatgcacaaaagcaaatt 33390012  T
Q  313 ctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33390011 ctatttcaaactctcgacataaaacaccatcaaatatgcaatcgttacattgcaactgatttg 33389949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 33402854 - 33402491
Alignment:
Q  12 agagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33402854 agagattaaaaagattgttcaaaagataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagca 33402755  T
Q  112 ttacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttat 211  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  33402754 ttaaaaaatcatttggttttggacttggttgatggtgttcgtgctataagaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttat 33402655  T
Q  212 atgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaat 311  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||    
T  33402654 atggccaaatctctcatcgatttagtgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttatagattatatgatggcccaattgatgcacaaaagcaaat 33402555  T
Q  312 cctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  33402554 cctacatcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaattgatttg 33402491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 9169012 - 9168665
Alignment:
Q  13 gagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcat 112  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||  |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  9169012 gagactaaaaagattgtacaaaagataatgaacatatg-gagtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattaattctcctatagaagcat 9168914  T
Q  113 tacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||    
T  9168913 tacaaaatcatttgcttttggactcaattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaactcttgcaatggttttata 9168814  T
Q  213 tgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  9168813 tgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatataagtaaaatttatagattgcatgatggcccactcgatgcacaaaagcaaatc 9168714  T
Q  313 ctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttaca 361  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9168713 ttacttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgctaca 9168665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 12 - 361
Target Start/End: Original strand, 31566968 - 31567317
Alignment:
Q  12 agagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagca 111  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  31566968 agagattaaaaagattgctcaaacaataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctatagaagcg 31567067  T
Q  112 ttacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||    
T  31567068 ttacaaaatcatttgcttttggactcgattgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatggggggaatagggaagacagcccttgctgagactttat 31567167  T
Q  212 atgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaat 311  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31567168 atggccaaatatctcatcgatttagtgcatcttgttatattgatgatgtaagcaaaatttatagatcatatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaat 31567267  T
Q  312 cctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttaca 361  Q
    |||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  31567268 cctacttcaaactgttggcatagatcaccaacaaatatgcaatcattaca 31567317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 12 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 33274032 - 33273683
Alignment:
Q  12 agagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||  ||| ||| |||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||| | || | | |    
T  33274032 agagattaaaaagattgttcaaacgatcttgaatatattgaagtacaaatcttcatgtttttcaaaagatttagttgggatagattctcgtttagacgga 33273933  T
Q  112 ttacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttat 211  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33273932 ttacaaaatcatttacttttggactcggttgacagtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctatggctttat 33273833  T
Q  212 atgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaat 311  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  33273832 atgatcaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttatagatgatgtaagcaaaatttataaattacatgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaat 33273733  T
Q  312 cctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttaca 361  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33273732 cctacttcaaactctcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattaca 33273683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Original strand, 31560649 - 31561012
Alignment:
Q  12 agagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagca 111  Q
    |||||| |||||||||||||  | |||||| ||||||||  ||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  31560649 agagatgaaaaagattgttcggacgataatgaatatattgaagtacaaatcttcatgtgtttcaaaagatttagttgggattaattctcctatagaagca 31560748  T
Q  112 ttacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |    
T  31560749 ttacaaaatcatttgcttttggactcggatgatggtgttcgtgttataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacagcccttgctatgactttgt 31560848  T
Q  212 atgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaat 311  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31560849 atggccaaatatctcatcgatttagtgcatcctgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagatcaggtgatggtcccctcgatgcacaaaagcaaat 31560948  T
Q  312 cctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||| |||||    
T  31560949 cctacttcaaactgtcggcatagaacacaatcaaatatgcaatcattacagcgcaactaatttg 31561012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 33264889 - 33264526
Alignment:
Q  12 agagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| || ||||| |||| | ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| | || |||||    
T  33264889 agagattaaaaagattgttcaaaagataatgagtacattggaatgcaaatcttcatgtgtttcaaaagacttagttgcgatagattctcgtttagaagca 33264790  T
Q  112 ttacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttat 211  Q
    |||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||    
T  33264789 ttacaaaatcatttccttttggacatggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttat 33264690  T
Q  212 atgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaat 311  Q
    ||| |||||| | ||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  33264689 atggccaaatctgtcatcgatttgatgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggtccaatagatgcacaaaagcaaat 33264590  T
Q  312 cctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||    
T  33264589 cctacatcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttg 33264526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 33412193 - 33411830
Alignment:
Q  12 agagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || |||| |    ||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||| |    
T  33412193 agagattaaaaagattgttcaaaatataatgaatatattggattgtaaatcttcattcatttcaaaagatttagttgggataaattctcggatagaagta 33412094  T
Q  112 ttacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttat 211  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  33412093 ttacaaaatcatttacttttggactcggttgatggtgtttgtgctattggaatttgtggaatgggcggaataggaaagacaacccttgctatgactttat 33411994  T
Q  212 atgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaat 311  Q
    ||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  33411993 atggccagatatctcatcaatttagtgcatcttgttttatagacgatgtaagcaaaatttatagattatatgatggtcccctcgatgcacaaaggcaaat 33411894  T
Q  312 cctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  33411893 cctacttcaaactgtcggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacagtgcaactgatttg 33411830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 33360315 - 33359971
Alignment:
Q  16 attaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattac 115  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||| | || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  33360315 attaaagaggttgttcaaaagataatcaatatattggaatgcaaatattcatgtgtttcaaaagatttagttgagattgattctcctatacaagcattac 33360216  T
Q  116 aaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatga 215  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||     
T  33360215 aaaatcatttgcttttgaactcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaattggaggaattgggaaaacaacccttgctacgactttatatgg 33360116  T
Q  216 ccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatccta 315  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  33360115 ccaaatctctcaccaatttagtgcatctttttttattgatgatgtaactaaaatttacagactacatgataatccactcgatgcacaaaagaaaatccta 33360016  T
Q  316 tttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttac 360  Q
    |||||||||||  ||||||||||| || |||||||| || |||||    
T  33360015 tttcaaactctcagcatagaacacaataaaatatgcgattgttac 33359971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 33287784 - 33287437
Alignment:
Q  10 gcagagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaag 109  Q
    |||||||||| || ||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||| | | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  33287784 gcagagattagaatgattgttcagacgataatgaatatattggagtgcaaatcttcatgggtttcaaaagatttagttgcgattaattctcctatagaag 33287685  T
Q  110 cattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggcttt 209  Q
    | ||||||| |||||||| |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  33287684 ccttacaaagtcatttgcatttggattcggttgatggagttcgtgcaataggaatttgtggaatgggaggaatagggaaaacaaccctttctatggcttt 33287585  T
Q  210 atatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaa 309  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||   |||||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  33287584 atatgatcaaatatcccatcgatttagtggatcttgttttattgaagatgttgccaaaaaatttagattacatgatggtcccctcgatgcacaaaaggaa 33287485  T
Q  310 atcctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgt 357  Q
    |||||| |||||||  | || |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  33287484 atcctacttcaaaccgtcggaatagaagaccatcatatatgcaatcgt 33287437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 202
Target Start/End: Original strand, 13609093 - 13609166
Alignment:
Q  129 tttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgcta 202  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| | | |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  13609093 tttggactcagatgatgatgttcgagttgtagggatttgtggaatgggcggaataggaaagacaactcttgcta 13609166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 10 - 361
Target Start/End: Original strand, 17438666 - 17439017
Alignment:
Q  10 gcagagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||| | ||  |||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||    
T  17438666 gcagagattaaaaagattgttcaaaagataatgaatatattggaatgcaaatcttcatgtaattcaaaagatttagttgggataaattctcgtatagaag 17438765  T
Q  110 cattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggcttt 209  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||    
T  17438766 cattaaaaaatcatttacttttggactcggttgatggtgttcgtgctataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctttggattt 17438865  T
Q  210 atatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaa 309  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17438866 atatggccaaatctctcatcgatttgatgcatcttgtttcattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccacttgaagcacaaaagcaa 17438965  T
Q  310 atcctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttaca 361  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17438966 atcatatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttaca 17439017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 8992 - 8637
Alignment:
Q  20 aaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaa 119  Q
    ||||||||||||||| |||  | ||||||||  ||||||| |||| |   |||||||||||||||||||||||  |||||| || | |||||||| || |    
T  8992 aaaagattgttcaaacgatcttgaatatattgaagtgcaaatcttcattcgtttcaaaagatttagttgggataaattctcgtacagaagcattaaaaca 8893  T
Q  120 tcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaa 219  Q
    ||| || |||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||    
T  8892 tcagttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaa 8793  T
Q  220 atatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttc 319  Q
    || | ||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||    
T  8792 atctgtcatcgatttgatgcatcctgtttcattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggtccaattgatgcacaaaagcaaatcctacatc 8693  T
Q  320 aaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcgttacatggcaactgatttg 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||    
T  8692 aaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatcattatagtgcaactgatttg 8637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 31496768 - 31497110
Alignment:
Q  13 gagattaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcat 112  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||  |||| || || ||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||| || |||| |||  ||  ||    
T  31496768 gagattaaaaaaattgttcaaaggataatggatattttggattgcaaatctatatgtgtttcaaatgatttagttgggatggactctcatatgcaaaaat 31496867  T
Q  113 tacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttata 212  Q
    || |||| | ||| ||||||||||| ||| ||| || |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  31496868 tagaaaagcttttacttttggactcggttaatgatggtcgtgtcataggaatttgtgggatgggaggaatagggaagactacccttgctactgctttgta 31496967  T
Q  213 tgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatc 312  Q
    ||   |||| ||| ||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |  |||||||||||     
T  31496968 tgctaaaatctctaatcaatttgatgcatgatgttttattgatgatgtaagcaaaatttttagattacatgatggaccactcaatgttcaaaagcaaatt 31497067  T
Q  313 ctatttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatc 355  Q
    |||  |||||||||      |||||||||||| ||||||||||    
T  31497068 ctacatcaaactctcaatgaagaacaccatcatatatgcaatc 31497110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 61 - 326
Target Start/End: Original strand, 31476863 - 31477128
Alignment:
Q  61 tctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctatag 160  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||| |||| |||| | ||| ||||||||||| ||||||| ||||| || | |||    
T  31476863 tcttcaagtgcttcaaacgatttagttgggatggattctcctagacaagaattagaaaagcttttacttttggactctgttgatgatgttcatgttgtag 31476962  T
Q  161 gaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgt 260  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  | || | |||||||   ||| ||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  31476963 gaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttggcatggttctatatgatagaatttctcatcaatttggtgcatgctgttttattgatgatgt 31477062  T
Q  261 aagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttcaaactct 326  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||| |||  |||||||||    
T  31477063 aagcaaaatgtttagattacatgatgggccactcgatgttcaaaagcaaattctacatcaaactct 31477128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 355
Target Start/End: Original strand, 31501940 - 31502279
Alignment:
Q  16 attaaaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattac 115  Q
    |||||||| || || |||| |||||| ||||| || || ||||| || | | |||||||||||||  ||||||| |||| ||||| |||| ||||||||     
T  31501940 attaaaaatatcgtccaaaggataataaatattttggattgcaactcatcatgtgtttcaaaagacatagttggaattgtttctcatatacaagcattag 31502039  T
Q  116 aaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatga 215  Q
    |||| | ||| || |||||||| ||||||| |||||  ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || || | |||||||    
T  31502040 aaaaacttttactcttggactctgttgatgatgttcaagctgtaggaatctgtgggatgggtggaatagggaagacaacccttggtagggttctatatga 31502139  T
Q  216 ccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatccta 315  Q
       ||| ||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |  |  ||||||||||| |||    
T  31502140 tagaatttctcatcaatttggtgcatgttgttttatcgatgatgtaagcaaaatgtttagattacatgatggaccacttggtgttcaaaagcaaatacta 31502239  T
Q  316 tttcaaactcttggcatagaacaccatcaaatatgcaatc 355  Q
    | |||||| |  ||   ||||||| |||||||||||||||    
T  31502240 tatcaaacacacggtgaagaacacaatcaaatatgcaatc 31502279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 127 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 31019913 - 31019688
Alignment:
Q  127 cttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctc 226  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||| ||||    
T  31019913 cttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactctggctactgctttatatggtcaaatctctc 31019814  T
Q  227 atcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttcaaactct 326  Q
    ||| ||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||| | | |  |||||||||||||| |||   ||||||||    
T  31019813 atcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatag---acatgatggtcaagttggtgcacaaaagcaaattctacaccaaactct 31019717  T
Q  327 tggcatagaacaccatcaaatatgcaatc 355  Q
    |||||  ||||||  ||| ||||||||||    
T  31019716 tggcaaggaacactttcagatatgcaatc 31019688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 127 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 31029794 - 31029569
Alignment:
Q  127 cttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctc 226  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||  ||||| ||||    
T  31029794 cttttggactcggttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactctgactactgctttatatggtcaaatctctc 31029695  T
Q  227 atcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttcaaactct 326  Q
    ||| ||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||| | | |  |||||||||||||| |||   |||||| |    
T  31029694 atcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatag---acatgatggtcaagttggtgcacaaaagcaaattctacaccaaacttt 31029598  T
Q  327 tggcatagaacaccatcaaatatgcaatc 355  Q
    |||||  ||||||  ||| ||||||||||    
T  31029597 tggcaaggaacactttcagatatgcaatc 31029569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 127 - 315
Target Start/End: Original strand, 31489633 - 31489818
Alignment:
Q  127 cttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctc 226  Q
    |||||||||||  |||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||  ||||| ||||    
T  31489633 cttttggactccattgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactctggctactgctttatatggtcaaatctctc 31489732  T
Q  227 atcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatccta 315  Q
    ||| ||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||   ||||||||||| | | |  ||||||||||||||||||    
T  31489733 atcaatttgatgcacgttgttttattgatgatctaagcaaaatatatag---acatgatggtcaagttggtgcacaaaagcaaatccta 31489818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 127 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 31159362 - 31159137
Alignment:
Q  127 cttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctc 226  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||    ||| ||||    
T  31159362 cttttggactccgttgatgatgttcgggttgtaggaatttgtgggatgggtggaatagggaagacaactcttactactgctttatgtggtagaatctctc 31159263  T
Q  227 atcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaatttatagattacatgatggtccactcgaagcacaaaagcaaatcctatttcaaactct 326  Q
    ||||||||  || |   ||||||||||||||| |||||| ||| |||||   ||||||||||||| | |  ||||||||||||||||||   ||||||||    
T  31159262 atcgatttgatgtacgttgttttattgatgatctaagcagaatatatag---acatgatggtccaattggtgcacaaaagcaaatcctacaccaaactct 31159166  T
Q  327 tggcatagaacaccatcaaatatgcaatc 355  Q
    ||||   ||||||  |||||||| |||||    
T  31159165 tggcggggaacactttcaaatatacaatc 31159137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 31150514 - 31150385
Alignment:
Q  74 caaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaat 173  Q
    ||||| ||||||| |||||  |||||||| || | | |||| |||| ||||| |||||||||||  |||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||    
T  31150514 caaaaaatttagtcgggatgcattctcctctacatgaattagaaaaacatttacttttggactcgcttgatgatgtccgtgttgtaggaatttgtgggat 31150415  T
Q  174 gggaggaatagggaagacaacccttgctac 203  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  31150414 gggtggagtagggaagacaacccttgctac 31150385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 131 - 272
Target Start/End: Original strand, 31245044 - 31245185
Alignment:
Q  131 tggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctcatcg 230  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |   |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||   ||| ||| |||     
T  31245044 tggactcagatgatgatgttcgagtggtagggatttgtggaatgggtggaatagggaagactactcttgctactgctttgtatgatagaatctctaatca 31245143  T
Q  231 atttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaattta 272  Q
    ||||  ||| |  || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  31245144 atttgatgcttgctgctttattgaggatgtaagtaaaattta 31245185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 31034148 - 31033945
Alignment:
Q  74 caaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaatca-tttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaa 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||    ||| |||||||| |||  ||||  | | |  | | ||||||||| |||||    
T  31034148 caaaagatttagttgggattgattctcttatagaagaattagaaaaagtgtttacttttggaatcaactgatattatacaggttgtaggaatttatggaa 31034049  T
Q  173 tgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaaatatctcatcgatttagtgcatcatgttttattgatgatgtaagcaaaattta 272  Q
    ||||||||||||| ||||| || || ||||| ||| | ||||||  ||| ||||||| ||||  |||||  || || || |||||| |||||||| ||||    
T  31034048 tgggaggaataggaaagacgactctagctactgctctttatgacagaatctctcatcaatttgatgcatgctgcttcatcgatgatataagcaaagttta 31033949  T
Q  273 taga 276  Q
    ||||    
T  31033948 taga 31033945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 31161802 - 31161692
Alignment:
Q  80 atttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaatcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggagg 179  Q
    |||||| |||||| ||||||| || | ||| |||| |||| ||||| |||||||| || ||||||| ||| || | | ||||| ||||||| ||||| ||    
T  31161802 atttagctgggatggattctcttacagaagaattagaaaaacatttacttttggattcggttgatgatgtgcgggttgtaggagtttgtgggatgggtgg 31161703  T
Q  180 aatagggaaga 190  Q
    |||||||||||    
T  31161702 aatagggaaga 31161692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 231 - 3
Alignment:
Q  20 aaaagattgttcaaaagataatcaatatattagagtgcaagtctttaagtgtttcaaaagatttagttgggattgattctcctataaaagcattacaaaa 119  Q
    ||||||||||||||| |||  | ||||||||  ||||||| |||| |   |||||||||||||||||||||||  |||||| || | |||||||| || |    
T  231 aaaagattgttcaaacgatcttgaatatattgaagtgcaaatcttcattcgtttcaaaagatttagttgggataaattctcgtacagaagcattaaaaca 132  T
Q  120 tcatttgcttttggactcagttgatggtgttcgtgctataggaatttgtggaatgggaggaatagggaagacaacccttgctacggctttatatgaccaa 219  Q
    ||| || |||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||    
T  131 tcagttacttttgaattcggttgatggtgttcgtgttataggaatttgggggatgggaggaatagggaagacaacccttgctatgaatttatatggccaa 32  T
Q  220 atatctcatcgatttagtgcatcatgttt 248  Q
    || | ||||||||||  |||||| |||||    
T  31 atctgtcatcgatttgatgcatcctgttt 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University