View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10145A_low_72 (Length: 397)

Name: NF10145A_low_72
Description: NF10145A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10145A_low_72
NF10145A_low_72
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (2-370)||(183239-183606)
scaffold0003 (233-385)||(165946-166098)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (15-385)||(52918439-52918808)
chr3 (10-385)||(11369052-11369425)
chr3 (17-385)||(10968221-10968588)
chr3 (12-385)||(50410581-50410953)
chr3 (14-353)||(33216-33554)
chr3 (12-385)||(10111013-10111384)
chr3 (15-385)||(10000820-10001188)
chr3 (15-385)||(13530452-13530821)
chr3 (29-385)||(10039043-10039386)
chr3 (157-385)||(10237967-10238194)
chr3 (2-162)||(10244920-10245079)
chr3 (31-136)||(10250418-10250523)
chr3 (31-136)||(10013718-10013823)
chr3 (31-136)||(10113314-10113419)
chr3 (2-140)||(27275059-27275190)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (12-364)||(9000579-9000930)
chr7 (2-370)||(42232427-42232794)
chr7 (15-339)||(12780585-12780908)
chr7 (3-330)||(12785427-12785753)
chr7 (2-385)||(21069497-21069868)
chr7 (15-364)||(7037154-7037502)
chr7 (66-385)||(22844216-22844534)
chr7 (198-385)||(5828174-5828361)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (10-385)||(3690390-3690764)
chr5 (10-385)||(3876023-3876397)
chr5 (3-353)||(27881529-27881878)
chr5 (3-364)||(8428010-8428370)
chr5 (2-370)||(25542218-25542584)
chr5 (3-339)||(37373395-37373730)
chr5 (2-385)||(14192236-14192618)
chr5 (12-385)||(30346064-30346435)
chr5 (2-385)||(37261716-37262097)
chr5 (2-370)||(10025406-10025772)
chr5 (2-385)||(24629384-24629759)
chr5 (2-354)||(39883627-39883970)
chr5 (66-385)||(17871127-17871444)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (3-364)||(25217990-25218350)
chr8 (3-364)||(30325909-30326269)
chr8 (2-385)||(21113169-21113550)
chr8 (2-364)||(7822272-7822627)
chr8 (14-354)||(25208483-25208822)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (3-364)||(35856341-35856701)
chr4 (2-354)||(49710616-49710967)
chr4 (12-370)||(55558558-55558914)
chr4 (3-292)||(13344441-13344729)
chr4 (15-330)||(49786289-49786603)
chr4 (111-364)||(13337669-13337921)
chr4 (286-385)||(1861090-1861189)
chr4 (6-53)||(5337035-5337082)
chr4 (311-385)||(617956-618030)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (15-367)||(24246256-24246605)
chr2 (2-364)||(21395804-21396165)
chr2 (2-385)||(27192902-27193283)
chr2 (2-385)||(27842716-27843097)
chr2 (15-370)||(27509802-27510156)
chr2 (2-385)||(35610066-35610447)
chr2 (3-330)||(41919622-41919948)
chr2 (2-385)||(24268495-24268876)
chr2 (3-330)||(28665621-28665947)
chr2 (3-330)||(37824455-37824781)
chr2 (15-260)||(17683350-17683594)
chr2 (321-385)||(3643005-3643069)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (2-339)||(42434-42770)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (2-385)||(13702-14083)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (2-385)||(28144-28525)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (2-364)||(12517708-12518069)
chr6 (66-385)||(30881739-30882056)
chr6 (2-242)||(2200322-2200561)
chr6 (15-260)||(10188560-10188804)
chr6 (238-385)||(2201838-2201985)
chr6 (2-77)||(15334016-15334091)
chr6 (15-92)||(18857238-18857318)
chr6 (311-385)||(18344538-18344612)
chr6 (276-342)||(18857161-18857227)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (2-385)||(186967-187346)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (3-352)||(6310419-6310767)
chr1 (2-354)||(16042469-16042818)
chr1 (2-370)||(36207643-36208010)
chr1 (2-385)||(52500990-52501365)
chr1 (152-385)||(2452690-2452923)
chr1 (12-349)||(2329615-2329951)
chr1 (59-364)||(37389633-37389937)
chr1 (168-385)||(48774924-48775141)
chr1 (2-117)||(48774807-48774922)
chr1 (311-370)||(48233806-48233865)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (1-372)||(1443-1813)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (2-385)||(4685-5066)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (2-364)||(32366-32727)
scaffold0073 (15-354)||(195-533)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (16-385)||(19418-19785)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (12-377)||(2-370)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (3-330)||(48385-48711)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (66-385)||(17365-17683)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (66-385)||(320824-321142)
scaffold0002 (15-179)||(319153-319314)


Alignment Details
Target: scaffold0003 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 183606 - 183239
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  183606 cattgttagttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagcgatatagcgactcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactc 183507  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  183506 gacgctaccagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttaataat 183408  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  183407 ttgggattaggctccaatgatgtaccgatggtgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttaga 183308  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||    
T  183307 ccttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaagga 183239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 233 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 166098 - 165946
Alignment:
Q  233 tgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtg 332  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  166098 tgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcacctaaacgagtttagaccttttggtggaatgatagtagttttaggtg 165999  T
Q  333 gtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||| || |||||||| |  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  165998 gtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 165946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 15 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 52918808 - 52918439
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  52918808 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagcggtatatcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcgacgctgacagtc 52918709  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    | | || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52918708 cttattgagattaatgagccgtcatcgcttacgatggaaaaggataatcctagggt-agacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggct 52918610  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52918609 ccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttagaccttttggtggaa 52918510  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||   | |||||||||||||| ||| | ||||||    
T  52918509 tgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtagtccgaaaaggatcgagggaggatatt 52918439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 11369425 - 11369052
Alignment:
Q  10 gttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||    
T  11369425 gttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagcggtatatcgactcttctattaccaggtggaagaaccgtgcactcgacgctaa 11369326  T
Q  110 cagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatg 209  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||    
T  11369325 cagtccctgttgagattaatgaggcatcatcgcttaagatggaaaaggatagtcctagg--cagacctggtgcatgcttcaaagttgataatttgggatg 11369228  T
Q  210 aggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttgg 309  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  11369227 aggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctatacgagtttagaccttttgg 11369128  T
Q  310 tggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||| |  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  11369127 tggaatgacagtagttttaagtggtgatttcaggcatatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 11369052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 17 - 385
Target Start/End: Original strand, 10968221 - 10968588
Alignment:
Q  17 ttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  10968221 ttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcgactattctattaccaggtggaagaactgcgcactcgacgccgacagtccc 10968320  T
Q  117 tgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctcc 216  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10968321 tattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggctcc 10968419  T
Q  217 aatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatg 316  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10968420 aatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcatgatatcaggtccaagaatgatcccctaaacgattttagaccttttggtggaatg 10968519  T
Q  317 acagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || |||||||| |  | |||||||| ||||| ||| | ||||||    
T  10968520 acagtagttttagatggtgatttcaggcagatattgtctgtagtccgaaacggatcgagggaggatatt 10968588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 12 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 50410953 - 50410581
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||    
T  50410953 tgctgttagatcgaaagggttaattgtattgaatgctgcatccagcggtatagcagctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcgacactagca 50410854  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
     ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  50410853 atccctattgagattaaggaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgtgatgag 50410755  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtg 311  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||    
T  50410754 gctccaatgatgcaccaatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttataccttttcgtg 50410655  T
Q  312 gaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||||| |||| | | ||||| ||||||    
T  50410654 gaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatactgcctgttgtccgtaaagcaacgaggcacgatatt 50410581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 14 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 33554 - 33216
Alignment:
Q  14 ctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagt 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||    
T  33554 ctgttagatcgaatgggttaattgtattgaatgttgcatccaaccgtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactccacgccgacagt 33455  T
Q  114 ccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggc 213  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  33454 ccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcatagttgataatttgggatgaggc 33356  T
Q  214 tccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtgga 313  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| |||||||||||||    
T  33355 tccgatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtgga 33256  T
Q  314 atgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgc 353  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  33255 atgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgc 33216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 12 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 10111384 - 10111013
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||| |||| |||||||| || ||   |||||| |||    
T  10111384 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatctagcggtatagtgactcttctattagcaggaggaagaaccgcacacctgacgctgaca 10111285  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10111284 gtccctattgagatta-tgaggcatcatctcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacttggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgag 10111187  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtg 311  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||    
T  10111186 gctctaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtggtatcatgtccaagaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatg 10111087  T
Q  312 gaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  10111086 gaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 10111013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 15 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 10001188 - 10000820
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||| |||| |||||||| || || |||||||| ||||||    
T  10001188 tgttagatcgaaggggttaattatattgaatgttgcatctagcggtatagtgactcttctattagcaggaggaagaaccgcacactcgacgctgacagtc 10001089  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10001088 cctgttgagatta-tgaggaatcatctcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacttggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggct 10000991  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  10000990 ctaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgtgtggtatcatgtccaagaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaa 10000891  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| || |||| |||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  10000890 tgacaatagttttaggtggggatttcaggcagatgttgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 10000820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 15 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 13530821 - 13530452
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| | |||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| || | ||||    
T  13530821 tgttagctcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccagcagtatagtgactcttctattaccaggtgaaagaaccgtgcactcgacactgatagtc 13530722  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13530721 cctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatagaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggataaggct 13530623  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    || ||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  13530622 ccgatgatacaccaatggtgttttgagacagttgaccgatcaatgcgtcatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagacctttcgatggaa 13530523  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||  |||||| ||||||| | ||||| ||||||    
T  13530522 tgacagtagttttagctggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaaaaggaacgaggcacgatatt 13530452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 29 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 10039386 - 10039043
Alignment:
Q  29 ggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaa 128  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| || |||||||    
T  10039386 ggttaattgtattaaatgctgcatccagcggtataacagctcttctattaccag-tggaagaaccgcgcactcgacgctgacagtccctattgagattaa 10039288  T
Q  129 tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactg 228  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||| |||||||               
T  10039287 tgaggcatcatcgcttacgctggagaaggatagtcata-gggcagacctggtgcgtactgtaaaattgataatttgggatggggctcca----------- 10039200  T
Q  229 atggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagtttta 328  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10039199 atggtcttttgaggaagttgactgatcaatgcgtgatatcatgtctaggaatgatcccttaaacgagtttagaccttttggtggaatgacaatagtttta 10039100  T
Q  329 ggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
     |||||||||||  |||||||||||   ||||| |||||||| | ||||| ||||||    
T  10039099 tgtggtgatttcaagaagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcaggatatt 10039043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 157 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 10238194 - 10237967
Alignment:
Q  157 gatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatca 256  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10238194 gatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggctctaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatca 10238096  T
Q  257 atgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgccca 356  Q
    ||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||       
T  10238095 atgtgtggtatcatgtccaggaatgattccctaaacgagtttaaaccatttgatggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcttg 10237996  T
Q  357 ttgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  10237995 ttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 10237967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 10245079 - 10244920
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| | ||||||||||| |||| |||||||| || || ||    
T  10245079 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatctagcagtatagtgactcttctattagcaggaggaagaaccgcacactc 10244980  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagt 162  Q
    |||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  10244979 gacgctgacagtccctattgagatt-atgaggcatcatctcttacgatgtaaaaggatagt 10244920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 10250523 - 10250418
Alignment:
Q  31 ttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatg 130  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| || | |||||||    
T  10250523 ttaattgtattgaatgctacatccagcggtataacggctcttctattaccaggtcgaagaaccgcgcactcgacactaacagtccctattgatattaatg 10250424  T
Q  131 aggcat 136  Q
    ||||||    
T  10250423 aggcat 10250418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 10013823 - 10013718
Alignment:
Q  31 ttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatg 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||| || | |||||||    
T  10013823 ttaattgtattgaatgctgcatccagcggtataatgactcttctattaccaggtcgaagaaccgcgcattcgacactaatagtccctattgatattaatg 10013724  T
Q  131 aggcat 136  Q
    ||||||    
T  10013723 aggcat 10013718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 10113419 - 10113314
Alignment:
Q  31 ttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatg 130  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| || | |||||||    
T  10113419 ttaattatattgaatgctgcattcagcggtataacggctcttctattaccaggtcgaagaaccgcgcactcgacactaacagtccctattgatattaatg 10113320  T
Q  131 aggcat 136  Q
    ||||||    
T  10113319 aggcat 10113314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 27275190 - 27275059
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||      |||||||||||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || ||    
T  27275190 cattgtcggctgctgttagatctaaggggtta------ttgaatgttgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactc 27275097  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatc 140  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  27275096 gacgctgacagtccctattaagatt-atgaggcatcatc 27275059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 12 - 364
Target Start/End: Original strand, 9000579 - 9000930
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||    
T  9000579 tgctgttagatcgaatgggttaattgtattgaatgctgcatccagcggtatatcggctcttctattaccaggtggtagaactgcgcactcgacgctgaca 9000678  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9000679 gtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttaagatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctgatgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgag 9000777  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtg 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||    
T  9000778 gctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaaccttttggtg 9000877  T
Q  312 gaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||| |||||||||    
T  9000878 gaatgacagtagttttaggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccga 9000930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 42232794 - 42232427
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||  |||||||| || || ||    
T  42232794 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatctagcggtataatgactcttctattaccagaaggaagaaccgcacactc 42232695  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42232694 gacgctgacagtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 42232597  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  42232596 ttgggatgaggctccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 42232497  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtag-ttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    || ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  42232496 ccatttggtggaatgacaatagtttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaagga 42232427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 15 - 339
Target Start/End: Original strand, 12780585 - 12780908
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||    
T  12780585 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcgacgccgacagtc 12780684  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12780685 cctattgagattaatgaggtgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctacaaagttgataatttgggatgaggct 12780783  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||    
T  12780784 ccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgtccgatcattgtttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaaccttttggtggaa 12780883  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgattt 339  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  12780884 tgacaatagttttaggtggtgattt 12780908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 330
Target Start/End: Original strand, 12785427 - 12785753
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||     
T  12785427 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattatcaggtggaagaaccgcgcactcc 12785526  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12785527 acgctgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtccttggg-cagacctggtgtgtgctgcaaagttgataatt 12785625  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  12785626 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 12785725  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttagg 330  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||    
T  12785726 tttttggtggaatggcagtagttttagg 12785753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 21069497 - 21069868
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||            |    
T  21069497 cattgtcgattgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagcggtatagtgaatcttctattaccaggtggaacc----------c 21069586  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||| | ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21069587 gacgatgacagtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaacttgataat 21069684  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    || ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21069685 ttcgaacgaggctccaatgatgtattgatggtgttttgaggcatttcatcggtcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaga 21069784  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  21069785 ccatttggtggaatcacagtagttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 21069868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 15 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 7037502 - 7037154
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||  ||||||    
T  7037502 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatcaaacggtataacggctcttctattaccaggtggaagaaccgcacactccacgccgacagtc 7037403  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  7037402 cctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctaatgcatgctgcaaagttgataatttggggtgaggct 7037304  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||   ||| ||||||||||||||    
T  7037303 ccaatgatgcaccaatggtgttttgaggtagttgaccgatcattacgtgatatcatgttcaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaa 7037204  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  7037203 tgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccga 7037154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 66 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 22844534 - 22844216
Alignment:
Q  66 ggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 165  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22844534 ggctcttctcttactaggtggaagaaccgcgcactcgacgctgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgattgaaaaggatagtcct 22844435  T
Q  166 aggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgat 265  Q
    ||||  ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22844434 aggga-agacctggtgcatgtagcaaagttgataatttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgtgat 22844336  T
Q  266 atcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaa 365  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||  | |||||||||   |  ||||||    
T  22844335 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttttaggtggtgatttcatgcagatattgcatgtcatccgaa 22844236  T
Q  366 aaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  22844235 aaggaacgaggcatgatatt 22844216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 198 - 385
Target Start/End: Original strand, 5828174 - 5828361
Alignment:
Q  198 taatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtt 297  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5828174 taatttgggatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtt 5828273  T
Q  298 tagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  5828274 taaaccatttggtggaatgatattagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 5828361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 10 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 3690764 - 3690390
Alignment:
Q  10 gttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaa 109  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  3690764 gttgttgttagatcgaaagggttaattgtattgaatgttgcatccagagatataacgactcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcgatgctaa 3690665  T
Q  110 cagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatg 209  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  3690664 cagtccctattgagattaatgaggcatcatcacttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcctgctgcaaagttgataatttgggatg 3690566  T
Q  210 aggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttgg 309  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3690565 aggctccaatgatgaaccgatggtgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttgg 3690466  T
Q  310 tggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  3690465 tggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 3690390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 10 - 385
Target Start/End: Original strand, 3876023 - 3876397
Alignment:
Q  10 gttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaa 109  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  3876023 gttgttgttagatcgaaagggttaattgtattgaatgttgcatccagagatataacgactcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcgatgctaa 3876122  T
Q  110 cagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatg 209  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  3876123 cagtccctattgagattaatgaggcatcatcacttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcctgctgcaaagttgataatttgggatg 3876221  T
Q  210 aggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttgg 309  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3876222 aggctccaatgatgaaccgatgatgttttgaggcagttgaccaatcaatgcatgatatcatatccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttgg 3876321  T
Q  310 tggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  3876322 tggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 3876397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 3 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 27881878 - 27881529
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  27881878 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgtatccgatggtatagcggcttttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 27881779  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27881778 acgccgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-caaacctgatgcgtgctgcaaagttgataatt 27881680  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||    
T  27881679 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaac 27881580  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgc 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  27881579 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgc 27881529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 364
Target Start/End: Original strand, 8428010 - 8428370
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  8428010 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtataacggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 8428109  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8428110 acgccgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 8428208  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  8428209 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 8428308  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  8428309 cttttggtggaatggcagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccga 8428370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Original strand, 25542218 - 25542584
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||  | ||    
T  25542218 cattgtcggctgttgttagaccgaaggggttaattgtattgaatgatgcatccagcggtatagtgactcttctattaccaggtggaagaaccgcatactc 25542317  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| | ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25542318 gacgctgatagtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 25542415  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  25542416 ttaagatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggaagttgaccgattaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 25542515  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||||||||    
T  25542516 ccatttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaagga 25542584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 3 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 37373730 - 37373395
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  37373730 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 37373631  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    | ||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37373630 atgccgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 37373532  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  37373531 tgggatgagactccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 37373432  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattt 339  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37373431 cttttggtggaatcacagtagttttaggtggtgattt 37373395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 14192236 - 14192618
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||    
T  14192236 cattgtcggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattaaatgttgtatccagcggtataacggctcttctattaccaggtgaaacaaccgcgcactc 14192335  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    ||| || |||  |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14192336 gacactgacataccctattgagattaattaggcatcatcacttacgatggaaaaggatagtccta-gggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 14192434  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatga-ccccctaaacgagtttag 300  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14192435 ttgggatgaggctccaatg-tgcaccgatggtgttttgaagcaattgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatccccctaaacgagtttag 14192533  T
Q  301 accttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||   ||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  14192534 accttttggtggaatgacagttgttttaggtggtgatttcaggcatatattgcatgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatatt 14192618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 12 - 385
Target Start/End: Original strand, 30346064 - 30346435
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||    
T  30346064 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactcgacgctgaca 30346163  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
    |||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30346164 gtccctattgagatta-tgaggcatcatcacttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctgatgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgag 30346261  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtg 311  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||||    
T  30346262 actccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagattgatcccctaaacgagtttaaactatttggtg 30346361  T
Q  312 gaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  30346362 gaatgacaatagttttaggtggtgatgtcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 30346435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 37262097 - 37261716
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || ||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  37262097 cattgtcggctgttgttagatcaaaagggttaattgtattaaatgctgcatccagcggtataacggctcttctattaccag-tggaagaaccgcgcactc 37261999  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37261998 gacgctgacagtccctattgagattaatgaggcatcattgcttacgatggaaaaggatagtcctagga-cagacctggtgcgtgctgtaaagttgataat 37261900  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||    
T  37261899 ttgggatgaggctccaatgatgcattgatggtgttttgaggaagttgactgatcaatgcgcgatatcatgtctaggaatgatcctttaaacgagtttaga 37261800  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||| ||||||    
T  37261799 cctttcggtggaatgacaatagttttatgtggtgatttcaggaagatattgcctgttgtctgaaaaggaacgaggcaggatatt 37261716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 10025772 - 10025406
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||  |||||||| || || ||    
T  10025772 cattgtcggctgctattagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatctagcggtataatgactcttctattaccagaaggaagaaccgcacactc 10025673  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    || | | || |||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10025672 gaagttgacggtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct-ggggcagacctagtgcgtgctgcaaagttgataat 10025575  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  10025574 ttgggatgaggctccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 10025475  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||||   |||||||||||||    
T  10025474 ccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatattaggcagatattgcctgctgtccgaaaagga 10025406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 24629384 - 24629759
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||      |||||||||||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || ||    
T  24629384 cattgtcggctgctgttagatctaaggggtta------ttgaatgttgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactc 24629477  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24629478 gacgctgacagtccctattaagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggga-agacctgatgcgtgctgcaaagttgataat 24629575  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  24629576 ttgggatgaggctccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttggccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 24629675  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  24629676 ccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 24629759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 2 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 39883970 - 39883627
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  39883970 cattgtcggctgctgttagatcgaatgagttaattgtattgaatactgcatccagcggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactc 39883871  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| | ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39883870 gacgctgatagtccttattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtccta-aggcagacctggtgcgtgctgcaaagctgataat 39883772  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||        ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |    
T  39883771 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagctgaccgatcattg--------catgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaa 39883680  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcc 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  39883679 ccttttggtggaatgacagtagttttacgtggtgatttcaggcagatattgcc 39883627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 66 - 385
Target Start/End: Original strand, 17871127 - 17871444
Alignment:
Q  66 ggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 165  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17871127 ggctcttctcttacctggtggaagaaccgcgcactcgacgctgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 17871226  T
Q  166 aggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgat 265  Q
    | ||| |||| |||||| ||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  17871227 a-gggaagacatggtgcatgtagaaaagttgataatatggaatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgt-at 17871324  T
Q  266 atcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaa 365  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||   |  ||||||    
T  17871325 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaa 17871424  T
Q  366 aaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  17871425 aaggaacgaggcatgatatt 17871444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 3 - 364
Target Start/End: Original strand, 25217990 - 25218350
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  25217990 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 25218089  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25218090 acgccgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 25218188  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  25218189 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 25218288  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  25218289 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccga 25218350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 3 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 30326269 - 30325909
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  30326269 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatctaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 30326170  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  | ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30326169 acgccgatagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaatgatagtcctaggg-cagacctggtgcatgctgcaaagttgataatt 30326071  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  30326070 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 30325971  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||| |||||||||    
T  30325970 cttttggtggaatgacagtagttttaggttgtgattttaggcagatattgcctattgtccga 30325909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 21113169 - 21113550
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || ||    
T  21113169 cattgtcggctgctgttagatcgaatgcgttaattgtattgaatgctgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactc 21113268  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||| | ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21113269 gacgttgacagtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctagga-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 21113366  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |    
T  21113367 ttgggatgaggctccattgatgcactgatggtgttttgcggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttaaa 21113466  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  21113467 ccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 21113550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 7822627 - 7822272
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||  |    
T  7822627 cattgtcggttgctgttagatcgaatgggttaattgtattgaatgctgcatccagcagtataacggctcttctattaccaggtggaagaac----ca--c 7822534  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7822533 gacgctgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttgcgatgaaagaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 7822435  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||    ||| |    
T  7822434 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcatgatatcatgtccaaaaatgatcccctaaacacacttaaa 7822335  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||    
T  7822334 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctattgtccga 7822272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 14 - 354
Target Start/End: Original strand, 25208483 - 25208822
Alignment:
Q  14 ctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagt 113  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||  |||||    
T  25208483 ctgttagatcgatggggttaattgtattgaatgttgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcgctccacgccgacagt 25208582  T
Q  114 ccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggc 213  Q
    |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  25208583 ccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggaaagtccta-gggcagacctgatgcgtgctccaaagttgataatttgggatgagac 25208681  T
Q  214 tccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtgga 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||     ||| |||||||||||||    
T  25208682 tccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaagacacttaaaccttttggtgga 25208781  T
Q  314 atgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcc 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  25208782 atgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcc 25208822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 3 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 35856701 - 35856341
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  35856701 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 35856602  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35856601 acgccgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 35856503  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  35856502 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 35856403  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  35856402 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccga 35856341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 2 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 49710967 - 49710616
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  49710967 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccagcggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactc 49710868  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49710867 gacgctgacagtccctattgagattaacgaggcatcatcgcttaagatgcaaaaggatagtcctaggg-cagaccttgtgcgtgctgcaaagttgataat 49710769  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |    
T  49710768 ttgggatgaggctccaatgatgcatcgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaa 49710669  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcc 354  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  49710668 cctttcggtggaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcc 49710616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 12 - 370
Target Start/End: Original strand, 55558558 - 55558914
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||  |||||||| || || |||||||| |||    
T  55558558 tgctgttagatcgaaggggttaattctattgaatgatgcatctagcggtataatgactcttctattaccagaaggaagaaccgcacactcgacgctgaca 55558657  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55558658 gtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgag 55558755  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtg 311  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  55558756 gctccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaaaaatgatcccctaaacgagtttaaaccatttggtg 55558855  T
Q  312 gaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  55558856 gaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaagga 55558914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 3 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 13344729 - 13344441
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||     
T  13344729 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgtgcactcc 13344630  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  | ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13344629 acgccgatagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtccta-gggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 13344531  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaac 292  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13344530 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtggtttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaac 13344441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 330
Target Start/End: Original strand, 49786289 - 49786603
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||  ||||||    
T  49786289 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattatcaggtggaagaaccgcgcactccacgccgacagtc 49786388  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49786389 cctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct-tgggcagacctggtgtgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggct 49786487  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    ||| || |||||||||||    
T  49786488 ccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacacacttaaactttttggtggaa 49786587  T
Q  315 tgacagtagttttagg 330  Q
    || || ||||||||||    
T  49786588 tggcaatagttttagg 49786603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 111 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 13337921 - 13337669
Alignment:
Q  111 agtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatga 210  Q
    ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13337921 agtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatga 13337823  T
Q  211 ggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggt 310  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||| ||||||||||    
T  13337822 ggctccaatgatgcaccgatggtggtttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacacacttaaaccttttggt 13337723  T
Q  311 ggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  13337722 ggaatgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccga 13337669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 286 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 1861189 - 1861090
Alignment:
Q  286 cctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| || | ||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  1861189 cctaaacgagtttaaaccatttggtggaatgacaatagtgtaaggtggtgatttcaggcaaatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 1861090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 6 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 5337082 - 5337035
Alignment:
Q  6 gttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatc 53  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  5337082 gttggctgttgttagatcgaaggggttaattgttttgaatgctgcatc 5337035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 311 - 385
Target Start/End: Original strand, 617956 - 618030
Alignment:
Q  311 ggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||  | |||||||||   ||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  617956 ggaatgacaatagctttaggtggtgatttcaagcagatattgcatgttgtctgaaaaggaacgaggcatgatatt 618030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 15 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 24246605 - 24246256
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||    
T  24246605 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccagcggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcacactcgacgctgacagtc 24246506  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  24246505 cctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtccta-gggcagacttggtgcgtgctgcaaagttgataatttg--atgaggct 24246409  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24246408 ccaatgatgcactgatggtattttgaggcagttgaccgatcaatacgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaatgagtttagaccttttggtggaa 24246309  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaa 367  Q
    | | |||||||||||||||||||||  || |||||||||   |||||||||||    
T  24246308 tcatagtagttttaggtggtgatttaaggcagatattgcatgttgtccgaaaa 24246256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 2 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 21396165 - 21395804
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  21396165 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccagcggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactc 21396066  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21396065 ggcgctgacagtccctgttgagattaatgaggcatcatcgcttaagatgctaaaggatagtcctaggg-cagacttggtgcgtgctgcaaagttgataat 21395967  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |    
T  21395966 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggctgttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaa 21395867  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||    
T  21395866 ccttttggtggaatgaccgtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgttgtccga 21395804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27193283 - 27192902
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || || ||    
T  27193283 cattgtcggatgttgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatcaagcggtatagcagctcttcaattaccaggtggaagaaccgcacactc 27193184  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
     ||||| ||| ||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27193183 aacgcttacattcc-tattgagattaatgaggcatcatcgcttatgatggaaaaggatagtcctaggg-ctgacctggtgcgtgctgcaaaattgataat 27193086  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27193085 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgctttgaggcagttgaccgatcaatgcgttatatcatgtacaagaatgatcccctaaacgagtttaga 27192986  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  27192985 ccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 27192902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27843097 - 27842716
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || || ||    
T  27843097 cattgtcggatgttgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatcaagcggtatagcagctcttcaattaccaggtggaagaaccgcacactc 27842998  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
     ||||| ||| ||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27842997 aacgcttacattcc-tattgagattaatgaggcatcatcgcttatgatggaaaaggatagtcctaggg-ctgacctggtgcgtgctgcaaaattgataat 27842900  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27842899 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgctttgaggcagttgaccgatcaatgcgttatatcatgtacaagaatgatcccctaaacgagtttaga 27842800  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  27842799 ccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 27842716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 27510156 - 27509802
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||    
T  27510156 tgttagatcggaggggttaattgtattgaattttgcatctggtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaacctcgcactcgacactgacagtc 27510057  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  27510056 cctattgagattaatgaggcatcattgcttacgatgcaaaaggacagacctaggg-cagatctggtgcatgctgcaaagttgataatttaggatgaggct 27509958  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  27509957 tcaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaatgagtttagacattttggtggaa 27509858  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||| |||||||    
T  27509857 tgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccaaaaagga 27509802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 35610447 - 35610066
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||    
T  35610447 cattgtcggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgtatccagcggtataacggctcttctattaccaggtgaaacaaccgcgcagtc 35610348  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| |||  || | || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35610347 gacgctgacataccttattgagattaattaggcatcatcacttacgatggaaaaggatagtccta-aggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 35610249  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35610248 ttgggatgaggctccaatg-tgcaccgatggtgttttgaagcaattgaccgatcaatacgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaga 35610150  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||  ||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  35610149 ccttttggtagaatgacagttgttttaggtggtgatttcaggcatatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatatt 35610066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 3 - 330
Target Start/End: Original strand, 41919622 - 41919948
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||     
T  41919622 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaatggtatagcggctcttctattatcaggtggaagaaccgcgcactcc 41919721  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41919722 acgccaacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 41919820  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  41919821 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 41919920  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttagg 330  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  41919921 cttttggtggaatggcagtagttttagg 41919948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 24268495 - 24268876
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || ||    
T  24268495 cattgtcggctgctgttagatcgaatgagttaattgtattgaatgttgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactc 24268594  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24268595 gacgctgacagtccctattgagattt-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaatgatagtcctagga-cagacctggtgcatgctgcaaagttgataat 24268692  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |    
T  24268693 ttgggatgaggctccactgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttaaa 24268792  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  24268793 ccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 24268876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 330
Target Start/End: Original strand, 28665621 - 28665947
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||     
T  28665621 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattatcaggtggaagaaccgcgcactcc 28665720  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28665721 acgctgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtccttggg-cagacctggtgtgtgctgcaaagttgataatt 28665819  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  28665820 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 28665919  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttagg 330  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||    
T  28665920 tttttggtggaatggcagtagttttagg 28665947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 330
Target Start/End: Original strand, 37824455 - 37824781
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||     
T  37824455 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattatcaggtggaagaaccgcgcactcc 37824554  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37824555 acgctgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtccttggg-cagacctggtgtgtgctgcaaagttgataatt 37824653  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  37824654 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 37824753  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttagg 330  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||    
T  37824754 tttttggtggaatggcagtagttttagg 37824781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 260
Target Start/End: Original strand, 17683350 - 17683594
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||| || || | || | | ||||||    
T  17683350 tgttagattgaaggggtgaattgtattgaatgttgcagccagcggtataacggctcttctattatcatgtggaagaaccgcacacttgatgttgacagtc 17683449  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17683450 cctatcgagattaatgaggcatcatcgcttacgatgaaaaaggatagtcgtaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 17683548  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgc 260  Q
    | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  17683549 ctaatgatgcaccaatggtgttttgaggcagttgactcatcaatgc 17683594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 3643069 - 3643005
Alignment:
Q  321 tagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  3643069 tagttttaggtggtgatttcaggtagatattgcctgttgcccgaaaaggaacgaggcaggatatt 3643005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 2 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 42770 - 42434
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  42770 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtaatgaatgctgcatccagcggtataacggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactc 42671  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  42670 gacgccgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttaagatggaaaaggatagtcttaggg-catacttggtgcgtgctgcaaagttgataat 42572  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |    
T  42571 ttgggatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgtgcttaaa 42472  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattt 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42471 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgattt 42434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 13702 - 14083
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  || || ||    
T  13702 cattgtcggctgttgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagtgactcttctattaccaggtggaagaatcgcacactc 13801  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    ||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13802 gacactgacagtccctattgagatta-tgaggcatcattgcttacgatggaaaaggatagtcttaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagatgataat 13899  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  13900 ttgggatgaggctccaatgatgcactaatggtgttttgaggcagttgacagatcaatgagtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 13999  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  14000 ccatttggtggaatgataatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaagatatt 14083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 28144 - 28525
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||  |||||||| || || ||    
T  28144 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatctagcggtataatgactcttctattaccagaaggaagaaccgcacactc 28243  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28244 gacgctgacagtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 28341  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  28342 ttgggatgaggctccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 28441  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| || || |||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  28442 ccatttggtggaatgacaatagtttaaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 28525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 2 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 12518069 - 12517708
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||    
T  12518069 cattgtcggctgttgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagcgatatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgtacactc 12517970  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  12517969 gacgctgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaatgatagtcctaggg-caggcatggtgcgtgctgcaaagttgataat 12517871  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||| |    
T  12517870 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagctgaccgatcattgtgtgatatcatgtccaagaatgatcctctaaacgcgcttaaa 12517771  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||    
T  12517770 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccga 12517708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 66 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 30882056 - 30881739
Alignment:
Q  66 ggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 165  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30882056 ggctcttctcttacctggtggaagaaccgcgcactcgacgctgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 30881957  T
Q  166 aggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgat 265  Q
    | ||| ||||||||||| ||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  30881956 a-gggaagacctggtgcatgtagaaaagttgataatatggaatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgt-at 30881859  T
Q  266 atcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaa 365  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||   |  ||||||    
T  30881858 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagaccttttggtggaaagacaaaagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgtcatccgaa 30881759  T
Q  366 aaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  30881758 aaggaacgaggcatgatatt 30881739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 242
Target Start/End: Original strand, 2200322 - 2200561
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  2200322 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctacatccaacggtataacgtctctactattaccaggttgaagaaccgcgcactc 2200421  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2200422 gacgctgacagtccctattaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaagatagtcctagggg-agacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 2200520  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgagg 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  2200521 ttggaatgaggctccaatgatgcaccgatagtgttttgagg 2200561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 10188804 - 10188560
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | || | | ||||||    
T  10188804 tgttagattgaaggggtgaattgtattgaatgttgcagccagcggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcacacttgatgttgacagtc 10188705  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10188704 cctattgagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcgtaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 10188606  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgc 260  Q
    | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10188605 ctaatgatgcaccaatggtgttttgaggcagttgactcatcaatgc 10188560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 238 - 385
Target Start/End: Original strand, 2201838 - 2201985
Alignment:
Q  238 tgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgat 337  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2201838 tgaggcagttgaccgatcaaagcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgac 2201937  T
Q  338 ttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  2201938 ttcaggcagatattgcccattgtccgaaaaggatcgaggcaggatatt 2201985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 15334091 - 15334016
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctatt 77  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  15334091 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattttattgaatgttgcatccagcggtatagtgactcttctatt 15334016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 18857318 - 18857238
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaagggg---ttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaac 92  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18857318 tgttagatcgaagggggggttaattgtattgaatgttgcatctagcggtataacggctcttctattaccaagtggaagaac 18857238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 311 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18344612 - 18344538
Alignment:
Q  311 ggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  18344612 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 18344538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 276 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 18857227 - 18857161
Alignment:
Q  276 agaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctg 342  Q
    ||||||| |||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||||    
T  18857227 agaatgatccccaaaatgagtttagacatttcggtggaatgacatccgttttaggtggtaatttctg 18857161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 187346 - 186967
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  187346 cattgtcggctgttgttagatcgaagaggttaattgtattgaatgatgcatccagcggtataatgactcttctattaccaggtggaagaactgcacactc 187247  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  187246 gacgctgacagtccctattgagatta-tgacgcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctagggc---acctggtgcgtgctgcaaagttgataat 187151  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  187150 ttgagatgaggctccaatgatgcactcatggtgttttgaggtagttgaacgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 187051  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  187050 ccatttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaagcagatattgcctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 186967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 3 - 352
Target Start/End: Original strand, 6310419 - 6310767
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  6310419 attgtcggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcc 6310518  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  6310519 acgccgacagtcccttttgagattaatgaggcgttatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctgatgcatgctgcaaagttgataatt 6310617  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  6310618 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 6310717  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattg 352  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  6310718 cttttggtggaacgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattg 6310767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 2 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 16042818 - 16042469
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  16042818 cattgtcggctgctgttagatcgaatgggttaattgtattgaatactgcatccaacggtatagccgctcttctattaccaggtggaagaaccgtgcactc 16042719  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16042718 gacgctgacagtccctattgag--taatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 16042622  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |    
T  16042621 ttgggatgaggctcaaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagctgactgatcattgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcgcttaaa 16042522  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcc 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  16042521 ccttttggtggaatgacagtagttttacgtggtgatttcaggcagatattgcc 16042469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 2 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 36208010 - 36207643
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    ||| ||    
T  36208010 cattgtcggctgttgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatctagcagtataacggcttttctattaccaggtggaagaatcatgcactc 36207911  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36207910 gacgccgacagtccctattaagattaacgaggcatcatcgcttacgatggaaaagaatagtcctagggt-agacctggtgcgtgctgcaacgttgataat 36207812  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  36207811 ttgggatgaggctccaatcatgcactaatggtgttttgaggcagttgactgatcaatgtgtgataccatgtccaagaatgatcccttaaatgagtttaga 36207712  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||||||    
T  36207711 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcagacagatattgcctgttgtctgaaaagga 36207643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 52501365 - 52500990
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||      |||||||||||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || ||    
T  52501365 cattgtcggctgctgttagatctaaggggtta------ttgaatgttgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactc 52501272  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52501271 gacgctgacagtccctattaagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggga-agacctgatgcgtgctgcaaagttgataat 52501174  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  52501173 ttgggatgaggctccattgatgcactgatggtgttttgaggcagttggccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 52501074  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  52501073 ccatttggtggaatgacaatagttttaggtggtgatatcaggcagatattgcatgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 52500990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 152 - 385
Target Start/End: Original strand, 2452690 - 2452923
Alignment:
Q  152 aaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgacc 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  2452690 aaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgtaatgttgataatttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgatc 2452789  T
Q  252 gatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatatt 351  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2452790 gatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgaccccttaaacgagtttagaacttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggaagatatt 2452889  T
Q  352 gcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  2452890 gcccattgtccgaaaaggatcgaggcaggatatt 2452923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 12 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 2329951 - 2329615
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || || ||||  ||  ||    
T  2329951 tgctattagatcgaaagggttaattgtattgaatgttgcatctagcggtatagagactcttctattaccaggtggaagaaccgcacactcgaaactggca 2329852  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||    
T  2329851 gtccctattgagattaaggaggcatcatcgcttactatggaaaaggacagtcctaggg-cagacctggtgtgtgctgcaaagttgataattttttatgag 2329753  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtg 311  Q
     ||||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||    
T  2329752 tctccaatgatgcaccaatggtgttttgagaaagtttaccgatcaatgtgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacaagtttagaccttttcgtg 2329653  T
Q  312 gaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagata 349  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  2329652 gaatgatagtggttttaggtggtgatttcaggcagata 2329615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 59 - 364
Target Start/End: Original strand, 37389633 - 37389937
Alignment:
Q  59 gtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaagga 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||  ||||||||| || ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  37389633 gtatagcggctcttctattaccaggtggaagaatcgcgcactccacgccgacagtccctattgagattaatgaggtgtcatcgcttacaatggaaaagga 37389732  T
Q  159 tagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaat 258  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  37389733 tagtcccaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgagactccaatgatacaatgatggtgttttgaggcagttgaccaatcatt 37389831  T
Q  259 gcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccatt 358  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||   ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||    
T  37389832 gcgtgatatcatggccaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaatgacaatagttttaggtggtgattttaggcagatattgcctgtt 37389931  T
Q  359 gtccga 364  Q
    ||||||    
T  37389932 gtccga 37389937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 168 - 385
Target Start/End: Original strand, 48774924 - 48775141
Alignment:
Q  168 gggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatat 267  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  48774924 gggcagacctggtgcgtgcttcaaagttgataatttgtgatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaagcagttgaccaatcaatgcatgatat 48775023  T
Q  268 catgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaa 367  Q
    ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |  | ||||||    |||||||||||    
T  48775024 catatccaagaatgatcccttaaacgagtttagaccttttggaggaatgacggtagttttaggtggtgatttcagacaaatattgtatgttgtccgaaaa 48775123  T
Q  368 ggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||| | ||||| ||||||    
T  48775124 ggaacgaggcaggatatt 48775141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 2 - 117
Target Start/End: Original strand, 48774807 - 48774922
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  48774807 cattgttagttgttgttagatcgaagaggttaattgtattgaatgttgcatccagcgatatagcaactcttctattaccaggtggaagaaccgtgcactc 48774906  T
Q  102 gacgctaacagtccct 117  Q
    ||||| ||||||||||    
T  48774907 gacgcaaacagtccct 48774922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 311 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 48233865 - 48233806
Alignment:
Q  311 ggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaagga 370  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||    
T  48233865 ggaatgacaatagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccgaaaagga 48233806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 1813 - 1443
Alignment:
Q  1 tcattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcatt 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |    
T  1813 tcattgtcggttgttgttagatcgaatgggctaattgtattgaatgctacatccagcggtataacggctcttctattaccaggtcgaagaaccgggcact 1714  T
Q  101 cgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataa 200  Q
    |||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1713 cgacactaacagtccctattgatattaatgaggcatcatcgcttaaaatgaaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttaataa 1615  T
Q  201 tttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttag 300  Q
    ||| |  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  1614 ttttggttgaggctcaaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaataatgatcccctaaacgagtttag 1515  T
Q  301 accttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatc 372  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||  ||| ||||||| ||||    
T  1514 accttttggtggaatgatagtagttttaggtggtgatttcaagtagatattgcctgttgcccgaaaaagatc 1443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 2 - 385
Target Start/End: Original strand, 4685 - 5066
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||  | ||||||| | |||||||||||||||| |||||||| || || ||    
T  4685 cattgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatacttcttctggcggtatagtgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactc 4784  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    ||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785 gaccctgacagtccctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatagaaaaggatagtcctaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 4882  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  4883 ttgggatgaggatccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcatgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaa 4982  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||||    
T  4983 ccatttggtggaatgacaatagttttagatggtgattttaggcagatattgcctattgttcgaaaaggaacgaggcaggatatt 5066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 2 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 32727 - 32366
Alignment:
Q  2 cattgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattc 101  Q
    |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | | ||    
T  32727 cattgtcggctgctattagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccagcagtataacggctcttctattaccaggtggaagaaccgtgtactc 32628  T
Q  102 gacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 201  Q
    |||||| | || |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627 gacgctgatagaccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacaatggaaaaggatagtcttaggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataat 32529  T
Q  202 ttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttaga 301  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||| |||||| | ||| |    
T  32528 ttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagctgaccgatcattgcgtgatatcatgtccaagcacgatcccgtaaacgcgcttaaa 32429  T
Q  302 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccga 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||    
T  32428 ccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgcctgttgtccga 32366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 15 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 533 - 195
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||  ||||||    
T  533 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatcaaacggtataacggctcttctattaccaggtggaagaaccgcacactccacgccgacagtc 434  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggct 214  Q
    ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  433 cctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggg-cagacctaatgcatgctgcaaagttgataatttggggtgaggct 335  T
Q  215 ccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaa 314  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||   ||| ||||||||||||||    
T  334 ccaatgatgcaccaatggtgttttgaggtagttgaccgatcattacgtgatatcatgttcaagaatgatcccttaaacgcacttaaaccttttggtggaa 235  T
Q  315 tgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcc 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  234 tgacagtagttttaggtggtgattttaggcagatattgcc 195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 19785 - 19418
Alignment:
Q  16 gttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtcc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |||||||| || || |||||  | ||| |||    
T  19785 gttagatcgaaggggttaattgtactgaatgctgcatctagcggtataatgactcttctattaccaggaggaagaaccgcacactcgactttgacattcc 19686  T
Q  116 ctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctc 215  Q
    || || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19685 ctattgagatta-tgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcttaggt-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggctc 19588  T
Q  216 caatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  19587 caatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttaaatcatttggtggaat 19488  T
Q  316 gacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |  |||||||||||||| | ||||| ||||||    
T  19487 gacaatagttttaggtggtaatttcaggcagatattgtctgttgtccgaaaaggaacgaggcaggatatt 19418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 12 - 377
Target Start/End: Original strand, 2 - 370
Alignment:
Q  12 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  2 tgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagcggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaaccgcgcactcgacgctgaca 101  T
Q  112 gtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgag 211  Q
    ||| || || | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  102 gtctctattgaaattaacgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtctta-gggcagaccaggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggttaag 200  T
Q  212 gctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgata----tcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagacctttt 307  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    ||||||||||| |||| |||||||||| | ||| |||||||    
T  201 gctccaatgatgcactaatggtgttttgaggcagctgaccgatcattgcgtgatatcattcatgtccaagcatgatcccctaaacgcgcttaaacctttt 300  T
Q  308 ggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaaaaggatcaaggc 377  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| |  ||||||||  |||| ||||||    
T  301 ggtggaatgaaggtagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaggaggaacaaggc 370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 3 - 330
Target Start/End: Original strand, 48385 - 48711
Alignment:
Q  3 attgttggttgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcg 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||     
T  48385 attgtcggctgctgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgctgcatccaacggtatagcggctcttctattatcaggtggaagaaccgcgcactcc 48484  T
Q  103 acgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 202  Q
    ||||  ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48485 acgccgacagtccctattgagattaatgaggcgtcatcgcttacgatggaaaaggatagtccttggg-cagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatt 48583  T
Q  203 tggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgatatcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagac 302  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||| ||    
T  48584 tgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgaccgatcattgcttgatatcatgtccaagaatgatcccctaaacgcacttaaac 48683  T
Q  303 cttttggtggaatgacagtagttttagg 330  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||    
T  48684 tttttggtggaatggcagtagttttagg 48711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 66 - 385
Target Start/End: Original strand, 17365 - 17683
Alignment:
Q  66 ggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 165  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17365 ggcttttctcttatcaggtggaagaaccgcacactcgacgctgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttacaatggaaaaggatagtcct 17464  T
Q  166 aggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgat 265  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17465 aggga-agaactggtgcgtgctgcaaagttaatagtttgggatgaggctccaatgatgcaccgatggtgttttgaggcagttgatcgatcaatgcgtgat 17563  T
Q  266 atcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaa 365  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||||| || || ||||||   |||||||||    
T  17564 atcatgtccaagaatgatcccctaaacgagtttagacctttccgtggaatgacaagagttttatgtggtgatttcaggcagctattgcatgttgtccgaa 17663  T
Q  366 aaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| | ||||| ||||||    
T  17664 aaggaacgaggcaggatatt 17683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 66 - 385
Target Start/End: Original strand, 320824 - 321142
Alignment:
Q  66 ggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtccctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcct 165  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  320824 ggctcttcttttaccaggtggaagaaccccacactcgacgttgacagtccctattgagattaatgaggcatcatcgcttgtgatagaaaaggatagtcct 320923  T
Q  166 aggggcagacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttggaatgaggctccaatgatgcactgatggtgttttgaggcagttgaccgatcaatgcgtgat 265  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  320924 aggga-agacctggtgcgtgctgcaaagttgataatttgggatgaggctccaatgatacatcgatggtgttttgaggcatttgatcgatcaatgggtgat 321022  T
Q  266 atcatgtccaagaatgaccccctaaacgagtttagaccttttggtggaatgacagtagttttaggtggtgatttctggaagatattgcccattgtccgaa 365  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||||||    
T  321023 atcatgtccaagaatgatcccctaaacaactttagaccttttggtggaatgacaagagttttaggtggtgatttcaggcagatattgtctgttgtccgaa 321122  T
Q  366 aaggatcaaggcatgatatt 385  Q
    ||||| | ||||| ||||||    
T  321123 aaggaacgaggcaggatatt 321142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 179
Target Start/End: Original strand, 319153 - 319314
Alignment:
Q  15 tgttagatcgaaggggttaattgtattgaatgttgcatccagtggtatagcggctcttctattaccaggtggaagaactgcgcattcgacgctaacagtc 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||    
T  319153 tgttagatcaaaggggttaattgtattgaatgctgcatccagcggtatagtgactcttctattaccaggtggaagaactgcacacttgacgctgacagtc 319252  T
Q  115 cctgttaagattaatgaggcatcatcgcttacgatggaaaaggatagtcctaggggcagacctgg 179  Q
    ||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  319253 cctattgagatt-atgagtcatcattgcttacgatggaaaa-gatagtctta-gggcagacctgg 319314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University