View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10140A_low_482 (Length: 211)

Name: NF10140A_low_482
Description: NF10140A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10140A_low_482
NF10140A_low_482
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (12-193)||(37307445-37307626)
chr2 (16-193)||(13186680-13186858)
chr2 (16-193)||(7305311-7305488)
chr2 (91-186)||(40190655-40190750)
chr2 (13-82)||(40196727-40196797)
chr2 (96-176)||(26381517-26381597)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (16-182)||(34080978-34081145)
chr5 (16-193)||(18259368-18259545)
chr5 (115-182)||(4560554-4560621)
chr5 (96-186)||(32216661-32216751)
chr5 (115-193)||(18883272-18883350)
chr5 (144-193)||(18933974-18934023)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (16-193)||(54346527-54346705)
chr3 (16-193)||(27156396-27156573)
chr3 (31-193)||(46428363-46428526)
chr3 (31-193)||(42794293-42794456)
chr3 (31-193)||(54812477-54812640)
chr3 (113-193)||(34265159-34265239)
chr3 (105-193)||(43912481-43912569)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (16-193)||(23949490-23949668)
chr1 (16-193)||(23085139-23085318)
chr1 (16-193)||(5308434-5308612)
chr1 (16-193)||(50952796-50952975)
chr1 (31-193)||(22065430-22065593)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (16-193)||(1635790-1635968)
chr8 (16-193)||(26616953-26617131)
chr8 (16-193)||(456584-456762)
chr8 (31-193)||(44145512-44145675)
chr8 (138-193)||(38560847-38560902)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (16-193)||(8019973-8020151)
chr7 (16-193)||(48618726-48618904)
chr7 (19-181)||(29213969-29214132)
chr7 (16-117)||(25713258-25713360)
chr7 (115-193)||(24473340-24473418)
chr7 (114-195)||(29760071-29760152)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (19-193)||(34390034-34390209)
chr4 (20-193)||(36894645-36894820)
chr4 (13-193)||(47597819-47598000)
chr4 (113-193)||(43271019-43271099)
chr4 (130-162)||(28561506-28561538)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-193)||(1223191-1223354)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 178; Significance: 3e-96; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 37307626 - 37307445
Alignment:
Q  12 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37307626 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatacgagggttattgctggatgtggcg 37307527  T
Q  112 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37307526 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 37307445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 13186680 - 13186858
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  13186680 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggtttgatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 13186779  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13186780 tttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 13186858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 7305488 - 7305311
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |    
T  7305488 atcatctatata-gttggtagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcc 7305390  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7305389 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 7305311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 91 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 40190750 - 40190655
Alignment:
Q  91 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 186  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40190750 gggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 40196797 - 40196727
Alignment:
Q  13 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac-atgatggtgcttgcaa 82  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40196797 gacatcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctcaacaatggtggtgcttgcaa 40196727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 26381597 - 26381517
Alignment:
Q  96 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 176  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  26381597 attgctggatgtgcgaatctctttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgat 26381517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 34081145 - 34080978
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34081145 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtc 34081046  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081045 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 34080978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 18259545 - 18259368
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||  |    
T  18259545 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatagtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcc 18259447  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18259446 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18259368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 115 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560554
Alignment:
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 182  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 4560554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 96 - 186
Target Start/End: Original strand, 32216661 - 32216751
Alignment:
Q  96 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 186  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  32216661 attgttggatgtgggggtctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatg 32216751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 115 - 193
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883350
Alignment:
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgagat 18883350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 193
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934023
Alignment:
Q  144 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18934023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 54346527 - 54346705
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  54346527 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 54346626  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54346627 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 54346705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 27156573 - 27156396
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  27156573 atcatctatataggttggaagcggcctcgaaaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcc 27156475  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27156474 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgatgccttacatgctgagat 27156396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Original strand, 46428363 - 46428526
Alignment:
Q  31 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 129  Q
    ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  46428363 tggaaacgacctcaggaaggttgaatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 46428462  T
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46428463 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgagat 46428526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Original strand, 42794293 - 42794456
Alignment:
Q  31 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 129  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||| ||| |||    
T  42794293 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgcgatgcag 42794392  T
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  42794393 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgagat 42794456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 54812640 - 54812477
Alignment:
Q  31 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 129  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||   || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  54812640 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacggcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 54812541  T
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54812540 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgagat 54812477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 113 - 193
Target Start/End: Original strand, 34265159 - 34265239
Alignment:
Q  113 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  34265159 tcttattcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgagat 34265239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 43912569 - 43912481
Alignment:
Q  105 tgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  43912569 tgtggtgatatttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgagat 43912481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 23949490 - 23949668
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  23949490 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 23949589  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23949590 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23949668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 23085318 - 23085139
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgaggg-ttattgctggatgtggcgat 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  23085318 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggc 23085219  T
Q  114 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23085218 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23085139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 5308434 - 5308612
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  5308434 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcc 5308533  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5308534 tttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 5308612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 50952975 - 50952796
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  50952975 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 50952876  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggc-tacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  50952875 tttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 50952796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 22065593 - 22065430
Alignment:
Q  31 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 129  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |   ||||   || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  22065593 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagtgacggtgcctgcaaggatatgggtcatattttcggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 22065494  T
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22065493 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 22065430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 1635790 - 1635968
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  1635790 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcc 1635889  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1635890 tttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1635968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 26617131 - 26616953
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  26617131 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcc 26617032  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  26617031 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 26616953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 456762 - 456584
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  456762 atcatctatataggttggaagcggcctcgagagggttggatcaggcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 456663  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  456662 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgatgtcttatatgctgagat 456584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Original strand, 44145512 - 44145675
Alignment:
Q  31 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 129  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  44145512 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 44145611  T
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44145612 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 44145675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 138 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 38560902 - 38560847
Alignment:
Q  138 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  38560902 tggattaaaggctacactgagaatatcggagtttgtgatgccttacatgttgagat 38560847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 8020151 - 8019973
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  |    
T  8020151 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcc 8020052  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8020051 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 8019973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 48618726 - 48618904
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  48618726 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggcc 48618825  T
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  48618826 ttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 48618904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 29214132 - 29213969
Alignment:
Q  19 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 117  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  ||||| || |||||  |||||||||||  ||||    
T  29214132 atctatataggttggaagcggtctcatgaaggttggatcaagctcaatagtgatggtgcttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggccttt 29214033  T
Q  118 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctt 181  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29214032 ttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgatgcctt 29213969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 117
Target Start/End: Original strand, 25713258 - 25713360
Alignment:
Q  16 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  25713258 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagctcaacagtgatgatgcttgcaaggacatgggggttattgttggatgtggcggtc 25713357  T
Q  115 ttt 117  Q
    |||    
T  25713358 ttt 25713360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 115 - 193
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473418
Alignment:
Q  115 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 24473418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 29760152 - 29760071
Alignment:
Q  114 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagatat 195  Q
    |||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  29760152 cttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgagatat 29760071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 3e-59; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 34390209 - 34390034
Alignment:
Q  19 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  34390209 atctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggccttt 34390110  T
Q  118 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34390109 ttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 34390034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 36894820 - 36894645
Alignment:
Q  20 tctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac--atgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 117  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  36894820 tctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctttaataatgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggctttt 36894721  T
Q  118 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36894720 ttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 36894645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 13 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 47598000 - 47597819
Alignment:
Q  13 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 111  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| |    
T  47598000 gacattatctacataggatggaaacgacctcaagaaggttggatcaaactcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtg 47597901  T
Q  112 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
     | ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  47597900 gtatttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 47597819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 43271099 - 43271019
Alignment:
Q  113 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  43271099 tctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgagat 43271019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 28561538 - 28561506
Alignment:
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaaga 162  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28561538 acggtagatggattaaaggctacactaagaaga 28561506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 31 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 1223354 - 1223191
Alignment:
Q  31 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 129  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | |  ||||| | | ||||||||||  ||     
T  1223354 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccgattgtggtggtatttttcgtgacgcat 1223255  T
Q  130 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 193  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1223254 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1223191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University