View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10148_low_3 (Length: 568)

Name: NF10148_low_3
Description: NF10148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10148_low_3
NF10148_low_3
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-551)||(19692049-19692581)
chr4 (19-551)||(19702634-19703166)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-551)||(34189291-34189823)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 551
Target Start/End: Original strand, 19692049 - 19692581
Alignment:
Q  19 caagatctcctgcataatcactaccagtataggaaactaattcttcatttactcctgccttgtagaaaattcccagactttgagtgccttgtaaatatct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19692049 caagatctcctgcataatcactatcagtataggaaactaattcttcatttactcctgccttgtagaaaattcccagactttgagtgccttgtaaatatct 19692148  T
Q  119 caaaatacgctttgctgccaaaaaatgactctcatttgaatcctccataaagttacttatcaagctgataaaatatgaaatatatggtcttgtagttgta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19692149 caaaatatgctttgctgccaaaaaatgactctcatttgaatcctccataaagtgacttatcaagctgatagaatatgcaatatatggtcttgtagttgta 19692248  T
Q  219 aggtacatgagacttcccactagctccttaaatagagtgttatcaacttccactcctttgtctgattttagcaatctgctacctggaactatgggagtct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19692249 aggtacatgagacttcccactagctccttaaatagagtgttatcaacttccactcctttgtctgattttagcaatctgctacctgaaactatgggagtct 19692348  T
Q  319 tccctggattacaatcaaacatatcaactttttccagcatatccttaatatccttcttttgcccaatgaaaatgccattgcaaccttgcaagacatcaat 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19692349 tccctgaattacaatcaaacatatcaactttttccagcatatccttaatatacttcttttgcccaatgaaaatgccattgcaaccttgcaagacatcaat 19692448  T
Q  419 gcccaaaaaatatctcatcttgcctaagttagtcattaaaaattctttcatcatcatagtgttgaactcttgaaacatgacttcatcattacgactatat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19692449 gcccaaaaaatatctcatcttgcctaagttagtcattgcaaattctttcatcatcatagtgttgaactcttgaaacatgacttcatcattacgaatatat 19692548  T
Q  519 ataagatcatctacaaaaacacacacaactaaa 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19692549 ataagatcatctacaaaaacacacacaactaaa 19692581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 551
Target Start/End: Original strand, 19702634 - 19703166
Alignment:
Q  19 caagatctcctgcataatcactaccagtataggaaactaattcttcatttactcctgccttgtagaaaattcccagactttgagtgccttgtaaatatct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19702634 caagatctcctgcataatcactatcagtataggaaactaattcttcatttactcctgccttgtagaaaattcccagactttgagtgccttgtaaatatct 19702733  T
Q  119 caaaatacgctttgctgccaaaaaatgactctcatttgaatcctccataaagttacttatcaagctgataaaatatgaaatatatggtcttgtagttgta 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19702734 caaaatatgctttgctgccaaaaaatgactctcatttgaatcctccataaagtgacttatcaagctgatagaatatgcaatatatggtcttgtagttgta 19702833  T
Q  219 aggtacatgagacttcccactagctccttaaatagagtgttatcaacttccactcctttgtctgattttagcaatctgctacctggaactatgggagtct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19702834 aggtacatgagacttcccactagctccttaaatagagtgttatcaacttccactcctttgtctgattttagcaatctgctacctgaaactatgggagtct 19702933  T
Q  319 tccctggattacaatcaaacatatcaactttttccagcatatccttaatatccttcttttgcccaatgaaaatgccattgcaaccttgcaagacatcaat 418  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19702934 tccctgaattacaatcaaacatatcaactttttccagcatatccttaatatacttcttttgcccaatgaaaatgccattgcaaccttgcaagacatcaat 19703033  T
Q  419 gcccaaaaaatatctcatcttgcctaagttagtcattaaaaattctttcatcatcatagtgttgaactcttgaaacatgacttcatcattacgactatat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19703034 gcccaaaaaatatctcatcttgcctaagttagtcattgcaaattctttcatcatcatagtgttgaactcttgaaacatgacttcatcattacgaatatat 19703133  T
Q  519 ataagatcatctacaaaaacacacacaactaaa 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19703134 ataagatcatctacaaaaacacacacaactaaa 19703166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 551
Target Start/End: Complemental strand, 34189823 - 34189291
Alignment:
Q  19 caagatctcctgcataatcactaccagtataggaaactaattcttcatttactcctgccttgtagaaaattcccagactttgagtgccttgtaaatatct 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34189823 caagatctcctgcgtaatcactatcagtataggcaactaattcttcatttcctcctgccttgtagagaattcccagactttgagtgccttgtaaatatct 34189724  T
Q  119 caaaatacgctttgctgccaaaaaatgactctcatttgaatcctccataaagttacttatcaagctgataaaatatgaaatatatggtcttgtagttgta 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  34189723 caaaatacgctttgctgccaaaaaatgactctcctttggatcctccataaagcgacttatcaagctgacagaataagaaatatctggtcttgtagctgta 34189624  T
Q  219 aggtacatgagacttcccactagctccttaaatagagtgttatcaacttccactcctttgtctgattttagcaatctgctacctggaactatgggagtct 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34189623 aggtacatgagacttcccactagctgcttaaatagagtgttatcaacttccactcctttgtctgattttagcaatctgctgcctggaactatgggagtct 34189524  T
Q  319 tccctggattacaatcaaacatatcaactttttccagcatatccttaatatccttcttttgcccaatgaaaatgccattgcaaccttgcaagacatcaat 418  Q
    || |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34189523 tcactggattacaatcagacatatcaaattttttcagcatatccttaatatacttcttttgcccaatgaaaatgccattgcaaccttgcaagacttcaat 34189424  T
Q  419 gcccaaaaaatatctcatcttgcctaagttagtcattaaaaattctttcatcatcatagtgttgaactcttgaaacatgacttcatcattacgactatat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  34189423 gcccaaaaaatatctcatcttgcctaagtcagtcattgcaaattctttcatcatcatagttttgaactcttgaaacatgacttcatcattaccagtatat 34189324  T
Q  519 ataagatcatctacaaaaacacacacaactaaa 551  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  34189323 ataagatcatctacataaacacacacaattaaa 34189291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University