View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_59 (Length: 412)

Name: NF10145A_low_59
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_59
NF10145A_low_59
[»] chr3 (31 HSPs)
chr3 (21-412)||(9838621-9839012)
chr3 (21-412)||(9849499-9849890)
chr3 (22-412)||(10375763-10376153)
chr3 (21-412)||(11768994-11769385)
chr3 (21-412)||(10433962-10434353)
chr3 (83-412)||(10126750-10127079)
chr3 (83-412)||(10663348-10663677)
chr3 (21-411)||(10088550-10088940)
chr3 (21-411)||(10195433-10195823)
chr3 (21-412)||(10363716-10364107)
chr3 (55-412)||(10580395-10580752)
chr3 (83-412)||(10031825-10032154)
chr3 (83-412)||(10184064-10184393)
chr3 (83-412)||(10260520-10260849)
chr3 (21-412)||(10077026-10077420)
chr3 (23-412)||(11130944-11131333)
chr3 (23-412)||(11148772-11149161)
chr3 (21-409)||(10889066-10889454)
chr3 (21-412)||(11159935-11160326)
chr3 (21-412)||(8861046-8861437)
chr3 (205-376)||(10527281-10527452)
chr3 (83-376)||(10500375-10500671)
chr3 (205-376)||(10517408-10517579)
chr3 (37-358)||(13332680-13333001)
chr3 (205-376)||(11781957-11782128)
chr3 (90-355)||(13343918-13344183)
chr3 (90-358)||(13289494-13289762)
chr3 (37-358)||(13160756-13161077)
chr3 (37-358)||(13170807-13171128)
chr3 (83-151)||(10527157-10527225)
chr3 (91-163)||(11782173-11782245)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (24-412)||(26906660-26907048)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (205-376)||(17852898-17853069)
chr4 (83-151)||(17853126-17853194)
chr4 (267-344)||(7128961-7129038)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (37-151)||(44957888-44958002)
chr8 (205-376)||(11484961-11485132)
chr8 (205-375)||(44957664-44957834)
chr8 (89-151)||(11484842-11484904)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (21-153)||(49985-50117)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (37-358)||(145911-146232)
scaffold0002 (37-358)||(135860-136181)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (205-412)||(29836587-29836794)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (218-360)||(31679703-31679845)
chr6 (39-187)||(31679876-31680024)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Original strand, 9838621 - 9839012
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838621 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 9838720  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838721 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 9838820  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||    
T  9838821 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgatgaagaagttcaacaacattttgatatgagggcgtgg 9838920  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  9838921 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttccataacatgggatagcaataatcttga 9839012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Original strand, 9849499 - 9849890
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849499 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 9849598  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849599 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 9849698  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||    
T  9849699 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgatgaagaagttcaacaacattttgatatgagggcgtgg 9849798  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  9849799 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttccataacatgggatagcaataatcttga 9849890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 22 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 10376153 - 10375763
Alignment:
Q  22 tcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcagg 121  Q
    |||||||||||||| ||||| | | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  10376153 tcatgtgtgatagcctgcaattctttgcacagtataaagatatacttggtctgcaaactaaaagtggtagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagt 10376054  T
Q  122 ggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgtt 221  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||||||  | | ||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  10376053 ggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgataaagacactataatgaacatgttgctatcagagacagacacatcgcataataatataggtgtt 10375954  T
Q  222 gttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatggg 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10375953 gttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatggg 10375854  T
Q  322 cttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10375853 cttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 10375763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Original strand, 11768994 - 11769385
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11768994 atcatgtgtgaaagcctgcaactttttgcacaaaataaagatatattaggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttcaagttcag 11769093  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
     |||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  11769094 tggtaaatgaatctgtcatagtgggtaggaagaatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagagacacaatccataataatataggtgt 11769193  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11769194 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtctacaatgataaagaagttcaacaatattttgatttgaaggcatgg 11769293  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11769294 gcttgcgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaggtctctccttgaatcggtcacttcaagaacttgggatagcaataatcttga 11769385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 10434353 - 10433962
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||| |||||  ||||| ||||| |    
T  10434353 atcatgtgtgaaagcttgcaactttttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaaccaaaagtgggagagtttctcatagaaatccttcaagttctg 10434254  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
     ||| ||||||||| || |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| || ||||||||    
T  10434253 tggtcaatgaatctttcatggttggaaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagaaacacaactcataataagataggtgt 10434154  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  10434153 tgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcctgg 10434054  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10434053 gcttgtgtgtctcaggattttgatattttgaaagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttccagaacttgggatagcaataatcttga 10433962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 83 - 412
Target Start/End: Original strand, 10126750 - 10127079
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10126750 aagtggtagagtttctcatagactgccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttg 10126849  T
Q  183 ctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatg 282  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10126850 ctatctcagagagacacatcccataataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttgggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatg 10126949  T
Q  283 atgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcac 382  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10126950 ataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcac 10127049  T
Q  383 ttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  10127050 ttccacaacttgggatagcaataatcttga 10127079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 83 - 412
Target Start/End: Original strand, 10663348 - 10663677
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10663348 aagtggtagagtttctcatagactgccttcaagttcagtggtaaatgaatctctcatggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 10663447  T
Q  183 ctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatg 282  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10663448 ctatcacagagagacacaacccataataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatg 10663547  T
Q  283 atgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcac 382  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10663548 ataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcac 10663647  T
Q  383 ttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||| | ||| |||||||||||  |||||||    
T  10663648 ttccacaacttgggatagcaaagatcttga 10663677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 21 - 411
Target Start/End: Original strand, 10088550 - 10088940
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||| | |||||| ||||| ||||| |    
T  10088550 atcatgtgtgaaagcttgcaattgtttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaactaaaatcgcaagggtttcacatagaactccttcaagttcgg 10088649  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||| | || |||||||||||    
T  10088650 tggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgataaagagacaataatgaacatgttgctttcaaagagagaaacaaccgacaataatataggtgt 10088749  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10088750 tgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcatgg 10088849  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttg 411  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| | |||||||||| ||||||    
T  10088850 gtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttcgacaacttcggatagcaatgatcttg 10088940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 21 - 411
Target Start/End: Original strand, 10195433 - 10195823
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || || ||||| | |||||| ||||| |||||||    
T  10195433 atcatgtgtgaaagcttgcaattgtttgcacagaataaagatatacttggtctgcaaactaaaaacgcaagggtttcacatagaactccttcaagttcag 10195532  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||| | || |||||||||||    
T  10195533 tggtaaatgaatctgtcatggtgggtagaaaggatgataaagagacaataatgaacatgttgctttcaaagagagaaacaaccgacaataatataggtgt 10195632  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10195633 tgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaccattttgatttgaaggcatgg 10195732  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttg 411  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| | |||||||||| ||||||    
T  10195733 gtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcacttcgacaacttcggatagcaatgatcttg 10195823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 10364107 - 10363716
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||| ||| |||||| || || | |||  |||||||||||| ||||||||||||||||  | || ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  10364107 atcatgtgtgaaagcctgcaacattttgaaaagagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcag 10364008  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||| | || |||||||||||    
T  10364007 tggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttgctttcaaagagagaaacaaccgacaataatataggtgt 10363908  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10363907 tgttgcaattttaggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 10363808  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| | ||| | ||| ||||||||||||||    
T  10363807 gtttgtgtctctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgccacttccataacttcggaaagcaataatcttga 10363716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 55 - 412
Target Start/End: Original strand, 10580395 - 10580752
Alignment:
Q  55 ataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaaggg 154  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||| ||||| | | | || ||||||||| |||||||||||||||     
T  10580395 ataaagatgtccttggtttgcaaactaagagtgctagagtttctcatggaactccttcaagttctgtgtttaacgaatctgtcatggtgggtaggaagga 10580494  T
Q  155 tgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaa 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10580495 tgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcacagagaaacacaatccataataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaa 10580594  T
Q  255 actaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagag 354  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10580595 actacccttgcccaacttgtttacaatgataaagaagttcaacaacattttgacatgaaggcgtgggtttgtgtgtctgaggattttgatattatgagag 10580694  T
Q  355 taaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||| ||||||||||||||    
T  10580695 taacaaagtctctccttgaatctgtcacttccacaacttcggaaagcaataatcttga 10580752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 83 - 412
Target Start/End: Original strand, 10031825 - 10032154
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10031825 aagtggtagagtttctcatagactgccttcaagttcagtggtaaatgaatctctcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttg 10031924  T
Q  183 ctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatg 282  Q
    ||||| || |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10031925 ctatcacagagagacgcatcccataataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatg 10032024  T
Q  283 atgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcac 382  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10032025 ataaagaagttcaacaacattttgatttgaaggcctgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaacaaagtctctccttgaatctgtcac 10032124  T
Q  383 ttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||| | ||| | |||||||||  |||||||    
T  10032125 ttccacaacttcggatagcaaagatcttga 10032154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 83 - 412
Target Start/End: Original strand, 10184064 - 10184393
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10184064 aagtggtagagtttctcatagactgccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttg 10184163  T
Q  183 ctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatg 282  Q
    || || || |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10184164 ctgtcacagagagacacaacccataatgctataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtttacaatg 10184263  T
Q  283 atgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcac 382  Q
    || || |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10184264 ataaagaagttcaacaacattttgatatgagggcgtgggcttgtgtgtccgaggattttgatattatgagagtaaccaagtctctccttgaatctgtcac 10184363  T
Q  383 ttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  10184364 ttccacaacttgggatagcaataatcttga 10184393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 83 - 412
Target Start/End: Original strand, 10260520 - 10260849
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10260520 aagtggtagagtttctcatagactgccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaacatgttg 10260619  T
Q  183 ctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatg 282  Q
    ||||| || ||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  10260620 ctatcacagagagaaacaaccaacaataatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgctcaacttgtttacaatg 10260719  T
Q  283 atgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcac 382  Q
    || || |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10260720 ataaagaagttcaacaacattttgacatgaaggcgtgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaagtctctccttgaatcagtcac 10260819  T
Q  383 ttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    ||| ||||  ||||||| ||||||||||||    
T  10260820 ttctagaaattgggatatcaataatcttga 10260849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Original strand, 10077026 - 10077420
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagt---ttctcgtagaacaccttctagtt 117  Q
    ||||||||||| || |||||| | | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||| ||||    
T  10077026 atcatgtgtgaaaggttgcaattgtttgcacagaataaagatgtacttggtctgcaaactaaaattgctagagtaatttctcgtagaacaccttcaagtt 10077125  T
Q  118 caggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatatagg 217  Q
    ||| ||||||||||||||   |||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |  | |  ||||||||| || |||||    
T  10077126 cagtggtaaatgaatctgagatggttggtatggagcgtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatcagggatgggcggaacccataataagatagg 10077225  T
Q  218 tgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| | | |||||||||||| |||||    
T  10077226 tgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttgtttacaatgattataaagttcgataccattttgatttgcaggca 10077325  T
Q  318 tgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||    
T  10077326 tgggcttgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaagtctctccttgaatcgatcacttctagaacttgggataacaatgatcttga 10077420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 11131333 - 11130944
Alignment:
Q  23 catgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggg 122  Q
    ||||||||| | | ||||| ||| |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||| | |    
T  11131333 catgtgtgacaacctgcaaatttttgcacaaaacaaagatatccttggtttacaaactaaaagtgctagaattttccatagaacaccttctagttctgtg 11131234  T
Q  123 gtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttg 222  Q
    || ||||||||  || |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||   ||| | | |||||||||| |||||||    
T  11131233 gttaatgaatcattcatggttggtagaaaggatgacaaagagacaataacgaacatgttgctatcaaagagcagcactagcaataacaatatcggtgttg 11131134  T
Q  223 ttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggc 322  Q
    |||||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| | || ||||||||    
T  11131133 ttgcaattttaggtatgggaggtgtcggaaaaacaacccttgcacaaattgcttacaatgatgaaaaagttcaagaacactttgatctcaaagcatgggc 11131034  T
Q  323 ttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||  | ||||| | ||||||||||||    
T  11131033 ttgtgtatcggaggattttgatattttaagagtaactaaaactctccttgaatctgtcacttcaagggcttgggaaaacaataatcttga 11130944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 11149161 - 11148772
Alignment:
Q  23 catgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggg 122  Q
    ||||||||| | | ||||| ||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||| | |    
T  11149161 catgtgtgacaacctgcaaatttttgcacaaaacaaagatatccttggtttgcaaactaaaagtgctagaattttccatagaacaccttctagttctgtg 11149062  T
Q  123 gtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttg 222  Q
    || ||||||||  || |||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||  | ||   ||| | | |||||||||| |||||||    
T  11149061 gttaatgaatcattcatggttggtagaaaggatgacaaagagataataacgaacatgttgctatcaaagagcagcactagcaataacaatatcggtgttg 11148962  T
Q  223 ttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggc 322  Q
    |||||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| | || ||||||||    
T  11148961 ttgcaattttaggtatgggaggtgtcggaaaaacaacccttgcacaaattgcttacaatgatgaaaaagttcaagaacactttgatctcaaagcatgggc 11148862  T
Q  323 ttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||  | ||||| | ||||||||||||    
T  11148861 ttgtgtatcggaggattttgatattttaagagtaactaaaactctccttgaatctgtcacttcaagggcttgggaaaacaataatcttga 11148772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 409
Target Start/End: Original strand, 10889066 - 10889454
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10889066 atcatgtgtaatagcttgcaactttttgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaattggtaaagtttctcgtagaaccccttcaagttcag 10889165  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
      || |||||||||||| |||| ||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||   ||| |   |||||||||| |||||    
T  10889166 tagttaatgaatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacaataatgaacatgttgctatcagagagcagcactaggaataacaatatcggtgt 10889265  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| || ||||||||| | || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| | || ||||||    
T  10889266 tgttgcaattttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaagagcactttgatctcaaagcatgg 10889365  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatct 409  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||  |||| |||||||| || ||||||||| | ||||| | |||||||||    
T  10889366 gcttgtgtatctgaggattttgatattttaactgtaactaaaactcttcttgaatctgtgacttcaagagcttgggaaaacaataatct 10889454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 11160326 - 11159935
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  11160326 atcatgtgtgatagcttgcaacttttcgcacaacataaagatatccttggtttgcaaagtaaaattggtaaagtttctcgtagaaccccttcaagttcag 11160227  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
      || |||| ||||||| |||| ||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||   |||   | ||||||||||||| ||    
T  11160226 tagttaatgcatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacaataatgaacatgttgctatcagagagtagcactggcaataacaatataggcgt 11160127  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| || ||||||||| | || ||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||    
T  11160126 tgttgcaattttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaataatgaaaaagttcaagatcattttgatttcaaagcatgg 11160027  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    ||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||| | ||||| | ||||||||||||    
T  11160026 gcttgtgtatctgaggattttgatattttatctgtaactaaaactcttcttgaatctgtcacttcaagagcttgggaaaccaataatcttga 11159935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 412
Target Start/End: Original strand, 8861046 - 8861437
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  8861046 atcatgtgtgatagcttgcaaattttcgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaattggtaaagtttctcgtagaaccccttcaagttcag 8861145  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgt 220  Q
      || |||||||||||| |||| ||||| || | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||   ||| |   |||||||||| |||||    
T  8861146 tagttaatgaatctgtcatggttggtagaaatgatgataaagagacagtaatgaacatgttgctatcagagagcagcactaggaataacaatatcggtgt 8861245  T
Q  221 tgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgg 320  Q
    |||||||||||| || ||||||||| | || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| | || ||||||    
T  8861246 tgttgcaattttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgacacttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaagagcactttgatctcaaagcatgg 8861345  T
Q  321 gcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||  |  ||||| ||  |||| |||||||| |||||||||||| | ||||| | ||||||||||||    
T  8861346 gcttgtgtatcagaggattttgatatttcaactgtaactaaaactcttcttgaatctgtcacttcaagagcttgggaaaacaataatcttga 8861437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 205 - 376
Target Start/End: Original strand, 10527281 - 10527452
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  10527281 ataataatttaggtgttgttgcaatcttgggtatgggaggtgtcggtaaaacaacccttgcacaacttgtttacaatgatgaaaaggttgaacaccattt 10527380  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatc 376  Q
    |||| | ||||| |||| || ||| || |||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  10527381 tgatctcaaggcctgggtttatgtatcagaggatttcgatgttgtgagagtaaccaagtctctcattgaatc 10527452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 83 - 376
Target Start/End: Original strand, 10500375 - 10500671
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttg 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||| | | |  | || ||||||    
T  10500375 aagtggtagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaatgatgataaagatagactcgtcaatatgttg 10500474  T
Q  183 ctatctcaaagagacacaaccc---ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttaca 279  Q
     ||||  | |  |  |||  |    |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  | || ||||| || || || |||||||||||||    
T  10500475 gtatcagatattggaacaggcagaaataataatttaggtgttgttgcaattttgggtatgggaggcgtcggtaaaacaacacttgctcaacttgtttaca 10500574  T
Q  280 atgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatc 376  Q
    | || || ||| || || ||||||||||| |||||||||||  ||||||  | |||||||| ||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  10500575 acgacgataaaattgaagaacattttgatctgaaggcatggatttgtgtaccggaggatttcgatgttgtgagaataaccaaatctctccttgaatc 10500671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 205 - 376
Target Start/End: Original strand, 10517408 - 10517579
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||  | || ||||| ||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10517408 ataataatttaggtgttgctgcaattgtgggtatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacagtttgtttacaatgatgcaaaagttgaacaacattt 10517507  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatc 376  Q
    |||||| || || |||| |||||| ||||||||||||||| || | |||| |||||||||| ||||||||||    
T  10517508 tgatttcaaagcctgggtttgtgtatctgaggattttgatgttattagagcaaccaagtctatccttgaatc 10517579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 37 - 358
Target Start/End: Original strand, 13332680 - 13333001
Alignment:
Q  37 tgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgt 136  Q
    ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||| |||||||||   || || |||||||||| |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  13332680 tgcaactttttgcacaacagagagatattcttggcttgcaaactgtgagcgcgagagtttctcttagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgt 13332779  T
Q  137 cgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggc 236  Q
      |||| |||||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | | | ||||| ||||||||||||||     
T  13332780 tatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtgttggtgtggttgcaattttgggt 13332879  T
Q  237 atgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgagg 336  Q
    ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || ||||    
T  13332880 atgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggagg 13332979  T
Q  337 attttgatattttgagagtaac 358  Q
    |||| |||||| ||||||||||    
T  13332980 atttcgatattctgagagtaac 13333001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 205 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 11782128 - 11781957
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||  | || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  11782128 ataataatttaggtgttgtcgcaattttgggtatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacagcttgtttacaatgatgtgaaagttgaacaacattt 11782029  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatc 376  Q
    |||||| || |  |||| |||||| || |||||||| ||| || | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  11782028 tgatttcaaagtctgggtttgtgtatcggaggatttcgatgttgttagaataaccaagtctctccttgaatc 11781957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 90 - 355
Target Start/End: Original strand, 13343918 - 13344183
Alignment:
Q  90 agagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctc 189  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| |||||     
T  13343918 agagtttctctaagaacaccttcaagttcaatggtaaatgaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctg 13344017  T
Q  190 aaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaa 289  Q
    | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |    
T  13344018 acagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaaga 13344117  T
Q  290 agttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagt 355  Q
    ||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || |||||||| |||||| |||||||    
T  13344118 agttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggatttcgatattctgagagt 13344183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 90 - 358
Target Start/End: Original strand, 13289494 - 13289762
Alignment:
Q  90 agagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctc 189  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||  ||||||| |||||||  |||| |||||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| |||||     
T  13289494 agagtttctcttagaacgccttcaagttcaatggtaaataaatctgttatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctg 13289593  T
Q  190 aaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaa 289  Q
    | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |    
T  13289594 acagtggcactaccaatagtagtattggtgtggtcgcaattttgggtatgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaaga 13289693  T
Q  290 agttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaac 358  Q
    ||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  13289694 agttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggaggatttcgatattttgagagtaac 13289762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 358
Target Start/End: Original strand, 13160756 - 13161077
Alignment:
Q  37 tgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgt 136  Q
    ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||| |||||||||   || || ||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  13160756 tgcaactttttgcacaacaaagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgcgagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgt 13160855  T
Q  137 cgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggc 236  Q
      |||| |||||||||| ||| || |||| | |  | |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| ||||||||||||||     
T  13160856 tatggttggtaggaaggatgataaggagagactcgttagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggt 13160955  T
Q  237 atgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgagg 336  Q
    ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || ||||    
T  13160956 atgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggagg 13161055  T
Q  337 attttgatattttgagagtaac 358  Q
    |||| |||||| ||||||||||    
T  13161056 atttcgatattctgagagtaac 13161077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 358
Target Start/End: Original strand, 13170807 - 13171128
Alignment:
Q  37 tgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgt 136  Q
    ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||| |||||||||   || |  ||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  13170807 tgcaactttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgt 13170906  T
Q  137 cgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggc 236  Q
      |||| || ||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| ||||||||||||||     
T  13170907 tatggttggaaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggt 13171006  T
Q  237 atgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgagg 336  Q
    ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || ||||    
T  13171007 atgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggagg 13171106  T
Q  337 attttgatattttgagagtaac 358  Q
    |||| |||||| ||||||||||    
T  13171107 atttcgatattctgagagtaac 13171128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 83 - 151
Target Start/End: Original strand, 10527157 - 10527225
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaa 151  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  10527157 aagtgatagattttctcgtagaaccccttcaagttcagtggtaaatgaatctgtcattgtgggtaggaa 10527225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 11782245 - 11782173
Alignment:
Q  91 gagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaaga 163  Q
    ||||||||  |||||| ||||| ||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||| | ||| |||||    
T  11782245 gagtttcttctagaaccccttcaagttcagtgctaaatcaatctgacgtggtgggtaggaatgatgataaaga 11782173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 24 - 412
Target Start/End: Original strand, 26906660 - 26907048
Alignment:
Q  24 atgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcagggg 123  Q
    |||||||| ||| ||||| | | ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  26906660 atgtgtgaaagcctgcaattgtttgcacaacataaagatatccttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttcaagttcagtgg 26906759  T
Q  124 taaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgt 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26906760 taaatgaatctgtcatggtgggtaggaaggatgacaaagagacaataatgaatatgttgctatcagagagagacacaacccataataatataggtgttgt 26906859  T
Q  224 tgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||| |    
T  26906860 tgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactacccttgcccaacttctttacaatgataaagaagttcaacggcattttgatttgaaggcatgggtt 26906959  T
Q  324 tgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaataatcttga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  26906960 tgtgtgtctgaggattttgatattatgagagtaaccaaatctctccttgaatcggtcacttccagaacttgggataccaataatcttga 26907048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 205 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 17853069 - 17852898
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  17853069 ataacaatttaggtgttgttgcaatattggggatgggaggtgtcggtaaaacgacccttgcacagcttgtttacaatgatgaaaaggttgaacatcattt 17852970  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatc 376  Q
    |||| | || || |||| |||||| || || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17852969 tgatctcaaagcctgggtttgtgtatcagaagattttgatgttgtgagagtaaccaagtctctccttgaatc 17852898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 17853194 - 17853126
Alignment:
Q  83 aagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaa 151  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| || |||||    
T  17853194 aagtggtagagtttctcgtagaaccccttcaagttccgtggtaaatgaatctgtcatggtaggaaggaa 17853126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 7129038 - 7128961
Alignment:
Q  267 caacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgat 344  Q
    |||||||| ||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||   ||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  7129038 caacttgtatacaatgacaaagaagtgcaacaacattttgagttgaaaaaatgggtttgtgtttctgatgattttgat 7128961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 44958002 - 44957888
Alignment:
Q  37 tgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgt 136  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  44958002 tgcaactttttgcacagcataaagatataattggtttggaaactaaaagtgctagagtttctcatagaacaccttcaagttcaggggttaatgaatctat 44957903  T
Q  137 cgtggtgggtaggaa 151  Q
      ||||||| |||||    
T  44957902 tatggtgggcaggaa 44957888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 205 - 376
Target Start/End: Original strand, 11484961 - 11485132
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||  | || ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  11484961 ataataatttaggtgttgttgcaattttggttatgggaggcgtcggtaaaacgacccttgcacaacttgtttacaacgatgaaaaagttgaacagcattt 11485060  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatc 376  Q
    |||| | || ||||||| |||||| || |||||||| ||| |  ||||  |||||||||| |||||||||||    
T  11485061 tgatctcaaagcatgggtttgtgtatcggaggatttcgatgtcgtgaggataaccaagtccctccttgaatc 11485132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 205 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 44957834 - 44957664
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |  || || ||||||||| | || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  44957834 ataataatttaggtgttgttgccaccttaggtatgggaggtgtcggtaaaacgactctcgcacaacttgtttacaatgatataaaagttgaacaacattt 44957735  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaat 375  Q
     ||| | || ||||||   ||||| || ||||||||  || || | ||| |||| |||||||| |||||||    
T  44957734 cgatctcaaagcatggatatgtgtatcagaggatttcaatgttgttagaataacaaagtctcttcttgaat 44957664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 151
Target Start/End: Original strand, 11484842 - 11484904
Alignment:
Q  89 tagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaa 151  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||  ||||||| |||||    
T  11484842 tagagtttctcgtagaacaccatcaagttcagtggtgaatgaatctgttatggtgggaaggaa 11484904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 21 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 50117 - 49985
Alignment:
Q  21 atcatgtgtgatagcttgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcag 120  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||| || | | |  |||||||||||| ||||||||||||||||  | || ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  50117 atcatgtgtgaaagcctgcaactttttgaaaaaagaaaagatatacttcgtttgcaaactaaaagcacaagggtttcacgtagaacaccttcaagttcag 50018  T
Q  121 gggtaaatgaatctgtcgtggtgggtaggaagg 153  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  50017 tggtaaatgaatctgtcatggtgggtaggaagg 49985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 146232 - 145911
Alignment:
Q  37 tgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgt 136  Q
    ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||| |||||||||   || |  ||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  146232 tgcaactttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgt 146133  T
Q  137 cgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggc 236  Q
      |||| |||||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| ||||||||||||||     
T  146132 tatggttggtaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggt 146033  T
Q  237 atgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgagg 336  Q
    ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || ||||    
T  146032 atgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggagg 145933  T
Q  337 attttgatattttgagagtaac 358  Q
    |||| |||||| ||||||||||    
T  145932 atttcgatattctgagagtaac 145911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 136181 - 135860
Alignment:
Q  37 tgcaactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgt 136  Q
    ||||||||| ||||||  | | |||||| ||||| |||||||||   || |  ||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  136181 tgcaactttttgcacaacagagagatatccttggcttgcaaactgtgagcgggagagtttctctaagaacgccttcaagttcaatggtaaatgaatctgt 136082  T
Q  137 cgtggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatctcaaagagacacaacccataacaatataggtgttgttgcaattttgggc 236  Q
      |||| || ||||||| ||| ||||||| | | || |  |||||| ||||| | || | ||| ||| |||  | ||| ||||| ||||||||||||||     
T  136081 tatggttggaaggaaggatgataaagagagactcattagtatgttgatatctgacagtggcactaccaatagtagtattggtgtggttgcaattttgggt 135982  T
Q  237 atgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgagg 336  Q
    ||||| ||| | || ||||| || || ||||||||| |||| |||||| || |||||||| | ||||||||| |||| |  |||| |||||| || ||||    
T  135981 atgggcggtgttggcaaaaccactcttgcccaacttctttataatgataaagaagttcaagaccattttgatctgaaagtctgggtttgtgtatcggagg 135882  T
Q  337 attttgatattttgagagtaac 358  Q
    |||| |||||| ||||||||||    
T  135881 atttcgatattctgagagtaac 135860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 205 - 412
Target Start/End: Original strand, 29836587 - 29836794
Alignment:
Q  205 ataacaatataggtgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattt 304  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||   |||||||||||| | || ||||| |||||||| | |||| | |||||  | ||| ||||| || | |||||    
T  29836587 ataataatataggtgtagtcgcaattacaggcatgggaggtatcggtaaaacgaccctcgctcgacttatatacaaccaggaagaagttaaaaatcattt 29836686  T
Q  305 tgatttgaaggcatgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaaccaagtctctccttgaatcggtcacttcaagaacatgggatagcaat 404  Q
    |||| |  | |  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||  |||| ||| ||||    
T  29836687 tgatgtacaagtctgggtttgtgtgtctgaagattttgatatgttgagagtaaccaaatctctccttgaagttgtcacttcaagagaatggaataccaat 29836786  T
Q  405 aatcttga 412  Q
    || |||||    
T  29836787 aaccttga 29836794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 218 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 31679845 - 31679703
Alignment:
Q  218 tgttgttgcaattttgggcatgggaggtttaggaaaaactaccctcgcccaacttgtttacaatgatgaaaaagttcaacaacattttgatttgaaggca 317  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| | || |||||  |||| || |||||| ||||||||||| || | |||||| ||| ||||||| | || ||     
T  31679845 tgttgtttcaattttcggcatgggaggtgtcggtaaaacagccctagctcaacttctttacaatgataaagatgttcaagaacgttttgatgtaaaagct 31679746  T
Q  318 tgggcttgtgtgtctgaggattttgatattttgagagtaacca 360  Q
    |||| |||| |||| || || |||||| ||||||| |||||||    
T  31679745 tgggtttgtctgtccgaagagtttgatgttttgagggtaacca 31679703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 31680024 - 31679876
Alignment:
Q  39 caactttatgcacagaataaagatatacttggtttgcaaactaaaagtgctagagtttctcgtagaacaccttctagttcaggggtaaatgaatctgtcg 138  Q
    ||||||| ||||||  | |||||||| ||||| |||||||||  ||||| ||| |||| || |||||||||||| ||||||   ||| || ||||| ||     
T  31680024 caactttttgcacaacaaaaagatatccttgggttgcaaactgtaagtggtagggtttttcttagaacaccttcaagttcactagtagatcaatctttca 31679925  T
Q  139 tggtgggtaggaagggtgacaaagagacaataatgaacatgttgctatc 187  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||| | |||  || |||||||||||    
T  31679924 tggttggtaggaagagtgataaagagaaactaactaatatgttgctatc 31679876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University