View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10139_low_3 (Length: 397)

Name: NF10139_low_3
Description: NF10139
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10139_low_3
NF10139_low_3
[»] scaffold0927 (1 HSPs)
scaffold0927 (1-382)||(5-386)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-382)||(28573312-28573691)
chr3 (1-382)||(28566567-28566945)
chr3 (1-382)||(28584542-28584920)
chr3 (1-382)||(26314459-26314833)
chr3 (2-192)||(20615835-20616025)
chr3 (300-360)||(20615254-20615314)
chr3 (315-363)||(21642354-21642402)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-376)||(24080361-24080726)
chr6 (1-376)||(24070010-24070375)
chr6 (255-363)||(30399638-30399746)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (260-363)||(2603030-2603133)
chr2 (255-363)||(2591744-2591849)
chr2 (134-188)||(2602807-2602861)
chr2 (255-363)||(2599877-2599983)


Alignment Details
Target: scaffold0927 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0927
Description:

Target: scaffold0927; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Original strand, 5 - 386
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacatgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaact 104  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  105 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctcgctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 204  T
Q  201 ataaattagaatttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  205 ataaattagaatttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacacaattgtaaaatgtaaagttctaatgataagaattattatcaatgaatg 304  T
Q  301 aatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttccagtgaa 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  305 aatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcaggatatttccagtgaa 386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 28573691 - 28573312
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28573691 ttacttgaataatggaatcgtgagcactggagttcatgttgtgcttatacatgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaagaaaacaatt 28573592  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  28573591 gatatcttggatgaaaagtttccaaatgtcatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtatgaaatatgtctc 28573492  T
Q  201 ataaattagaatttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatg 300  Q
     ||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28573491 ctaaattata--ttaaacaaatatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtaaagttctaatgataagaattattatccatgaatg 28573394  T
Q  301 aatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttccagtgaa 382  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||    
T  28573393 aatgcagagtggagagcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaa 28573312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 28566945 - 28566567
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28566945 ttacttaaacaatggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacatgcattcttccttttggatcatgttagtggtataacaaaggagacaatt 28566846  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28566845 gatatcttggatgaaaatttcccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatgtctc 28566746  T
Q  201 ataaattagaat-ttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaat 299  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    |||| ||    
T  28566745 ctaaattagaatattaaacaagtattcgattaaattgttcaaccacttaactcgattgttaaatgtaaagttctaatgataagagttat----catggat 28566650  T
Q  300 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttccagtgaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  28566649 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccagtgaa 28566567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 28584920 - 28584542
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28584920 ttacttgaataatggaatcgtgagcactggagttcatgttgtgcttatacatgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaagcaaacaatt 28584821  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  28584820 gatatcttggatgaaaagtttccaaatgtcatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtatgaaatatgtctc 28584721  T
Q  201 ataaattagaat-ttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaat 299  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    |||| ||    
T  28584720 ctaaattagaatattaaacaagtattcgattaaattgttcaaccacttaactcgattgttaaatgtaaagttctaatgataagaattat----catggat 28584625  T
Q  300 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttccagtgaa 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||    
T  28584624 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccagtgaa 28584542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26314833 - 26314459
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26314833 ttacttgaacaatggaattgtgagcaccggagtgcatgttgtgcttgtacatgcattcttcctgttggatcatgttcatggtataacaaaggagacaatt 26314734  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26314733 gatatcttggatgaaaaattcccaaatgtcatatattcagtggcgaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatgtctc 26314634  T
Q  201 ataaattag-aatttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaat 299  Q
     |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||||       ||||  ||    
T  26314633 ctaaattagaaaattaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaactcaattgttaaatgtaaagttctaattataagaa-------ccat-cat 26314542  T
Q  300 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttccagtgaa 382  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |||||    
T  26314541 gattgcagagtggagatcaaaatggtcttgatggttcatatcttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaa 26314459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 20616025 - 20615835
Alignment:
Q  2 tacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaattg 101  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||   || || ||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||     
T  20616025 tacttgaacaatggaattgtgagcacaggagttcatgttgtacttatccatgctttcttcctcatggatcatgctaagggtataacaaaggaaactcttt 20615926  T
Q  102 atatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaa 192  Q
     |||||| |||||| | ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20615925 ctatcttagatgaagaatttccaaatatcatttattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagttaaggtaagaaa 20615835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 300 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 20615314 - 20615254
Alignment:
Q  300 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtga 360  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  20615314 gaatacagagtggagatcaaaatggtcttgatggatcatatcttaattgctacatgagtga 20615254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 315 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 21642402 - 21642354
Alignment:
Q  315 atcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaaca 363  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  21642402 atcaaaacggtcttgatggatcatatcttgattgttacatgaatgaaca 21642354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Original strand, 24080361 - 24080726
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24080361 ttacttgaacaatggaattgtgagcaccggagtccatgttgtgcttgtacatgcattcttcttgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacagtt 24080460  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24080461 gatatcttggatgaaaattttccaaatgtcatatattcggtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatgtctc 24080560  T
Q  201 ataaattagaatttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatg 300  Q
      ||| || |  ||  |        |||||| ||||||| ||| ||| || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24080561 ccaaa-tatatcttgga--------tgattatattgttctaccgatt-actcaactgttaaatgtaaagttctaatgataagaattattatccatggatg 24080650  T
Q  301 aatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttcc 376  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||    
T  24080651 aatgtagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcatatcttgattgcttcatgagtgaacaccaagatatttcc 24080726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 24070375 - 24070010
Alignment:
Q  1 ttacttgaacaacggaatagtgagcactggagtgcatgttgtgcttgaacacgcattcttcctgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacaatt 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24070375 ttacttgaacaatggaattgtgagcaccggagtccatgttgtgcttgtacatgcattcttcttgttggatcatgttaatggtataacaaaggagacagtt 24070276  T
Q  101 gatatcttggatgaaaattttccaaatgttatatattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatatctc 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24070275 gatatcttggatgaaaaatttccaaatgtcatatattcggtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaagaaatatgtctc 24070176  T
Q  201 ataaattagaatttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatg 300  Q
      ||| || |  ||  |        |||||| ||||||| ||| ||| || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24070175 ccaaa-tatatcttgga--------tgattatattgttctaccgatt-actcaactgttaaatgtaaagttctaatgataagaattattatccatggatg 24070086  T
Q  301 aatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcagggtatttcc 376  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| || | |||||||    
T  24070085 aatgcagagtggtgatcaaaatggtcttgatgggtcatatcttgattgcttcaagagtgaacaccaagatatttcc 24070010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 255 - 363
Target Start/End: Original strand, 30399638 - 30399746
Alignment:
Q  255 ttgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacat 354  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||| || |||||||||||||  |||||    
T  30399638 ttgttaaatgtcatgttctaatgatatgaattattatccatgcatgaatgcagagtatatatcaaaatggtcttgatggatcatatcttgattattacat 30399737  T
Q  355 gagtgaaca 363  Q
    || ||||||    
T  30399738 gaatgaaca 30399746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 260 - 363
Target Start/End: Original strand, 2603030 - 2603133
Alignment:
Q  260 aaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtg 359  Q
    ||||| || |||||||| ||| || |||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  2603030 aaatgccatgttctaattatatgatttattatctatgcgtgaatgcagagtgtagatcaaaacggtcttgatgggtcatatctagattgctacatgaatg 2603129  T
Q  360 aaca 363  Q
    ||||    
T  2603130 aaca 2603133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 255 - 363
Target Start/End: Original strand, 2591744 - 2591849
Alignment:
Q  255 ttgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacat 354  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||| |   || ||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  2591744 ttgttaaatgtcatgttctaattatatgaattattgtccatgca---atacagagtttagatcaaaacggtcttgatggatcatatcttgattgttacat 2591840  T
Q  355 gagtgaaca 363  Q
    || ||||||    
T  2591841 gaatgaaca 2591849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 134 - 188
Target Start/End: Original strand, 2602807 - 2602861
Alignment:
Q  134 tattcagtggcaaaaattcttcgtctctctgatgatttagaaggagctaaggtaa 188  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2602807 tattcagtagcaaaaattctccgtctttctgatgatttggaaggagctaaggtaa 2602861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 255 - 363
Target Start/End: Original strand, 2599877 - 2599983
Alignment:
Q  255 ttgtaaaatgtcaagttctaatgataagaattattatccatgaatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatc-ttgattgctaca 353  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| || |||    ||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||| ||||    
T  2599877 ttgttaaatgtcatgttctaatgatatgaattattgtcgatg---caatgcagagtttagatcaaaacggtcttgatggatcatatctttgattgttaca 2599973  T
Q  354 tgagtgaaca 363  Q
    ||| ||||||    
T  2599974 tgaatgaaca 2599983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University