View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_133 (Length: 352)

Name: NF10145A_low_133
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_133
NF10145A_low_133
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-352)||(36677106-36677446)
chr3 (13-352)||(36687188-36687528)
chr3 (227-349)||(36665304-36665431)
chr3 (63-145)||(36664849-36664931)
chr3 (66-142)||(36704362-36704438)
chr3 (147-183)||(36664986-36665022)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 36677446 - 36677106
Alignment:
Q  13 atggacatcaaactcctccaacatatgacatttctgaattccctctttctctagtggtgttgttgaaggataattatgcacatgtagatttcattgcggc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36677446 atggacatcaaactcctccaacatatgacatttccgaactccctctttctctagtggtgttgttgaaggataattatgcacatgtagatttcattgcggc 36677347  T
Q  113 tatcaatgctaaacaagtcgtttatgatcctattattttacaattattattgtgcttcaaatatatctactatctatctattaataatatcggtcttgtt 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36677346 tgtcaatgctaaacaagtcgtttatgatcctatgattttacaattattattgtgcttcaaatatatctactatctatctattaataatatcggtcttgtt 36677247  T
Q  213 aacccgtgcacccagttagttgttattatgtttaagtaaattgtataaggaatcttagattttgggtgctttt-aagatgatatttcaagttacgattcg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36677246 aacccgtgcacccagttagttgttattatgtttaagtaaattgtataaggaatcttagattttgggtgcttttaaagatgatatttcaagttacgattcg 36677147  T
Q  312 caaatgatgtaatgtaatggaaaattcaaatgaataagtga 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36677146 caaatgatgtaatgtaatggaaaattcaaatgaataagtga 36677106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 36687528 - 36687188
Alignment:
Q  13 atggacatcaaactcctccaacatatgacatttctgaattccctctttctctagtggtgttgttgaaggataattatgcacatgtagatttcattgcggc 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36687528 atggacatcaaactcctccaacatatgacatttccgaactccctctttctctagtggtgttgttgaaggataattatgcacatgtagatttcattgcggc 36687429  T
Q  113 tatcaatgctaaacaagtcgtttatgatcctattattttacaattattattgtgcttcaaatatatctactatctatctattaataatatcggtcttgtt 212  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36687428 tgtcaatgctaaacaagtcgtttatgatcctatgattttacaattattattgtgcttcaaatatatctactatctatctattaataatatcggtcttgtt 36687329  T
Q  213 aacccgtgcacccagttagttgttattatgtttaagtaaattgtataaggaatcttagattttgggtgctttt-aagatgatatttcaagttacgattcg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36687328 aacccgtgcacccagttagttgttattatgtttaagtaaattgtataaggaatcttagattttgggtgcttttaaagatgatatttcaagttacgattcg 36687229  T
Q  312 caaatgatgtaatgtaatggaaaattcaaatgaataagtga 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36687228 caaatgatgtaatgtaatggaaaattcaaatgaataagtga 36687188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 227 - 349
Target Start/End: Original strand, 36665304 - 36665431
Alignment:
Q  227 gttagttgttattatgtttaagtaaattgtataaggaatcttagattttgggtgctt-ttaagatgatatttcaagttacgattcgcaa--atg--atgt 321  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| ||||||| |||  |||  ||||    
T  36665304 gttagtggttattatgtttaagtaaattgtatatggaatcttagattttgagtgcttctaaagatcatatttcaagtcacgattcacaatgatgtaatgt 36665403  T
Q  322 aatgtaatggaaaattcaaatgaataag 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36665404 aatgtaatggaaaattcaaatgaataag 36665431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 63 - 145
Target Start/End: Original strand, 36664849 - 36664931
Alignment:
Q  63 ctagtggtgttgttgaaggataattatgcacatgtagatttcattgcggctatcaatgctaaacaagtcgtttatgatcctat 145  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  36664849 ctagtggtgtcgttgaacgataattatgcacatttagatttcattgcggctatcaatgctaaacaactcatttatgatcctat 36664931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 66 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 36704438 - 36704362
Alignment:
Q  66 gtggtgttgttgaaggataattatgcacatgtagatttcattgcggctatcaatgctaaacaagtcgtttatgatcc 142  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||  ||||| || |||| |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  36704438 gtggtattgttcaaggatgattatgcacatgctgattttatagcgggtgacaatgctaaacaagtcgtttatgatcc 36704362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 147 - 183
Target Start/End: Original strand, 36664986 - 36665022
Alignment:
Q  147 attttacaattattattgtgcttcaaatatatctact 183  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36664986 attttacaactattattgtgcttcgaatatatctact 36665022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University