View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10153_low_13 (Length: 374)

Name: NF10153_low_13
Description: NF10153
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10153_low_13
NF10153_low_13
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (30-357)||(1541210-1541537)
chr7 (60-357)||(1604479-1604776)
chr7 (30-357)||(1557149-1557481)
chr7 (58-357)||(1088743-1089042)
chr7 (59-357)||(1550473-1550771)
chr7 (60-357)||(1106092-1106389)
chr7 (49-357)||(1596149-1596457)
chr7 (59-341)||(3955231-3955513)
chr7 (60-352)||(2321290-2321582)
chr7 (60-352)||(2329788-2330080)
chr7 (60-352)||(2337687-2337979)
chr7 (59-289)||(3852663-3852893)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (39-357)||(18748915-18749233)
chr8 (39-357)||(18723263-18723581)
chr8 (39-357)||(18738990-18739308)
chr8 (39-357)||(18743954-18744272)
[»] scaffold0491 (2 HSPs)
scaffold0491 (39-357)||(5756-6074)
scaffold0491 (58-357)||(888-1187)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (279-339)||(19250517-19250577)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 30 - 357
Target Start/End: Original strand, 1541210 - 1541537
Alignment:
Q  30 caaaataagaaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaagga 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541210 caaaataagaaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagaaactatagttcgattggatgaatcatattgaagga 1541309  T
Q  130 gtcgagcagtgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatc 229  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1541310 gtcgagctgtgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcaatgcactattggagcagtgcaatc 1541409  T
Q  230 atgatgaagatatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagag 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541410 atgatgaagatatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagag 1541509  T
Q  330 aataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541510 aataagcttcctctctccatgtattgat 1541537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 60 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1604776 - 1604479
Alignment:
Q  60 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  1604776 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaattatattgaaggagtcgagctgtgccaaagtcacaaacactag 1604677  T
Q  160 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 259  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604676 cctgccactcatagtttagcaatatattgctactagatacatctctatgcatgattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 1604577  T
Q  260 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
    |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1604576 tcctttaatagtgttaaccctttttctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgat 1604479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 30 - 357
Target Start/End: Original strand, 1557149 - 1557481
Alignment:
Q  30 caaaataagaaagaaagaatatcaaagattaat-----ttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattg 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1557149 caaaataagaaagaaagaatatcaaagattaatataatttaccaggagcaatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattg 1557248  T
Q  125 aaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtg 224  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1557249 aaggagtcgagctgtgccaaagtcacaaacactagcctgccactcagagttaacaaatatattgctactagatacatctctatgcactattggagcattg 1557348  T
Q  225 caatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaaga 324  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1557349 caatcatgatgaagataagatagagcaaatgcaactcctttaacagtgttaaccctttttctccaattgaattccacagcttccacatcatcatacaaga 1557448  T
Q  325 cagagaataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1557449 cagagaacaagcttcctttctccatgtattgat 1557481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 58 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1089042 - 1088743
Alignment:
Q  58 ttaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacact 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||    
T  1089042 ttaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactattgttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctgtgccaaagtccgcgacact 1088943  T
Q  158 agcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgca 257  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  1088942 ggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcggtgcaatcaggatgaagataagatagagcaaatgca 1088843  T
Q  258 actcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1088842 actcctttaacagtgttaaccctttttctccaattgaattccacagcttctacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgat 1088743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 59 - 357
Target Start/End: Original strand, 1550473 - 1550771
Alignment:
Q  59 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacacta 158  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  1550473 taatttaccgggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggaatcgagctgtgccaaagtcagagacacta 1550572  T
Q  159 gcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 258  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1550573 gccttccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtacaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 1550672  T
Q  259 ctcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
     ||||||||||||| | | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1550673 ttcctttaacagtgctaatcctttttctccaattgaattccacagcttctacatcgtcatacaagacagtgaacaagcttcctctctccatgtactgat 1550771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 60 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1106389 - 1106092
Alignment:
Q  60 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| |    
T  1106389 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactattgttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctgtgccaaagtcagcgacactgg 1106290  T
Q  160 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1106289 cctgccactcagagtttagcaagatattgctactagatacatctctatgcacgattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 1106190  T
Q  260 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
    |||||||| |||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||||| ||||    
T  1106189 tcctttaatagtgttaacccttgttctccaattgaattccacggcttctacatcatcatacaagatagagaacaggcttcctttctccatgtactgat 1106092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 49 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1596457 - 1596149
Alignment:
Q  49 tatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtc 148  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  1596457 tatcaatgactaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgatttgatgaatcatattgaaggagtcgggatgtgccaaagtc 1596358  T
Q  149 agacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaaga 248  Q
    | | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  1596357 acaaacactagcatgccattcagagtttagtaagatattgctactagatacatctctatgcactattggagtagtgcattcatgatgaagatatgaaaga 1596258  T
Q  249 gcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctcca 348  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  1596257 gcaaatgcaattcctttaacagtgttaacccttgttctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaacaggcttcctttctcca 1596158  T
Q  349 tgtattgat 357  Q
    |||| ||||    
T  1596157 tgtactgat 1596149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 59 - 341
Target Start/End: Original strand, 3955231 - 3955513
Alignment:
Q  59 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacacta 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  3955231 taatttaccaggagctatatatccaatagttccaccaactattgtttgattagatgaatcatattgaaggagtcgagctatgccaaagtcagaaacacta 3955330  T
Q  159 gcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 258  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  3955331 ggctgccattctgagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagaggtgaaatcatgatgaagatatgatagagcagatgcaa 3955430  T
Q  259 ctcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcct 341  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||| | |||||  | |||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  3955431 ctcctttaatggtgttaacccttttcctccaatcgaattttatggcttcgacatcatcatgcaagacggagaacaagcttcct 3955513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 60 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2321582 - 2321290
Alignment:
Q  60 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  2321582 aatttaccaggagctatatatccaatggttccagcaactatagttcggtttgatgaatcatattgaaggagtcgagctgttccaaagtcagaaacactag 2321483  T
Q  160 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 259  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||  |||| |||||    
T  2321482 gatgccactcagagtttagcaagatattgctggtagatacatctctgtgcactattggaggggtacaatcatgatgaagatatgataggccaaaggcaac 2321383  T
Q  260 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgta 352  Q
     |||||||||   || | |||||| ||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  2321382 ccctttaacaacattaagcctttttctccaattgaattccatggcctctgcatcatcatacaagacggagaacaaacttcctctctccatgta 2321290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 60 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2330080 - 2329788
Alignment:
Q  60 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 159  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||    
T  2330080 aatttacctggagctatatatccaattgttccaacaactatagttcgattcgatgaatcatattgaaggagtcgagatgtgccaaagtcagaaacactag 2329981  T
Q  160 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 259  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2329980 gcttccactcagagtttagcaagatattgcccgtagatacatctctatgcacaatggcaggggtgcaatcatgatgaagatatgatagaccaaatgcaac 2329881  T
Q  260 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgta 352  Q
     ||||||| |   || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  2329880 acctttaataacattaaccctttttctccaattgaattccacggcttcaccttcatcatacaagacagagaacaagctacctttctccatgta 2329788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 60 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 2337979 - 2337687
Alignment:
Q  60 aatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacactag 159  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||    
T  2337979 aatttacctggagctatatatccaattgttccaacaactatagttcgatttgatgaatcatattgaaggattcgagatgtgccaaagtcagaaacactag 2337880  T
Q  160 cctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaac 259  Q
     || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2337879 gcttccactccgagtttagcaagatattgccagtagatacatctctatgcacaatggcaggggtgcaatcatgatgaagatatgatagaccaaatgcaac 2337780  T
Q  260 tcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgta 352  Q
     ||||||| |   || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  2337779 acctttaataacattaaccctttttctccaattgaattccacggcttcaacttcatcatacaagccagagaacaagctacctttctccatgta 2337687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 59 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 3852893 - 3852663
Alignment:
Q  59 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacacta 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||    
T  3852893 taatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactattgttcgattggatgaatcacattgaaggagtcgagctataccaaagtcagaaacacta 3852794  T
Q  159 gcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgcaa 258  Q
    | |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  3852793 ggctgccattccgagtttagaaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggaaaggtgaaatcatgatgaagatatgatagagcagatgcaa 3852694  T
Q  259 ctcctttaacagtgttgacccttttcctcca 289  Q
    ||||||||||| |||| | |||||| |||||    
T  3852693 ctcctttaacaatgttaatcctttttctcca 3852663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 18748915 - 18749233
Alignment:
Q  39 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 138  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18748915 aaagaaaaaatatcaatggttaatttacccggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctg 18749014  T
Q  139 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 238  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749015 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18749114  T
Q  239 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18749115 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaatagtgttaactctttttctccacttgaattccatggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 18749214  T
Q  339 cctctctccatgtattgat 357  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  18749215 cctctatccatgtattgat 18749233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 18723263 - 18723581
Alignment:
Q  39 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 138  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18723263 aaagaaaaaatatcaatggttaatttacccggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctg 18723362  T
Q  139 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 238  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723363 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18723462  T
Q  239 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723463 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaatagtgttaactctttttctccacttgaatttcatggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 18723562  T
Q  339 cctctctccatgtattgat 357  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  18723563 cctctatccatgtattgat 18723581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 18738990 - 18739308
Alignment:
Q  39 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 138  Q
    ||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  18738990 aaagaaaaaatagcaatggttaatttacctggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagccgagcta 18739089  T
Q  139 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 238  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18739090 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18739189  T
Q  239 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 338  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18739190 atatgaaaaagcaaatgcaactcctttaatagtgttaacccttttcctccacttgaattccacgacttttacatcatcatacaagacagagaacaagctt 18739289  T
Q  339 cctctctccatgtattgat 357  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  18739290 cctttctccatgtattgat 18739308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 18743954 - 18744272
Alignment:
Q  39 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 138  Q
    ||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  18743954 aaagaaaaaatagcaatggttaatttacctggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagccgagcta 18744053  T
Q  139 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 238  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18744054 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 18744153  T
Q  239 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 338  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18744154 atatgaaaaagcaaatgcaactcctttaatagtgttaacccttttcctccacttgaattccacgacttttacatcatcatacaagacagagaacaagctt 18744253  T
Q  339 cctctctccatgtattgat 357  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  18744254 cctttctccatgtattgat 18744272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0491
Description:

Target: scaffold0491; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 39 - 357
Target Start/End: Original strand, 5756 - 6074
Alignment:
Q  39 aaagaaagaatatcaaagattaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcag 138  Q
    ||||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5756 aaagaaaaaatatcaatggttaatttacccggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagctg 5855  T
Q  139 tgccaaagtcagacacactagcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 238  Q
    |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5856 tgccgaagtcacaaacactggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaag 5955  T
Q  239 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5956 atatgaaagagcaaatgcaactcctttaatagtgttaactctttttctccacttgaattgcagggcttctacatcatcatacaagacagagaataagctt 6055  T
Q  339 cctctctccatgtattgat 357  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  6056 cctctatccatgtattgat 6074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0491; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 58 - 357
Target Start/End: Original strand, 888 - 1187
Alignment:
Q  58 ttaatttaccaggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagtcgagcagtgccaaagtcagacacact 157  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||| | |||||    
T  888 ttaatttacctggagctatatatccaatagttccagcaactatagttcgattggatgaatcatattgaaggagccgagctatgccgaagtcacaaacact 987  T
Q  158 agcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctctatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaagagcaaatgca 257  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  988 ggcctgccactcagagtttagcaagatattgctagtagatacatctcgatgcactattggagcagtgcaatcatgatgaagatatgaaaaagcaaatgca 1087  T
Q  258 actcctttaacagtgttgacccttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttcctctctccatgtattgat 357  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  1088 actcctttaatagtgttaacccttttcctccacttgaattccacgacttttacatcatcatacaagacagagaacaagcttcctttctccatgtattgat 1187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 19250577 - 19250517
Alignment:
Q  279 cttttcctccacttgaattccacggcttctacatcatcatacaagacagagaataagcttc 339  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  19250577 ctttttctccaattgaattccacaacttctacatcatcatacaaaaccgagaacaagcttc 19250517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University