View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10151A_low_46 (Length: 375)

Name: NF10151A_low_46
Description: NF10151A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10151A_low_46
NF10151A_low_46
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (10-369)||(21792010-21792369)
chr7 (15-355)||(21788233-21788573)
chr7 (10-355)||(21681649-21681994)
chr7 (10-352)||(15713622-15713964)
chr7 (84-352)||(21623266-21623534)
chr7 (10-355)||(21646742-21647091)
chr7 (10-354)||(21807970-21808314)
chr7 (10-355)||(21689412-21689757)
chr7 (10-355)||(21785405-21785750)
chr7 (10-355)||(21652068-21652413)
chr7 (10-355)||(21628124-21628469)
chr7 (8-355)||(21992170-21992526)
chr7 (10-352)||(21704642-21704984)
chr7 (10-352)||(21664097-21664442)
chr7 (12-354)||(21714184-21714526)
chr7 (12-355)||(21725897-21726240)
chr7 (12-355)||(21771962-21772305)
chr7 (84-355)||(21764135-21764406)
chr7 (11-352)||(21745532-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (226-356)||(25588-25718)
scaffold0182 (12-173)||(25311-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (275-349)||(18192049-18192123)
chr1 (46-159)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 10 - 369
Target Start/End: Original strand, 21792010 - 21792369
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792010 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 21792109  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21792110 tacagatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgcc 21792209  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    ||||||||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792210 gataacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 21792309  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 369  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792310 ggatattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 15 - 355
Target Start/End: Original strand, 21788233 - 21788573
Alignment:
Q  15 atacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  ||||    
T  21788233 atacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaa 21788332  T
Q  115 atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataa 214  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  21788333 atttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataa 21788432  T
Q  215 cattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatg 314  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788433 cattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatg 21788532  T
Q  315 ttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788533 ttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 10 - 355
Target Start/End: Original strand, 21681649 - 21681994
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||     
T  21681649 caaagatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaa 21681748  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| |||||     
T  21681749 tacagatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgct 21681848  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||||    
T  21681849 gataacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcat 21681948  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681949 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 10 - 352
Target Start/End: Original strand, 15713622 - 15713964
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| ||     
T  15713622 caaagatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaa 15713721  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    |||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || |||||||||||||||||     
T  15713722 tacaaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattgct 15713821  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15713822 gataacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcat 15713921  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713922 ggatgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 84 - 352
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  84 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 183  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  184 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 283  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  284 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 355
Target Start/End: Original strand, 21646742 - 21647091
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| ||     
T  21646742 caaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaa 21646841  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    | |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||      
T  21646842 tccaaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgta 21646941  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |||| |    
T  21646942 gataacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgt 21647041  T
Q  310 ggatgttgttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||| ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647042 ggatattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 10 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 21808314 - 21807970
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| ||||||||||| |     
T  21808314 caaagatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatggaaa 21808215  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| ||||||||||||||     
T  21808214 tataaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattgct 21808115  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21808114 gataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtcat 21808015  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 354  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808014 ggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 10 - 355
Target Start/End: Original strand, 21689412 - 21689757
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| |||||||||||||     
T  21689412 caaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaa 21689511  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    || |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||      
T  21689512 taaatctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgtt 21689611  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| || |    
T  21689612 gataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgt 21689711  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689712 ggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 10 - 355
Target Start/End: Original strand, 21785405 - 21785750
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| ||     
T  21785405 caaagatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgacaa 21785504  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    | |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| |||||||||||||||    
T  21785505 tccaaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattgcc 21785604  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |    
T  21785605 gataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtcgt 21785704  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785705 ggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 355
Target Start/End: Original strand, 21652068 - 21652413
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| ||     
T  21652068 caaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgacaa 21652167  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    ||||||| || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  |||||||||||||||    
T  21652168 tacaaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattgcc 21652267  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    ||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |    
T  21652268 gataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtcgt 21652367  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652368 ggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 355
Target Start/End: Original strand, 21628124 - 21628469
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  21628124 caaagatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcag 21628223  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || ||||||||||||||     
T  21628224 tacaaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattgct 21628323  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| |    
T  21628324 gataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtcgt 21628423  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628424 ggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 355
Target Start/End: Original strand, 21992170 - 21992526
Alignment:
Q  8 aacaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||    
T  21992170 aacacagatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggc 21992269  T
Q  108 agtacaa---------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcaca 198  Q
    | |||||         ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| ||||    
T  21992270 aatacaagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacaca 21992369  T
Q  199 aaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaaga 298  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21992370 aaaagattatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaaga 21992469  T
Q  299 aaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992470 aaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 10 - 352
Target Start/End: Original strand, 21704642 - 21704984
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| ||     
T  21704642 caaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgacaa 21704741  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || ||||||||||||||     
T  21704742 tccaactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattgca 21704841  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcat 309  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || ||||||||||| |    
T  21704842 gataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtcgt 21704941  T
Q  310 ggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704942 ggatattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 352
Target Start/End: Original strand, 21664097 - 21664442
Alignment:
Q  10 caaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcag 109  Q
    ||||||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| |||||||||||||     
T  21664097 caaagatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggcaa 21664196  T
Q  110 tacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgcc 209  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||       
T  21664197 tacagatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagattttt 21664296  T
Q  210 gataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgt 306  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  21664297 gataacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagctgt 21664396  T
Q  307 catggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664397 cgtggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 354
Target Start/End: Original strand, 21714184 - 21714526
Alignment:
Q  12 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 111  Q
    ||||||||||||||||  ||   | ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || |     
T  21714184 aagatacaaagggtggttgaccgtttcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatc 21714283  T
Q  112 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccga 211  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||    
T  21714284 caaatctgaagaaaggagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcaga 21714383  T
Q  212 taacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgg 311  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  21714384 taacattgatgaactgaagggtcattttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtgg 21714483  T
Q  312 atgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  21714484 atgttgttcgtggatggatgttctttgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 21725897 - 21726240
Alignment:
Q  12 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 111  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  |    
T  21725897 aagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaaca 21725996  T
Q  112 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccga 211  Q
    ||||||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||    
T  21725997 caaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctga 21726096  T
Q  212 taacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgg 311  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||    
T  21726097 taacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtgg 21726196  T
Q  312 atgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726197 atgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 21771962 - 21772305
Alignment:
Q  12 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 111  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  |    
T  21771962 aagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataaca 21772061  T
Q  112 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccga 211  Q
    ||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||    
T  21772062 caaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctga 21772161  T
Q  212 taacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgg 311  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||    
T  21772162 taacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtgg 21772261  T
Q  312 atgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772262 atgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 84 - 355
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  84 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 183  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  184 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 283  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  284 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 355  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 11 - 352
Target Start/End: Original strand, 21745532 - 21745873
Alignment:
Q  11 aaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagt 110  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || |    
T  21745532 aaagatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaat 21745631  T
Q  111 acaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccg 210  Q
     |||||||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |    
T  21745632 ccaaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttg 21745731  T
Q  211 ataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatg 310  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||    
T  21745732 ataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtg 21745831  T
Q  311 gatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 352  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745832 gatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 226 - 356
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  226 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 325  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  326 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 356  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 173
Target Start/End: Original strand, 25311 - 25472
Alignment:
Q  12 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 111  Q
    |||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||||| ||||  || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || ||    
T  25311 aagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaata 25410  T
Q  112 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 173  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25411 aaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 275 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  275 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 349  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  46 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 145  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  146 gtgggcagcagaat 159  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University