View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_698 (Length: 218)

Name: NF10145A_low_698
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_698
NF10145A_low_698
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (16-209)||(37307432-37307625)
chr2 (19-196)||(13186680-13186858)
chr2 (19-196)||(7305311-7305488)
chr2 (94-189)||(40190655-40190750)
chr2 (16-85)||(40196727-40196797)
chr2 (99-179)||(26381517-26381597)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (19-185)||(34080978-34081145)
chr5 (19-196)||(18259368-18259545)
chr5 (118-185)||(4560554-4560621)
chr5 (99-189)||(32216661-32216751)
chr5 (118-196)||(18883272-18883350)
chr5 (147-196)||(18933974-18934023)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (19-196)||(54346527-54346705)
chr3 (19-196)||(27156396-27156573)
chr3 (34-196)||(46428363-46428526)
chr3 (34-196)||(42794293-42794456)
chr3 (34-196)||(54812477-54812640)
chr3 (116-196)||(34265159-34265239)
chr3 (108-196)||(43912481-43912569)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (19-196)||(23949490-23949668)
chr1 (19-196)||(23085139-23085318)
chr1 (19-196)||(5308434-5308612)
chr1 (19-196)||(50952796-50952975)
chr1 (34-198)||(22065428-22065593)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (19-198)||(26616951-26617131)
chr8 (19-196)||(1635790-1635968)
chr8 (19-196)||(456584-456762)
chr8 (34-196)||(44145512-44145675)
chr8 (141-196)||(38560847-38560902)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (19-196)||(8019973-8020151)
chr7 (19-196)||(48618726-48618904)
chr7 (22-184)||(29213969-29214132)
chr7 (19-120)||(25713258-25713360)
chr7 (118-196)||(24473340-24473418)
chr7 (117-196)||(29760073-29760152)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (22-196)||(34390034-34390209)
chr4 (23-196)||(36894645-36894820)
chr4 (16-196)||(47597819-47598000)
chr4 (116-196)||(43271019-43271099)
chr4 (133-165)||(28561506-28561538)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (34-196)||(1223191-1223354)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 37307625 - 37307432
Alignment:
Q  16 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37307625 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatacgagggttattgctggatgtggcga 37307526  T
Q  116 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttgttcgacatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37307525 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttgatcgacatg 37307432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 13186680 - 13186858
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  13186680 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggtttgatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 13186779  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13186780 tttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 13186858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 7305488 - 7305311
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |    
T  7305488 atcatctatata-gttggtagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcc 7305390  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7305389 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 7305311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 94 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 40190750 - 40190655
Alignment:
Q  94 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 189  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40190750 gggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 40196797 - 40196727
Alignment:
Q  16 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac-atgatggtgcttgcaa 85  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40196797 gacatcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctcaacaatggtggtgcttgcaa 40196727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 26381597 - 26381517
Alignment:
Q  99 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 179  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  26381597 attgctggatgtgcgaatctctttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgat 26381517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 34081145 - 34080978
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34081145 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtc 34081046  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 185  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081045 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 34080978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18259545 - 18259368
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||  |    
T  18259545 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatagtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcc 18259447  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18259446 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18259368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 118 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560554
Alignment:
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 185  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 4560554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 189
Target Start/End: Original strand, 32216661 - 32216751
Alignment:
Q  99 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 189  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  32216661 attgttggatgtgggggtctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatg 32216751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 196
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883350
Alignment:
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgagat 18883350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 196
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934023
Alignment:
Q  147 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18934023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 54346527 - 54346705
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  54346527 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 54346626  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54346627 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 54346705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 27156573 - 27156396
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  27156573 atcatctatataggttggaagcggcctcgaaaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcc 27156475  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27156474 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgatgccttacatgctgagat 27156396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Original strand, 46428363 - 46428526
Alignment:
Q  34 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 132  Q
    ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  46428363 tggaaacgacctcaggaaggttgaatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 46428462  T
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46428463 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgagat 46428526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Original strand, 42794293 - 42794456
Alignment:
Q  34 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 132  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||| ||| |||    
T  42794293 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgcgatgcag 42794392  T
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  42794393 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgagat 42794456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 54812640 - 54812477
Alignment:
Q  34 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 132  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||   || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  54812640 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacggcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 54812541  T
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54812540 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgagat 54812477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 196
Target Start/End: Original strand, 34265159 - 34265239
Alignment:
Q  116 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  34265159 tcttattcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgagat 34265239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 43912569 - 43912481
Alignment:
Q  108 tgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  43912569 tgtggtgatatttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgagat 43912481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 23949490 - 23949668
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  23949490 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 23949589  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23949590 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23949668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 23085318 - 23085139
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgaggg-ttattgctggatgtggcgat 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  23085318 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggc 23085219  T
Q  117 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23085218 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23085139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 5308434 - 5308612
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  5308434 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcc 5308533  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5308534 tttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 5308612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 50952975 - 50952796
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  50952975 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 50952876  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggc-tacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  50952875 tttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 50952796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 22065593 - 22065428
Alignment:
Q  34 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 132  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |   ||||   || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  22065593 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagtgacggtgcctgcaaggatatgggtcatattttcggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 22065494  T
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 198  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  22065493 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 22065428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 1e-64; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 26617131 - 26616951
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  26617131 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcc 26617032  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26617031 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 26616951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 1635790 - 1635968
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  1635790 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcc 1635889  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1635890 tttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1635968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 456762 - 456584
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  456762 atcatctatataggttggaagcggcctcgagagggttggatcaggcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 456663  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  456662 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgatgtcttatatgctgagat 456584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Original strand, 44145512 - 44145675
Alignment:
Q  34 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 132  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  44145512 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 44145611  T
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44145612 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 44145675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 141 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 38560902 - 38560847
Alignment:
Q  141 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  38560902 tggattaaaggctacactgagaatatcggagtttgtgatgccttacatgttgagat 38560847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 8020151 - 8019973
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  |    
T  8020151 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcc 8020052  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8020051 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 8019973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 48618726 - 48618904
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  48618726 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggcc 48618825  T
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  48618826 ttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 48618904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 29214132 - 29213969
Alignment:
Q  22 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 120  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  ||||| || |||||  |||||||||||  ||||    
T  29214132 atctatataggttggaagcggtctcatgaaggttggatcaagctcaatagtgatggtgcttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggccttt 29214033  T
Q  121 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctt 184  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29214032 ttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgatgcctt 29213969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 120
Target Start/End: Original strand, 25713258 - 25713360
Alignment:
Q  19 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  25713258 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagctcaacagtgatgatgcttgcaaggacatgggggttattgttggatgtggcggtc 25713357  T
Q  118 ttt 120  Q
    |||    
T  25713358 ttt 25713360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 196
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473418
Alignment:
Q  118 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 24473418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 117 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 29760152 - 29760073
Alignment:
Q  117 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  29760152 cttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgagat 29760073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 34390209 - 34390034
Alignment:
Q  22 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  34390209 atctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggccttt 34390110  T
Q  121 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34390109 ttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 34390034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 23 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 36894820 - 36894645
Alignment:
Q  23 tctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac--atgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 120  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  36894820 tctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctttaataatgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggctttt 36894721  T
Q  121 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36894720 ttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 36894645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 47598000 - 47597819
Alignment:
Q  16 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 114  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| |    
T  47598000 gacattatctacataggatggaaacgacctcaagaaggttggatcaaactcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtg 47597901  T
Q  115 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
     | ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  47597900 gtatttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 47597819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 116 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 43271099 - 43271019
Alignment:
Q  116 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  43271099 tctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgagat 43271019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 28561538 - 28561506
Alignment:
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaaga 165  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28561538 acggtagatggattaaaggctacactaagaaga 28561506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 1223354 - 1223191
Alignment:
Q  34 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 132  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | |  ||||| | | ||||||||||  ||     
T  1223354 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccgattgtggtggtatttttcgtgacgcat 1223255  T
Q  133 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 196  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1223254 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1223191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University