View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10140A_low_175 (Length: 283)

Name: NF10140A_low_175
Description: NF10140A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10140A_low_175
NF10140A_low_175
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (2-283)||(13244618-13244899)
chr1 (1-210)||(12963971-12964180)
chr1 (5-218)||(30368208-30368421)
chr1 (19-209)||(13271474-13271664)
chr1 (1-283)||(13100815-13101096)
chr1 (1-218)||(13094278-13094495)
chr1 (1-218)||(13070272-13070489)
chr1 (4-283)||(13080964-13081243)
chr1 (1-283)||(13007014-13007296)
chr1 (1-218)||(13129707-13129924)
chr1 (2-218)||(13085986-13086202)
chr1 (1-218)||(13204338-13204555)
chr1 (1-218)||(13161400-13161617)
chr1 (1-210)||(19279264-19279473)
chr1 (5-283)||(13065313-13065591)
chr1 (150-209)||(13010661-13010720)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-164)||(12164206-12164365)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (7-93)||(377572-377658)
chr6 (10-93)||(341859-341942)
chr6 (87-178)||(31380253-31380344)
chr6 (7-92)||(346845-346930)
chr6 (7-92)||(355504-355589)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (5-35)||(36668187-36668217)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 2 - 283
Target Start/End: Original strand, 13244618 - 13244899
Alignment:
Q  2 aacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagcttt 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  13244618 aacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagcttt 13244717  T
Q  102 caatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtg 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244718 caatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtg 13244817  T
Q  202 gaaggtcaccctgtaacgctgagaaattctattgcccttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaaatcagtaaaagatgca 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13244818 gaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaagtcagtaaaagatgca 13244899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 12963971 - 12964180
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  ||| |||| || || ||||| ||||||||||| |    
T  12963971 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcat 12964070  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||| |||||||||| |||| | |||||    
T  12964071 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgctgctaatgtgttgtggaagtttcacatagaagtggt 12964170  T
Q  201 ggaaggtcac 210  Q
    ||||||||||    
T  12964171 ggaaggtcac 12964180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 218
Target Start/End: Original strand, 30368208 - 30368421
Alignment:
Q  5 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaa 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  30368208 aaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaa 30368307  T
Q  105 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaa 204  Q
    | |||| |||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  30368308 tacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaa 30368407  T
Q  205 ggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||||||||    
T  30368408 ggtcaccctgtaac 30368421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13271664 - 13271474
Alignment:
Q  19 gattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaa 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || ||||   ||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13271664 gattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaa 13271565  T
Q  119 gttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaaggtca 209  Q
    | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  13271564 gctgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtattatggaagtttcacatacatgtggtggaaggtca 13271474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 13101096 - 13100815
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | || |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  13101096 gaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctt 13100997  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| || || |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  13100996 tcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttaccgaagtttcacatacaggtggt 13100898  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaacgctgagaaattctattgcccttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaaatcagtaaaagatgca 283  Q
    ||||||||||||| |||| | ||    |||| |||  |||| ||||||||| ||||| |||||| || ||| |||||||||||    
T  13100897 ggaaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttcacatgaaacatggcttgaaggtcaaagtcactaaaagatgca 13100815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13094495 - 13094278
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  13094495 gaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctt 13094396  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13094395 tcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggtggt 13094296  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13094295 ggaaggtcaccctgtaac 13094278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 13070272 - 13070489
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  13070272 gaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctt 13070371  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| | || |||||| |||| ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  13070372 tcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggtggt 13070471  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13070472 ggaaggtcaccctgtaac 13070489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 283
Target Start/End: Original strand, 13080964 - 13081243
Alignment:
Q  4 caaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttca 103  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||   ||| |||| || |||||||| ||||||||||| || |    
T  13080964 caaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgttta 13081063  T
Q  104 atgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtgga 203  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |  | ||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  13081064 atgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttcacattcaggtggtgga 13081163  T
Q  204 aggtcaccctgtaacgctgagaaattctattgcccttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaaatcagtaaaagatgca 283  Q
    ||||||| |  |||  |  ||   |||||||  |||||||||| |||| ||||| |||||| ||||  ||||||||||||    
T  13081164 aggtcactcaataattcctagggtttctattctccttcgcatggaacatggctttaaggtcaaaattcgtaaaagatgca 13081243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 13007296 - 13007014
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | || |  ||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  13007296 gaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctt 13007197  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||  |||||||||| ||||| |||||  ||||||||   ||||||| |||| |||||||    
T  13007196 tcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagcagctttgttaccaaagtttcacataaaggtggt 13007097  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaacgctgagaaattctattgcccttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaaatcagtaaaagatgca 283  Q
    || |||||||||| |||| | ||    |||| |||  |||| ||||||||| ||||| |||||  || ||| |||||||||||    
T  13007096 ggcaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttcacatgaaacatggcttgaaggttaaagtcactaaaagatgca 13007014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13129924 - 13129707
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  13129924 gaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctt 13129825  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  13129824 tcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggtggt 13129725  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13129724 ggaaggtcaccctgtaac 13129707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13086202 - 13085986
Alignment:
Q  2 aacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagcttt 101  Q
    |||||||||||||  | ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| | || ||||   ||| | ||||| || |||| |||||||||||| ||    
T  13086202 aacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcagataaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatt 13086103  T
Q  102 caatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtg 201  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| || |||    
T  13086102 taatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaaatggttgcagctgctatgttatggaagtttcacatacaagttgtg 13086003  T
Q  202 gaaggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||  |||||||    
T  13086002 gaaggtcattctgtaac 13085986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13204555 - 13204338
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  13204555 gaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctt 13204456  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | || |||||| |||| ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||  ||| |||| |||| || | ||    
T  13204455 tcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacagaattttcacataaagatagt 13204356  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13204355 ggaaggtcaccctgtaac 13204338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 13161617 - 13161400
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||| || ||||||||||||||| |||    
T  13161617 gaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctt 13161518  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    ||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||  |||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  13161517 tcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggtggt 13161418  T
Q  201 ggaaggtcaccctgtaac 218  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  13161417 ggaaggtcaccttgtaac 13161400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 19279264 - 19279473
Alignment:
Q  1 gaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctt 100  Q
    |||||||||||||| || |||||| | ||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||   ||| ||||||| || || |||||||||||||| |    
T  19279264 gaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgt 19279363  T
Q  101 tcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggt 200  Q
    | ||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  19279364 ttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggttgcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggtcgt 19279463  T
Q  201 ggaaggtcac 210  Q
    ||||||||||    
T  19279464 ggaaggtcac 19279473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 283
Target Start/End: Original strand, 13065313 - 13065591
Alignment:
Q  5 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaa 104  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    || |||   ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13065313 aaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaa 13065412  T
Q  105 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaa 204  Q
    |||||| || ||||||||| | || |||||||| | ||| ||| ||||||| |||| ||| ||  || |  ||||||||||| |||||||  | |||||     
T  13065413 tgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatgaagatggctgccgcggctatactatggaagttttgcatacatttagtggat 13065512  T
Q  205 ggtcaccctgtaacgctgagaaattctattgcccttcgcatgaaacacggcttaaaggtcgaaatcagtaaaagatgca 283  Q
    ||||| |||||||| |  ||   ||||||| ||||  | |||||||| ||||| ||||||  | ||| |||||||||||    
T  13065513 ggtcatcctgtaactccaaggctttctattaccctcggaatgaaacatggcttgaaggtcatagtcactaaaagatgca 13065591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13010720 - 13010661
Alignment:
Q  150 aatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaaggtca 209  Q
    |||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13010720 aatgaagatggtcgcagctgatttgttatggaaatttcgcatacaagtggtggaaggtca 13010661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 12164365 - 12164206
Alignment:
Q  5 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    | |||||| || ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||    
T  12164365 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagaggtggatttctcaaaaaggagggatagtttatgttccttcttacaagttcattgcttttaa 12164266  T
Q  105 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgc 164  Q
    ||| || || || |||||| | || || ||||| |||||  || | ||||||||||||||    
T  12164265 tgctggaccaaggagttgtttgggtaaggatataagcttcattgagatgaaaatggttgc 12164206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 93
Target Start/End: Original strand, 377572 - 377658
Alignment:
Q  7 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttc 93  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||  ||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  377572 atatggggagaagattgcttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggtagcattgttcatgaaccgtcttataagttc 377658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 93
Target Start/End: Original strand, 341859 - 341942
Alignment:
Q  10 tggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttc 93  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||  |||  |||||||||||||||    
T  341859 tggggaaaagattgcttggagtttaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgtttatgcgccgtcttacaagttc 341942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 87 - 178
Target Start/End: Original strand, 31380253 - 31380344
Alignment:
Q  87 caagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttat 178  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||  ||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||| || |||  ||| |||||||||||||    
T  31380253 caagttcatatctttcaatacaggacccggaagttgtattggtaaagatcttagtttcattcaaattaagatgtctgcggcttctttgttat 31380344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 346930 - 346845
Alignment:
Q  7 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 92  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  346930 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 346845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 355589 - 355504
Alignment:
Q  7 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 92  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  355589 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 355504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 35
Target Start/End: Complemental strand, 36668217 - 36668187
Alignment:
Q  5 aaatatggggagaagattgcttggaatttaa 35  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36668217 aaatatggggagaagattgcttggaatttaa 36668187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University