View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10132_low_1 (Length: 818)

Name: NF10132_low_1
Description: NF10132
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10132_low_1
NF10132_low_1
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (6-400)||(8406031-8406425)
chr3 (173-404)||(52787647-52787880)
chr3 (173-404)||(52793866-52794099)
chr3 (174-402)||(5331636-5331864)
chr3 (176-402)||(13282256-13282482)
chr3 (173-403)||(41283816-41284046)
chr3 (176-396)||(7047756-7047976)
chr3 (173-403)||(4606583-4606814)
chr3 (173-402)||(13276035-13276265)
chr3 (211-400)||(31167561-31167750)
chr3 (173-365)||(30760713-30760905)
chr3 (237-397)||(41720081-41720242)
chr3 (173-400)||(55346609-55346834)
chr3 (173-399)||(19007619-19007845)
chr3 (177-405)||(39233022-39233247)
chr3 (173-308)||(16865390-16865525)
chr3 (237-400)||(18096075-18096241)
chr3 (237-338)||(29453498-29453599)
chr3 (237-308)||(49846517-49846587)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (6-400)||(37504911-37505305)
chr5 (173-406)||(24077368-24077601)
chr5 (173-396)||(6618346-6618570)
chr5 (173-396)||(6920551-6920775)
chr5 (173-400)||(8807105-8807326)
chr5 (173-398)||(42379239-42379469)
chr5 (173-400)||(23101651-23101882)
chr5 (173-344)||(19520960-19521132)
chr5 (347-400)||(10378129-10378182)
chr5 (347-395)||(29692077-29692125)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (6-405)||(37567802-37568201)
chr7 (173-399)||(9195506-9195732)
chr7 (173-403)||(27087848-27088079)
chr7 (173-403)||(27190222-27190453)
chr7 (173-403)||(11564435-11564665)
chr7 (173-405)||(44279216-44279448)
chr7 (173-400)||(2133687-2133914)
chr7 (173-400)||(20948315-20948542)
chr7 (173-403)||(34381391-34381622)
chr7 (173-405)||(40667123-40667362)
chr7 (173-402)||(26924834-26925065)
chr7 (173-400)||(27749664-27749886)
chr7 (173-400)||(48565904-48566130)
chr7 (212-403)||(38189636-38189826)
chr7 (173-400)||(33153960-33154179)
chr7 (173-277)||(20537040-20537144)
chr7 (177-293)||(26642544-26642659)
chr7 (173-378)||(221749-221955)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (399-804)||(22038594-22038998)
chr2 (6-400)||(32037047-32037442)
chr2 (399-771)||(22005490-22005861)
chr2 (509-771)||(22032154-22032418)
chr2 (173-400)||(20283358-20283584)
chr2 (399-513)||(22043307-22043421)
chr2 (173-400)||(36554851-36555078)
chr2 (173-400)||(30728121-30728347)
chr2 (173-396)||(38975244-38975466)
chr2 (237-402)||(37917936-37918102)
chr2 (173-400)||(1857708-1857935)
chr2 (219-400)||(37861296-37861476)
chr2 (173-398)||(45166936-45167159)
chr2 (237-405)||(2979691-2979859)
chr2 (174-289)||(22336196-22336310)
chr2 (246-400)||(29198865-29199020)
chr2 (174-398)||(747019-747240)
chr2 (173-289)||(45168673-45168789)
chr2 (237-398)||(1928674-1928835)
chr2 (176-288)||(29198662-29198773)
chr2 (173-289)||(25740394-25740508)
chr2 (350-399)||(45168828-45168877)
chr2 (237-396)||(11913761-11913920)
chr2 (352-386)||(25739886-25739920)
[»] chr4 (24 HSPs)
chr4 (61-397)||(30301353-30301688)
chr4 (173-400)||(7315290-7315517)
chr4 (173-402)||(8087726-8087955)
chr4 (173-403)||(40630874-40631105)
chr4 (174-403)||(7882408-7882638)
chr4 (173-403)||(22459956-22460186)
chr4 (211-396)||(21357787-21357974)
chr4 (173-375)||(9390241-9390444)
chr4 (240-403)||(44234671-44234835)
chr4 (219-400)||(18103686-18103866)
chr4 (173-366)||(28510408-28510601)
chr4 (237-406)||(29350933-29351102)
chr4 (211-398)||(56208252-56208439)
chr4 (173-371)||(3006173-3006372)
chr4 (237-402)||(36968404-36968570)
chr4 (173-403)||(22453021-22453257)
chr4 (173-402)||(6807831-6808062)
chr4 (237-401)||(12689599-12689759)
chr4 (211-299)||(31989607-31989695)
chr4 (211-400)||(41548347-41548538)
chr4 (173-308)||(18691581-18691715)
chr4 (317-402)||(19509630-19509715)
chr4 (351-403)||(18665637-18665689)
chr4 (212-308)||(18665513-18665610)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (401-771)||(539919-540287)
chr6 (173-402)||(23306265-23306494)
chr6 (174-400)||(26631229-26631456)
chr6 (174-400)||(26737204-26737431)
chr6 (173-397)||(4582074-4582306)
chr6 (240-404)||(16802179-16802342)
chr6 (173-395)||(29730513-29730732)
chr6 (285-396)||(25359636-25359747)
chr6 (237-399)||(28329892-28330051)
chr6 (237-399)||(28507528-28507687)
chr6 (325-397)||(30800410-30800483)
chr6 (361-397)||(1389729-1389765)
chr6 (355-399)||(14629018-14629062)
chr6 (347-396)||(927297-927346)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (173-403)||(26849164-26849395)
chr8 (173-400)||(37806880-37807108)
chr8 (173-403)||(43204231-43204462)
chr8 (173-405)||(20162560-20162792)
chr8 (173-405)||(20194704-20194936)
chr8 (173-396)||(21257772-21257996)
chr8 (177-403)||(30591993-30592219)
chr8 (173-400)||(4860054-4860283)
chr8 (174-399)||(34322703-34322928)
chr8 (238-403)||(32776862-32777027)
chr8 (174-402)||(39679450-39679678)
chr8 (174-305)||(28713954-28714084)
chr8 (174-305)||(28721301-28721431)
chr8 (174-305)||(28728943-28729073)
chr8 (177-402)||(39154182-39154407)
chr8 (254-375)||(40672638-40672760)
[»] scaffold0087 (1 HSPs)
scaffold0087 (173-403)||(8522-8752)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (173-402)||(14752520-14752748)
chr1 (173-405)||(27275887-27276119)
chr1 (173-400)||(28728852-28729079)
chr1 (176-400)||(20360553-20360777)
chr1 (176-400)||(20550193-20550417)
chr1 (233-402)||(44773524-44773693)
chr1 (173-404)||(9196047-9196279)
chr1 (211-386)||(44700027-44700201)
chr1 (243-405)||(7880031-7880193)
chr1 (173-403)||(49535829-49536057)
chr1 (239-403)||(48187564-48187727)
chr1 (174-308)||(17171323-17171455)
chr1 (365-400)||(33334601-33334636)
chr1 (351-396)||(23832958-23833003)
[»] scaffold0048 (2 HSPs)
scaffold0048 (177-398)||(46897-47118)
scaffold0048 (173-387)||(73505-73722)
[»] scaffold1147 (1 HSPs)
scaffold1147 (189-402)||(405-619)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (173-305)||(13317-13449)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (279-405)||(1784-1911)
[»] scaffold0223 (1 HSPs)
scaffold0223 (174-397)||(24733-24956)
[»] scaffold0136 (1 HSPs)
scaffold0136 (174-402)||(10923-11149)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (181-401)||(4035-4249)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8406425 - 8406031
Alignment:
Q  6 tcgagtgagatgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccattcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406425 tcgagagagatgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 8406326  T
Q  106 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406325 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 8406226  T
Q  206 atatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406225 atatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 8406126  T
Q  306 cttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8406125 cttatttttttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 8406031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 173 - 404
Target Start/End: Original strand, 52787647 - 52787880
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  52787647 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 52787746  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||    
T  52787747 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttggtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 52787846  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaaga 404  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52787847 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaaga 52787880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 173 - 404
Target Start/End: Original strand, 52793866 - 52794099
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  52793866 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 52793965  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||    
T  52793966 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttggtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 52794065  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaaga 404  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52794066 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaaga 52794099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 174 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 5331864 - 5331636
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || |||| || |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  5331864 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcattttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 5331765  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccct 373  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||  || |||||||||||| || |||| ||||||    
T  5331764 tgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccatccataagcctttccttcccttcccctcccct 5331665  T
Q  374 ccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5331664 ccaaaacctaactcgcaaacaaagcctaa 5331636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 176 - 402
Target Start/End: Original strand, 13282256 - 13282482
Alignment:
Q  176 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 275  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| ||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||     
T  13282256 aaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatggttaatcccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 13282355  T
Q  276 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctc 374  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  13282356 aagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaataagggttta-cactccataagcctttcctttccttcccctcccctc 13282454  T
Q  375 caaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
     |||| ||||||| ||||||||||||||    
T  13282455 taaaatccaactcgcaaacaaagcctaa 13282482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 41284046 - 41283816
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||| | ||||||| || ||||||| |||| |||||||| | |||| || | || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  41284046 ctaaatttgaaattttgaattattatgagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccctaaaatcctc-aatttgggggaactttaaaattggacaa 41283948  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| || ||||||||||| || | || ||| |||||||| ||||||| ||||    
T  41283947 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcagacaagggtttaccattccataagtctttccttcccctcccctccc 41283848  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41283847 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaag 41283816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 176 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 7047976 - 7047756
Alignment:
Q  176 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 275  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||     
T  7047976 aaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgggcaaatg 7047877  T
Q  276 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctcc 375  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||        ||||||| |||||||||||||| |||||   ||||||||||| || | || ||||||||    
T  7047876 aaacccttcaaaaccccccaaaacccttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccatagcctttccttccctttccctcccctcc 7047777  T
Q  376 aaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  7047776 aaaacccaactcgcaaacaaa 7047756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 4606583 - 4606814
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaac-cccccaaattgggggaactctaaaattggata 271  Q
    |||||||||||||||||  |||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  4606583 ctaaaattggaattttgagttattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaatcccccaatttgggggaactttaaaattggaca 4606682  T
Q  272 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| |||    
T  4606683 aattaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtatttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcc 4606781  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  4606782 cctccaaaattcaactcgcaaacaaagcctaag 4606814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 173 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 13276265 - 13276035
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctcc-aaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggata 271  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| || ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  13276265 ctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggaca 13276166  T
Q  272 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || |||| ||||||| || |||| |||    
T  13276165 aattaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcttttccttcccttcccctcc 13276067  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  13276066 cctccaaaattcaactcccaaacaaagcctaa 13276035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 211 - 400
Target Start/End: Original strand, 31167561 - 31167750
Alignment:
Q  211 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 310  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  31167561 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgt 31167660  T
Q  311 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
          ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  31167661 ttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaatccaacttgcaaacaaagcct 31167750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 173 - 365
Target Start/End: Original strand, 30760713 - 30760905
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||| ||||||| |||||  | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||    
T  30760713 ctaaaattgaaattttgaattatcatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggagaactttaaaattggacaa 30760812  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcc 365  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||    
T  30760813 attaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccctcc 30760905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 237 - 397
Target Start/End: Original strand, 41720081 - 41720242
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||| |||    
T  41720081 aaccccccaatttgggggaactttaaaattagacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagagtt 41720180  T
Q  337 tagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 397  Q
    || ||||| | |||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  41720181 taccactctataagcctttccttcccttaccctcccctccaaaacccaactcgaaaacaaag 41720242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 55346834 - 55346609
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  55346834 ctaaaattgaaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc--caaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaa 55346737  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||| |||||||||||||||||  ||        ||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||| ||| ||| |||||||||||     
T  55346736 atgaagcccttcaagaccccccaaaacctttcgtttgtttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactctataagcttttgcttcccctcccttcct 55346637  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    | ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  55346636 c-ccaaaactcaactcgcaaacaaagcct 55346609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 173 - 399
Target Start/End: Original strand, 19007619 - 19007845
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | | || || || ||||||| |||| |||| ||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  19007619 ctaaaattggaattttgaattattatgacggcaaaattgtcaatttgtatgtttagccc-ccaaaacccctcaatttcggggaactttaaaattggacaa 19007717  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||| |  |||||||||||||        ||| ||| |||||||||||||| | || || |||||||||||| |||| || ||      
T  19007718 atgaaacccttcaaaacccgctgaaacctttcccttgtttttttaaagctcccaaacaagggtttacctctccataagcctttccttcccctaccctcat 19007817  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  19007818 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 19007845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 177 - 405
Target Start/End: Original strand, 39233022 - 39233247
Alignment:
Q  177 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 276  Q
    ||||| ||||||| |||||| | ||| ||| || ||||||| |||| |||||||||| |||||||   || ||||||||||| ||||||| || |||| |    
T  39233022 aattgaaattttgaattattatgaggataaaattgtcaatttgtatgtttaaccctcaaaaaccct--aatttgggggaactttaaaatttgacaaatga 39233119  T
Q  277 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctcc 375  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||| |        ||||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||  || |||| ||||||||    
T  39233120 agcccttcaaaa-cccccaaaacctttccc-tggttttttaaaactctcaaacaagggtttacctctccataagcctttcctccccttcccctcccctcc 39233217  T
Q  376 aaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  39233218 aaaatccaactcgcaaacaaagcctaagag 39233247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 173 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16865525 - 16865390
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatct--ttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggat 270  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| || | |  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  16865525 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtgtatggttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggac 16865427  T
Q  271 aaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 308  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16865426 aaatgaa-cccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 16865390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 18096241 - 18096075
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccct--tannnnnnnaaaactcacaaacaaggg 334  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||  |         |||||| ||||||| ||    
T  18096241 aaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaatcctttcccttgttttttttttaaactcgcaaacaaagg 18096142  T
Q  335 tttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||| | || || || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18096141 tttacctctccataaacctttccttcccctccctccccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 18096075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 237 - 338
Target Start/End: Original strand, 29453498 - 29453599
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||        ||||||| ||||||||||||    
T  29453498 aaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaacccccaaaaacttttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 29453597  T
Q  337 ta 338  Q
    ||    
T  29453598 ta 29453599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 49846587 - 49846517
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 308  Q
    |||||||||| |||  |||||| |||||||||| |||| || || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  49846587 aaccccccaatttgaaggaactttaaaattggacaaatgaaacc-ttcaaaaccccccaaaaccttttcctt 49846517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 400
Target Start/End: Original strand, 37504911 - 37505305
Alignment:
Q  6 tcgagtgagatgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccattcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 105  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37504911 tcgagagagatgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 37505010  T
Q  106 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37505011 ggagaagagagagcgtgcacagttatagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 37505110  T
Q  206 atatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37505111 atatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 37505210  T
Q  306 cttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37505211 cttatttttttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttccttcccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 37505305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 173 - 406
Target Start/End: Original strand, 24077368 - 24077601
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  24077368 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 24077467  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  24077468 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttgtaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 24077566  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagagg 406  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||    
T  24077567 ctccaaaatccaactcgcaaacaaagccttagagg 24077601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 173 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 6618570 - 6618346
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  6618570 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaactccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 6618471  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || || ||||||||| || | || ||||    
T  6618470 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataaacctttccttccctttccctccc 6618371  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||    
T  6618370 ctccaaaatccaactcgcaaacaaa 6618346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 6920775 - 6920551
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  6920775 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccc-aatttgggggaactttaaaattggacaa 6920677  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccc-ttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||        ||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||||| |  |||  |||    
T  6920676 atgaagcccttcaaaacccctcaaaacctttccctttgtttttttaaaactcacaaacaaggatttaccactccataagcctttccttccattcctctcc 6920577  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    ||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  6920576 ccttcaaaatccaactcgcaaacaaa 6920551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 8807326 - 8807105
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||    
T  8807326 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaatttgacaa 8807228  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagg-gtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||||| |||||||||||||||||        ||||||| |||||||||  |||| | | || |||||||||||     |||||||||    
T  8807227 atgaagcccttcaaaaccgcccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggattttaactc-cataagcctttcct-----tcccttccc 8807134  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  8807133 ctccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 8807105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 173 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 42379469 - 42379239
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || |  |||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  42379469 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattggtaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccctaatttgggggaactttaaaattggacaa 42379371  T
Q  273 attaaccccttcaaaacccccc-----aaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctccc 366  Q
    || || | ||||||||||||||     |||| |||||||||        ||||||||||||||||| |||| ||||| | || ||||||||| || ||||    
T  42379370 atgaagctcttcaaaacccccccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaaggatttaccactccataaacctttccttcccttccc 42379271  T
Q  367 ttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagc 398  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42379270 ctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagc 42379239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 23101651 - 23101882
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||| | |||||||||| ||    
T  23101651 ctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttaggggaattttaaaattggacaa 23101749  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagccttt-----cctttccctccc 366  Q
    || ||  |||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||| ||||||| |||||| |||| || ||||||||     |||| |||||||    
T  23101750 atgaagtccttcaaaacccgccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaa-ggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 23101848  T
Q  367 ttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
     ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  23101849 ctcccctctaaaatccaactcgcaaacaaagcct 23101882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 173 - 344
Target Start/End: Original strand, 19520960 - 19521132
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | | || || || |||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||||| ||    
T  19520960 ctaaaattggaattttgaattattatgaaggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccctctaaaacctcccaatttaggggaattttaaaattggacaa 19521059  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctta-nnnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc 344  Q
    || || |||||||||||||||||||| ||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19521060 atgaatcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttattttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactc 19521132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 347 - 400
Target Start/End: Original strand, 10378129 - 10378182
Alignment:
Q  347 aagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10378129 aagcctttccttcccttcccttcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 10378182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 347 - 395
Target Start/End: Original strand, 29692077 - 29692125
Alignment:
Q  347 aagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaa 395  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  29692077 aagcctttccttcccttcccttcccttccaaaacccaactcgcaaacaa 29692125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 37568201 - 37567802
Alignment:
Q  6 tcgagtgagatgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccattcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37568201 tcgagagagatgaaggaaactgtgttgttcagcttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 37568102  T
Q  106 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37568101 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 37568002  T
Q  206 atatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37568001 atatggtcaatttgcatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggacaaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 37567902  T
Q  306 cttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    |||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567901 cttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaaacctttcctttccctcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 37567802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 173 - 399
Target Start/End: Original strand, 9195506 - 9195732
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  9195506 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccctaatttgggggaactttaaaattggacaa 9195605  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  9195606 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccttcccctccc 9195704  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  9195705 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 9195732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 27087848 - 27088079
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  27087848 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccacaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggacaa 27087947  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||| |||| || |||| ||||||| || || | ||||    
T  27087948 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcttttccttcccttctcctccc 27088047  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  27088048 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagtctaag 27088079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 27190453 - 27190222
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  27190453 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccacaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggacaa 27190354  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||| |||||||||||||| |||| || |||| ||||||| || || | ||||    
T  27190353 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcttttccttcccttctcctccc 27190254  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  27190253 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagtctaag 27190222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 11564435 - 11564665
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  11564435 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 11564534  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||  |||||||| ||||| |||||   ||||||||||| |  |||| ||||     
T  11564535 atgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagagtttaccactccatagcctttccttccgttcccctccct 11564634  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11564635 tccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaag 11564665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 44279448 - 44279216
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||| || || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  44279448 ctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 44279350  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||| ||    
T  44279349 atgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccctttcc 44279250  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    || ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  44279249 cttcaaaacccaactcgcaaataaagccttagag 44279216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 2133687 - 2133914
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  2133687 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaattagtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 2133786  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  2133787 attaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 2133885  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    || |||||  |||||||||||||||||||    
T  2133886 cttcaaaattcaactcccaaacaaagcct 2133914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 20948542 - 20948315
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | || | || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||| ||    
T  20948542 ctaaaattggaattttgaattattatgagagcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacctcccaatttgggggaattttaaaattggacaa 20948443  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||| |||| |||| || |||||||||||| || |||||||||    
T  20948442 atgaagcccttcaaaac-ccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataagcctttccttcccttcccttccc 20948344  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20948343 ctccaaaactcaactcgcaaacaaagcct 20948315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 34381391 - 34381622
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  34381391 ctaaaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggacaa 34381490  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||| | |||| |||| || || ||||||||| || |||| || |    
T  34381491 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaagatttaccactccataaacctttccttcccttcccctctc 34381590  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  34381591 ctccaaaatccaactcgcaaacaaaacctaag 34381622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 173 - 405
Target Start/End: Original strand, 40667123 - 40667362
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaacccccc------aaattgggggaactctaaaatt 266  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||      || ||||||||||| |||||||    
T  40667123 ctaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaacccccccccccccaatttgggggaactttaaaatt 40667222  T
Q  267 ggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcc 365  Q
     || |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || ||| ||||||||  | |||    
T  40667223 tgacaaatgaagcccttcaaaacctcccaaaacctttcccttgttttgttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagtctttccttctcttcc 40667322  T
Q  366 cttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  40667323 cttcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagccttagag 40667362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 173 - 402
Target Start/End: Original strand, 26924834 - 26925065
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccc-cccaaattgggggaactctaaaattggata 271  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| || |    
T  26924834 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctcccaatttgggggaactttaaaatttgaca 26924933  T
Q  272 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac-tcacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| || || |||| |||    
T  26924934 aatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactggcaaacaagggtttaccacttcataagcctttcattcccttcccctcc 26925033  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  26925034 cctccaaaatccaacttgcaaacaaagcctaa 26925065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 27749664 - 27749886
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||    
T  27749664 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttaggggaactttaaaattggataa 27749763  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||     |||||||||    
T  27749764 atgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cactccataagcctttcct-----tcccttccc 27749857  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    || |||||  |||||| ||||||||||||    
T  27749858 cttcaaaattcaactcgcaaacaaagcct 27749886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 48566130 - 48565904
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||| || ||||||||||| || |||| | |||| |||||||||| ||    
T  48566130 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaatcccccaaaaccccc-aatttggagaaactttaaaattggacaa 48566032  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| ||| || |||| ||||    
T  48566031 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttatttttttaaaactcacaaacaagggttta-cactccataagccttttcttaccttcccctccc 48565933  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  48565932 ctccaaaatccaactcacaaataaagcct 48565904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 212 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 38189826 - 38189636
Alignment:
Q  212 tcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttann 311  Q
    |||||| |||| |||||||  |||||| ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| ||       
T  38189826 tcaatttgtatgtttaacctcccaaaatcccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaa-ccccccaaaacctttcctttgtt 38189729  T
Q  312 nnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
         ||||||  |||||||||||||| | || || |||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  38189728 tgtttaaaacttgcaaacaagggtttacctctccataagcatttccttatcctcccctcccctccaaaatccaacacgcaaacaaagcctaag 38189636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 33154179 - 33153960
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||  |||| |||||||| ||||||| || ||    
T  33154179 ctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatatttaaccc--caaaaccccc--aatttggggaactttaaaattagacaa 33154084  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||| ||||||||| ||||| |||        |||| |||||||||| |||||| ||||| | ||||||||| ||     ||||| ||    
T  33154083 atgaaacccttcaaaatcccccaaaatctttctcttgtttttttaaaattcacaaacaatggtttaccactccataagcctttcttt-----ccctttcc 33153989  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33153988 ctccaaaacccaactcacaaacaaagcct 33153960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 20537144 - 20537040
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20537144 ctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20537045  T
Q  273 attaa 277  Q
    |||||    
T  20537044 attaa 20537040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 177 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 26642659 - 26642544
Alignment:
Q  177 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 276  Q
    ||||| ||||||| |||||| | |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  26642659 aattgaaattttgaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacctctcaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 26642561  T
Q  277 accccttcaaaaccccc 293  Q
    | |||||||||||||||    
T  26642560 agcccttcaaaaccccc 26642544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 221955 - 221749
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattgg-ata 271  Q
    ||||||||||||||||| |||||    |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||  |||| | ||||||||  | |    
T  221955 ctaaaattggaattttgaattatgacgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttgaaggaatt-taaaattgttaca 221857  T
Q  272 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||        ||||||  ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||| |||| || | |    
T  221856 aattaagaccttcaaaaccccccaaaacttatcccttgtttttttaaaacttgcaaacaagaatttaccactccacaagcctttccttccccttcccttc 221757  T
Q  371 cctccaaa 378  Q
    ||||||||    
T  221756 cctccaaa 221749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 399 - 804
Target Start/End: Original strand, 22038594 - 22038998
Alignment:
Q  399 ctaagagggaagaggctgaagcttctttgagggcaccggatgctgtaatgggcaatcgtttcatcaagctctggtgtgctaatcgtgattgtatccctag 498  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22038594 ctaatagggaagaggctgaagcttctttgagggcacgagatgttgtaatgggaaatcgtttcatcaagctctggtgtgctaatcgtgattgtttccctag 22038693  T
Q  499 tgaaaatactgctacctagtaaggggaatggtgcaactgtaactctccgcgggcaacctcccactttcgttccatctcatccagttggcactgataggag 598  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22038694 tgaaaatactgctacctagtaaggggaatggtgcaattgtaactctccgcgggaaacctcccactttcgttccatctcatccagttggcactgataggag 22038793  T
Q  599 aaaagataaccatcaacctgaagcttcaaaggataactgaagaatcatcaccttctgaactatctaagccggtcattacagatgcaccctaggttcaacc 698  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22038794 aaaagataaccatcaatctgaagcttc-aaggataactaaagaatcatcaccttctaaactatctaagtcggtcattgcagatgcaccctaggttcaacc 22038892  T
Q  699 tcctttgcatagggagcttgaaaacttggagcatctaaagaaacaactgtctaagaagcaggaaatgctggactaacaaacttgagaaacaagtaaaacc 798  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22038893 tcctttgcatagggagcttgaaaacttggagcatctaaagaaacaactgtctaagaagcaggaaatgttggaccaacaaacttgagaaacaagtaaaacc 22038992  T
Q  799 taattg 804  Q
    ||||||    
T  22038993 taattg 22038998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32037442 - 32037047
Alignment:
Q  6 tcgagtgagatgaaggaaactgtgttgttcaacttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccattcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037442 tcgagagagatgaaggaaactgtgttgttcagcttccttctccgccgctcgccgccgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcg 32037343  T
Q  106 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037342 ggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaaattaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggta 32037243  T
Q  206 atatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaacc-ccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttc 304  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037242 atatggtcaatttgcatctttaaccctccaaaacccccccaaattgggggaactctaaaattggacaaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttc 32037143  T
Q  305 ccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32037142 ccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaaacctttcctttccctcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 32037047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 399 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 22005861 - 22005490
Alignment:
Q  399 ctaagagggaagaggctgaagcttctttgagggcaccggatgctgtaatgggcaatcgtttcatcaagctctggtgtgctaatcgtgattgtatccctag 498  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22005861 ctaagagggaagaggctgaagctgctttgaggacacctgattctgtaatgggcaaccgtttcatcaacct-tggtgggctaatcgtgattgtatccctag 22005763  T
Q  499 tgaaaatactgctacctagtaaggggaatggtgcaactgtaactctccgcgggcaacctcccactttcgttccatctcatccagttggcactgataggag 598  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  22005762 tgaaaatactgctac-tagta-ggggaatggtacaattgtaactccccgcgggcaaccacccactttcgttccatctcatccaattggcattgataggag 22005665  T
Q  599 aaaagataaccatcaacctgaagcttcaa--aggataactgaagaatcatcaccttctgaactatctaagccggtcattacagatgcaccctaggttcaa 696  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||||  |  |||  ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |    
T  22005664 aaaagatatccatcaaccagatgcttcaaggactatatttgaagaatcctcaccttctgatccatctaagccagtcattgcagatgcacccaaggttcca 22005565  T
Q  697 cctcctttgcatagggagcttgaaaacttggagcatctaaagaaacaactgtctaagaagcaggaaatgctggac 771  Q
    ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22005564 ccttctttgcatggggaacttgaaaacttggagcatccaaaggaacaactgcgtaagaagcaggaaatgctggac 22005490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 509 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 22032418 - 22032154
Alignment:
Q  509 gctacctagtaaggggaatggtgcaactgtaactctccgcgggcaacctcccactttcgttccatctcatccagttggcactgataggagaaaagataac 608  Q
    |||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |    
T  22032418 gctacctagtagagggaatggtgcaattgtaactccccgcaggcaaccacccactttcgttccatctcatctagttggcactgatagaagaaaagatatc 22032319  T
Q  609 catcaacctgaagcttcaa--aggataactgaagaatcatcaccttctgaactatctaagccggtcattacagatgcaccctaggttcaacctcctttgc 706  Q
    || ||| ||||||||||||  |  |||  |||||||||||||||||||||   |||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  22032318 caccaaactgaagcttcaaggactatatttgaagaatcatcaccttctgatgcatctaagttggtcattgcagatgcacccaaggttccacctcctttgc 22032219  T
Q  707 atagggagcttgaaaacttggagcatctaaagaaacaactgtctaagaagcaggaaatgctggac 771  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  ||||||| |||||    
T  22032218 atgaggagcttgaaaacttggagcatctaaaggaacaactgcataagaagtgggaaatgttggac 22032154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 20283584 - 20283358
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  ||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20283584 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20283486  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    || || ||||| ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||| |||||    
T  20283485 atgaagccctttaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactcctaagcctttccttcccttcccctcccc 20283386  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  20283385 ttcaaaacccaactcacaaacaaagcct 20283358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 399 - 513
Target Start/End: Original strand, 22043307 - 22043421
Alignment:
Q  399 ctaagagggaagaggctgaagcttctttgagggcaccggatgctgtaatgggcaatcgtttcatcaagctctggtgtgctaatcgtgattgtatccctag 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22043307 ctaagagggaagaggctgaagcttctttgaggacaccagaggctgtaatgggaaatcatttcatcaagctctggtgggctaatcgtgattgtatccctag 22043406  T
Q  499 tgaaaatactgctac 513  Q
    |||||||| ||||||    
T  22043407 tgaaaataatgctac 22043421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 36555078 - 36554851
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||| ||    
T  36555078 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccc--aatttgggaaactttaaaattggacaa 36554981  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc-cttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||| ||||       |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | || |||    
T  36554980 atgaagcccttcaaaaccccccaaaaactttcctcttatttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactccataagcctttcctttcctttccctcc 36554881  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  36554880 cctccaaaattcaactcgcaaacaaagcct 36554851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 30728121 - 30728347
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  ||||  || ||  |||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  30728121 ctaaaattggaattttgaattattaaaaggacaaaattatcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccccaaatttgggggaactttaaaattggacaa 30728219  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  30728220 atgaagctcttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 30728318  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30728319 ctccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 30728347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 173 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 38975466 - 38975244
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| ||||||||  |||||||||| || || ||||||||||||||||||| ||    
T  38975466 ctaaaattaaaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaaccccc-aatttaggggaactctaaaattggacaa 38975368  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  38975367 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 38975269  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  38975268 ctccaaaacccaactcgcaaacaaa 38975244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 237 - 402
Target Start/End: Original strand, 37917936 - 37918102
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||| ||||||||    
T  37917936 aaccccccaatttgggggaactttaaaattagacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaagcaagggtt 37918035  T
Q  337 tagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    || |||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  37918036 taccactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcctaa 37918102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 1857708 - 1857935
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  1857708 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaa-ccccgaatttgggggaactttaaaattggacaa 1857806  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac-tcacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || | |||||||||||||||||| |||||| |||       ||||||| |||| ||| ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||  || ||    
T  1857807 atgaagctcttcaaaaccccccaaaaactttcctttatttttttaaaactcgcaaataagagtttaccacttcataagcctttccttcccctctttttcc 1857906  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  1857907 ctccaaaacccaagttgcaaacaaagcct 1857935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 219 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 37861476 - 37861296
Alignment:
Q  219 gtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaa 318  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||    
T  37861476 gtatgtttaacccttcaaaaccccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaacccccaaaacctttccc-tattttttaaa 37861379  T
Q  319 aactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||| |||||||||||||| | || || ||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  37861378 aactctcaaacaagggtttacctctccataagtctttccttcccctcccctcccctccaaatcccaactcgcaaacaaagcct 37861296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 173 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 45167159 - 45166936
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||| ||  |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||    
T  45167159 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttatcctcccaaaaccccc--aatttggggaactttaaaattggacaa 45167062  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||||||| ||        ||||||| |||| ||||||||| |||| || ||||||||| || || |||  ||||    
T  45167061 atgaaacccttcaaaac-ccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaataagggtttaccactccataagcctttcattcccttcctctccc 45166963  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagc 398  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  45166962 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagc 45166936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 237 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 2979859 - 2979691
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||| ||| ||| ||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||    
T  2979859 aacccctcaatttgagggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 2979760  T
Q  337 tagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    | | ||| || ||| |||||||| || | || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2979759 ttg-actccataagtctttccttccctttccctcccttccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaagag 2979691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 174 - 289
Target Start/End: Original strand, 22336196 - 22336310
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  22336196 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 22336294  T
Q  274 ttaaccccttcaaaac 289  Q
    | || |||||||||||    
T  22336295 tgaagcccttcaaaac 22336310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 246 - 400
Target Start/End: Original strand, 29198865 - 29199020
Alignment:
Q  246 aattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-c 344  Q
    |||| |||||||  |||||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||  |||| |    
T  29198865 aatttggggaacattaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggggtttacactcc 29198964  T
Q  345 acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    | |||| ||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  29198965 ataagcatttccttcccttcccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcct 29199020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 174 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 747240 - 747019
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| || |||   |||| || || ||||||| |||| |||||| | ||||| |||||||| || ||| |||| |||||||||| |||    
T  747240 taaaattggaattttgaatcattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacgccccaaa-ccccccaatttagggaaactttaaaattggacaaa 747142  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    | || ||||||||||| ||||||||| ||| ||||        ||||| | ||||||| |||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||||    
T  747141 tgaaacccttcaaaac-ccccaaaacattttccttgtttttttaaaacccgcaaacaaaggtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 747043  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagc 398  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||    
T  747042 tccaaaa--caactcgcaaacaaagc 747019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 173 - 289
Target Start/End: Original strand, 45168673 - 45168789
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||  |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| | ||    
T  45168673 ctaaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtaggtttaactctccaaacccccctaatttgggggaactttaaaattgaacaa 45168772  T
Q  273 attaaccccttcaaaac 289  Q
    || || || ||||||||    
T  45168773 atgaagccattcaaaac 45168789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 1928835 - 1928674
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||| ||||||||||| | ||       ||||||| |||||||| |||    
T  1928835 aaccccctaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaatccctcaaaacctttctc-tatttttttaaaactcccaaacaagagtt 1928737  T
Q  337 tagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagc 398  Q
    || |  | || |||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||| | ||||||||||    
T  1928736 tacctttccataagcctttcctttcccacccctcccctccgaaactcaacccgcaaacaaagc 1928674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 176 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 29198773 - 29198662
Alignment:
Q  176 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 275  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||| ||| || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| || |||| |||||||| |||||||||| ||||     
T  29198773 aaattggaattttgaattattaagaggataaaattgtcaatttgtatatttaaccccccaaaaccctcc-aatttggggaactttaaaattggacaaata 29198675  T
Q  276 aaccccttcaaaa 288  Q
    || ||||||||||    
T  29198674 aaacccttcaaaa 29198662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 25740508 - 25740394
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||| | | |||  || || ||||||| |||| |||||||| | |||||||||  |||| |||||||| |||||||||| ||    
T  25740508 ctaaaattggaattttgaattaatatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaacccccaaaaaccccc--aatttggggaactttaaaattggacaa 25740411  T
Q  273 attaaccccttcaaaac 289  Q
    || || ||||| |||||    
T  25740410 atgaagccctttaaaac 25740394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 399
Target Start/End: Original strand, 45168828 - 45168877
Alignment:
Q  350 cctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45168828 ccttcccttcccctcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 45168877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 11913920 - 11913761
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| ||  || |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||| || ||       ||||||| |||| |||  ||    
T  11913920 aaccccccaatttaaggaaactttaaaattggacaaataaaacccttcaaaaccccacaaaacctttacc-tatttttttaaaactcccaaaaaagaatt 11913822  T
Q  337 tagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    || | || || || |||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11913821 tacctctccataaacctttcattcccctcccctcccctccaaaatccaactcacaaacaaa 11913761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 352 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 25739920 - 25739886
Alignment:
Q  352 tttcctttccctcccttcccctccaaaacccaact 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25739920 tttcctttccctcccttcccctccaaaccccaact 25739886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 272; Significance: 1e-151; HSPs: 24)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 61 - 397
Target Start/End: Original strand, 30301353 - 30301688
Alignment:
Q  61 cgttcgccgccattcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaagagagagcgtgcacagttacagtgaaatgaatcgttagaatgagatgaa 160  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30301353 cgttcgccgccgttcaggttgagatcgccattcacgtcgccgtcgggagaaaagagagcgtgcacagttacagtgaaatgagtcgttagaatgagatgaa 30301452  T
Q  161 attaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactct 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30301453 attaggttagggctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaatttgtatctttaaccctccaaaa-cccccaaattgggggaactct 30301551  T
Q  261 aaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttc 360  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30301552 aaaattggacaaattaaccccatcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttc 30301651  T
Q  361 cctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 397  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30301652 cctcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 30301688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 7315290 - 7315517
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  7315290 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 7315389  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||  || | ||||||| || |||| |||||    
T  7315390 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttaccactcctaaacgtttccttcccttcccctcccc 7315489  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7315490 tccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 7315517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 173 - 402
Target Start/End: Original strand, 8087726 - 8087955
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  8087726 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 8087825  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||| ||||||||||| ||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  8087826 attaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaacttacaaacaaggg-ttaccactccataagcctttcctttccttcccctccc 8087924  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  8087925 ctccaaaattcaactcccaaacaaagcctaa 8087955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 40631105 - 40630874
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  40631105 ctaaaattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 40631006  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||    
T  40631005 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttttttaaaacttacaaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccttcccctcc 40630907  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40630906 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaag 40630874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 174 - 403
Target Start/End: Original strand, 7882408 - 7882638
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||   || | || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||    
T  7882408 taaaattggaattttgaattattaagagagcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgagggaactttaaaattggacaaa 7882507  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||| || |||| |||||    
T  7882508 tgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcacaaacaagagtttaccactccataagcctttccttcccttcccctcccc 7882607  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  7882608 tccaaaatccaactcgcaaacaaagcctaag 7882638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 22459956 - 22460186
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||| |  |||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  22459956 ctaaaattggaatttagatttattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 22460055  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||| |||||||| || |||| ||||    
T  22460056 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagtctttccttcccttcccctccc 22460154  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  22460155 ctccaaaatccaactctcaaacaaagcctaag 22460186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 211 - 396
Target Start/End: Original strand, 21357787 - 21357974
Alignment:
Q  211 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-a 309  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||      
T  21357787 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaaataagcccttctaaaccccccaaaacctttcccttgt 21357886  T
Q  310 nnnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
           ||||||| |||||||||||||| | || || |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21357887 tttttttaaaactcccaaacaagggtttacctctccataagcctttccttcccctccgctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaa 21357974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 173 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 9390444 - 9390241
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  9390444 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 9390345  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||||| | || ||||| ||| || |||||||||    
T  9390344 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactcaataaacctttacttcccttcccttccc 9390245  T
Q  372 ctcc 375  Q
    ||||    
T  9390244 ctcc 9390241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 240 - 403
Target Start/End: Original strand, 44234671 - 44234835
Alignment:
Q  240 cccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttag 339  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||        ||||||| ||||||| ||||||     
T  44234671 cccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaacccccctaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaaggtttac 44234770  T
Q  340 cact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||| || |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  44234771 cactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaaacctaag 44234835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 219 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 18103866 - 18103686
Alignment:
Q  219 gtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaa 318  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||       ||    
T  18103866 gtatgtttaacccttcaaaaccccccaatttgggg-aactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaacccccaaaacctttccc-tattttttaaa 18103769  T
Q  319 aactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||| |||||||||||||| | || || ||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  18103768 aactctcaaacaagggtttacctctccataagtctttccttcccctcccctcccctccaaatcccaactcgcaaacaaagcct 18103686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 173 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 28510601 - 28510408
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || |||||||  ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  28510601 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccttc-aaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 28510503  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctccc 366  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||    
T  28510502 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacatttcccttgattttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccc 28510408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 237 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 29351102 - 29350933
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    ||||||| || ||||||||||| | |||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||    
T  29351102 aaccccctaatttgggggaactttcaaattggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtt 29351003  T
Q  337 tagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagagg 406  Q
    || ||||| | |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  29351002 ta-cactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagtcttagagg 29350933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 211 - 398
Target Start/End: Original strand, 56208252 - 56208439
Alignment:
Q  211 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 310  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  56208252 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcccccaatttggaggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgt 56208351  T
Q  311 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagc 398  Q
          ||||||| |||||||||| ||| |||| || || |||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  56208352 atttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataaacctttcattcccttcccttccccttcaaaatccaactcgcaaacaaagc 56208439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 173 - 371
Target Start/End: Original strand, 3006173 - 3006372
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  3006173 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 3006272  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||||||  |||||| ||||||||        |||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  3006273 atgaagcccttcaaaacccttcaaaacatttcccttgtttttttaaaattcacaaacaagggtttaccactccataagcctttcctttccttcctttccc 3006372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 237 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 36968570 - 36968404
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||  || ||||||||| ||||| |||||||||||| |        ||||||| ||||||| ||||    
T  36968570 aaccccccaatttggggaaactttaaaattggacaaacgaagcccttcaaagcccccaaaaacctttcccatgtttttttaaaactcgcaaacaatggtt 36968471  T
Q  337 tagcactcac-aagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    || || |||  |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36968470 taccattcaataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 36968404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 22453021 - 22453257
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| ||||| | || ||    
T  22453021 ctaaaattggaattttgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttggggaaactttaaaactagacaa 22453120  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctccct---- 367  Q
    || || |||||||||||||||||||||||| |||||        ||||||| ||||||||| |||| |||| || || ||||| ||| || |||||        
T  22453121 atgaaacccttcaaaaccccccaaaaccttccccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataaaccttttcttcccttccctttcc 22453220  T
Q  368 -tcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
     | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22453221 cttccctccaaaacccaactcacaaacaaagcctaag 22453257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 6808062 - 6807831
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctc-caaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggata 271  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  |||||| |||| || ||||| | ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  6808062 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttgtatgttcaacccccgcaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggaca 6807963  T
Q  272 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    ||| || | ||||||||| ||  ||||||||||||||        |||| || |||||||| ||||| |||| || ||| |||||||| || |||| |||    
T  6807962 aatgaagcacttcaaaacaccataaaacctttcccttgtttttttaaaattcgcaaacaagagtttaccactccataagtctttccttcccttcccctcc 6807863  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  6807862 cctccaaaattcaactcgcaaacaaagcctaa 6807831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 237 - 401
Target Start/End: Original strand, 12689599 - 12689759
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||| || || |||||||||| |||||| |||||||||        ||||||| ||||||||||||    
T  12689599 aacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcctttcaaaaccctccaaaatctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 12689698  T
Q  337 tagcactcac-aagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagccta 401  Q
    || ||||||  || | |||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12689699 taccactcaataaacatttcctt-----cccttcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagccta 12689759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 31989695 - 31989607
Alignment:
Q  211 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaac 299  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  31989695 gtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctctaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaaacccttcaaaaccccccaaaac 31989607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 41548538 - 41548347
Alignment:
Q  211 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 310  Q
    ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||| |||||| |      
T  41548538 gtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccc-aatttgggggaacttaaaaattggacaaatgaagtccttcaaaaccccccaaaacttttccc-tgt 41548442  T
Q  311 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctc----caaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
          ||||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||| | ||||||| |||||||    | ||||||||||| ||||||||||||    
T  41548441 ttttttaaaactcccaaacaagggtttacctctccacaagcctttccctcccctcccctcccctcccctccaaacccaactcgcaaacaaagcct 41548347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 308
Target Start/End: Original strand, 18691581 - 18691715
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||| || || |||| |||||| ||||||| || ||    
T  18691581 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaattagtatgtttaaccccccaaaacctccaaatttggaggaactttaaaatttgacaa 18691680  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 308  Q
    || || ||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  18691681 atgaaaccctttaaaa-cccccataacctttccctt 18691715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 317 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 19509715 - 19509630
Alignment:
Q  317 aaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  19509715 aaaactcgcaaacaagggttta-cactccataagcctttcctttccttcccctccccaccaaaatccaactcgcaaacaaagcctaa 19509630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 351 - 403
Target Start/End: Original strand, 18665637 - 18665689
Alignment:
Q  351 ctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18665637 ctttccttcccctccattcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaag 18665689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 308
Target Start/End: Original strand, 18665513 - 18665610
Alignment:
Q  212 tcaattcgtatctttaaccctcc--aaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 308  Q
    |||||| |||| |||||||| ||  |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  18665513 tcaatttgtatgtttaaccccccctaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagccctt-aaaaacccccaaaacctttccctt 18665610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 401 - 771
Target Start/End: Original strand, 539919 - 540287
Alignment:
Q  401 aagagggaagaggctgaagcttctttgagggcaccggatgctgtaatgggcaatcgtttcatcaagctctggtgtgctaatcgtgattgtatccctagtg 500  Q
    ||||||||||||||||| ||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  539919 aagagggaagaggctgaggctgctctaagggcacctgatgctgtaatgggcaatcgtttcatcaagctgtggtgggctaatcgtgattgtatccctagtg 540018  T
Q  501 aaaatactgctacctagtaaggggaatggtgcaactgtaactctccgcgggcaacctcccactttcgttccatctcatccagttggcactgataggagaa 600  Q
    ||||||||  ||  |||||  ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  540019 aaaatactagta-gtagtagtgggaatggtgcaattgtaactccccgtgggcaa---cccactttcgttccatctcatccagttgccactgataggagaa 540114  T
Q  601 aagataaccatcaacctgaagcttcaaaggataac---tgaagaatcatcaccttctgaactatctaagccggtcattacagatgcaccctaggttcaac 697  Q
    |||||| ||||||||| || ||||| |||||  ||   ||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| ||    
T  540115 aagatatccatcaacccgatgcttc-aaggactacatttgaagaatcatcaccttctgatccgtctaagctggtaattgcagatgcacccaaggttccac 540213  T
Q  698 ctcctttgcatagggagcttgaaaacttggagcatctaaagaaacaactgtctaagaagcaggaaatgctggac 771  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  540214 ctcctttgcagaggaagcttgaaaacttggagcatctaaaggaacaactgcgtaagaagcaggaaatgctggac 540287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 173 - 402
Target Start/End: Original strand, 23306265 - 23306494
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  23306265 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 23306364  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||  |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  23306365 attaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaacttgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 23306463  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  23306464 ctccaaaattcaactcgcaaacaaagcctaa 23306494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 174 - 400
Target Start/End: Original strand, 26631229 - 26631456
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  26631229 taaaattggaatgttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcctccaatttgggggaactttaaaattggataaa 26631328  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||  ||| |||||    
T  26631329 tgaagccgttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccctccccctcccc 26631428  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26631429 tccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 26631456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 174 - 400
Target Start/End: Original strand, 26737204 - 26737431
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||| ||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  26737204 taaaattggaatgttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaatcctccaatttgggggaactttaaaattggataaa 26737303  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    | || || |||||||||||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||  ||| |||||    
T  26737304 tgaagccgttcaaaaccccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttccctccccctcccc 26737403  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26737404 tccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 26737431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 173 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 4582306 - 4582074
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  4582306 ctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 4582207  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact--------cacaagcctttcctttccctc 364  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||| |||| ||||        ||  ||||||||||| || ||    
T  4582206 ataaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccatgagccatgagcctttccttcccttc 4582107  T
Q  365 ccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 397  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4582106 ccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaag 4582074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 240 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 16802342 - 16802179
Alignment:
Q  240 cccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttag 339  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||     
T  16802342 cccccaaattgggggaactttaaaattgaacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggttta- 16802244  T
Q  340 cact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaaga 404  Q
    |||| || ||||| ||||||||  |||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  16802243 cactccataagccgttcctttcgttccc-tcccctccaaaatccaactcgcaaacaaaccctaaga 16802179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 29730732 - 29730513
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||| | ||||||   |||  || || |||||||  ||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |     
T  29730732 ctaaaattggaatttggaattattaagaggacaaaattgtcaatttatatgtttaaccccccaaaaccctccaatttgggggaactttaaaattggaca- 29730634  T
Q  273 attaaccccttcaaaa-ccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
       || |||||||||| ||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| |||| || || | ||||||| ||||||| |||    
T  29730633 ---aagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cactccataaacatttccttcccctcccctcc 29730538  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaa 395  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||    
T  29730537 cctccgaaacccaactcacaaacaa 29730513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 285 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 25359747 - 25359636
Alignment:
Q  285 aaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaaccca 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||    
T  25359747 aaaaccccccaaaacctttcccttgattttttaaaactcacaaacaagggttta-cacttcataagcctttcctttccttcccctcccctccaaaatcca 25359649  T
Q  384 actcccaaacaaa 396  Q
    |||| ||||||||    
T  25359648 actcgcaaacaaa 25359636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 237 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28330051 - 28329892
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||    ||| | ||||        ||||||| ||||||||||||    
T  28330051 aaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaacccccccc---cctatgccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28329955  T
Q  337 tagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
     | ||||| | |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28329954 -accactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 28329892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 237 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28507687 - 28507528
Alignment:
Q  237 aaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtt 336  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| ||||||    ||| | ||||        ||||||| ||||||||||||    
T  28507687 aaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaacccccccc---cctatgccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtt 28507591  T
Q  337 tagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
     | ||||| | |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28507590 -accactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 28507528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 30800483 - 30800410
Alignment:
Q  325 caaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 397  Q
    |||||||| ||||| |||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30800483 caaacaagagtttaccactgcataagccttttctttccctcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaag 30800410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 361 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 1389765 - 1389729
Alignment:
Q  361 cctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 397  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1389765 cctcccatcccctccaaaacccaactcccaaacaaag 1389729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 355 - 399
Target Start/End: Original strand, 14629018 - 14629062
Alignment:
Q  355 cctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14629018 cctttccttcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 14629062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 347 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 927346 - 927297
Alignment:
Q  347 aagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||    
T  927346 aagcctttccttcccctcccttttcctctaaaacccaactcgcaaacaaa 927297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 26849395 - 26849164
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||| ||    
T  26849395 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccctccaatttggggaaactttaaaattggacaa 26849296  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||  ||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  26849295 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttctttttttaaaactcggaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctcccttccc 26849196  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26849195 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaag 26849164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 37806880 - 37807108
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  |||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||    
T  37806880 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattatcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttggaggaactttaaaattggacaa 37806979  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||| || |||| ||||    
T  37806980 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcacaaacaaaggtttaccactctataagcctttccttcccttcccctccc 37807079  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37807080 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 37807108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 43204462 - 43204231
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || |  ||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||    
T  43204462 ctaaaattagaattttgaattattaagagggcaaaaatgtcaatttgtatgtttaactccccaaaacccctcaatttggaggaactttaaaattggacaa 43204363  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||||| |||| |||| || ||||||||||||||| |||| ||||    
T  43204362 atgaaacccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaaggatttaccactccataagcctttcctttccttcccctccc 43204263  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43204262 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaag 43204231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 405
Target Start/End: Original strand, 20162560 - 20162792
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||| || || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20162560 ctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20162658  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||| ||    
T  20162659 atgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccctttcc 20162758  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    || ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  20162759 cttcaaaacccaactcgcaaataaagccttagag 20162792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 20194936 - 20194704
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | |||| || || |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  20194936 ctaaaattagaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttatatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 20194838  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||        ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||| ||    
T  20194837 atgaagcccttcaaaatcccccaaaacctttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctccctttcc 20194738  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    || ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  20194737 cttcaaaacccaactcgcaaataaagccttagag 20194704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 173 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 21257996 - 21257772
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  21257996 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctc-aaaaccccccaagttgggggaactttaaaattggacaa 21257898  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || |||||||||||| ||||||| || ||  ||         ||||||| |||||||||||||| |||| || |||||||| ||| |||||||||||    
T  21257897 atgaaacccttcaaaacctcccaaaatctatcatttgttttttttaaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagccttttcttcccctcccttcc 21257798  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  21257797 cctccaaaacccaactcgcaaacaaa 21257772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 177 - 403
Target Start/End: Original strand, 30591993 - 30592219
Alignment:
Q  177 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 276  Q
    ||||| ||||||| |||||| | |||  || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  30591993 aattgaaattttgaattattatgaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgtacaaatta 30592092  T
Q  277 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctcc 375  Q
    | || ||||||||||||| |||||||| ||||        ||||||| |||||||||||| | | || || |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  30592093 agccgttcaaaaccccccgaaaccttt-ccttgtttttttaaaactcccaaacaagggttaacctctccataagcctttccttcccctcccctcccctcc 30592191  T
Q  376 aaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  30592192 aaaaaccaactcgcaaacaaagcctaag 30592219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 4860054 - 4860283
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||| | ||||||   |||  || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||    
T  4860054 ctaaaattggaatttcgaattattaagaggacaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacccccgaatttgggggaactttaaaattggacaa 4860153  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaa-acaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||| ||||        ||||||| ||| ||||||||||| |||| || |||||||||||| || || | |||    
T  4860154 atgaagcccttcaaaaccccccaaaaccttttccttgtttttttaaaactcgcaacacaagggtttaccactccataagcctttccttcccttctcctcc 4860253  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  4860254 cctccaaaacccaactcacaaataaagcct 4860283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 174 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 34322928 - 34322703
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| ||||||| || ||||||||| | || |||| |||| |||||||||| |||    
T  34322928 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccttctaaaacccccaatatagggg-aactttaaaattggacaaa 34322830  T
Q  274 ttaaccccttcaaaacc-ccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    | || |||||||||||| ||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||  | |||| ||||    
T  34322829 tgaagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttgttcttttaaaactcacaaacaagggttta-cactccataagcctttccttctcttcccctccc 34322731  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcc 399  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||    
T  34322730 ctccaaaacccaactcgcaaacaaagcc 34322703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 238 - 403
Target Start/End: Original strand, 32776862 - 32777027
Alignment:
Q  238 accccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggttt 337  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||        ||||||| |||| ||||||||    
T  32776862 accccccaatttgggggaactttaaaattgaacaaatgaagcccttcaaaaccccc-aaaacctttctcttgtttttttaaaactcgcaaagaagggttt 32776960  T
Q  338 agcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    | ||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  32776961 accactccataagcctttccttcccctcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcttaag 32777027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 174 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 39679678 - 39679450
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||    
T  39679678 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccctaaaaccccc-aatttgggagaactttaaaattggacaaa 39679580  T
Q  274 ttaaccccttcaaaacc-ccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||||||||||       ||||||| |||||||| ||||| |||| || ||||| |||||| || || | | ||    
T  39679579 tgaagcccttcaaaacccccccaaaacctttcccttatttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactccataagccattccttcccttctcct-cc 39679481  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39679480 cttcaaaacccaactcgcaaacaaagcctaa 39679450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 174 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 28714084 - 28713954
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  28714084 taaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaa 28713986  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  28713985 tgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcc 28713954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 174 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 28721431 - 28721301
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  28721431 taaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaa 28721333  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  28721332 tgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcc 28721301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 174 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 28729073 - 28728943
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  28729073 taaaattggaattttgaattattataagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattggacaaa 28728975  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    | ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  28728974 tgaagtccttcaaaaccccccaaaacatttcc 28728943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 177 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 39154407 - 39154182
Alignment:
Q  177 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 276  Q
    ||||||||||||| |||||  | ||| ||| || ||| ||| |||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  39154407 aattggaattttgaattatcatgaggataaaattgtctattggtatgtttaactccccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 39154308  T
Q  277 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctcc 375  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||| || |        ||||||| ||||||| |||||| | || || |||| ||| ||| ||||||| ||| ||||    
T  39154307 agtcctttaaaaccccccaaaaccttt-ccatgtttttttaaaactcccaaacaatggtttacctctccataagcattttcttcccctcccctcctctcc 39154209  T
Q  376 aaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  39154208 aaaacccaactcccaaacaaagcctaa 39154182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 254 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 40672760 - 40672638
Alignment:
Q  254 gaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcct 352  Q
    ||||| |||||||||| |||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||| |||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  40672760 gaactttaaaattggacaaatgaaacgcttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactctcaaacaagagttttccactccacaagcct 40672661  T
Q  353 ttcctttccctcccttcccctcc 375  Q
    |||||| |||| || ||||||||    
T  40672660 ttccttccccttccctcccctcc 40672638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 8752 - 8522
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||    
T  8752 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggatctttaaaattggacaa 8653  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactcacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| || |||| |||||    
T  8652 atgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttttgaaaactcacaaacaagggtttaccactcctaagcctttccttcccttcccctcccc 8553  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  8552 tccaaaacccgactcacaaacaaagcctaag 8522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 5e-43; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 173 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 14752748 - 14752520
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    |||||||| |||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  14752748 ctaaaatttgaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccc-ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaa 14752650  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  14752649 atgaaacccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcacgaacaagggttta-cactccataagcctttccttcccttcccctccc 14752551  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  14752550 ctccaaaacccaactcgcaaacaaaacctaa 14752520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 405
Target Start/End: Original strand, 27275887 - 27276119
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||    
T  27275887 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattgaacaa 27275986  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  27275987 atgaagcccttcaaaaccccccaaaatctttcccttgttttatcaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagcctttccttcccttcccctccc 27276085  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  27276086 ctccaaaatccaactcacaaacaaagccttagag 27276119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 173 - 400
Target Start/End: Original strand, 28728852 - 28729079
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||    
T  28728852 ctaaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaaccttaaaattggacaa 28728951  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac-tcacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || || ||||||||||||| ||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| || | || ||||    
T  28728952 atgaagcccttcaaaaccctccaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttta-cacttcataagcctttccttcccttaccctccc 28729050  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28729051 ctccaaaacctaactcgcaaacaaagcct 28729079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 176 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 20360777 - 20360553
Alignment:
Q  176 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 275  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||     
T  20360777 aaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 20360678  T
Q  276 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctc 374  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| |  |||| ||||||     
T  20360677 aagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttcttttttaaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactcaataagcctttccttccgttcccctccccta 20360579  T
Q  375 caaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  20360578 caaaatccaactcgcaaacaaagcct 20360553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 176 - 400
Target Start/End: Original strand, 20550193 - 20550417
Alignment:
Q  176 aaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatt 275  Q
    |||||||||||||| ||||||   ||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||     
T  20550193 aaattggaattttgaattattaagagggtaaaattgtcaatttgtatgtttaaccctccaaaacctcccaatttgggggaactttaaaattggacaaatg 20550292  T
Q  276 aaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctc 374  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||| |||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| |  |||| ||||||     
T  20550293 aagcccttcaaaaccccccaaaacttttcccttcttttttaaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactcaataagcctttccttccgttcccctccccta 20550391  T
Q  375 caaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  20550392 caaaatccaactcgcaaacaaagcct 20550417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 233 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 44773693 - 44773524
Alignment:
Q  233 ccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaag 332  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||| || |        ||||||| ||||||||    
T  44773693 ccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacgaatgaagcccttcaaaaccccccaaaaccttt-ccgtgtttttttaaaactcccaaacaag 44773595  T
Q  333 ggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    |||||| | || || |||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44773594 ggtttacctctccataagcatttccttcccctcccctcccttccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaa 44773524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 173 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 9196279 - 9196047
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaacc-ccccaaattgggggaactctaaaattggata 271  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |  | || || ||||||| |||| ||||||||  ||||| | |||||| || |||||||| |||||||||| |    
T  9196279 ctaaaattggaattttgaattattaagattgcaaaattgtcaatttgtatgtttaacccctcaaaatctccccaatttaggggaactttaaaattggaca 9196180  T
Q  272 aattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcc 370  Q
    ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||| ||||||||||||| | ||| || |||| ||||||| |  |||| |||    
T  9196179 aatgaagcccttcaaaacccccaaaaacctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttg-actccataagcatttccttccattcccctcc 9196081  T
Q  371 cctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaaga 404  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9196080 cctccaaaacccaactcgcaaacaaagcctaaga 9196047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 211 - 386
Target Start/End: Original strand, 44700027 - 44700201
Alignment:
Q  211 gtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttan 310  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||| |||||| || ||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44700027 gtcaatttgtatgtttaaccccccaataccccc-aatttgggggaactttaaaattggacaaatgaagcccttcaaaaccccccaaaacctttccc-tat 44700124  T
Q  311 nnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaact 386  Q
          ||||||| |||||||| ||||| | || || |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  44700125 ttttttaaaactcccaaacaagagtttacctctccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaacccaact 44700201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 405
Target Start/End: Original strand, 7880031 - 7880193
Alignment:
Q  243 ccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcac 342  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| | |||| || || || ||||||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||| | |||    
T  7880031 ccaatttgggggaactttaaaattgaacaaatgaatccatttaaaaccccccaaaacctttcccttgttttatcaaaactcgcaaacaagggtt-accac 7880129  T
Q  343 tc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    || | |||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  7880130 tccataagcctttccttcccttcccctcccctccaaaatccaactcgcaaacaaagcctaagag 7880193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 173 - 403
Target Start/End: Original strand, 49535829 - 49536057
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| ||||||   |||| || ||  |||||| |||| |||||||  |||||| | |   |||| |||||||| |||||||||| ||    
T  49535829 ctaaaattggaattttgaattattacgagggcaaaattatcaatttgtatgtttaacc--ccaaaaactcttcaatttggggaactttaaaattggacaa 49535926  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    || ||  |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||| ||||||| | |||| |||| || | |||||||||| |||||| || ||    
T  49535927 atgaagtccttcaaaaccccccaaaacctttcccttgttttgttaaaactcgcaaacaa-gatttaccactccatatgcctttccttcccctccattgcc 49536025  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  49536026 ctccaaaatccaactcacaaacaaagtctaag 49536057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 239 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 48187727 - 48187564
Alignment:
Q  239 ccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggttta 338  Q
    |||||||| |||||||||   |||||||| | |||| || || |||||||||||| ||||| ||||||||        ||||||| |||| |||||||||    
T  48187727 ccccccaatttgggggaatcttaaaattgaacaaatgaagccattcaaaaccccc-aaaacatttcccttggttttttaaaactcgcaaataagggttta 48187629  T
Q  339 gcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcctaag 403  Q
     |||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  48187628 -cacttcataagcctttccttcccctcccctcccctccaaaacacaactcgcaaacaaagcctaag 48187564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 174 - 308
Target Start/End: Original strand, 17171323 - 17171455
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||| || || || |||| |||| ||||||||  |||||||||| |  |||||| |||| |||||||||| |||    
T  17171323 taaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgttaatttgtatgtttaaccc--caaaaccccctactttggggaaactttaaaattggacaaa 17171420  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttccctt 308  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  17171421 tgaagcccttcaaaaccccgcaaaaccttcccctt 17171455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 365 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 33334636 - 33334601
Alignment:
Q  365 ccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaagcct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33334636 ccttcccctccaaaacccaactcgcaaacaaagcct 33334601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 396
Target Start/End: Original strand, 23832958 - 23833003
Alignment:
Q  351 ctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactcccaaacaaa 396  Q
    |||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23832958 ctttccttcccatcccctcccctccaaaacccaactcgcaaacaaa 23833003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048 (Bit Score: 78; Significance: 7e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0048
Description:

Target: scaffold0048; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 177 - 398
Target Start/End: Original strand, 46897 - 47118
Alignment:
Q  177 aattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaatta 276  Q
    ||||| ||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |    
T  46897 aattgaaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaatga 46996  T
Q  277 accccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctcc 375  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||        ||||||| ||||||||||||| | ||| || |||||||||||| || | || |||||||     
T  46997 agcccttcaaaaccccccaaagcctttcccttgtttttttaaaactcgcaaacaagggttttg-actccataagcctttccttccctttccctcccctca 47095  T
Q  376 aaaacccaactcccaaacaaagc 398  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  47096 aaaacccaactcgcaaacaaagc 47118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0048; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 173 - 387
Target Start/End: Original strand, 73505 - 73722
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| ||| |||| |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||  ||    
T  73505 ctaaaattggaattttgaattattatcagggaaaaattgtcaatttgtatgtttcaccccccaaaatccccaaatttgggggaactttaaaattggtcaa 73604  T
Q  273 attaaccccttcaaaa-ccccccaaaacctttccctt-annnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttc 369  Q
    || || |||||||||| ||||||||||||| ||||||          |||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  73605 atgaagcccttcaaaacccccccaaaacctatcccttgtttttttttaaactcgcaaacaagggtttaccactccataagcctttccttcccctcccttc 73704  T
Q  370 ccctccaaaacccaactc 387  Q
    |||| | |||||||||||    
T  73705 cccttcgaaacccaactc 73722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1147 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold1147
Description:

Target: scaffold1147; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 189 - 402
Target Start/End: Original strand, 405 - 619
Alignment:
Q  189 gtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccccttcaaaa 288  Q
    |||||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||   ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| | |||| || ||||||||||    
T  405 gtattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccacacaaaacccctcaatttgggggaactttaaaattgaagaaatgaagcccttcaaaa 504  T
Q  289 ccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaacccaactc 387  Q
    ||||||||||| ||||| ||        ||||||| |||||||| ||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  505 ccccccaaaacttttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaagagtttaccactccataagcctttccttcccctcccttcctctccaaaatccaactc 604  T
Q  388 ccaaacaaagcctaa 402  Q
      |||||||||||||    
T  605 ataaacaaagcctaa 619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13449 - 13317
Alignment:
Q  173 ctaaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataa 272  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||    
T  13449 ctaaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaaccccccaattttggggaactttaaaattggacaa 13350  T
Q  273 attaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcc 305  Q
    || || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  13349 atgaagcccttcagaaccccccaaaacctttcc 13317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 63; Significance: 6e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 279 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 1911 - 1784
Alignment:
Q  279 cccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcactc-acaagcctttcctttccctcccttcccctccaa 377  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||        ||||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||| || |||| ||||||||||    
T  1911 cccttcaaaaccccccaaaacttttcccttgtttttttaaaactcacaaacaagggtttacgactccataagcctttccttcccttcccctcccctccaa 1812  T
Q  378 aacccaactcccaaacaaagcctaagag 405  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  1811 aacccaactcacaaacaaagcctaagag 1784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0223 (Bit Score: 61; Significance: 9e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0223
Description:

Target: scaffold0223; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 397
Target Start/End: Original strand, 24733 - 24956
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||| || || ||||||| |||| ||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  24733 taaaattggaattttgaattattatgagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaatcccacaaaaccccccaatttgggggaactttaaaattggacaaa 24832  T
Q  274 ttaaccccttcaaaa-ccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttccc 371  Q
    | || |||||||||| ||||||||||  ||||| ||         |||||| |||| |||| |||| |||| || ||| ||||||||  |||||||||||    
T  24833 tgaagcccttcaaaacccccccaaaatatttccgtt--tttttttaaactcgcaaataaggatttaccactccataagtctttccttctcctcccttccc 24930  T
Q  372 ctccaaaacccaactcccaaacaaag 397  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||    
T  24931 ctccaaaaccgaactcgcaaacaaag 24956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0136 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0136
Description:

Target: scaffold0136; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 174 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 11149 - 10923
Alignment:
Q  174 taaaattggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaa 273  Q
    |||||||||||||||| ||||||   |||| || || ||||||| |||| |||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||    
T  11149 taaaattggaattttgaattattaagagggcaaaattgtcaatttgtatgtttaaccccc--aaaccccccaatttgggagaactttaaaattggacaaa 11052  T
Q  274 ttaaccccttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccc 372  Q
    | ||  |||||||||||| ||||||| ||||| ||        ||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||| |||||| |  |||| | |||    
T  11051 tgaagtccttcaaaaccctccaaaacttttcctttgtttttttaaaactcgcaaacaaggg-ttaccactccataagccattccttccattcccctaccc 10953  T
Q  373 tccaaaacccaactcccaaacaaagcctaa 402  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  10952 tccaaaatccaactcgcaaacaaagcctaa 10923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 181 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 4249 - 4035
Alignment:
Q  181 ggaattttgtattattgtaagggtaatatggtcaattcgtatctttaaccctccaaaaccccccaaattgggggaactctaaaattggataaattaaccc 280  Q
    |||||||||  ||||| |||||  || || ||||||| |||| |||||||| ||||||||||  |||||  |||||   | ||||||||||||  || ||    
T  4249 ggaattttgatttattataaggacaaaatcgtcaatttgtatgtttaaccccccaaaacccc--aaatttagggaaactttaaattggataaaagaagcc 4152  T
Q  281 cttcaaaaccccccaaaacctttcccttannnnnnnaaaactcacaaacaagggtttagcact-cacaagcctttcctttccctcccttcccctccaaaa 379  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||| ||||||| |||||| |  | || ||||||||| || |||||    |||||||||||    
T  4151 cttcaaaaccccccaaaaccttt-ccttatttttttaaaactcccaaacaaaggtttacctttccataagcctttctttcccctc----cccctccaaaa 4057  T
Q  380 cccaactcccaaacaaagccta 401  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  4056 cccaactcgcaaacaaagccta 4035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University