View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_24 (Length: 453)

Name: NF10145A_low_24
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_24
NF10145A_low_24
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (16-453)||(15212-15649)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (16-453)||(33790062-33790499)
chr5 (16-453)||(31397895-31398332)
chr5 (16-453)||(27448569-27449006)
chr5 (16-453)||(37557527-37557964)
chr5 (27-453)||(43595868-43596294)
chr5 (27-453)||(43628662-43629088)
chr5 (25-453)||(24556497-24556924)
chr5 (25-453)||(24597529-24597956)
chr5 (25-414)||(34841402-34841790)
chr5 (347-453)||(28837039-28837145)
chr5 (245-411)||(31781298-31781464)
chr5 (278-357)||(25446696-25446775)
chr5 (245-388)||(10628535-10628678)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (16-453)||(35744136-35744574)
chr8 (16-453)||(10685167-10685604)
chr8 (27-453)||(26300097-26300511)
chr8 (107-453)||(18856269-18856615)
chr8 (107-453)||(18866664-18867010)
chr8 (26-423)||(23800430-23800828)
chr8 (25-73)||(18854075-18854123)
chr8 (245-431)||(16756079-16756265)
chr8 (245-431)||(28329084-28329270)
chr8 (245-357)||(21038606-21038718)
chr8 (278-363)||(26269193-26269278)
chr8 (302-429)||(33033874-33034001)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (16-453)||(16883674-16884111)
chr7 (16-453)||(24262226-24262663)
chr7 (25-453)||(18412405-18412833)
chr7 (16-386)||(12405151-12405521)
chr7 (25-453)||(21644784-21645200)
chr7 (29-453)||(21987667-21988091)
chr7 (25-453)||(9186069-9186485)
chr7 (25-453)||(49090435-49090852)
chr7 (25-453)||(5818098-5818525)
chr7 (245-411)||(7070971-7071137)
chr7 (245-357)||(25352528-25352640)
chr7 (245-357)||(25406590-25406702)
chr7 (245-357)||(3323680-3323792)
chr7 (245-429)||(44015486-44015670)
chr7 (280-365)||(3786969-3787054)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (16-453)||(14738475-14738912)
chr6 (161-453)||(33332124-33332416)
chr6 (106-453)||(29485334-29485668)
chr6 (25-453)||(24432239-24432661)
chr6 (16-166)||(33331349-33331499)
chr6 (25-453)||(24077677-24078108)
chr6 (245-357)||(13879915-13880027)
chr6 (245-357)||(22349864-22349976)
chr6 (16-86)||(9035413-9035483)
chr6 (248-357)||(25942848-25942957)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (16-453)||(32479087-32479524)
chr3 (16-453)||(8515841-8516278)
chr3 (16-453)||(28490077-28490513)
chr3 (25-453)||(16263109-16263538)
chr3 (25-453)||(9602758-9603187)
chr3 (25-453)||(3324460-3324876)
chr3 (216-453)||(2673323-2673560)
chr3 (411-453)||(1309618-1309660)
chr3 (239-357)||(29912848-29912966)
chr3 (248-357)||(10898184-10898293)
chr3 (245-357)||(6304487-6304599)
chr3 (245-357)||(10097699-10097811)
chr3 (245-357)||(10204584-10204696)
chr3 (248-357)||(22624872-22624981)
chr3 (278-431)||(47881707-47881860)
chr3 (245-357)||(10611670-10611782)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (16-453)||(19348025-19348461)
chr2 (25-365)||(25402485-25402825)
chr2 (25-403)||(10446349-10446715)
chr2 (245-357)||(2737381-2737493)
chr2 (245-357)||(39681222-39681334)
chr2 (278-357)||(17933330-17933409)
chr2 (245-357)||(20053653-20053765)
chr2 (245-429)||(28456323-28456507)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (16-453)||(41396986-41397423)
chr1 (25-421)||(19359750-19360146)
chr1 (25-453)||(47099730-47100158)
chr1 (25-453)||(9024711-9025138)
chr1 (27-353)||(17346428-17346753)
chr1 (245-357)||(9522904-9523016)
chr1 (245-345)||(2400129-2400229)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (25-453)||(9225316-9225744)
chr4 (26-453)||(16624918-16625333)
chr4 (25-453)||(5146651-5147076)
chr4 (40-171)||(18241667-18241798)
chr4 (245-429)||(16633666-16633850)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (16-405)||(149858-150247)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (25-436)||(4106-4521)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (25-453)||(1254-1682)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (25-365)||(18851-19191)
[»] scaffold0355 (1 HSPs)
scaffold0355 (16-210)||(780-974)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (241-453)||(35757-35969)
scaffold0078 (26-140)||(42334-42448)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (26-140)||(30396-30510)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (278-357)||(17534-17613)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 15212 - 15649
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15212 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 15311  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  15312 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 15411  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15412 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 15511  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15512 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 15611  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15612 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 15649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 33790499 - 33790062
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790499 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 33790400  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  33790399 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 33790300  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33790299 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 33790200  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790199 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 33790100  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33790099 gtccaaggcatgggcaacgttcatctaaagatgtttga 33790062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 31397895 - 31398332
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31397895 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 31397994  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  31397995 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 31398094  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31398095 cagttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 31398194  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398195 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaacattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 31398294  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31398295 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 31398332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 27449006 - 27448569
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||    
T  27449006 ggacatgaaggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctagg 27448907  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  27448906 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 27448807  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  27448806 cggttcaagttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactc 27448707  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27448706 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 27448607  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27448606 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 27448569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 37557527 - 37557964
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557527 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 37557626  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| |    
T  37557627 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgaaggtggtccct 37557726  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  37557727 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggactc 37557826  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557827 gggatgctcttatcacatgattcctagaatggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggaattgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 37557926  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37557927 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 37557964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 43596294 - 43595868
Alignment:
Q  27 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctt 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  43596294 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctt 43596195  T
Q  127 tgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagtt 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43596194 tgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataagaggggcgatggtagtccttcggttcaagtt 43596095  T
Q  227 gcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctctt 326  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  43596094 gtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctctt 43595995  T
Q  327 atcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43595994 atcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcat 43595895  T
Q  427 gggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  43595894 gggcaacgttcgtctaaatatgtttga 43595868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 43629088 - 43628662
Alignment:
Q  27 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctt 126  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  43629088 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctt 43628989  T
Q  127 tgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagtt 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43628988 tgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataagaggggcgatggtagtccttcggttcaagtt 43628889  T
Q  227 gcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctctt 326  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  43628888 gtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctctt 43628789  T
Q  327 atcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcat 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43628788 atcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcat 43628689  T
Q  427 gggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  43628688 gggcaacgttcgtctaaatatgtttga 43628662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 24556497 - 24556924
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |  || |||||||||||||||||| |     
T  24556497 ggttgatgatgttggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggaatgatcatagaggaaaaggcatggggaagttgaggtccaagtctaggtccaagagt 24556596  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| |||||||| |||||   ||||||   |||| ||||||||||||| |||||||    
T  24556597 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtctcaaacaaggtcacttcaagaaggattgcctggataaatggggcaatggtagtccttccgttcaag 24556696  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||||| |||  |  ||||||| |||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  24556697 ttgcggtggcgtccgatgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggacttgggatgatc 24556795  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24556796 ttatcacatgtatcctacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggc 24556895  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24556896 atgggcaccgttcgtctaaagatgtttga 24556924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 24597529 - 24597956
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |  || |||||||||||||||||| |     
T  24597529 ggttgatgatgttggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggaatgatcatagaggaaaaggcatggggaagttgaggtccaagtctaggtccaagagt 24597628  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| |||||||| |||||   ||||||   |||| ||||||||||||| |||||||    
T  24597629 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtctcaaacaaggtcacttcaagaaggattgcctggataaatggggcaatggtagtccttccgttcaag 24597728  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||||| |||  |  ||||||| |||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  24597729 ttgcggtggcgtccgatgaagatggttatgaga-tgtgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggacttgggatgatc 24597827  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24597828 ttatcacatgtatcctacaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggc 24597927  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24597928 atgggcaccgttcgtctaaagatgtttga 24597956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 34841790 - 34841402
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| ||||||| || |||| | |||||| |||||||||||  ||| | || || || ||||||| |||||||||     
T  34841790 ggttgatgaaagtggtgaaggcttgaatattacaaggggaaggagtaagcatataggaaaaggcattgggtagtcgaggtctaagtctaagtccaaggga 34841691  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    ||||   |||  || |||  ||| ||| ||||||||||||  | ||| ||||||||  ||||| |  | | || |||| |||||||| ||||||||||||    
T  34841690 tttgtttaattgaaatatcgatgtttcatttgtcataagcccgatcacttcaagaagcattgtcctaaaatgg-gggcaatggtagttcttcggttcaag 34841592  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||| | | || |  ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||| |||| ||||  | || | || ||| ||||||| ||| |||||    
T  34841591 ttgcagtgacttccgatgaagatggttaggagagtgcaggtgcactagcggtcacaaattggaaaccaaaaaatagttaggtcttggacttgggttgctc 34841492  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaa 414  Q
    | ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||    |||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  34841491 tgatcacatgtgttctagaaagaagtattttgagactttggagttaaaagaagacggagttgttcgactcgaaaacaacaaagcttgcaa 34841402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 347 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 28837145 - 28837039
Alignment:
Q  347 gaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaaga 446  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  28837145 gaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcatgcaaagtccaaggcatgggcaccgtttgtctaaaga 28837046  T
Q  447 tgtttga 453  Q
    |||||||    
T  28837045 tgtttga 28837039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 31781464 - 31781298
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||  || || |||   || |||||||||||||| || |||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  31781464 gaaggttatgagagtgttggagcactaaccgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtctgagaa 31781365  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttg 411  Q
    |||| || ||||| || |||   || |||||||  ||||||||||| || || |||||||| |||||    
T  31781364 aggagtactttgaaacattggagctgaaagaagatggagttgttcgccttggtaataacaaggcttg 31781298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Original strand, 25446696 - 25446775
Alignment:
Q  278 acaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 357  Q
    |||||||||||||| || |||  |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  25446696 acaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttga 25446775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 388
Target Start/End: Original strand, 10628535 - 10628678
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||  || || |||   || ||||||||||||||  | |||  |||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||    
T  10628535 gaaggttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctaaaaagggttgggtcttggactctgggtgttcttatcacatttgtccgagaa 10628634  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgtt 388  Q
    |||| || ||||| |||||    || |||||||| |||||||||    
T  10628635 aggagtactttgaaactttagagctgaaagaaggtggagttgtt 10628678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 35744574 - 35744136
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744574 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 35744475  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  35744474 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 35744375  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35744374 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 35744275  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaagg-aggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaa 414  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744274 gggatgctcatatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaa 35744175  T
Q  415 agtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35744174 agtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 35744136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 10685167 - 10685604
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685167 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 10685266  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  10685267 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 10685366  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10685367 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 10685466  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685467 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 10685566  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10685567 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 10685604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 27 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26300511 - 26300097
Alignment:
Q  27 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            ||| ||||||||||||||    
T  26300511 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaa------------gtcgaggtccaagggctt 26300424  T
Q  127 tgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagtt 226  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26300423 tgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgttcggataaagggggcgatggtagtccttcggtccaagtt 26300324  T
Q  227 gcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctctt 326  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  26300323 gcggaggcttcaagtgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggacttgggatgctctt 26300224  T
Q  327 atcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcat 426  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26300223 atcacatgtgtcatagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcat 26300124  T
Q  427 gggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  26300123 gggcaacgttcgtgtaaagatgtttga 26300097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 107 - 453
Target Start/End: Original strand, 18856269 - 18856615
Alignment:
Q  107 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatg 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  18856269 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatg 18856368  T
Q  207 gtagtccttcggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggt 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  18856369 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagctgggt 18856468  T
Q  307 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856469 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 18856568  T
Q  407 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18856569 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 18856615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 107 - 453
Target Start/End: Original strand, 18866664 - 18867010
Alignment:
Q  107 aagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatg 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  18866664 aagtcgaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccagataaggggggcgatg 18866763  T
Q  207 gtagtccttcggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggt 306  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  18866764 gtagtccttcggtccaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagctgggt 18866863  T
Q  307 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866864 tttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaa 18866963  T
Q  407 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18866964 gcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 18867010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 26 - 423
Target Start/End: Original strand, 23800430 - 23800828
Alignment:
Q  26 gttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggct 125  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || || | ||||||||||||||||||||    
T  23800430 gttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttacaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggaaaggggaagtcgaggtacaagtctaggtccaagggct 23800529  T
Q  126 ttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataa-ggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||   |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  23800530 tttacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggccacttcaagaaggattgcctggataaaggagggcaatggtagtccttccgttcaag 23800629  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||| | ||   |  || || | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  23800630 ttgcagtggtgtccgattaacatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttgaactcgggatgctc 23800729  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaagg 423  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23800730 ttatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggttctaaaagaaggaagagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaagg 23800828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 25 - 73
Target Start/End: Original strand, 18854075 - 18854123
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgag 73  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18854075 ggttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgag 18854123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 16756265 - 16756079
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  16756265 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 16756166  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggca 431  Q
    |||| || ||||| || ||    || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||    
T  16756165 aggagtactttgaaacgttagagctgaaagaaggtggagtagttcgccttggtaataataaggcttgtaaaattcaaggtatgggca 16756079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 431
Target Start/End: Original strand, 28329084 - 28329270
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  28329084 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 28329183  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggca 431  Q
    |||| || ||||| || ||    || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||||    
T  28329184 aggagtactttgaaacgttagagctgaaagaaggtggagtagttcgccttggtaataataaggcttgtaaaattcaaggtatgggca 28329270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 21038606 - 21038718
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||  |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  21038606 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaa 21038705  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  21038706 aggattactttga 21038718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 278 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 26269278 - 26269193
Alignment:
Q  278 acaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagacttt 363  Q
    |||||||||||||| || |||   ||||| ||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  26269278 acaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctagatgctcttatcacatctgtccgagaaaggactactttgaaacttt 26269193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 429
Target Start/End: Original strand, 33033874 - 33034001
Alignment:
Q  302 tgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaata 401  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| |||||    || ||||||||  |||||||||| || || ||||    
T  33033874 tgggtcttggactctgggtgctcttatcacatatgttcgagaaaggagtactttgaaactttagagctgaaagaaggttgagttgttcgccttggtaata 33033973  T
Q  402 acaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 429  Q
    | || ||||||||| | ||||| |||||    
T  33033974 ataaggcttgcaaaattcaaggtatggg 33034001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 16884111 - 16883674
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16884111 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 16884012  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  16884011 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 16883912  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16883911 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 16883812  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883811 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 16883712  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16883711 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 16883674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 24262226 - 24262663
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262226 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 24262325  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  24262326 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 24262425  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24262426 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 24262525  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262526 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 24262625  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24262626 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 24262663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 18412833 - 18412405
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  18412833 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggc 18412734  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18412733 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgtccggataaagggggcgatggtagtccttcggtccaag 18412634  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18412633 ttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttggaaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 18412534  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412533 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 18412434  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18412433 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 18412405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 16 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 12405521 - 12405151
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12405521 ggacatgaaggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaatagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcgagatccaagtctagg 12405422  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  12405421 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 12405322  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12405321 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgtgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgagttttggactc 12405222  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12405221 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttg 12405151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 21645200 - 21644784
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||            ||| ||||||||||||    
T  21645200 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttgcaagagagaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaa------------gtcgaggtccaagggc 21645113  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  21645112 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgtccggataagggcggcgatggtagtccttcggtccaag 21645013  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21645012 ttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaactggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 21644913  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644912 ttaccacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 21644813  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21644812 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 21644784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 29 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 21988091 - 21987667
Alignment:
Q  29 gatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttg 128  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  21988091 gatgaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagaggagggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggctttg 21987992  T
Q  129 acaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagttgc 228  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  21987991 acaaatcaaagtataagtattttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgctcggataaagggggcgatggtagtccgtccgttcaagttgc 21987892  T
Q  229 ggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttat 328  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  21987891 ggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttaggttttggactcaggatgctcttat 21987792  T
Q  329 cacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgg 428  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21987791 cacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgg 21987692  T
Q  429 gcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  21987691 gcaacgttcgtctaaagatgtttga 21987667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 9186069 - 9186485
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||            |||||    
T  9186069 ggttgatgaaggtattgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaaggggcagtcgagatcca------------agggc 9186156  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| || | |||| ||||||||||||| |||||||    
T  9186157 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggacaaagggggcaatggtagtccttccgttcaag 9186256  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9186257 ttgtggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtacgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 9186356  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9186357 ttatcacatgtgtcctagaaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggc 9186456  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9186457 atgggcatcgttcgtctaaagatgtttga 9186485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 49090852 - 49090435
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||            ||| ||||||||||||    
T  49090852 ggttgatgaaggtggtgaagacttgaatgttgtaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaatgggaa------------gtcgaggtccaagggc 49090765  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||   |||| || | |||  ||||||||||||| |||||||    
T  49090764 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaataaggatttcccggacaaagggggaaatggtagtccttccgttcaag 49090665  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  49090664 ttgcggaggcgtccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgagttttggactcgggatgctc 49090565  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaat-aacaaagcttgcaaagtccaagg 423  Q
    | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  49090564 tgatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgctcgactcggaaataaaaaaagcgtgcaaagtccaagg 49090465  T
Q  424 catgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49090464 catgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 49090435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 5818098 - 5818525
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||||||||||||   |||||  || ||||| |||| |||||||||     
T  5818098 ggttgatgagggtggtgaaggcttgaatgttgcaaggggaaggagtgagcataaaggaaaaggcaagacgaaattgaggtccaactctaagtccaagggg 5818197  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
     |||||||||||  ||   ||||||| |||||||||||||  ||| | ||||| || ||||||  ||| || | ||||  |||| || |||| ||||||     
T  5818198 cttgacaaatcattgttacaatgctttctttgtcataagcccggtgacttcaacaaggattgtctggacaaagggggcagtggtggttcttccgttcaaa 5818297  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
     || || | |  | |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |     
T  5818298 ctgtggtgacgtctaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccggagaagaggtgggttttggactcggggtgttt 5818397  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5818398 tt-tcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaaacttgcaaagtccaaggc 5818496  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5818497 atgggaaacgttcgtctaaagatgtttga 5818525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 411
Target Start/End: Original strand, 7070971 - 7071137
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  7070971 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagatctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaa 7071070  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttg 411  Q
    |||| || ||||| || ||    || |||||||| ||||||||||| || || || || ||||||||    
T  7071071 aggagtactttgaaacgttagagctgaaagaaggtggagttgttcgccttggcaacaataaagcttg 7071137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 25352528 - 25352640
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  25352528 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 25352627  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  25352628 aggagtactttga 25352640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 25406590 - 25406702
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  25406590 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 25406689  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  25406690 aggagtactttga 25406702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 3323792 - 3323680
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| |  ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  3323792 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctggaaagagctgggtcttggactccgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 3323693  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  3323692 aggagtactttga 3323680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 44015670 - 44015486
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||  || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||  ||||    
T  44015670 gaaggttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactatgggtgctcttatcacatatgtctgagaa 44015571  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 429  Q
    |||| || ||||| || ||    || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||| | ||||| |||||    
T  44015570 aggagtactttgaaacattagagctgaaagaaggtggagttgttcgcctcggtaataataaggcttgtaaaattcaaggtatggg 44015486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 365
Target Start/End: Original strand, 3786969 - 3787054
Alignment:
Q  280 aagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 365  Q
    ||||| |||||| ||||||| ||||||  ||||| |  ||| ||||||||||| || ||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  3786969 aagttaggaaccagagaagagttgggtaatggacccttgattctcttatcacaagtatccaagaaagaaataatttgagactttga 3787054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 14738475 - 14738912
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738475 ggacatgaaggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 14738574  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  14738575 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 14738674  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  14738675 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactc 14738774  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738775 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 14738874  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14738875 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 14738912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 161 - 453
Target Start/End: Original strand, 33332124 - 33332416
Alignment:
Q  161 aagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtg 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33332124 aagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgaaagtggtccctcggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtg 33332223  T
Q  261 cgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagac 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332224 cgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagac 33332323  T
Q  361 tttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33332324 tttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcacgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 33332416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 106 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 29485668 - 29485334
Alignment:
Q  106 caagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| | |||| ||    
T  29485668 caagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggctaaagggggcaat 29485569  T
Q  206 ggtagtccttcggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttggg 305  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||   | ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  29485568 ggtagtccatccgttcaagttgcggaggtgtccaatgaagattgttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttggg 29485469  T
Q  306 ttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||             |||||||| ||    
T  29485468 ttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgggactttggttctaaaagaaggagg-------------ggaaataataa 29485382  T
Q  406 agcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29485381 agcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacattcgtctaaagatgtttga 29485334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 24432239 - 24432661
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||      ||| || || || |||||||||||||||||     
T  24432239 ggttgatgagggtggtgaaagcttgaatgttgcaagagggtgaagtgagcatagaggaaaagg------gaagtcgaggtcaaagtctaggtccaagggt 24432332  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||| |||||||| ||||   ||||||  | |||| ||| ||||||||| |||||||    
T  24432333 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaaacaatgtcacttcaagaaggattacccggatagagggggcaatgctagtccttccgttcaag 24432432  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||||| |||  |  ||||||| | ||||||||||| |||||| |||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24432433 ttgcggtggcatctgatgaagatgtttatgagagtgtgggtgcactagcggtcataagttgggaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgctc 24432532  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    ||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  24432533 ttatcacgtatgtcatagaaaggaatattttgagactttggctctaaaagaatgaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcacagtccaaggc 24432632  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||    
T  24432633 gtgggcaccgttcgtctaaagatgtttga 24432661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 166
Target Start/End: Original strand, 33331349 - 33331499
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33331349 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 33331448  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaa 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  33331449 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaa 33331499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 24078108 - 24077677
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaaggg---aaatcaagatccaagtctaggtccaag 121  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||| |||||||||||| ||||||||   || || |  ||  |||||| || ||||    
T  24078108 ggttgataaaagtagtgaaggcttgaatattacaagagaaaggagtgatcatagaggaaaatgcaaaggggggaagtcgaagtcttagtctaagttcaag 24078009  T
Q  122 ggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttc 221  Q
    || ||||| ||||||||||||  ||  ||| |||||||||| || ||||| |||||||| |||||| | || ||||  ||  |||||||| |||| |||     
T  24078008 gggtttgataaatcaaagtatcgatatttcatttgtcataaacatggtcacttcaagaaggattgtcctgacaagggaggaaatggtagttcttctgttt 24077909  T
Q  222 aagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatg 321  Q
    |||||||   |||  |  ||||||| ||||||||||||||||||||  ||| | | |||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||| || ||    
T  24077908 aagttgcaatggcgtccgatgaagatggttatgagagtgcgggtgcattagcgatcacaagttgggaatcagagaagagttgggtcttggactcagggtg 24077809  T
Q  322 ctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 421  Q
    |||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  24077808 ctcttatcacatgtttttgggaaaggaatattttgagactttggatctaaaagaaggtggagttgttcgactcaaaaataacaaggcttgcaaagtccaa 24077709  T
Q  422 ggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
     |||||   | ||||||| |||| ||||||||    
T  24077708 cgcatgtctaccgttcgtttaaatatgtttga 24077677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 13879915 - 13880027
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  13879915 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 13880014  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  13880015 aggagtactttga 13880027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22349976 - 22349864
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||  |||||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||| ||||    
T  22349976 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctaggtgctcttatcacatatgtccgagaa 22349877  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  22349876 aggagtactttga 22349864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 9035483 - 9035413
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaag 86  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || |||| ||||||||||| |||||    
T  9035483 ggacatgaaggttgatgaaggtggtgaaggcttgaatattataaggggaaggagtgagcatagagaaaaag 9035413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 357
Target Start/End: Original strand, 25942848 - 25942957
Alignment:
Q  248 ggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagg 347  Q
    |||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  25942848 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagg 25942947  T
Q  348 aatattttga 357  Q
    | || |||||    
T  25942948 agtactttga 25942957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 32479524 - 32479087
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479524 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 32479425  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  32479424 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 32479325  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32479324 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 32479225  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479224 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 32479125  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32479124 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 32479087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 8516278 - 8515841
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8516278 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 8516179  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  8516178 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 8516079  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  8516078 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggttttggactc 8515979  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8515978 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 8515879  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8515878 gtccaaggcatgggaaacgttcgtctaaagatgtttga 8515841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Original strand, 28490077 - 28490513
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||     
T  28490077 ggacatgaaggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagaggaaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaga 28490176  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  28490177 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattttccggataagg-gggcgatggtagtcctt 28490275  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  28490276 cggttcaagttacggaggcttcaaatgaagagggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgagttttggactc 28490375  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28490376 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattcttaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcttgcaaa 28490475  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28490476 gtccaaggtatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 28490513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 16263538 - 16263109
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  16263538 ggttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtcccagggc 16263439  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcattt-caagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaa 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||| | |||| ||||||||||||| ||||||    
T  16263438 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcattttcaagaaggattgccaggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaa 16263339  T
Q  224 gttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgct 323  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16263338 gttgcggaggcttcaaatgaagatggttttgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgct 16263239  T
Q  324 cttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaagg 423  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16263238 cttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaataaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaagg 16263139  T
Q  424 catgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16263138 catgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 16263109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 9602758 - 9603187
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaat--gttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagg 122  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9602758 ggttgatgaaggtggtga-ggcttgaatatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaaggtcctagtctaggtccaagg 9602856  T
Q  123 gctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttca 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||  |||||| ||||| ||||||| |||||    
T  9602857 gctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattttccggatagagagggcaatggttgtccttccgttca 9602956  T
Q  223 agttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgc 322  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9602957 agttgcggaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgc 9603056  T
Q  323 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaag 422  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  9603057 tcttatcatatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttggctctaagagaaggagaagttgttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaaa 9603156  T
Q  423 gcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||| |||  |||||||| ||||||||||    
T  9603157 gcatggacaatattcgtctatagatgtttga 9603187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 3324460 - 3324876
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||            ||| ||||||||||||    
T  3324460 ggttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaaggggaa------------gtcgaggtccaagggc 3324547  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |||| | |||| |||||| |||||| || ||||    
T  3324548 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgcccgaataaagggggcaatggtaatccttccgtgcaag 3324647  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||| ||||  | |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  3324648 ttgcgaaggcgtccaatgaagatggttatgagagggcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggtgttggactcgggatgctc 3324747  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  3324748 ttattacatgtgtcctaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataaaaaagcatgcaaagcccaaggc 3324847  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3324848 atgggcaccgttcgtctaaagatgtttga 3324876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 216 - 453
Target Start/End: Original strand, 2673323 - 2673560
Alignment:
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  2673323 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttaggttttggactc 2673422  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673423 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 2673522  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2673523 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 2673560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 411 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 1309660 - 1309618
Alignment:
Q  411 gcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1309660 gcaacgtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 1309618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 239 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 29912966 - 29912848
Alignment:
Q  239 aatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtc 338  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  29912966 aatgaggaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtc 29912867  T
Q  339 ctagaaaggaatattttga 357  Q
    | |||||||| || |||||    
T  29912866 cgagaaaggagtactttga 29912848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 248 - 357
Target Start/End: Original strand, 10898184 - 10898293
Alignment:
Q  248 ggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagg 347  Q
    |||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10898184 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatttgtccaagaaagg 10898283  T
Q  348 aatattttga 357  Q
    | || |||||    
T  10898284 agtactttga 10898293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 6304487 - 6304599
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  6304487 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtctttgactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 6304586  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  6304587 aggagtactttga 6304599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10097811 - 10097699
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || ||||||||| |||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  10097811 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttggtaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 10097712  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  10097711 aggagtactttga 10097699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10204696 - 10204584
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || ||||||||| |||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  10204696 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttggtaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 10204597  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  10204596 aggagtactttga 10204584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 248 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22624981 - 22624872
Alignment:
Q  248 ggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagg 347  Q
    |||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  22624981 ggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaagg 22624882  T
Q  348 aatattttga 357  Q
    | || |||||    
T  22624881 agtactttga 22624872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 278 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 47881860 - 47881707
Alignment:
Q  278 acaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaag 377  Q
    ||||||||| |||| || |||  |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || ||    ||||||||||    
T  47881860 acaagttggaaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttgaaacattagagctaaaagaag 47881761  T
Q  378 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggca 431  Q
    | ||||| ||||| || || ||||| ||  |||| ||| | ||||| |||||||    
T  47881760 gtggagtagttcgccttggcaataataagacttgtaaaattcaaggtatgggca 47881707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10611782 - 10611670
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    |||||||||||||||||  | || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  10611782 gaaggttatgagagtgctcgagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaa 10611683  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  10611682 aggagtactttga 10611670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 19348461 - 19348025
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19348461 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 19348362  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  19348361 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataagg-gggcgatggtagtcctt 19348263  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19348262 cggttcaagttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcaggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 19348163  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19348162 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaa 19348063  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19348062 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 19348025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 25 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 25402825 - 25402485
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  25402825 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttgtaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggc 25402726  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  25402725 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaggattgtccggataaggggggcgatggtagtccttcggtccaag 25402626  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25402625 ttgcggaggcatcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccagagaagagttgggttttggactcgggatgctc 25402526  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25402525 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 25402485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 25 - 403
Target Start/End: Original strand, 10446349 - 10446715
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||            ||| ||||||||||||    
T  10446349 ggttgataaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagcgaccatagaggaaaaggcaaggggaa------------gtcgaggtccaagggc 10446436  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||   |||||| | |||| ||||||||| ||| |||||||    
T  10446437 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgcctggataaagggggcaatggtagtcattccgttcaag 10446536  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10446537 ttgcggaggcaaccaatgacgatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 10446636  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataac 403  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10446637 ttatcacatgtgtcccaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaagaggagttgttcgactcggaaataac 10446715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 2737381 - 2737493
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  2737381 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 2737480  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  2737481 aggagtactttga 2737493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 39681222 - 39681334
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  39681222 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagagctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatttgtccaagaa 39681321  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  39681322 aggagtactttga 39681334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Original strand, 17933330 - 17933409
Alignment:
Q  278 acaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 357  Q
    |||||||||||||| || |||  |||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  17933330 acaagttgggaacctgaaaagggttgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttga 17933409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 20053765 - 20053653
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||  || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  20053765 gaaggttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccgagaa 20053666  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  20053665 aggagtactttga 20053653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 28456507 - 28456323
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||  || || |||   || |||||||||||||| || |||   | ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  28456507 gaaggttatgagagtgttggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctaggtcttggactctggttgctcttatcacatctgtccgagaa 28456408  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 429  Q
    | || || ||||| || ||    || |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||| | ||||| |||||    
T  28456407 atgagtactttgaaacattacagctgaaagaaggtggagttgttcgccttggtaataataaggcttgcaaaattcaaggtatggg 28456323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 41397423 - 41396986
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41397423 ggacatgaaggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 41397324  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  41397323 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgacggtagtcctt 41397224  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41397223 cggttcaagttgcggaggcttcaaataaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 41397124  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41397123 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaa 41397024  T
Q  416 gtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41397023 gtccaaggcatgggcaacgtttgtctaaagatgtttga 41396986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 25 - 421
Target Start/End: Original strand, 19359750 - 19360146
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||    
T  19359750 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtcaaggtccaagggc 19359849  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||   ||||||| | |||||||||||||||||| || ||||    
T  19359850 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcattagcaaggtcatttcaagaaggatttcccggataaagggggcgatggtagtccttccgtccaag 19359949  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19359950 ttgcggaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 19360049  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19360050 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgaggctttgactctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 19360146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 47099730 - 47100158
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||     
T  47099730 ggttgaagaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcgaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagggg 47099829  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||   ||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||    
T  47099830 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattacccggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaag 47099929  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   ||||||||    
T  47099930 ttgtggaggcttccaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgagttttggaccttggatgctc 47100029  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  47100030 ttatcacatgtgtcataggaagaaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcgaaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggc 47100129  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  47100130 atgggcactgttcgtctaaagatgtttga 47100158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 9024711 - 9025138
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |    | ||||||||||| ||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||||     
T  9024711 ggttgatgagggtggtgaaggcttgaatgttacaagttgataaagtgagcatagagaaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaagtccaaggga 9024810  T
Q  125 -tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcg-gataaggagggcgatggtagtccttcggttca 222  Q
     ||||||||||||||||    |||||| || ||||||  ||  | ||| ||||||||  ||| |||| ||||| | |||| ||||| || |||| |||||    
T  9024811 gtttgacaaatcaaagttatgatgctttctctgtcatgggcccgatcagttcaagaagcatt-ttcgtgataaagggggcaatggtggttcttccgttca 9024909  T
Q  223 agttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgc 322  Q
    |||||||| ||   |  ||||||| || ||||    ||||||||| |||||||| ||||||| | |  ||||||||| |||||||||||||  ||| |      
T  9024910 agttgcggtggagtccgatgaagatggatatgtc--tgcgggtgcactagtggtcacaagttcgaagtcggagaagagttgggttttggacctggggttt 9025007  T
Q  323 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagac-tttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9025008 tcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttaagacttttggctctaaaagaagaaggagttgttcgactcgg-aataacaaagcttgcaaagtccaa 9025106  T
Q  422 ggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9025107 ggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttga 9025138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 27 - 353
Target Start/End: Original strand, 17346428 - 17346753
Alignment:
Q  27 ttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctt 126  Q
    ||||| ||||| |||| || ||||||||| |||| || |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||  || || |||||||||| || |||||| ||    
T  17346428 ttgattaaggtggtgacggtttgaatgttgcaaggggaaggagtgagcgtagagaaaaaggcaaggggaggtcgaggtccaagtctaagtacaagggatt 17346527  T
Q  127 tgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagtt 226  Q
    ||| |||| |||||    |||||| |||||||| ||||  | ||| |||||||| ||||||||  | |||| |||| ||||| || ||||  ||||||||    
T  17346528 tgagaaataaaagttacgatgctttctttgtcaaaagcccgatcacttcaagaaggattgttcaaacaagg-gggcaatggtggttcttccattcaagtt 17346626  T
Q  227 gcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctctt 326  Q
    | || |||     ||||||| |||||| |||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||    
T  17346627 gtggtggcgtttgatgaagatggttattagagtgtgggtgcattagtggtcacaagttgggaaccagagaagagttaggttttggagtcggggtgctctt 17346726  T
Q  327 atcacatgtgtcctagaaaggaatatt 353  Q
    |||||||||||||||| || |||||||    
T  17346727 atcacatgtgtcctaggaatgaatatt 17346753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 357
Target Start/End: Original strand, 9522904 - 9523016
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||    
T  9522904 gaaggttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggatgggtcttggactctgggtgctcttatcacatctgtccaagaa 9523003  T
Q  345 aggaatattttga 357  Q
    |||| || |||||    
T  9523004 aggagtactttga 9523016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 2400229 - 2400129
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    |||| |||||||||||| || || |||   || |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  2400229 gaagcttatgagagtgctggagcactaactgtgacaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtccgagaa 2400130  T
Q  345 a 345  Q
    |    
T  2400129 a 2400129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Original strand, 9225316 - 9225744
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9225316 ggttgatgaaggtactgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 9225415  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9225416 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtccctcggttcaag 9225515  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9225516 ttacggagacttcaaatgaagaaggttatgagagtgagggtgcactagtggtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctc 9225615  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9225616 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgtttgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 9225715  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9225716 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 9225744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 26 - 453
Target Start/End: Original strand, 16624918 - 16625333
Alignment:
Q  26 gttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggct 125  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||            ||| |||||||||||||    
T  16624918 gttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcataaaggaaaaggcaaggggaa------------gtcgaggtccaagggct 16625005  T
Q  126 ttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaagt 225  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | |||| || |||||||||| ||||||||    
T  16625006 ttgaaaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggataaagggggcaatcgtagtccttccgttcaagt 16625105  T
Q  226 tgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctct 325  Q
    |||||||||  | |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16625106 tgcggaggcgtccaatgaagatggttctgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctct 16625205  T
Q  326 tatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggca 425  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16625206 tatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgaatcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggca 16625305  T
Q  426 tgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625306 tgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 16625333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 5147076 - 5146651
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||| |||||||||||| |||    
T  5147076 ggttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagaggaaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaggtctaggtccaaaggc 5146977  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||    
T  5146976 tttgacaaataaaagtataagtgttttctttgtcataagcaaggtcacttcaagaaggattgtccggataaagggggtgatggtagtccgtccgttcaag 5146877  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| | || |||||||||| ||||||||    
T  5146876 ttgcggaggcatcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaactggagaagagtcggtttttggactcaggatgctc 5146777  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  5146776 ttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttga---tttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagtgtgcaaagtccaaggc 5146680  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    | | ||||||||||| |||||||||||||    
T  5146679 acgagcaacgttcgtataaagatgtttga 5146651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 171
Target Start/End: Original strand, 18241667 - 18241798
Alignment:
Q  40 tgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaag 139  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18241667 tgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggaaaggggaagtcgaggtgcaagtctaggtccaagggctttgacaaatcaaag 18241766  T
Q  140 tataaatgcttcctttgtcataagcaaggtca 171  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  18241767 tataaatgctttctttgtcataagcaatgtca 18241798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 429
Target Start/End: Original strand, 16633666 - 16633850
Alignment:
Q  245 gaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaa 344  Q
    ||||||||||||||||| || || |||   || ||||||| |||||| || |||  |||||| ||||||||  | ||||||| |||||| ||||| ||||    
T  16633666 gaaggttatgagagtgcaggagcactaactgtgacaagtttggaacctgaaaagggttgggtcttggactctaggtgctcttttcacatttgtccgagaa 16633765  T
Q  345 aggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatggg 429  Q
    |||| || ||||| |||||  | || |||||||  |||||| |||| || || ||||| || |||| |||| | ||||| |||||    
T  16633766 aggagtactttgaaactttattgctgaaagaagctggagttattcgccttggtaataataaggctttcaaaattcaaggtatggg 16633850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 405
Target Start/End: Original strand, 149858 - 150247
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  149858 ggacatgagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 149957  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtcctt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  149958 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtagtcctt 150057  T
Q  216 cggttcaagttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactc 315  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  150058 cggttcaagttgcggaggcttcgaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactc 150157  T
Q  316 gggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaa 405  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  150158 gggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaa 150247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 25 - 436
Target Start/End: Original strand, 4106 - 4521
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||| ||    
T  4106 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaagagc 4205  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||     
T  4206 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaggattgcccggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaat 4305  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4306 ttgcagaggcgtcaaatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttggaaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 4405  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagct----tgcaaagtcca 420  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  4406 ttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagctagcgtgcaaagtcca 4505  T
Q  421 aggcatgggcaacgtt 436  Q
    ||||||||||||||||    
T  4506 aggcatgggcaacgtt 4521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 25 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 1682 - 1254
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  1682 ggttgatgaaggtggtgaaggcttgaatgttgcaagagggaggagtgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtcccagggc 1583  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||   || |||| | |||| ||||||||||||| |||||||    
T  1582 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtcacttaaagaaggatttcccgaataaagggggcaatggtagtccttccgttcaag 1483  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    |||  | |||  |  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1482 ttgttgtggcgtccgatgaagatggttatgagagtgcgggtgcactagtggtcacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctc 1383  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggc 424  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  1382 ttatcacatgtgtcttagaaatgaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagtagctcgactcggaaataacaaggcgtgcaaagtccaaggc 1283  T
Q  425 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1282 atgggcaacgttcgtctaaagatgtttga 1254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 25 - 365
Target Start/End: Original strand, 18851 - 19191
Alignment:
Q  25 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggc 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||     
T  18851 ggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaggga 18950  T
Q  125 tttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtagtccttcggttcaag 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  18951 tttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggttattttaagaaggattgtccggataaggggggcgatggtagtccttcggtccaag 19050  T
Q  225 ttgcggaggctacaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctc 324  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  19051 ttgcgaaggcttcaaatgaagaaggttatgagagtgcgggtgcactagtggttacaagttgggaaccggagaagagataggttttggactcgggatgctc 19150  T
Q  325 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19151 ttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttga 19191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 210
Target Start/End: Original strand, 780 - 974
Alignment:
Q  16 ggacatcagggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctagg 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  780 ggacatgaaggttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggagaaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaataaagatccaagtctaga 879  T
Q  116 tccaagggctttgacaaatcaaagtataaatgcttcctttgtcataagcaaggtcatttcaagaaagattgttcggataaggagggcgatggtag 210  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  880 tccaagggatttaacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcacaagcaaggtcatttcaagaaagattgtccggataaggggggcgatggtag 974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 241 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 35969 - 35757
Alignment:
Q  241 tgaagaaggttatgagagtgcgggtgcgctagtggtaacaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcct 340  Q
    |||||| |||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  35969 tgaagatggttatgaaagtgtcggtgcactagtggttacaagttgagaactagagaagagttgggttttggactcggggtgctcttatcacatgtgtctt 35870  T
Q  341 agaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtc 440  Q
    |  |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  35869 atgaaggaatattttgagaatttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcaaaatccaagtcatgggcaccgttcgtc 35770  T
Q  441 taaagatgtttga 453  Q
    ||||||| |||||    
T  35769 taaagatctttga 35757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 42448 - 42334
Alignment:
Q  26 gttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggct 125  Q
    |||||||| ||| | ||| ||||||||||| ||||  | | || ||| ||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||| ||||||||| |    
T  42448 gttgatgagggtggcgaaagcttgaatgtttcaaggagaatgagtgaccatagaggaaaaggcaaagggaagtcgaggtccatgtctaagtccaagggtt 42349  T
Q  126 ttgacaaatcaaagt 140  Q
    |||||||||||||||    
T  42348 ttgacaaatcaaagt 42334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 140
Target Start/End: Original strand, 30396 - 30510
Alignment:
Q  26 gttgatgaaggtagtgaaggcttgaatgttacaagagggaggaatgagcatagaggaaaaggcaaagggaaatcaagatccaagtctaggtccaagggct 125  Q
    |||||||| ||| | ||| ||||||||||| ||||  | | || ||| ||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||| ||||||||| |    
T  30396 gttgatgagggtggcgaaagcttgaatgtttcaaggagaatgagtgaccatagaggaaaaggcaaagggaagtcgaggtccatgtctaagtccaagggtt 30495  T
Q  126 ttgacaaatcaaagt 140  Q
    |||||||||||||||    
T  30496 ttgacaaatcaaagt 30510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 278 - 357
Target Start/End: Original strand, 17534 - 17613
Alignment:
Q  278 acaagttgggaaccggagaagacttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttga 357  Q
    |||||||||||||| || |||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  17534 acaagttgggaacctgaaaagggctgggtcttggactctggatgctcttatcacatctgtccgagaaaggagtactttga 17613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University