View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10153_high_1 (Length: 735)

Name: NF10153_high_1
Description: NF10153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10153_high_1
NF10153_high_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (11-719)||(16629828-16630536)
chr8 (11-719)||(16638708-16639418)
chr8 (11-699)||(16617502-16618195)
chr8 (134-302)||(16793307-16793476)
chr8 (95-227)||(15110262-15110394)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-683)||(38878036-38878688)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 719
Target Start/End: Original strand, 16629828 - 16630536
Alignment:
Q  11 tatcagattcattgaatttactatgtatcagctctcaacttttacgagtcgatgacaaaataaataaggagcaggcataaaagtttataggcctaccgct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16629828 tatcagattcattgaatttactatgtatcagcactcaacttttacgagttgattacaaaataaataaggagcaggcataaaagtttataggccaaccgct 16629927  T
Q  111 ttaatcaatcgttgcatttgaggactttgctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgctttcttctatcaatggtgaaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16629928 ttaatcaatcgttgcatttgaggactttgctcttcagaaccgagagtaggtttctgacaaacttgattatgattattgctttcttctatcaatggtgaaa 16630027  T
Q  211 tcctctgattgttggtgggtgtaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacaccaattctttggagtgatatgtttgtctgctg 310  Q
    | |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16630028 ttctctgagtgttggtgtgtgcaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacaccaattccttggagtgatatgtttgtctgctg 16630127  T
Q  311 ttctacagcattgccgggacctaagattgaaatatataagtaaataaatgttttccagcaacctcatacaggtcatttaagaatctgcaaagacgtgtta 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  16630128 ttctacagcattgccgggacctaagattgaaatatatacgtaaataaatgttttccagcaacctcatacaggtcatttaagaatctacaaagatgtgtta 16630227  T
Q  411 actaatgattaccttttacgaccgacggttggtttataacaccgtgctgtgaactgccagttggcattgcaactcgatgatctggaataaatgtattgtt 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16630228 actaatgattaccttttacgaccgacggttggtttataacactgtgctgtgaactgctagttggcattgcaactcgatgatcttgaataaatgtattgtt 16630327  T
Q  511 ctgccaagaaatttgttgttaaatgtcataattttactatatgattttttatctaatacttgtggtaaatggcgatatttttgtttcgaatattaccgat 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16630328 ctgccaagaaatttgttgttaaatgttgtaattttattaaatgattttttatctaatacttgtggtaaatggcgatatttttttttcgaatattaccgat 16630427  T
Q  611 tgagaaaatctagaattcaacgggccaaatacctgttgcttggattgcacatcaggtggctgttgcttgttggattgcatgaaaatcttaacaaggtatt 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16630428 tgagaaaatctagaattcaacgggccaaatacctgttgcttggattgcacatcaggtggctgttgcttgttggattgcatgaaaatcttcacaaggtatt 16630527  T
Q  711 gtatgtatt 719  Q
    |||||||||    
T  16630528 gtatgtatt 16630536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 719
Target Start/End: Original strand, 16638708 - 16639418
Alignment:
Q  11 tatcagattcattgaatttactatgtatcagctctcaacttttacgagtcgatgacaaaataaataaggagcaggcataaaagtttataggcctaccgct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16638708 tatcagattcattgaatttactatgtatcagcactcaacttttacgagtcaatgacaaaatcaataaggggaaggcataatagtttataggcctaccgct 16638807  T
Q  111 ttaatcaatcgttgcatttgaggactttgctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgctttcttctatcaatggtgaaa 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16638808 ttaatcaatcgttgcatttcaggacttagctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgatttcttctatcaatggtgaaa 16638907  T
Q  211 tcctctgattgttggtgggtgtaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacaccaattctttggagtgatatgtttgtctgctg 310  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16638908 tcctctgagtgttggtgtgtttaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcattgttgcttacaccaattccttggagtgatatgtttgtctgctg 16639007  T
Q  311 ttctacagcattgccgggacctaagattgaaatatataagtaaataaatgttttccagcaacctcatacaggtcatttaagaatctgcaaagacgtgtta 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16639008 ttctacagcattgccgggacctaagattgaaatatatacgtaaataaatgttttccagcaatctcatataggtcatttaagaatctacaaagacgtgtta 16639107  T
Q  411 actaatgattaccttttacgaccgacggttggtttataacaccgtgctgtgaactgccagttggcattgcaactcgatgatctggaataaatgtattgtt 510  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16639108 actaatggttaccttttacgaccgacggttggtttataataccgtgctgtgaactgccagttggcattgcaactcgatgatcttgaataaacgtattgtt 16639207  T
Q  511 ctgccaagaaatttgttgttaaatgtcataat--tttactatatgattttttatctaatacttgtggtaaatggcgatatttttgtttcgaatattaccg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||| || |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  16639208 ctgccaagaaatttgttgttaaatgttgtaattatttattaaatgattttttgtctaatacttatggtaaatggcgaaatttttgtttcgaatattacca 16639307  T
Q  609 attgagaaaatctagaattcaacgggccaaatacctgttgcttggattgcacatcaggtggctgttgcttgttggattgcatgaaaatcttaacaaggta 708  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16639308 attgagaaattctagaattcaacgggccaaatacctgttgcttggattgcacatcaggtgaccgttgcttgttggattgcatgaaaatcttcacaaggta 16639407  T
Q  709 ttgtatgtatt 719  Q
    |||||||||||    
T  16639408 ttgtatgtatt 16639418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 699
Target Start/End: Original strand, 16617502 - 16618195
Alignment:
Q  11 tatcagattcattgaatttactatgtatcagctctcaacttttacgagtcgatgacaaaataaataaggagcaggcataaaagtttataggcctaccgct 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| ||| ||  ||||||||||||||| ||    
T  16617502 tatcagattcattgaatttactatgtatcagcactcaacttttatgagtcaatgaaaaaataaataaggtgcaagcacaa--gtttataggcctaccact 16617599  T
Q  111 ttaatcaatcgttgcatttgaggactttgctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgctttcttctatcaatggtgaaa 210  Q
    || ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  16617600 tttatcaatctttgcatttcaggacatagctcttcagaaccaagagtaggtttctgagaatcttgattttgattattgctttcttctttcaagggtgaaa 16617699  T
Q  211 tcctctgattgttggtgggtgtaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacaccaattctttggagtgatatgtttgtctgctg 310  Q
    |||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |||||||||| |||    
T  16617700 tcctctgagtgttggcgtgtttaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacaccaaatccttgcaatgaaatgtttgtcttctg 16617799  T
Q  311 ttctacagcattgccgggacctaagattgaaatatataagtaaataaatgttttccagcaacctcatacaggtcatttaagaatctgcaaagacgtgtta 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |    
T  16617800 ttctacagcattgccgggacctaagattgaaatatat-agcaaataaatgttttccagcaacctcatataggtcatttaagaatctacaaagaagtgtca 16617898  T
Q  411 actaatgattaccttttacgaccgacggttggtttataacaccgtgctgtgaactgccagttggcattgcaactcgatgatctggaataaatgtattgtt 510  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  16617899 actaatggttaccttttacgatcgatggtgggtttataataccacgctgtgaactgccaattggcattgcaactcggtgatcttgaataaaggtattgtt 16617998  T
Q  511 ctgccaagaaatttgttgttaaatgtcataa--ttttactatatga--ttttttatct----aatacttgtggtaaatggcgatatttttgtttcgaata 602  Q
    ||||||| |||||||||||||||||   |||  | ||| || ||||  |||||| |||    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  16617999 ctgccaataaatttgttgttaaatgatgtaacttgttattaaatgatgttttttttctttcaaatacttgcggtaaatggcgctatttttgtttcaaata 16618098  T
Q  603 ttaccgattgagaaaatctagaattcaacgggccaaatacctgttgcttggattgcacatcaggtggctgttgcttgttggattgcatgaaaatctt 699  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||    
T  16618099 ttacggattgagaaaatcaagaattaaacgggtcaaaaacctgttgcttggattgcacatcaggtgactcttgcttgttaggtttcatgaaaatctt 16618195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 302
Target Start/End: Original strand, 16793307 - 16793476
Alignment:
Q  134 actttgctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgctttcttctatcaatggtgaaatcctctgattgttggtggg--tg 231  Q
    ||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||  ||||| || |||||||| ||| |||||||| |  |     
T  16793307 actttgctctttaaaaccaagagtaggtttccgagaatcttgattttgattattggtttctttaatcaagggagaaatcctttgagtgttggtgtgtatc 16793406  T
Q  232 taccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacaccaattctttggagtgatatgttt 302  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||| ||||||||| || || ||||||||| ||||||    
T  16793407 taccaaatgcttcagttgctgaaat-ctttgagcgttgatgcttacactaaatccttggagtgaaatgttt 16793476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 95 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 15110394 - 15110262
Alignment:
Q  95 ttataggcctaccgctttaatcaatcgttgcatttgaggacttt--gctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgcttt 192  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||  || ||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  15110394 ttataggcctaccacttcaatcaatctttgtattgcagtacttatagctcttcagaaccgag--taggtttctgagaatcttgattctgattattgcttt 15110297  T
Q  193 cttctatcaatggtgaaatcctctgattgttggtg 227  Q
     |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15110296 gttctttcaagggtgaaatcctctgagtgttggtg 15110262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 683
Target Start/End: Original strand, 38878036 - 38878688
Alignment:
Q  15 agattcattgaatttactatgtatcagctctcaacttttacgagtcgatgacaaaataaataaggagcaggcataaaagtttataggcctaccgctttaa 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||| |||| | || |||| |||||| || | | || ||   |||||||||||||| | ||||    
T  38878036 agattcatagaatttactatgtatcagcactcatctcttacaagtcaaggaaaaaacaaataaagatctgacacaagt-tttataggcctaccacgttaa 38878134  T
Q  115 tcaatcgttgcatttgaggactttgctcttcagaaccgagagtaggtttctgagaaacttgattatgattattgctttcttctatcaatggtgaaatcct 214  Q
     || ||| || |||  |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||| ||||||  ||||| ||||||||| |    
T  38878135 gcattcgctgaattgcaggattttgctcttcagaaccgagagtaggcttttgagaaacttgattttggttattgttttctttaatcaagggtgaaatctt 38878234  T
Q  215 ctgattgttggtgggtgtaccaaatgcttcagtttctgagatccttggagcgttgttgcttacacca-attctttggagtgatatgtttgtctgctgttc 313  Q
    || | || |||||  ||  ||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||| || ||  | ||||||||| ||||     
T  38878235 ctcagtgctggtgcttgccccaaattgttcagttgctgaaatccttggagcgttgatgcttgcacaagattcttt-gaatgcaacgtttgtctgttgttg 38878333  T
Q  314 tacagcattgccgggacctaagattgaaatatataagtaaataaatgttttccagcaacctcata-caggtcatttaagaatctgcaaagacgtgttaac 412  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||| || ||||| ||||||||| | || ||  | |||  ||  ||||||| ||||| |||| | | || |||    
T  38878334 tacagcattgtcggtgcctaagattgaaatacat-agtaactaaatgtttgctag-aagat-atagaagaccatttaataatctacaaaaaagagtgaac 38878430  T
Q  413 taatgattaccttttacgaccgacggttggtttataacaccgtgctgtgaactgccagttggcattgcaactcgatgatctggaataaatgtattgttct 512  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||| ||| || |||| |||  | |||||||| ||| |||||||||||||||  |||||| ||| | |  |||||||||    
T  38878431 taatggttacctgttacgatcgacgattgattcataataccacgttgtgaactcccaattggcattgcaactccgtgatcttgaagatacatattgttct 38878530  T
Q  513 gccaagaaatttgttgttaaatgtcataattttactatatgattttttatctaatacttgtggtaaatggcgatatttttgtttcgaatattaccgattg 612  Q
    |||||||||||||||||||||||     || || |        ||| | ||||||| ||| ||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||  ||    
T  38878531 gccaagaaatttgttgttaaatg-----atgtttc--------tttgtttctaataattgcggtaaatggtgatagtttcattttgaatattaccggatg 38878617  T
Q  613 agaaaatctagaattcaacgggccaaatacctgttgcttggattgcacatcaggtggctgttgcttgttgg 683  Q
    ||||| | |||||||| |||||||||| | |||||||||  ||||||||| ||| | |||||| |||||||    
T  38878618 agaaagtgtagaattcgacgggccaaaaaactgttgctttaattgcacatgaggcgactgttggttgttgg 38878688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University