View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10151A_low_48 (Length: 372)

Name: NF10151A_low_48
Description: NF10151A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10151A_low_48
NF10151A_low_48
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-368)||(45141604-45141971)
chr7 (1-364)||(45152247-45152612)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (60-362)||(38256127-38256429)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 45141604 - 45141971
Alignment:
Q  1 aatatggaaccctagacattatgtttagcaacgctggaattgaaggtggtatgtctagcagcatactagaatttgatctgaatgaatttgacaacaccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45141604 aatatggaaccctagacattatgtttagcaacgctggaattgaaggtggtatgtctagcagcatactagaatttgatctgaatgaatttgacaacaccat 45141703  T
Q  101 ggccattaatgttcgtggatcactcgcagctatcaagcacgctgcacgtttcatggtggagagaaaaatccgtggatccataatttgtactgccagtgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45141704 ggccattaatgttcgtggatcactcgcagctatcaagcacgctgcacgtttcatggtggagagaaaaatccgtggatccataatttgtactgccagtgta 45141803  T
Q  201 gctgcctctgttgctggttatcgtggccatgattatgtttcgtccaaacatggtctcttaggacttgtacgttcaacgtgcggtgagcttggagcttacg 300  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45141804 gctgcctctgttgctggaaatcgtggccatgattatgttacatccaaacatggtctcttaggacttgtacgttcaacgtgtggtgagcttggagcttacg 45141903  T
Q  301 gaattagagtcaattcaatctcaccgaatggtgttgccacgcctcttgcatgtagagcactgaatatg 368  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45141904 gaattagagtcaattcaatctcaccgtatggtgttgccacgcctcttgcatgtagagcactgaatatg 45141971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Original strand, 45152247 - 45152612
Alignment:
Q  1 aatatggaaccctagacattatgtttagcaacgctggaattgaaggtggta------tgtctagcagcatactagaatttgatctgaatgaatttgacaa 94  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||| ||      |||||| ||||||||||     |||| | ||||||||||||||    
T  45152247 aatatggaaccttagacatcatgttcagcaatgctggaattggaggtgctactgctatgtctatcagcatactaa----tgatgtaaatgaatttgacaa 45152342  T
Q  95 caccatggccattaatgttcgtggatcactcgcagctatcaagcacgctgcacgtttcatggtggagagaaaaatccgtggatccataatttgtactgcc 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  45152343 caccatggccattaatgttcgtggatcagctacaactatcaagcacgctgcgcgtgttatggtggaaagaaaaattcgtggatccataatttgcacggct 45152442  T
Q  195 agtgtagctgcctctgttgctggttatcgtggccatgattatgtttcgtccaaacatggtctcttaggacttgtacgttcaacgtgcggtgagcttggag 294  Q
    ||||| |||| || ||||||||| | |   || |||||||||    | ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||    
T  45152443 agtgtggctggctttgttgctggatgtgcaggacatgattatacaacatccaaacatggtcttataggccttgttcgctcaacgtgcagtgagcttggag 45152542  T
Q  295 cttacggaattagagtcaattcaatctcaccgaatggtgttgccacgcctcttgcatgtagagcactgaa 364  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| |||||   |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  45152543 cttatggaataagagttaattcaatttcaccttctggtgttgccacacctcttttatgtagagcactgaa 45152612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 79; Significance: 7e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 60 - 362
Target Start/End: Original strand, 38256127 - 38256429
Alignment:
Q  60 agcatactagaatttgatctgaatgaatttgacaacaccatggccattaatgttcgtggatcactcgcagctatcaagcacgctgcacgtttcatggtgg 159  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||  | ||  |||||||  ||   ||| |||||||||| ||| ||||| | |||||||    
T  38256127 agcatactagaatttaacctaaatgaatttgacaacaccatggctgtgaacattcgtggtgcagctgcaactatcaagcatgcttcacgtgtaatggtgg 38256226  T
Q  160 agagaaaaatccgtggatccataatttgtactgccagtgtagctgcctctgttgctggttatcgtggccatgattatgtttcgtccaaacatggtctctt 259  Q
    | |||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||  | ||||| | | | |   || |||||||||    | || |||||||||||  |    
T  38256227 aaagaaaaatacgaggatcaataatttgcacagccagtgtagctggttttgttggtagatgtgcaggacatgattatacagcatcaaaacatggtcttat 38256326  T
Q  260 aggacttgtacgttcaacgtgcggtgagcttggagcttacggaattagagtcaattcaatctcaccgaatggtgttgccacgcctcttgcatgtagagca 359  Q
    ||| |||||  | ||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||||| || ||||||||||||||||||    
T  38256327 aggccttgttaggtcagcatgcggtgagcttggagcttatggaatcagagtcaattcaatctcaccctatgctgttgctacacctcttgcatgtagagca 38256426  T
Q  360 ctg 362  Q
    |||    
T  38256427 ctg 38256429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University