View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_201 (Length: 311)

Name: NF10145A_low_201
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_201
NF10145A_low_201
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (7-311)||(5002717-5003021)
chr3 (7-302)||(18454395-18454690)
chr3 (7-302)||(52279872-52280167)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-308)||(14870449-14870750)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-310)||(7984619-7984922)
chr1 (7-301)||(17506951-17507245)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (7-310)||(39337-39640)
[»] scaffold1580 (1 HSPs)
scaffold1580 (7-301)||(728-1022)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (7-302)||(32970027-32970322)
chr8 (7-302)||(38976285-38976580)
chr8 (7-302)||(39007383-39007678)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 7 - 311
Target Start/End: Original strand, 5002717 - 5003021
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5002717 ttggtgttgaagtatctaggaacactgaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 5002816  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5002817 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 5002916  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 306  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5002917 gctttagttaaaactgatgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 5003016  T
Q  307 cagga 311  Q
    |||||    
T  5003017 cagga 5003021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 18454690 - 18454395
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |||| |||||||    
T  18454690 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 18454591  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || |||||||||| |||||| ||||| | |||     
T  18454590 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggaggttcagatatttgcaagtggt 18454491  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgt 302  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18454490 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctagagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 18454395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 52280167 - 52279872
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |||| |||||||    
T  52280167 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 52280068  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||     
T  52280067 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatatttgcaagtggt 52279968  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgt 302  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52279967 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctacagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 52279872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 258; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 14870449 - 14870750
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14870449 ttggtgttgaagtatctaggaacactgaagtgactggtttagaagactttgaagatgatcatgaagactcagatgtgctagaaagtcttggttcatctga 14870548  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14870549 ggaagaagagggatcaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtagtgattgaggagggtcagatctttgccactggg 14870648  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 306  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14870649 gctttagttaaaactgctgtgagagagtatggtttgcagaacaaaaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 14870748  T
Q  307 ca 308  Q
    ||    
T  14870749 ca 14870750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 7 - 310
Target Start/End: Original strand, 7984619 - 7984922
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  7984619 ttggtgttgaagaatctaggaaccctgaagtgactggtttagaagactttgaagatgaggacgaagactcggatatactagaaagtcttgatgcatctga 7984718  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  7984719 ggtagaagagggatcaagaaggaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtagtctttgaggagggtcagatctttgccactggt 7984818  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 306  Q
      |||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7984819 cttttagttaaagctgttgtgagggagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgctctt 7984918  T
Q  307 cagg 310  Q
    ||||    
T  7984919 cagg 7984922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 7 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 17507245 - 17506951
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctag-aaagtcttgattcatctg 105  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||| | || |||||||     
T  17507245 ttggtcttgaagtatctaggaaccctgaagtgactagtgtggatgactttgaagatgagaatg-agagtcagatgttctagaaaaggcatgtttcatct- 17507148  T
Q  106 aggaaga-agagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactg 204  Q
    | ||||| |  |  || |||||| |  |||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||| ||||  | |||||||| ||||    
T  17507147 aagaagataatgctatcaagaaaaa--aaactgcaaaggtttaagttgggtattaataatgaacctgtgatatttgagaaggggaaaatctttgcaactg 17507050  T
Q  205 gggctttagt--taaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtg 301  Q
      |  |||||   |||| || ||||||||| |||| ||||||| | | ||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17507049 ttgggttagtaaaaaaaatgttgtgaaagaatatgctttgcagcataggaagaatgtgtgcctcaagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtg 17506951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 7 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 39640 - 39337
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||| |||| |||||||    
T  39640 ttggtgttgaacaatctaggaaccctgaagtgactggtttggaagactttgaagatgaggatgaagtctcagatatactagaaagtcctgatgcatctga 39541  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  39540 ggaagaagagagatcaagaaggaggaaaatgaataggtttaagttggttattaacaatgaacctgtagtatttgaggagggtcagatctttgccactggt 39441  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgttctc 306  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  39440 cttttagttaaaactgatgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgctatc 39341  T
Q  307 cagg 310  Q
    ||||    
T  39340 cagg 39337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1580 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold1580
Description:

Target: scaffold1580; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 7 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 1022 - 728
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||||  ||||||    
T  1022 ttggtgttgaacaatctaggaaccctgaagtgactggtttggaagactttgaagatgaggatgaagtctgagatatactagaaagtcttgatgtatctga 923  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||     
T  922 ggaagaagagagatgaagaaggaggaaactgaataggtttaagttgggtattaacaatgaacctgtagtatttgaggagggtcagatctttgccactggt 823  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtg 301  Q
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  822 cttttagttaaaactgaggtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctcgagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtg 728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 176; Significance: 8e-95; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Original strand, 32970027 - 32970322
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |||| |||||||    
T  32970027 ttggtgttgaagtgtctaggaaccctcaagtgactggtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 32970126  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  32970127 ggaagaagagggatcaagaaagaggaaactgaataggtttaagttaggcactaacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatctttgcaactggt 32970226  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgt 302  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  32970227 cttttaattaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagagcaagacaaatgtgtacctagagaaaaatgagaagaaacgaattgtggtgaagtgt 32970322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Original strand, 38976285 - 38976580
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |||| |||||||    
T  38976285 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactagtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 38976384  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||     
T  38976385 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatatttgcaagtggt 38976484  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgt 302  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38976485 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctacagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 38976580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Original strand, 39007383 - 39007678
Alignment:
Q  7 ttggtgttgaagtatctagaaacactgaagtgactggtttggaaggctttgaagatgagaatgaagactcagatgtgctagaaagtcttgattcatctga 106  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||| |||| |||||||    
T  39007383 ttggagttgaagtgtctaggaaccctaaagtgactagtttggaagactttgaagatgagaatgaagactcagatttcttagagagtcctgatgcatctga 39007482  T
Q  107 ggaagaagagggattaagaaagaggaaactgaataggtttaagttgggtactaatgatgaacctgtggtgtttgaggagggtcagatctttgccactggg 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| | |||     
T  39007483 ggaagaagagggatcaagaaagaggaagctgaataggtttaagttgggcaataacaatgaccctgtagtatttgaggagggtcagatatttgcaagtggt 39007582  T
Q  207 gctttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcagaacaagaagaatgtgtacctagagaagaatgagaagaaaagaattgtggtcaagtgt 302  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39007583 gttttagttaaaactgctgtgaaagagtatggtttgcaaagcaagacaaatgtgtacctacagaaaaatgagaagaaaagaattgtggtgaagtgt 39007678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University