View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_286 (Length: 277)

Name: NF10145A_low_286
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_286
NF10145A_low_286
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (9-252)||(5381378-5381621)
chr3 (9-252)||(13721145-13721388)
chr3 (90-169)||(24341603-24341682)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (9-252)||(27560-27803)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-252)||(88286-88529)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-252)||(11713140-11713383)
chr7 (11-252)||(13162351-13162592)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (9-252)||(42377158-42377401)
chr1 (9-252)||(14474908-14475151)
chr1 (9-252)||(2795158-2795401)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-250)||(16775804-16776045)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5381621 - 5381378
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5381621 gagatgaaccagaaaaagaagaagttttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 5381522  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5381521 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 5381422  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5381421 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 5381378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 13721388 - 13721145
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13721388 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgttgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 13721289  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  13721288 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactactggaaaggtttgtgatgttataatagacagtggt 13721189  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13721188 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 13721145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 90 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 24341682 - 24341603
Alignment:
Q  90 tgatcagacgaagcctacacacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcacc 169  Q
    |||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24341682 tgatcataggaaggctacacatgatgtcagcacaagaagagcattacttgaggaaaaacatttttcatactcgttgcacc 24341603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 27803 - 27560
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27803 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 27704  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27703 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 27604  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27603 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 27560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Original strand, 88286 - 88529
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  88286 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 88385  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  88386 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 88485  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  88486 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 88529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Original strand, 11713140 - 11713383
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11713140 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 11713239  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  11713240 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 11713339  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11713340 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 11713383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 252
Target Start/End: Original strand, 13162351 - 13162592
Alignment:
Q  11 gatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctacaca 110  Q
    |||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  13162351 gatgaacatgaaaaagatgtagagttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgttcagacgaagcctacacg 13162450  T
Q  111 cgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggtag 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13162451 cgatgtcagcccaagaagagcattggttgacgaaaaacatcatccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatattataatagatagtggtag 13162550  T
Q  211 ttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13162551 ttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 13162592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Original strand, 42377158 - 42377401
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42377158 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctagtgatcagacgaagcctaca 42377257  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42377258 cgcgatgtcagctcaagaagagtattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 42377357  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42377358 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagttaga 42377401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 14475151 - 14474908
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14475151 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 14475052  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14475051 cgcgatgtcagctcaagaagagcattggttgagcaaaaacatttttcatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 14474952  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  14474951 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaatttaga 14474908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 2795401 - 2795158
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2795401 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctagtgatcagacgaagcctaca 2795302  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2795301 cgcgatgtcagctcaagaagaacatttgttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgccggaaaagtttgtgatgttataatagacagtggt 2795202  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagttaga 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2795201 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtggagaagttaga 2795158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16776045 - 16775804
Alignment:
Q  9 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgagtctctggtgatcagacgaagcctaca 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  16776045 gagatgaaccagaaaaagaagaagtgttagagccaatttatgatgaagagctcattgttgctgatcatggcgaatctctagtgataagacgaagcctaca 16775946  T
Q  109 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaatattttccatactcgttgcaccattgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16775945 cacgatgtcagctcaagaagagcattggttgaggaaaaacattttccatactcgttgcaccactgctggaaaagtttgtgatgttataatagatagtggt 16775846  T
Q  209 agttgtgaaaatgtggtgtcgaactacatggtaaagaagtta 250  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16775845 agttttgaaaatgtggtgtcgaactacatggtagagaagtta 16775804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University