View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10123_low_7 (Length: 362)

Name: NF10123_low_7
Description: NF10123
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10123_low_7
NF10123_low_7
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (1-357)||(30434609-30434962)
chr5 (20-357)||(30339488-30339822)
chr5 (27-357)||(29852112-29852439)
chr5 (1-357)||(30748430-30748783)
chr5 (1-357)||(29870973-29871326)
chr5 (33-357)||(30243335-30243656)
chr5 (3-357)||(30482193-30482544)
chr5 (102-357)||(30059245-30059497)
chr5 (95-357)||(30398946-30399205)
chr5 (95-357)||(30678131-30678393)
chr5 (189-355)||(4380630-4380796)
chr5 (188-353)||(30205481-30205646)
chr5 (252-354)||(30714400-30714502)
chr5 (21-80)||(30678477-30678536)
chr5 (27-80)||(30059101-30059154)
chr5 (205-315)||(30474363-30474473)
chr5 (1-77)||(4380451-4380527)
chr5 (187-357)||(29709872-29710042)
chr5 (186-347)||(30203119-30203280)
chr5 (103-156)||(30205399-30205452)
chr5 (19-77)||(30205246-30205304)
chr5 (203-291)||(30429934-30430022)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (105-357)||(20297566-20297818)
chr4 (26-80)||(20297912-20297966)
chr4 (103-156)||(20303720-20303773)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (96-357)||(26706214-26706472)
chr7 (1-77)||(26706050-26706126)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (252-357)||(7582691-7582796)
chr1 (203-347)||(7098401-7098545)
chr1 (103-156)||(7582889-7582942)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 30434609 - 30434962
Alignment:
Q  1 cgcaatcctctacaatcccaaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||    
T  30434609 cgcaatcctctacaaccccaaatcagtagagctcgaagggattgaagaccttcccagttttgctctggtaaggactccaattgtggtaaaaaagttacaa 30434708  T
Q  101 acagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaa 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||    || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  30434709 acagggattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttatt---ccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaa 30434805  T
Q  201 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgatt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||     
T  30434806 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacgtccatcgacaccgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagata 30434905  T
Q  301 gtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434906 tccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 30434962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 30339822 - 30339488
Alignment:
Q  20 aaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaaacagagattgaagagaagt 119  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    ||| | | | | |||||||||||||||||||    
T  30339822 aaatctgtagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaactcattacaactaatgatagacagagattgaagagaagt 30339723  T
Q  120 aaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagt 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339722 aaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcaccttcatataagataagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagt 30339626  T
Q  220 aactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaag 319  Q
    ||||||||||||||| | |  |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||  ||||||||||||    
T  30339625 aactcattgttacatccctcaacatagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcaataggagattgtcaagttagaaagacaag 30339526  T
Q  320 gaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339525 gaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 30339488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 27 - 357
Target Start/End: Original strand, 29852112 - 29852439
Alignment:
Q  27 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaaacagagattgaagagaagtaaggttt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29852112 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtgggaaacaatttacaaccagagattgaagagaagtaaggttt 29852211  T
Q  127 ttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||    || ||||| |||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852212 ttgaacatctcctctgggaaggatg---ttattctgaaaccgtcatgtagccaaagctttgtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcat 29852308  T
Q  227 tgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacat 326  Q
    |||||||| |  |||||  ||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    |||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  29852309 tgttacatcccaatacatggagcagtttcagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatatgagattttcaaattagaaagacaaggaaatat 29852408  T
Q  327 ctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852409 cttccctctttccactttcaataacccctct 29852439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 30748430 - 30748783
Alignment:
Q  1 cgcaatcctctacaatcccaaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaa 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |    ||||| | | |     
T  30748430 cgcaatcctctacaaccccaaatctgtagagctcgaagggattgaagaccttcccagttttgctctggtaaggactccaactcattacaacaattgatac 30748529  T
Q  101 acagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||    || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  30748530 acagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctggtaaggatgttatt---ccttcaccactatttagggtaagctgagtaagaccacggaa 30748626  T
Q  201 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||     
T  30748627 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcccataaatggagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagttcagggcaatcccagata 30748726  T
Q  301 gtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
      |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30748727 tccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataatccctct 30748783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 29870973 - 29871326
Alignment:
Q  1 cgcaatcctctacaatcccaaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaa 100  Q
    |||||||||  ||||| |||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  29870973 cgcaatccttcacaattccaaatccttaaaattcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaatatacaa 29871072  T
Q  101 acagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaa 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||| ||||  ||||  ||||| |||||||||||  ||    
T  29871073 acagagatagaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatg---ttattccttcaccgtcacttagggcaagctgagtaagaccacaaaa 29871169  T
Q  201 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |     ||     
T  29871170 ggtagagattgacctcagtaactcattgttacatggatcggcaacgaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaattttagggcatttccaaata 29871269  T
Q  301 gtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  29871270 tccaaactagaaagacaaggaaacatctcccctctttcaactttcaataaaccctct 29871326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 33 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 30243656 - 30243335
Alignment:
Q  33 tcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaac 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243656 tcgaagggattgaagaccttcccaatttgtctctggtaaggactccaattgtgggaaactatttacagacagagattgaagagaagtaaggtttttgaac 30243557  T
Q  133 atctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttac 232  Q
    ||| ||||||||||||||||   ||||||   || || |  |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243556 atcccctctgggaaggatgt---tattccgaaaccgtgaattagtttaagctgagtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttac 30243460  T
Q  233 attcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccc 332  Q
    ||||  |||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30243459 attcccatacaaagaggtctttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcatttccagatatccaaactagaaagacaaggaaacatctcccc 30243360  T
Q  333 tctttccactttcaataacccctct 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  30243359 tctttccactttcaataacccctct 30243335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 3 - 357
Target Start/End: Original strand, 30482193 - 30482544
Alignment:
Q  3 caatcctctacaatcccaaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgagagaaacaagttacaaac 102  Q
    |||||||||||||  | |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||  |||   |    
T  30482193 caatcctctacaactcgaaatgtgtagagctcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaattgtgggaaccaatctacttcc 30482292  T
Q  103 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaagg 202  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||   |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30482293 agatattgaagacaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccttcaccctccattagggtaagctgagtaagaccacggaagg 30482389  T
Q  203 tagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgt 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    |||| |    
T  30482390 tagagattgacctcagtaactcattgttacatccatccacatagaggccttcaagagatggaagagatggcagtccaagtttatggcaatatgagatt-t 30482488  T
Q  303 caaagt-agaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482489 ccaagtaagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 30482544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 102 - 357
Target Start/End: Original strand, 30059245 - 30059497
Alignment:
Q  102 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaag 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||   ||| || || ||||| ||||||||||||||||    
T  30059245 cagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttat---tccttcacccccatttacgaaaagctgagtaagaccacggaag 30059341  T
Q  202 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  |||      
T  30059342 gtagagattgacctcagtaactcattgttacattccgatacagtgagggatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttacggcattcagagatat 30059441  T
Q  302 tcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30059442 ccaacttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaaccctct 30059497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 95 - 357
Target Start/End: Original strand, 30398946 - 30399205
Alignment:
Q  95 ttacaaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagacc 194  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||  || || || ||||  ||||| |||||||||    
T  30398946 ttacaaccagtgattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---cctctaccgtaatctagggaaagctcagtaagacc 30399042  T
Q  195 acggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatca 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |     
T  30399043 acggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatcccaatacatagagggatttaagagatggaagacatggcactccaagtttagggcaagct 30399142  T
Q  295 atgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
     ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399143 gtgattctcaactcagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 30399205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 95 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 30678393 - 30678131
Alignment:
Q  95 ttacaaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagacc 194  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||   || || |||||||  ||||| |||||||||    
T  30678393 ttacagacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatgttatt---ccgaaaccgttatatagggaaagctgagtaagacc 30678297  T
Q  195 acggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtcca---agtttagggcaa 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||   ||||   ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  30678296 acggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccccatatctcgagttctttaagagatggaagacatggcagtccaagcagtttagggcaa 30678197  T
Q  292 tcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
    |    |||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678196 ttccagatatccaacctagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 30678131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 189 - 355
Target Start/End: Original strand, 4380630 - 4380796
Alignment:
Q  189 aagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttaggg 288  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380630 aagaccacgaaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacatccctcaacaacgaggtgtttaagagatggatgacatggcagtccaagtttaggg 4380729  T
Q  289 caatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccct 355  Q
    ||||    |||   |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380730 caattctagatatccaagttagaaagacaaggaaacaactcccctctttccactttcaataacccct 4380796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 30205481 - 30205646
Alignment:
Q  188 taagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagg 287  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| | |||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30205481 taagaccacaaaagctagagattgacctcagcaactcattgttacatcccaatacatctaggtttttaagagatacaagacatggcagtccaagtttagg 30205580  T
Q  288 gcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataaccc 353  Q
    ||||     ||| || |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30205581 gcaaaaggagatggttaaacgagaaagacaaggaaacatctcacctctttccactttcaataaccc 30205646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 252 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 30714502 - 30714400
Alignment:
Q  252 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaat-gattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataa 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714502 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa-caatcgattaccaatttagaaagagaaggaaacatctcccctctttccactttcaataa 30714404  T
Q  351 cccc 354  Q
    ||||    
T  30714403 cccc 30714400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 30678536 - 30678477
Alignment:
Q  21 aatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 80  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678536 aatctttagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 30678477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 27 - 80
Target Start/End: Original strand, 30059101 - 30059154
Alignment:
Q  27 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 80  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059101 tagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 30059154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 205 - 315
Target Start/End: Original strand, 30474363 - 30474473
Alignment:
Q  205 gagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtca 304  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||||  |||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| || ||||    
T  30474363 gagattgatctcagtaactcattgttacatccaaatacaatgaggtctttaagggatggaaggcatggcaacacaagtttagggcaatcaataatggtca 30474462  T
Q  305 aagtagaaaga 315  Q
    || ||||||||    
T  30474463 aattagaaaga 30474473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 4380451 - 4380527
Alignment:
Q  1 cgcaatcctctacaatcccaaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 77  Q
    ||||||||| | ||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4380451 cgcaatcctttgcaatcccaaatcgttagagtcctaagggattgaagaccttctcaattttgctctggtaaggactc 4380527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 187 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 29710042 - 29709872
Alignment:
Q  187 gtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttag 286  Q
    ||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||  | ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  29710042 gtaagaccacatgaggtagagattgatctcagtaactcattgttacatcccgaaacatcgaggtctataagagacggaagacatgacagttcaagtttag 29709943  T
Q  287 ggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
     | |       ||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  29709942 tgaagagggcaattttcaaaatagaaggacaaggaaacacctcctctctttccacattcactaacccctct 29709872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 347
Target Start/End: Original strand, 30203119 - 30203280
Alignment:
Q  186 agtaagaccacggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagttta 285  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||    
T  30203119 agtaagaccatagaagctagagatcgacctcagtaactcattgttacattcatttacataaaggtttttaacatatggaagacatgacagttgaagttta 30203218  T
Q  286 gggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 347  Q
    ||| ||     |||   |||   | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30203219 gggtaaaaggcgatatccaattgaaaaagacaaggaaacatctcctctctttccactttcaa 30203280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 156
Target Start/End: Original strand, 30205399 - 30205452
Alignment:
Q  103 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttatt 156  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  30205399 agagcttgaagacaagtaaggtttttgaacatcccgtccgggaaggatgttatt 30205452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 77
Target Start/End: Original strand, 30205246 - 30205304
Alignment:
Q  19 caaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 77  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||    
T  30205246 caaatatctagagttcggagggattgcagaccttcccaaatttcctttggtaaagactc 30205304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 203 - 291
Target Start/End: Original strand, 30429934 - 30430022
Alignment:
Q  203 tagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaa 291  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| ||||  |||   ||||| ||||| ||| |||||||  ||||||||| |||||    
T  30429934 tagagattgactccagtaactcattgttacatccatctacaatgagttctttaaaagatgaaaggcatggcaacccaagtttaaggcaa 30430022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 105 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20297818 - 20297566
Alignment:
Q  105 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagaccacggaaggta 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||  ||||| ||||||||||||||| |||    
T  20297818 agattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccatctgggaaggatgttattatttcttcactgtcaagtagggaaagctgagtaagaccacggaaagta 20297719  T
Q  205 gagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtca 304  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    |||| |||    
T  20297718 gagattgatctcagtaactcattgttacatggatcgacatcgagggatttaagagatggaagacatggcattccaagtttagggcatttggagattttca 20297619  T
Q  305 aagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297618 acttagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 20297566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 20297966 - 20297912
Alignment:
Q  26 ctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactccaa 80  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20297966 ctagagttcgaagggattgaagaccttcccaaatttgctctggtaaggactccaa 20297912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 20303773 - 20303720
Alignment:
Q  103 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttatt 156  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  20303773 agagtttgaagacaagtaaggtttatgaacatccccttttggaaggatgttatt 20303720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 96 - 357
Target Start/End: Original strand, 26706214 - 26706472
Alignment:
Q  96 tacaaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttattattccttcacggtcatataggataagcttagtaagacca 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||| | || ||||||| |||||| ||||||||||    
T  26706214 tacaaacagagattgaagagaagtaaggtttttgaacatcccctctgggaaggatg---ttattccttcgccgttatatagggtaagctcagtaagacca 26706310  T
Q  196 cggaaggtagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaa 295  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  | |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||       
T  26706311 cgaaaggtagggattgacctcagtaactcattgttacatcccgaaacattgagggatttaagagatggaagacatggcagtcctagcttagggcaatagt 26706410  T
Q  296 tgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataacccctct 357  Q
      |||||||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  26706411 atattgtcaaacgagaaagacaaggaaacacctttcctctttccactttcaataacccctct 26706472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 26706050 - 26706126
Alignment:
Q  1 cgcaatcctctacaatcccaaatctctagagttcgaagggattgaagaccttcccaattttgctctggtaaggactc 77  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  26706050 cgcattcctttacaatcccaaatctctagagtcctaagggattgaagaccttcccacattttctctggtagggactc 26706126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 252 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 7582796 - 7582691
Alignment:
Q  252 tttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgtcaaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaataac 351  Q
    ||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||   ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  7582796 tttaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgttgatgttcaaaatagaaagacaaggaaacatctcctttttttccactttcaacaac 7582697  T
Q  352 ccctct 357  Q
    ||||||    
T  7582696 ccctct 7582691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 203 - 347
Target Start/End: Original strand, 7098401 - 7098545
Alignment:
Q  203 tagagattgacctcagtaactcattgttacattcatatacagcgaggaatttaagagatggaagacatggcagtccaagtttagggcaatcaatgattgt 302  Q
    ||||||||||| |||| | || ||| |||||||||| ||||  ||||  | ||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||    ||||      
T  7098401 tagagattgacttcagcatcttattattacattcatctacatagaggtctctaacagatggaagacacggaagttcaagtttagggcaattgtcgatttc 7098500  T
Q  303 caaagtagaaagacaaggaaacatctcccctctttccactttcaa 347  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  7098501 caaaatagaaagacaaggaaacgtctcatctctttccactttcaa 7098545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 7582942 - 7582889
Alignment:
Q  103 agagattgaagagaagtaaggtttttgaacatctcctctgggaaggatgttatt 156  Q
    |||||||| ||| |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||    
T  7582942 agagattggagacaagtaaggtttccaaacatctcctttgggaaggatgttatt 7582889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University