View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_298 (Length: 273)

Name: NF10145A_low_298
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_298
NF10145A_low_298
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (4-270)||(22018288-22018554)
chr3 (4-270)||(16322523-16322789)
chr3 (4-270)||(18504498-18504764)
chr3 (4-270)||(5895907-5896173)
chr3 (5-251)||(11785769-11786014)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (4-270)||(34142154-34142409)
chr5 (121-263)||(22141050-22141192)
chr5 (43-245)||(15541585-15541787)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-270)||(14702814-14703080)
[»] scaffold0084 (1 HSPs)
scaffold0084 (4-270)||(20191-20457)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (4-270)||(22921437-22921703)
chr6 (4-268)||(24401096-24401360)
chr6 (43-245)||(22228230-22228432)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (4-270)||(16847803-16848069)
chr1 (4-251)||(20965364-20965611)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (4-269)||(24435939-24436204)
chr8 (157-270)||(24902507-24902620)
chr8 (4-82)||(24902618-24902696)
[»] scaffold0661 (1 HSPs)
scaffold0661 (4-269)||(7818-8083)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (4-270)||(25862-26128)
[»] scaffold0126 (1 HSPs)
scaffold0126 (4-251)||(13274-13521)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-196)||(13843547-13843739)
[»] scaffold0218 (1 HSPs)
scaffold0218 (4-269)||(11326-11591)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Original strand, 22018288 - 22018554
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22018288 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgatgaccaaaagaaacttaggctattttcgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 22018387  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22018388 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 22018487  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22018488 aagctttcggcaaggtgaaagtgaatcattgtatgatgcttgggaaaggttcaatttgctactgaag 22018554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 16322789 - 16322523
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16322789 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 16322690  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16322689 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattaaagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 16322590  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  16322589 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaag 16322523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 18504764 - 18504498
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18504764 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 18504665  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18504664 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattatagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 18504565  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  18504564 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaag 18504498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 5896173 - 5895907
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5896173 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaattggtaaagctaaagactggttattgactt 5896074  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5896073 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttatagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 5895974  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5895973 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaag 5895907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 251
Target Start/End: Original strand, 11785769 - 11786014
Alignment:
Q  5 agtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgacttt 104  Q
    ||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| | | | ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||||||    
T  11785769 agttttgtgtacctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactgatgttgtttcctttcactttgaccgataaagctaaagactggttgctgacttt 11785868  T
Q  105 gcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagca 204  Q
     |||||||| || |||||||||||||| ||  ||||||||| |||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||  |     
T  11785869 acctaatggtacaattcaaacatgggaggagctagagctgaggtttttggagaagt-tttacctatgtccaagtacttagacaagaaacaagagatttct 11785967  T
Q  205 agctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaag 251  Q
    | |||| ||||||| ||||  || ||| ||||||||||||| |||||    
T  11785968 aactttaggcaaggggagaccgagtcactgtatgatgcttgggaaag 11786014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 34142409 - 34142154
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34142409 gagttttgtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 34142310  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34142309 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttc-----------ttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 34142221  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  34142220 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgggaaaggttcaatttgccactgaag 34142154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 121 - 263
Target Start/End: Original strand, 22141050 - 22141192
Alignment:
Q  121 caaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagctttcggcaaggtg 220  Q
    |||||| |||||||  ||||||| |||||  | |||||||| || ||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||  | | |||||||||||| |    
T  22141050 caaacaagggaagagctagagcttaagttcttggagaagtactttcctatgtccaaatattgggataagaaacaagagatttccatctttcggcaagggg 22141149  T
Q  221 agagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgct 263  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  22141150 agagtgagtcactatatgatgcttaggaaagatttaatttgct 22141192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 15541787 - 15541585
Alignment:
Q  43 aagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactttgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagc 142  Q
    |||||||||||| | || || ||||| |||||||||| ||| ||||| ||| || | ||| | || ||||| ||  ||||||  |||||||| || ||||    
T  15541787 aagaaacttaggttgttccctttcaccttaaccggtagagcaaaggattggctactaactatacccaatggaaccgttcaaagttgggaagagttggagc 15541688  T
Q  143 tgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgc 242  Q
    | || || |||||||| ||||| |||||||| || || | |||||||||    |||||  |||  ||| ||||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  15541687 ttaaattcctagagaaatattttcctatgtcaaaatattgggataagaaaatggaaatttcaaattttaggcaaggggagagtgagtcactatatgatgc 15541588  T
Q  243 ttg 245  Q
    |||    
T  15541587 ttg 15541585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Original strand, 14702814 - 14703080
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  14702814 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactagttattgactt 14702913  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14702914 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggagttagagcttaagtttctagaaaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 14703013  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  14703014 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgctactgaag 14703080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0084 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0084
Description:

Target: scaffold0084; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Original strand, 20191 - 20457
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  20191 gagttttgtgttcctccagcaaatgttacagaagaccaaaagaaactcaggctattcacgttcactttaaccggtaaagctaaagactagttattaactt 20290  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20291 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctaaagtttctagaaaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 20390  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  20391 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgctactgaag 20457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Original strand, 22921437 - 22921703
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22921437 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactgaggctattcccgttcactttaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 22921536  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22921537 ttcccaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 22921636  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  22921637 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaag 22921703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 268
Target Start/End: Original strand, 24401096 - 24401360
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || | ||| |||||||| |||| ||    
T  24401096 gagttttgtgtgcctccaacaaatgttactgaagaccaaaagaaactgaggctattccccttcacgttaaccggaaagggtaaagactggttgttgaatt 24401195  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24401196 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggagttagagcttaattttctagaaaagtatttccctatgtccaaatacttggataagaagcaagaaatagc 24401295  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactga 268  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||    
T  24401296 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactctatgatgcctgggaaagattcaatttgctcctga 24401360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 245
Target Start/End: Original strand, 22228230 - 22228432
Alignment:
Q  43 aagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactttgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagc 142  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||| ||||| |||| ||| ||||| |||||| | ||| | || ||||| ||  ||||||  |||||||| || ||||    
T  22228230 aagaaacttaggttgtttctcttcaccttaactggtagagcaaaggattggttactaactatacccaatggaaccgttcaaagttgggaagagttggagc 22228329  T
Q  143 tgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgc 242  Q
    | || || ||||| || ||||| |||||||| || || | |||||||||    |||||  ||| |||| ||||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  22228330 ttaaattcctagaaaaatattttcctatgtcaaaatattgggataagaaaatggaaatttcaaactttaggcaaggggagagtgagtcactatatgatgc 22228429  T
Q  243 ttg 245  Q
    |||    
T  22228430 ttg 22228432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 16848069 - 16847803
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16848069 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcactttaattggtaaagctaaagactggttattgactt 16847970  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16847969 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 16847870  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  16847869 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaaggttcaatttgcttctgaag 16847803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Original strand, 20965364 - 20965611
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20965364 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagatcaaaagaaactcagactattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 20965463  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    ||||||||||||| || |||| |||||| ||  | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  20965464 tgcctaatgggaccatccaaaaatgggatgagctggagctgaagtttttagagaagtttttccctatgtccaaatacctggataagaaacaagagatagc 20965563  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaag 251  Q
     | |||| ||||||| ||  |||| ||| | ||||||||||| |||||    
T  20965564 caactttaggcaaggggaaggtgagtcactttatgatgcttgggaaag 20965611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 269
Target Start/End: Original strand, 24435939 - 24436204
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24435939 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttcccgttcacattaatcggtaaagctaaagactggttattgactt 24436038  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24436039 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 24436138  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaa 269  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  24436139 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgcttctgaa 24436204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 157 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 24902620 - 24902507
Alignment:
Q  157 aagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttca 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||    
T  24902620 aagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagcaagcttttagcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgcgaaagattca 24902521  T
Q  257 atttgctactgaag 270  Q
    ||||| ||||||||    
T  24902520 atttgttactgaag 24902507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 24902696 - 24902618
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaag 82  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24902696 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaag 24902618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0661 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0661
Description:

Target: scaffold0661; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 269
Target Start/End: Original strand, 7818 - 8083
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7818 gagttttgtgttcctccagcaaatgttaatgaagaccaaaagaaactcaggcttttaccgttcacattaataggtaaagctaaagactggttattgactt 7917  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7918 tgcctaatgggactattcaaacatgggaggaattagagcttaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 8017  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaa 269  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  8018 aagcttccggcaaggtgaaggtgaatcactttatgatgcttgggaaagattcaatttgcttctgaa 8083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26128 - 25862
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  26128 gagttttgtgttcctccagcaactgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagattggttattaactt 26029  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26028 taccgaatgggactattcaaacatgggaggagttagagcttaagtttctagaaaaatatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 25929  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaag 270  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  25928 aagctttcggcaaggggaaggtgaatcactgtatgatgcttgggaaaggttcaatttgttactgaag 25862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0126 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0126
Description:

Target: scaffold0126; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13521 - 13274
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  13521 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgacat 13422  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||| ||  | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  13421 ttcctaatgggaccatccaaacatgggatgagctggagctgaagtttttagagaagtttttccctatgtccaagtacctggataagaaacaagagatagc 13322  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaag 251  Q
     | |||| ||||||| ||  |||| ||| | ||||||||||| |||||    
T  13321 caactttaggcaaggggaaggtgagtcactttatgatgcttgggaaag 13274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 196
Target Start/End: Original strand, 13843547 - 13843739
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13843547 gagttttgtgttcctccagcaaatgttactgaagaccaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 13843646  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaag 196  Q
    |||| |||||||| || |||||||| || || || || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  13843647 tgccgaatgggaccatccaaacatgagatgagttggacctgaagtttttagagaagtttttccctatgtccaagtacctggataagaaacaag 13843739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0218 (Bit Score: 114; Significance: 7e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0218
Description:

Target: scaffold0218; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 4 - 269
Target Start/End: Original strand, 11326 - 11591
Alignment:
Q  4 gagtttggtgttcctccagcaaacgtcactgaagaccaaaagaaacttaggctatttccgttcactttaaccggtaaagctaaggactggttattgactt 103  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | | |||| || |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11326 gagttttgtgttcctccagcaaattttagtgaacacaaaaagaaactcaggctattcccgttcactttaaccggtaaagctaaagactggttattgactt 11425  T
Q  104 tgcctaatgggactattcaaacatgggaagaattagagctgaagtttctagagaagtatttccctatgtccaagtacttggataagaagcaagaaatagc 203  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||    
T  11426 ttcctaatgagaccattcaaacatgggatgagttagagcttaagtttttatagaagtttttccctatgtccaagtacctagataagaaacaagagatagc 11525  T
Q  204 aagctttcggcaaggtgagagtgaatcattgtatgatgcttgagaaaggttcaatttgctactgaa 269  Q
     | |||| ||||||| ||  |||| ||| | ||||||| ||| ||||| || || |||||| ||||    
T  11526 caactttaggcaaggggaaggtgagtcactttatgatgattgggaaagatttaacttgctattgaa 11591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University