View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_152 (Length: 339)

Name: NF10145A_low_152
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_152
NF10145A_low_152
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (4-339)||(13244668-13245003)
chr1 (103-324)||(30368270-30368491)
chr1 (182-324)||(13271474-13271616)
chr1 (181-309)||(12964052-12964180)
chr1 (98-317)||(13085911-13086130)
chr1 (105-324)||(13100812-13101030)
chr1 (103-324)||(13007009-13007230)
chr1 (103-324)||(13204268-13204489)
chr1 (173-324)||(13070338-13070489)
chr1 (173-324)||(13094278-13094429)
chr1 (173-324)||(13129707-13129858)
chr1 (173-324)||(13161400-13161551)
chr1 (181-324)||(19279330-19279473)
chr1 (98-312)||(13081039-13081253)
chr1 (231-324)||(13065375-13065468)
chr1 (182-260)||(13010661-13010739)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (215-304)||(31380253-31380342)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 4 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13245003 - 13244668
Alignment:
Q  4 ttgacaaatgacaataacattattttactaggacagacacagcaacaaaaaggttaacaacacagacacaacatgcatcacacttacaactttgttatat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13245003 ttgacaaatgacaataacattattttactaggacagacacagcaacaaaaaggttaacaacacagacacaacatgcatcacacttacaactttgttatat 13244904  T
Q  104 caaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatgc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13244903 caaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgtttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctgtatgc 13244804  T
Q  204 gaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaactt 303  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13244803 gaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaaagctatgaactt 13244704  T
Q  304 gtaagacggtacatttataatccctcctctcgctga 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13244703 gtaagacggtacatttataatccctcctctagctga 13244668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 103 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 30368491 - 30368270
Alignment:
Q  103 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatg 202  Q
    |||||||||||||||| | || | ||| || ||||| || ||||| | || ||||| |||||  ||  | |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  30368491 tcaaatgcatcttttagtaaccttgacgttcaagccatgtttcattcaaaggacaacagaagccctaggggttacagggtgaccttccacgacctgtatg 30368392  T
Q  203 cgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 302  Q
     |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  30368391 tgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggtcctgtattgaaagctatgaact 30368292  T
Q  303 tgtaagacggtacatttataat 324  Q
    ||||||| ||||||| ||||||    
T  30368291 tgtaagatggtacatgtataat 30368270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 182 - 324
Target Start/End: Original strand, 13271474 - 13271616
Alignment:
Q  182 tgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggac 281  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  13271474 tgaccttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctttcccaagacagcttctaggac 13271573  T
Q  282 ctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13271574 ctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataat 13271616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 181 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 12964180 - 12964052
Alignment:
Q  181 gtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctagga 280  Q
    ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12964180 gtgaccttccaccacttctatgtgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaacaaagctaatatctttcccaatacaacttctagga 12964081  T
Q  281 cctgcattgaatgctatgaacttgtaaga 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12964080 cctgcattgaatgctatgaacttataaga 12964052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 98 - 317
Target Start/End: Original strand, 13085911 - 13086130
Alignment:
Q  98 ttatatcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 197  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || || || || | |||||| |  |||||||||  |||  | |||||||  ||||||||||| || |    
T  13085911 ttatatcaaattcatcttttactaactttgactttgaatccatgttccatgcggagaacaatagaaactcttggagttacagaatgaccttccacaactt 13086010  T
Q  198 ttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctat 297  Q
     |||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  13086011 gtatgtgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggacctgcattaaatgctat 13086110  T
Q  298 gaacttgtaagacggtacat 317  Q
    ||||||| |||| |||||||    
T  13086111 gaacttgcaagatggtacat 13086130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 105 - 324
Target Start/End: Original strand, 13100812 - 13101030
Alignment:
Q  105 aaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatgcg 204  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||| ||||| || |||||| |||  |||| ||||    || | |||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  13100812 aaatgcatcttttagtgactttgaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgaccttccaccacctgtatgtg 13100911  T
Q  205 aaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttg 304  Q
    |||||||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| || || |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  13100912 aaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggtcctg-attgaaagctatgaacttg 13101010  T
Q  305 taagacggtacatttataat 324  Q
    ||||| ||||||| ||||||    
T  13101011 taagatggtacatgtataat 13101030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 103 - 324
Target Start/End: Original strand, 13007009 - 13007230
Alignment:
Q  103 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatg 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||| || |||||| |||  |||| ||||    || | |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  13007009 tcaaatgcatcttttagtgactttaaccttcaagccatgtttcatgtgaagaacaaaagaaagcttcggggttatagggtgacctgccaccacctttatg 13007108  T
Q  203 cgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 302  Q
     |||||||    |||||||  ||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  13007109 tgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13007208  T
Q  303 tgtaagacggtacatttataat 324  Q
    ||||||| ||||||| ||||||    
T  13007209 tgtaagatggtacatgtataat 13007230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 103 - 324
Target Start/End: Original strand, 13204268 - 13204489
Alignment:
Q  103 tcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacctttatg 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||| || |  |||||| |||  |||| |||| |  |  | |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  13204268 tcaaatgcatcttttagtgactttaacctttaaaccatatttcatgtgaagaacaaaagaaatctttggggttacagggtgaccttccactatctttatg 13204367  T
Q  203 cgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaact 302  Q
     |||| |||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  13204368 tgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaact 13204467  T
Q  303 tgtaagacggtacatttataat 324  Q
    ||||||| ||||||| ||||||    
T  13204468 tgtaagatggtacatgtataat 13204489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 173 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 13070489 - 13070338
Alignment:
Q  173 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || | |||||    
T  13070489 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaac 13070390  T
Q  273 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||    
T  13070389 ttctcggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataat 13070338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 173 - 324
Target Start/End: Original strand, 13094278 - 13094429
Alignment:
Q  173 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| |||| |||||| || ||||||     
T  13094278 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaatatctttacctatacaaa 13094377  T
Q  273 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||| || ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13094378 ttctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataat 13094429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 324
Target Start/End: Original strand, 13129707 - 13129858
Alignment:
Q  173 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 272  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||     
T  13129707 gttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13129806  T
Q  273 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||| || ||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13129807 ttctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataat 13129858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 324
Target Start/End: Original strand, 13161400 - 13161551
Alignment:
Q  173 gttacagggtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaac 272  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||     
T  13161400 gttacaaggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacctatacaaa 13161499  T
Q  273 ttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||| || ||||  ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  13161500 ttctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataat 13161551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 181 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19279473 - 19279330
Alignment:
Q  181 gtgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctagga 280  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || | ||| ||||| |||    
T  19279473 gtgaccttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 19279374  T
Q  281 cctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  19279373 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataat 19279330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 98 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 13081253 - 13081039
Alignment:
Q  98 ttatatcaaatgcatcttttactgacttcgacctttaagccgtgcttcatgcgaacgacaatagaagttctcagcgttacagggtgaccttccaccacct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||| || | |||||||| || |||||||   ||  |  |||  | |||||||||||||||||    
T  13081253 ttatatcaaatgcatcttttacgaattttgaccttaaagccatgttccatgcgaaggagaatagaaaccctaggaattattgagtgaccttccaccacct 13081154  T
Q  198 ttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctat 297  Q
      ||| |||||||  | || |  | |||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  13081153 gaatgtgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttggacctgcattaaacgctat 13081054  T
Q  298 gaacttgtaagacgg 312  Q
    |||||| ||||||||    
T  13081053 gaacttataagacgg 13081039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 231 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 13065468 - 13065375
Alignment:
Q  231 ccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagacggtacatttataat 324  Q
    |||| ||||||| ||||||| | | |||||| || | ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13065468 ccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatgtataat 13065375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 260
Target Start/End: Original strand, 13010661 - 13010739
Alignment:
Q  182 tgaccttccaccacctttatgcgaaacttccacaacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctt 260  Q
    |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||| ||||| |||||| ||| ||| ||||||||||    
T  13010661 tgaccttccaccacttgtatgcgaaatttccataacaaatcagctgcgaccatcttcattagaatgaaactaagatctt 13010739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 215 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 31380342 - 31380253
Alignment:
Q  215 aacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttg 304  Q
    ||||||||||| |||  ||| || ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||| |||||| | ||||||||||    
T  31380342 aacaaagaagccgcagacatcttaatttgaatgaaactaagatctttaccaatacaacttccgggtcctgtattgaaagatatgaacttg 31380253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University