View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_11 (Length: 475)

Name: NF10145A_low_11
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_11
NF10145A_low_11
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (3-463)||(25744981-25745433)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-463)||(4348615-4349074)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (2-144)||(18928523-18928679)
chr1 (5-78)||(36840973-36841046)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 25745433 - 25744981
Alignment:
Q  3 acaaagagatattaagtggtcatggttttagtacaagtccagaacacaaccaactgtgtttgtggcaatatccatctatgactaaagttggaggcttgga 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25745433 acaaagagatattaagtggtcatggctttagtacaagtccagaacacaaccaactgtgtttgtggcaatatccatccatgactaaagttggaggcttgga 25745334  T
Q  103 ccctcatacttcgagagtccttcatctttctcaggtatgcttcaagtcattattacttaaaccagtatagtggtaaatcgagagacgattaatcgtccaa 202  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25745333 ccctcatacttctagagtcctccatctttctcaggtatgcttcaagtcatcattacttaaaccagtatagtggtaaatcgtgagacgattaatcgtccaa 25745234  T
Q  203 tgtgaatttttaaagcatgtaataatgtgagtacagtcattcattatttcattggcaagagcatctaatttagctgcttcagattgttttcatataaact 302  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25745233 tgtgaatttttatagcatgtaagaatgcgagtacagtcattcatt--------ggcaagagcatctaatttagctgcttcagattgttttcatataaact 25745142  T
Q  303 tcaactttgttaaaacatataaacatgaatgaaaccacttaaactttatcaaggtgattatttcattcaagttacactaatgctcttatgtcttgcagag 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25745141 tcaactttgttaaaacatataaacatgaatcaaaccacttaaactttatcaaggtgattatttcattcaagttacactaatgctcttatgtcttgcagag 25745042  T
Q  403 tccagatgggttaacagtggtttcagccggaggagatgagactcttcgcttttgggatatt 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25745041 tccagatgggttaacagtggtttcagccggaggagatgagactcttcgcttttgggatatt 25744981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 9 - 463
Target Start/End: Original strand, 4348615 - 4349074
Alignment:
Q  9 agatattaagtggtcat---ggttttagtacaagtccagaacacaaccaactgtgtttgtggcaatatccatctatgactaaagttggaggcttggaccc 105  Q
    |||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  4348615 agatattaagtggtcatcatggctttagtacaagtccagaacacaaccaactgtgtttgtggcaatatccatctatgactaaagttggtggcttggatcc 4348714  T
Q  106 tcatacttcgagagtccttcatctttctcaggtatgcttcaagtcattattacttaaaccagtatagtggtaaatcgagagacgattaatcgtccaatgt 205  Q
     |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4348715 ccatacttctagagtcctccatctttctcaggtatgcttcaagtcataattacttaaaccagtatagtggtaaatcgagagacgattaatcatccaatgt 4348814  T
Q  206 gaatttttaaagcatgtaataatgtgagtacagtcattcattatttcattggcaagagcatctaatttagctgcttcagattgttttc--------atat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||        | ||    
T  4348815 gaatttttaaagcatgtaataatgtgagtacaatca--------ttcattggcaagagcatctaatatagttgcttgggattgttttcaacaagtgacat 4348906  T
Q  298 aaacttcaactttgttaaaacatataaacatgaatgaaaccacttaaactttatcaaggtgattatttcattcaagt--tacactaatgctcttatgtct 395  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||    
T  4348907 caacttcaactatgttaaaacatataaacatgaatgaaaccacttaaactttaacaaggggattatttctttcaagttatacactaatgctcttatgtct 4349006  T
Q  396 tgcagagtccagatgggttaacagtggtttcagccggaggagatgagactcttcgcttttgggatatt 463  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4349007 tgcagagttcagatggtttaactgtggtttcatctgggggagatgagacgcttcgcttttgggatatt 4349074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 18928679 - 18928523
Alignment:
Q  2 cacaaagagatattaagtggtcatggttttagtacaagtccagaacacaaccaactgtgtttgtggcaatat-----------ccatctatgactaaagt 90  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||            |||||||||| ||| |    
T  18928679 cacaaagagatatcaagtggtcatagctttagtacaaatccaaaacataaccaactgtgtttgtggcaatatgccaatatccatcatctatgaccaaact 18928580  T
Q  91 tggaggcttggaccctcatact---tcgagagtccttcatctttctcaggtatgctt 144  Q
    |||||||||| |||||||||||   || |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18928579 tggaggcttgaaccctcatacttcctccagagtcctccatctttctcaggtatgctt 18928523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 5 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 36841046 - 36840973
Alignment:
Q  5 aaagagatattaagtggtcatggttttagtacaagtccagaacacaaccaactgtgtttgtggcaatatccatc 78  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36841046 aaagagatattaagtggtcatgactttagtacaaatccaaaacattaccaactgtgtttgtggcaatatccatc 36840973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University