View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_471 (Length: 245)

Name: NF10145A_low_471
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_471
NF10145A_low_471
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (17-224)||(29541756-29541963)
chr6 (17-224)||(18161374-18161581)
chr6 (17-224)||(16899255-16899462)
chr6 (17-224)||(31358870-31359077)
chr6 (19-224)||(34766667-34766872)
chr6 (19-200)||(18704892-18705073)
chr6 (19-200)||(18710827-18711008)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (17-224)||(53355-53562)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (19-224)||(17150684-17150889)
chr4 (18-224)||(16254548-16254749)
chr4 (17-224)||(6693527-6693734)
chr4 (19-224)||(520738-520943)
chr4 (19-224)||(7845283-7845488)
chr4 (110-180)||(54698640-54698710)
chr4 (110-180)||(26813334-26813404)
chr4 (19-54)||(13791747-13791782)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (16-224)||(14892577-14892785)
chr8 (17-224)||(21211795-21212002)
chr8 (90-224)||(22832121-22832255)
chr8 (109-181)||(18233759-18233831)
chr8 (109-181)||(18243210-18243282)
chr8 (109-168)||(12916388-12916447)
chr8 (109-168)||(25036229-25036288)
chr8 (109-168)||(25050266-25050325)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (17-224)||(9544065-9544272)
chr7 (17-224)||(16141009-16141216)
chr7 (17-224)||(46498423-46498630)
chr7 (17-224)||(5389996-5390203)
chr7 (17-224)||(26304865-26305072)
chr7 (17-224)||(26361746-26361953)
chr7 (17-224)||(32099689-32099896)
chr7 (17-224)||(8502358-8502565)
chr7 (17-224)||(44898608-44898815)
chr7 (17-224)||(6535793-6536000)
chr7 (47-224)||(13284254-13284432)
chr7 (19-184)||(42596698-42596863)
chr7 (110-180)||(7582477-7582547)
chr7 (110-180)||(15175386-15175456)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (17-224)||(148017-148224)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (17-224)||(18362586-18362793)
chr5 (17-224)||(26201150-26201357)
chr5 (17-224)||(27413457-27413664)
chr5 (17-224)||(33940629-33940836)
chr5 (19-224)||(20949166-20949371)
chr5 (26-203)||(23375743-23375920)
chr5 (109-206)||(5601579-5601676)
chr5 (110-180)||(24413672-24413742)
chr5 (110-180)||(30453465-30453535)
chr5 (110-180)||(30458543-30458613)
chr5 (19-92)||(19781874-19781947)
chr5 (109-181)||(24289951-24290023)
chr5 (109-181)||(24299458-24299530)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (17-224)||(8974155-8974362)
chr3 (17-224)||(6423616-6423823)
chr3 (17-224)||(9538444-9538651)
chr3 (17-224)||(12387297-12387503)
chr3 (109-206)||(48979673-48979770)
chr3 (110-180)||(28366940-28367010)
chr3 (110-168)||(28374773-28374831)
chr3 (110-168)||(28382595-28382653)
chr3 (109-180)||(4384458-4384529)
chr3 (26-75)||(11461143-11461192)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-224)||(16156192-16156399)
chr1 (19-224)||(1988014-1988219)
chr1 (77-224)||(22959697-22959844)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (17-224)||(45015662-45015869)
chr2 (17-224)||(18652527-18652734)
chr2 (19-224)||(27168811-27169016)
chr2 (17-224)||(9512589-9512796)
chr2 (19-226)||(22903455-22903657)
chr2 (109-206)||(1791955-1792052)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (19-224)||(7080-7285)
scaffold0313 (19-224)||(10862-11067)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (19-224)||(6393-6598)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (17-203)||(20084-20270)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (26-203)||(16545-16722)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (110-180)||(103154-103224)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (77-224)||(189351-189498)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (109-224)||(257898-258013)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (184-224)||(1-41)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 29541756 - 29541963
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541756 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 29541855  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541856 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 29541955  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  29541956 catcatga 29541963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 18161374 - 18161581
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18161374 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18161473  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18161474 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18161573  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  18161574 catcatga 18161581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 16899255 - 16899462
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16899255 tcatcacagatggagactatgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16899354  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  16899355 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgagatactctgaaaata 16899454  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  16899455 catcatga 16899462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 31358870 - 31359077
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  31358870 tcatcacaaatgaagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 31358969  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  31358970 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 31359069  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  31359070 catcatga 31359077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Original strand, 34766667 - 34766872
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34766667 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 34766766  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34766767 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 34766866  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  34766867 tcatga 34766872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 18705073 - 18704892
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  18705073 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18704974  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatg 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  18704973 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatg 18704892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 18711008 - 18710827
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  18711008 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18710909  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatg 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  18710908 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatg 18710827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 53562 - 53355
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  53562 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaatagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 53463  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53462 taaagctagactctttctatcatgtgcattaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttaaaaata 53363  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  53362 catcatga 53355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Original strand, 17150684 - 17150889
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  17150684 atcacagatggagactttgttccaacaaccaacgaaggaactgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaatgctcaggtattgttaaacttta 17150783  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17150784 aagctagactctttctatcatttgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 17150883  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  17150884 tcatga 17150889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 224
Target Start/End: Original strand, 16254548 - 16254749
Alignment:
Q  18 catcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactct 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16254548 catcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtcacagaaaagagtacatggtcaacagatgaaaaagctcaagtattgttaaactct 16254647  T
Q  118 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||    
T  16254648 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaaga-----gggataccttgaaaatac 16254742  T
Q  218 atcatga 224  Q
    |||||||    
T  16254743 atcatga 16254749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 6693527 - 6693734
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6693527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6693626  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  6693627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6693726  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  6693727 catcatga 6693734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 520943 - 520738
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  520943 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 520844  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  520843 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 520744  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  520743 tcatga 520738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 7845488 - 7845283
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  7845488 atcacagatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctataaaggaaaagaaggcatggtcaacagatgaaaaggctcatgtattactaaactcta 7845389  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||||| |    
T  7845388 aagctagactttttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgggacactctgaaaatata 7845289  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  7845288 tcatga 7845283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 54698710 - 54698640
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54698710 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 54698640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Original strand, 26813334 - 26813404
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26813334 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 26813404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 13791782 - 13791747
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaa 54  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13791782 atcaaagatggagactttgttccaacaaccaaagaa 13791747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14892785 - 14892577
Alignment:
Q  16 atcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaact 115  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14892785 atcatcacatatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaatt 14892686  T
Q  116 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  14892685 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgataaagaggtatgggataccttaaaaat 14892586  T
Q  216 acatcatga 224  Q
    |||||||||    
T  14892585 acatcatga 14892577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21212002 - 21211795
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  21212002 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 21211903  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  21211902 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 21211803  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  21211802 catcatga 21211795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 90 - 224
Target Start/End: Original strand, 22832121 - 22832255
Alignment:
Q  90 tgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgct 189  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||     
T  22832121 tgaaaaagctcaggtattactaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatgaaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgcc 22832220  T
Q  190 aaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 224  Q
    |||||||||||||| || |||| | ||||||||||    
T  22832221 aaagaggtatgggacactttgagagtacatcatga 22832255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 181
Target Start/End: Original strand, 18233759 - 18233831
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 181  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  18233759 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 18233831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 181
Target Start/End: Original strand, 18243210 - 18243282
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 181  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  18243210 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 18243282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 168
Target Start/End: Original strand, 12916388 - 12916447
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 168  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12916388 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 12916447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 25036288 - 25036229
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 168  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25036288 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 25036229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 25050325 - 25050266
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 168  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25050325 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 25050266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9544272 - 9544065
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9544272 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9544173  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9544172 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggataccctgaaaata 9544073  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  9544072 catcatga 9544065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16141216 - 16141009
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16141216 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16141117  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  16141116 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16141017  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  16141016 catcatga 16141009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 46498423 - 46498630
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  46498423 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 46498522  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  46498523 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 46498622  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  46498623 catcatga 46498630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 5390203 - 5389996
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  5390203 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 5390104  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  5390103 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 5390004  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  5390003 catcatga 5389996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 26304865 - 26305072
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26304865 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26304964  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26304965 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26305064  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  26305065 catcatga 26305072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26361953 - 26361746
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26361953 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26361854  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26361853 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26361754  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  26361753 catcatga 26361746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 32099689 - 32099896
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32099689 tcatcacaaatggagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattattaaactc 32099788  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  32099789 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 32099888  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  32099889 catcatga 32099896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 8502358 - 8502565
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8502358 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8502457  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  8502458 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 8502557  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  8502558 catcatga 8502565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 44898608 - 44898815
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  44898608 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 44898707  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  44898708 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 44898807  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  44898808 catcatga 44898815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 6535793 - 6536000
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6535793 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcagcagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6535892  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  6535893 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6535992  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  6535993 catcatga 6536000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 47 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 13284432 - 13284254
Alignment:
Q  47 ccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatg-gtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcac 145  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13284432 ccaaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatgtgtcaacagatgaaaaatctcaagtattgttaaattctaaagctagactctttctattatgtgcac 13284333  T
Q  146 taaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  13284332 taaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaagaatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 13284254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 184
Target Start/End: Original strand, 42596698 - 42596863
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42596698 atcacagatggagactttgttccaaagaccaaaaaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaactcta 42596797  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaaga 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  42596798 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagaggtgatgaatgcaaga 42596863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Original strand, 7582477 - 7582547
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7582477 taaattctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 7582547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Original strand, 15175386 - 15175456
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15175386 taaactctaaagcttgactttttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 15175456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 148017 - 148224
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  148017 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaggtattactaaactc 148116  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  148117 ttaagctagactctttctatcatgtgcacttaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgtgataccttaaaaata 148216  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  148217 catcatga 148224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 18362586 - 18362793
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18362586 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18362685  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18362686 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18362785  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  18362786 catcatga 18362793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26201357 - 26201150
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26201357 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26201258  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26201257 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26201158  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  26201157 catcatga 26201150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 27413457 - 27413664
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||| |     
T  27413457 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaaggtcaggtattactaaattt 27413556  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  27413557 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 27413656  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  27413657 catcatga 27413664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 33940629 - 33940836
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  33940629 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 33940728  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  33940729 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 33940828  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  33940829 catcatga 33940836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Original strand, 20949166 - 20949371
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20949166 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 20949265  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20949266 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 20949365  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  20949366 tcatga 20949371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 23375920 - 23375743
Alignment:
Q  26 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctag 125  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23375920 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 23375821  T
Q  126 actctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  23375820 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 23375743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Original strand, 5601579 - 5601676
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 206  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  5601579 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 5601676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Original strand, 24413672 - 24413742
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24413672 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 24413742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 30453535 - 30453465
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30453535 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 30453465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 30458613 - 30458543
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30458613 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 30458543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 92
Target Start/End: Original strand, 19781874 - 19781947
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatga 92  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  19781874 atcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtaaaggaaaatagtgcatggtccacagatga 19781947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24290023 - 24289951
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 181  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  24290023 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 24289951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 24299530 - 24299458
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 181  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  24299530 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 24299458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 8974155 - 8974362
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8974155 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8974254  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  8974255 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 8974354  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  8974355 catcatga 8974362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 6423616 - 6423823
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6423616 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaaatgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6423715  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  6423716 taaagctagactctttctatcgtgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 6423815  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  6423816 catcatga 6423823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 9538444 - 9538651
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9538444 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9538543  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | |||||||||||  ||||||||    
T  9538544 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaacaagtatgggatactctgaaaata 9538643  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  9538644 catcatga 9538651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 12387297 - 12387503
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  12387297 tcatcacagatggagactttgttccaaaaaccaaagaaggaactgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaagtattaataaactc 12387396  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  12387397 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaactgaaagagtttatgaatttaagaatgc-aaagaggtatgggataccttgatagta 12387495  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  12387496 catcatga 12387503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Original strand, 48979673 - 48979770
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 206  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  48979673 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 48979770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 28367010 - 28366940
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28367010 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 28366940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28374831 - 28374773
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 168  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28374831 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28374773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28382653 - 28382595
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 168  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28382653 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28382595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 4384529 - 4384458
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    ||||| ||||||||| || ||| |||||||||   | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4384529 ttaaattctaaagctcgagtctatctatcatgcagattaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 4384458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 26 - 75
Target Start/End: Original strand, 11461143 - 11461192
Alignment:
Q  26 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagt 75  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11461143 atggagattttgttcaaataaccaaagaaggagttgtcaaataaaagagt 11461192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 16156192 - 16156399
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16156192 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16156291  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  16156292 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16156391  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  16156392 catcatga 16156399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 1988219 - 1988014
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1988219 atcacagatggagactttgttccattaaccaaagaaggaatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 1988120  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1988119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 1988020  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  1988019 tcatga 1988014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 224
Target Start/End: Original strand, 22959697 - 22959844
Alignment:
Q  77 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtga 176  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||    
T  22959697 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcattaaccttggaagaaagtgaaagggttgatga 22959796  T
Q  177 atgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 224  Q
    |||||  ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||||||||    
T  22959797 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 22959844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 45015662 - 45015869
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||    
T  45015662 tcattatagatgaagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactatactc 45015761  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45015762 taaagctagagtctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 45015861  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  45015862 catcatga 45015869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Original strand, 18652527 - 18652734
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18652527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18652626  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  18652627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 18652726  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  18652727 catcatga 18652734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27169016 - 27168811
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27169016 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 27168917  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27168916 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 27168817  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  27168816 tcatga 27168811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9512796 - 9512589
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9512796 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9512697  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  9512696 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 9512597  T
Q  217 catcatga 224  Q
    ||||||||    
T  9512596 catcatga 9512589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 226
Target Start/End: Original strand, 22903455 - 22903657
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||| |||||||||||||||     ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  22903455 atcacagatagagactttgttccaa-----aaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaaactcaggtattgttaaactcta 22903549  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| | ||||    
T  22903550 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtattaatgctaaagatgtatgggatattttgatattaca 22903649  T
Q  219 tcatgatg 226  Q
    ||||||||    
T  22903650 tcatgatg 22903657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 206
Target Start/End: Original strand, 1791955 - 1792052
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 206  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  1791955 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 1792052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Original strand, 7080 - 7285
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7080 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 7179  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7180 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 7279  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  7280 tcatga 7285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Original strand, 10862 - 11067
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10862 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 10961  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10962 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 11061  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  11062 tcatga 11067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 6598 - 6393
Alignment:
Q  19 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6598 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 6499  T
Q  119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6498 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 6399  T
Q  219 tcatga 224  Q
    ||||||    
T  6398 tcatga 6393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 20084 - 20270
Alignment:
Q  17 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  20084 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaatctcaggtattactaaactc 20183  T
Q  117 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 203  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  20184 caaagctagactctttctatcatgtgcactgactagggaagaaagtgaaagagttgatgtgtgtaaaaatgccaaagatgtatggga 20270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 203
Target Start/End: Original strand, 16545 - 16722
Alignment:
Q  26 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctag 125  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16545 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 16644  T
Q  126 actctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 203  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  16645 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 16722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 103224 - 103154
Alignment:
Q  110 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  103224 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 103154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 77 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 189498 - 189351
Alignment:
Q  77 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtga 176  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||    
T  189498 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcactaaccttggaagaaattgaaagggttgatga 189399  T
Q  177 atgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 224  Q
    |||||  ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||||||||    
T  189398 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 189351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 109 - 224
Target Start/End: Original strand, 257898 - 258013
Alignment:
Q  109 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatacct 208  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||  |  || |||||  |||||||||| |    
T  257898 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgtactacggcaaaagaaatatgggatacgt 257997  T
Q  209 tgaaaatacatcatga 224  Q
    | ||||| ||||||||    
T  257998 taaaaattcatcatga 258013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 224
Target Start/End: Original strand, 1 - 41
Alignment:
Q  184 aatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatcatga 224  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  1 aatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 41  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University