View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10154_low_2 (Length: 548)

Name: NF10154_low_2
Description: NF10154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10154_low_2
NF10154_low_2
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (20-543)||(10887686-10888209)
chr5 (20-494)||(10866214-10866679)
chr5 (20-494)||(10873626-10874091)
chr5 (20-494)||(10878697-10879162)
chr5 (20-494)||(10883768-10884233)
chr5 (261-501)||(39675780-39676020)
chr5 (20-193)||(39676070-39676243)
chr5 (306-499)||(10045775-10045968)
chr5 (20-184)||(10046135-10046299)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 543
Target Start/End: Original strand, 10887686 - 10888209
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10887686 aaaacctttcatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaaccctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagcttcgac 10887785  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcagatattttcggtggtggta 219  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  10887786 tcaagggagtaagaaggaattgatcccgataccactgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttttggtcagatatcttcggtggtgtta 10887885  T
Q  220 acataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgcc 319  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10887886 acataggtagcttcttcggcacaactcctccggtgggttttgcagaattgtcgactacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaatgatgaaggcagtgcc 10887985  T
Q  320 gaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 419  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10887986 gaagaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggatgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 10888085  T
Q  420 tcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagtgaagaagaaggttgttgtgactgtg 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10888086 tcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagtgaagaagaaggttgttgtgactgtg 10888185  T
Q  520 aatcctgctgctgcctttgcttct 543  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  10888186 aatcctgctgctgcctttggttct 10888209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 10866679 - 10866214
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  10866679 aaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccaccgcttggttcctaatatttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggat 10866580  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcagatattttcggtggtggta 219  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  10866579 tcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcggagattttgggtggaggta 10866480  T
Q  220 acataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgcc 319  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || ||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10866479 acgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttcttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgcc 10866389  T
Q  320 gaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 419  Q
    ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10866388 gaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 10866289  T
Q  420 tcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagt 494  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  10866288 tcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgttaagtacagt 10866214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Original strand, 10873626 - 10874091
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  10873626 aaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaatatttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggat 10873725  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcagatattttcggtggtggta 219  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  10873726 tcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcggagattttgggtggaggta 10873825  T
Q  220 acataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgcc 319  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || ||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10873826 acgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttcttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgcc 10873916  T
Q  320 gaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 419  Q
    ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10873917 gaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 10874016  T
Q  420 tcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagt 494  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  10874017 tcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgttaagtacagt 10874091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Original strand, 10878697 - 10879162
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  10878697 aaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaatatttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggat 10878796  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcagatattttcggtggtggta 219  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  10878797 tcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcggagattttgggtggaggta 10878896  T
Q  220 acataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgcc 319  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || ||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10878897 acgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttcttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgcc 10878987  T
Q  320 gaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 419  Q
    ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10878988 gaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 10879087  T
Q  420 tcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagt 494  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  10879088 tcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgttaagtacagt 10879162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 20 - 494
Target Start/End: Original strand, 10883768 - 10884233
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  10883768 aaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaatatttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggat 10883867  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataactttctggtcagatattttcggtggtggta 219  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  10883868 tcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggacataactttttggtcggagattttgggtggaggta 10883967  T
Q  220 acataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgcc 319  Q
    || ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || ||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  10883968 acgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttcttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgcc 10884058  T
Q  320 gaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 419  Q
    ||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10884059 gaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttt 10884158  T
Q  420 tcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagt 494  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  10884159 tcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgttaagtacagt 10884233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 261 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 39676020 - 39675780
Alignment:
Q  261 gcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaa 360  Q
    |||| ||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||||||  | | |||| ||||||||||    
T  39676020 gcagcaatgtcagcaacttcatcttcttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaacgccaaagaaagccgtaaggtagataaggcaagcaatgagggaaa 39675921  T
Q  361 ctacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaa 460  Q
    ||| ||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  39675920 ctagagcaagaatctcggagattgtgaggacatggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccaccggttaagaagaaagtatgcgacggagaagaa 39675821  T
Q  461 gagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagtgaagaag 501  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||| || ||||||||||    
T  39675820 gagaccgaagaaaaaagtgtttgttaagtaaagtgaagaag 39675780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 39676243 - 39676070
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||   || ||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  39676243 aaaaccttccattggtaaaccttcaagtgaccttccagtaactctctccacagcttggttcctaatcacagcagcacgtcggcaatctccaagcttcgat 39676144  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggacataacttt 193  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  39676143 tcaagcgagtaagatggaattgatccagacaccactgcaccaacaacctcctcatcttccatggacaaaacttt 39676070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 306 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 10045968 - 10045775
Alignment:
Q  306 atgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtag 405  Q
    |||||| || ||||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||| |||||| || || |||||||| |    
T  10045968 atgaagccaatgccgaagaaagccataaggtaaataaaggaagctatgagggaaacaacaccggcaatctcagagattgtgagaacatgaagaggtgtgg 10045869  T
Q  406 aggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagtgaaga 499  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  10045868 aggttcggatcttctcacgccacctgtgaagaagaaaatacgcgacggagaagaaaagaccgaagaaaattgcgtttgttaagtagagtgaaga 10045775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 20 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 10046299 - 10046135
Alignment:
Q  20 aaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttgctgcacgacggcaatctccgagctttgac 119  Q
    |||||||||||| |||| |||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||   || |||||   |||||||||||| |||||     
T  10046299 aaaaccttccattggtaaacccgagagtgactttccggtaactctctccaccgcttggttacgtatcgccgccgcacgtttgcaatctccgagttttgat 10046200  T
Q  120 tcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatgga 184  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  || | ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  10046199 tcaagcgagtatgacggaattgtaccggttaccaccgcacggacaacctcgtcatcttccatgga 10046135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University