View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10140A_low_214 (Length: 266)

Name: NF10140A_low_214
Description: NF10140A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10140A_low_214
NF10140A_low_214
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (9-260)||(21792118-21792369)
chr7 (7-246)||(21788334-21788573)
chr7 (12-246)||(21681760-21681994)
chr7 (20-243)||(15713741-15713964)
chr7 (12-243)||(21623303-21623534)
chr7 (15-246)||(21646856-21647091)
chr7 (80-246)||(21785584-21785750)
chr7 (12-246)||(21992292-21992526)
chr7 (12-246)||(21689523-21689757)
chr7 (12-245)||(21807970-21808203)
chr7 (86-246)||(21652253-21652413)
chr7 (12-243)||(21704753-21704984)
chr7 (12-246)||(21764172-21764406)
chr7 (16-245)||(21714297-21714526)
chr7 (14-246)||(21726008-21726240)
chr7 (14-246)||(21772073-21772305)
chr7 (15-246)||(21628238-21628469)
chr7 (12-243)||(21664208-21664442)
chr7 (80-243)||(21745710-21745873)
chr7 (16-52)||(21785520-21785556)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (117-247)||(25588-25718)
scaffold0182 (12-64)||(25420-25472)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (166-240)||(18192049-18192123)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 260
Target Start/End: Original strand, 21792118 - 21792369
Alignment:
Q  9 tggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacat 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792118 tggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataacat 21792217  T
Q  109 tgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttg 208  Q
    ||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21792218 tgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatattg 21792317  T
Q  209 ttcgtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 260  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792318 ttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 7 - 246
Target Start/End: Original strand, 21788334 - 21788573
Alignment:
Q  7 tttggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataac 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788334 tttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataac 21788433  T
Q  107 attgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgt 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  21788434 attgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatgt 21788533  T
Q  207 tgttcgtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788534 tgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 12 - 246
Target Start/End: Original strand, 21681760 - 21681994
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||| |||||||||||    
T  21681760 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataacattga 21681859  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    |||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  21681860 tgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgttgttc 21681959  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681960 gtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 243
Target Start/End: Original strand, 15713741 - 15713964
Alignment:
Q  20 gagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15713741 gagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgctgataacattgatgaactga 15713840  T
Q  120 agggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 219  Q
    || |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15713841 agtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatgg 15713940  T
Q  220 ctgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
     || |||||| |||||||||||||    
T  15713941 atgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 21623303 - 21623534
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  21623303 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttcagaaggatatgcacaacaagattgctgataatattga 21623402  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21623403 tgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctttggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttc 21623502  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  21623503 gtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Original strand, 21646856 - 21647091
Alignment:
Q  15 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  21646856 taggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataacattgatga 21646955  T
Q  115 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 214  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  21646956 actgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatattgttcgtg 21647055  T
Q  215 g----atggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |    |||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647056 gatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 80 - 246
Target Start/End: Original strand, 21785584 - 21785750
Alignment:
Q  80 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 179  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  21785584 gatctacacaaaaagattgccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggta 21785683  T
Q  180 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785684 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 12 - 246
Target Start/End: Original strand, 21992292 - 21992526
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| ||||||||||||  ||||||||||||    
T  21992292 agttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaagattatcgataacattga 21992391  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21992392 tgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 21992491  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992492 gtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 246
Target Start/End: Original strand, 21689523 - 21689757
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  21689523 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattga 21689622  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    | | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||||||     
T  21689623 taaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttg 21689722  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| || |||||| |  |||||||||||||    
T  21689723 gtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 12 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21808203 - 21807970
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||    
T  21808203 agttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgctgataacatcga 21808104  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21808103 tgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 21808004  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttggaga 245  Q
    |||||||| || |||||| |  ||||||||||||    
T  21808003 gtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 86 - 246
Target Start/End: Original strand, 21652253 - 21652413
Alignment:
Q  86 cacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcg 185  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  21652253 cacaaaaagattgccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttg 21652352  T
Q  186 aagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652353 aagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 21704753 - 21704984
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  21704753 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgcagataacattga 21704852  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| ||||| ||||||    
T  21704853 tgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgtggatattgttc 21704952  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
     ||||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  21704953 atggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 246
Target Start/End: Original strand, 21764172 - 21764406
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||   | || || ||| |||||||||| |||||||| ||    
T  21764172 agttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatccagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcga 21764271  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttc 211  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  21764272 tgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctttcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttc 21764371  T
Q  212 gtggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||||| || |||||| |  || ||||||||||    
T  21764372 gtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 245
Target Start/End: Original strand, 21714297 - 21714526
Alignment:
Q  16 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgat 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||     
T  21714297 aggagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaa 21714396  T
Q  116 ctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgg 215  Q
    |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21714397 ctgaagggtcattttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtgg 21714496  T
Q  216 atggctgttctttgttgcatatcttggaga 245  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  21714497 atggatgttctttgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Original strand, 21726008 - 21726240
Alignment:
Q  14 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 113  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21726008 ttagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21726107  T
Q  114 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 213  Q
    | |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21726108 aactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgt 21726207  T
Q  214 ggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  21726208 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 14 - 246
Target Start/End: Original strand, 21772073 - 21772305
Alignment:
Q  14 ttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatg 113  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  21772073 ttagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctgataacattgatg 21772172  T
Q  114 atctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgt 213  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  21772173 aactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgt 21772272  T
Q  214 ggatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  21772273 ggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 246
Target Start/End: Original strand, 21628238 - 21628469
Alignment:
Q  15 taggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatga 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21628238 taggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgctgataacattgatga 21628337  T
Q  115 tctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtg 214  Q
     |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21628338 actgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtg 21628437  T
Q  215 gatggctgttctttgttgcatatcttggagaa 246  Q
    ||||| || |||||| |  |||||||||||||    
T  21628438 gatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 12 - 243
Target Start/End: Original strand, 21664208 - 21664442
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattga 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||   |||||||| ||    
T  21664208 agttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagatttttgataacatcga 21664307  T
Q  112 tgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttg 208  Q
    ||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  21664308 tgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgtcgtggatattg 21664407  T
Q  209 ttcgtggatggctgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    ||||||||||| || |||||| |  ||||||||||    
T  21664408 ttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 80 - 243
Target Start/End: Original strand, 21745710 - 21745873
Alignment:
Q  80 gatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggta 179  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||       
T  21745710 gatctgcacaaaaagattgttgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaat 21745809  T
Q  180 gcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggctgttctttgttgcatatcttgga 243  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  21745810 gccttgaagaaaagctgtcgtggatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 52
Target Start/End: Original strand, 21785520 - 21785556
Alignment:
Q  16 aggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatac 52  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21785520 aggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatac 21785556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 117 - 247
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  117 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  217 tggctgttctttgttgcatatcttggagaat 247  Q
    ||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 64
Target Start/End: Original strand, 25420 - 25472
Alignment:
Q  12 agttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 64  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25420 agttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  166 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggctgttctttgttgcatatctt 240  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University