View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10156_high_18 (Length: 261)

Name: NF10156_high_18
Description: NF10156
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10156_high_18
NF10156_high_18
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-255)||(14275952-14276211)
chr5 (6-215)||(37627055-37627262)
chr5 (49-132)||(37803601-37803684)
chr5 (142-215)||(37806299-37806372)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-226)||(11991774-11991997)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-215)||(41313595-41313806)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (3-215)||(2188129-2188340)
chr7 (3-261)||(19632565-19632823)
chr7 (8-215)||(1608479-1608685)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (3-226)||(19215764-19215986)
chr2 (1-224)||(19589508-19589732)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (3-215)||(29822902-29823112)
chr8 (4-210)||(451968-452171)
chr8 (4-178)||(7093803-7093976)
chr8 (4-178)||(7097536-7097709)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (4-215)||(8377811-8378021)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (3-226)||(58612-58833)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Original strand, 14275952 - 14276211
Alignment:
1 aaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
14275952 aaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaccaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcaggtcccaaccaattataggc 14276051  T
101 accacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccg----accaaattaatcattgtct 196  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||    |||||||||||||||||||    
14276052 accacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacatgattattaactccaaaaaatagatcacacacaatgagtatccgaccaaccaaattaatcattgtct 14276151  T
197 taagcacctgctagagacacaaattaca-cctcaataactttgcctaacaaatatgcaag 255  Q
    ||| ||||||| ||||||||| |||||| |  |||||||| || || |||||||||||||    
14276152 taaccacctgccagagacacagattacatcgacaataactctgacttacaaatatgcaag 14276211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 37627055 - 37627262
Alignment:
6 acgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcaccac 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||     
37627055 acgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagcctcaaccaattatgggcactcaagacttcggatcccaaccaattatgggcaccaa 37627153  T
106 acgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcacct 205  Q
     ||||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||    
37627154 gcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccac-aaatagaccactcacaatgagtatgcgactaaattaatcattgtcttaaccacct 37627252  T
206 gctagagaca 215  Q
    ||||||||||    
37627253 gctagagaca 37627262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 132
Target Start/End: Original strand, 37803601 - 37803684
Alignment:
49 gccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcaccacacgacaataaatgtatgcatgcgacac 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
37803601 gccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcaccacacgacaatgaatgtatgcatgcgacac 37803684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 142 - 215
Target Start/End: Original strand, 37806299 - 37806372
Alignment:
142 aactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcacctgctagagaca 215  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
37806299 aactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgctagagaca 37806372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Original strand, 11991774 - 11991997
Alignment:
4 caacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcacc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||    
11991774 caacgagcctcaaccaattatgagcactcaaccaagaaacgataagcctcaaccaattatgggcactcaagactttgggtcccaaccaattatgggcacc 11991873  T
104 acacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtctt-aagca 202  Q
    |  ||||||| |||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||    
11991874 atgcgacaatgaatgcatgcttgcgacacatggttattaactccacaaaatagatcactcacaatgagtattcgaccaaattaatcattgtcttaaacca 11991973  T
203 cctgctagagacacaaattacacc 226  Q
    ||||||||||||||  ||||||||    
11991974 cctgctagagacacggattacacc 11991997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 215
Target Start/End: Original strand, 41313595 - 41313806
Alignment:
3 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||    
41313595 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgagcac 41313693  T
103 cacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagca 202  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
41313694 cacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaacca 41313793  T
203 cctgctagagaca 215  Q
    |||||||||||||    
41313794 cctgctagagaca 41313806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 2188340 - 2188129
Alignment:
3 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||    
2188340 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgagcac 2188242  T
103 cacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagca 202  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
2188241 cacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgacttaattaatcattgtcttaacca 2188142  T
203 cctgctagagaca 215  Q
    |||||||||||||    
2188141 cctgctagagaca 2188129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 3 - 261
Target Start/End: Original strand, 19632565 - 19632823
Alignment:
3 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcac 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||    
19632565 acaacaagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgg-cactcaagacttcgggtcccaaccaattatgagcac 19632662  T
103 cacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagca 202  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
19632663 cacgcgacactgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaaaatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaacca 19632762  T
203 cctgctagagacacaaattacacc-tcaataactttgcctaac-aaatatgcaagacctca 261  Q
    |||||||||||||   ||||||||  || |||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
19632763 cctgctagagacattgattacaccgacagtaacgttgactaacaaaatatgcaagacctca 19632823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Original strand, 1608479 - 1608685
Alignment:
8 gagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcaccacac 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||| |    
1608479 gagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttagggtcccaaccaattatgggcaccacgc 1608577  T
108 gacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcacctgc 207  Q
    ||| || |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
1608578 gaccatgaatgtatgcatgcgacacctgcttattaactccacaagatagaccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattgtcttaaccacctgc 1608677  T
208 tagagaca 215  Q
    ||||||||    
1608678 tagagaca 1608685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 3 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 19215986 - 19215764
Alignment:
3 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcac 102  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
19215986 acaacgagcctaaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcac 19215888  T
103 cacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagca 202  Q
    ||  ||||||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
19215887 catgcgacaatgaatgtatgcatgcaacacctgcttattaactccacaaaataggccactcacaatgagtatccgactaaattaatcattatcttaacca 19215788  T
203 cctgctagagacacaaattacacc 226  Q
    ||||||||||||||  ||||||||    
19215787 cctgctagagacactgattacacc 19215764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 19589732 - 19589508
Alignment:
1 aaacaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||   | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||||||| |||    
19589732 aaacaacgagtctcaaccaattatgaacactcaaaaca-aaacgacaaaccccaaccaattacgggcactcaagacttagggttccaaccaattatgggc 19589634  T
101 accacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataatt-attaactcca-caaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtctta 198  Q
    | |||||||| || ||| ||||||||  | ||||  || ||||||||||  ||||||||||  | ||| ||||||||| || ||||||||  ||||  ||    
19589633 agcacacgacgatgaatatatgcatgtaatacatggttaattaactccataaaaatagatcaattacactgagtatccaactaaattaatggttgttcta 19589534  T
199 agcacctgctagagacacaaattaca 224  Q
    | ||||  ||||||||||| ||||||    
19589533 accaccatctagagacacagattaca 19589508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 29823112 - 29822902
Alignment:
3 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
29823112 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcgctcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcac 29823014  T
103 cacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagca 202  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||    
29823013 cacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcttatt-actccacaaaatagaccactcacaatgagtatctgactaaattaatcatggtcttaacca 29822915  T
203 cctgctagagaca 215  Q
    |||||||||||||    
29822914 cctgctagagaca 29822902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 210
Target Start/End: Original strand, 451968 - 452171
Alignment:
4 caacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcacc 103  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
451968 caacgagtcccaaccaattatgagcactcaaa-aggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcacc 452066  T
104 acacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcac 203  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | | |||||  |||||||| ||||| |||||||||||  |||||| |||    
452067 acacgacaatgaatgtatgcatgtgacacctgattattaactccacaaaaaacaccgctcttaatgagtaaccgactaaattaatcat--tcttaaccac 452164  T
204 ctgctag 210  Q
    |||||||    
452165 ctgctag 452171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 178
Target Start/End: Original strand, 7093803 - 7093976
Alignment:
4 caacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcacc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||    
7093803 caacgagcctcaaccaattatgagcactca-caaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcctaaccaattatgggcacc 7093901  T
104 acacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccga 178  Q
    || | ||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||   |||||||||| |||||||    
7093902 acgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccaccaaatagacaactcacaatgaatatccga 7093976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 178
Target Start/End: Original strand, 7097536 - 7097709
Alignment:
4 caacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcacc 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||    
7097536 caacgagcctcaaccaattatgagcactca-caaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcctaaccaattatgggcacc 7097634  T
104 acacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccga 178  Q
    || | ||||| |||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||   |||||||||| |||||||    
7097635 acgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccaccaaatagacaactcacaatgaatatccga 7097709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8378021 - 8377811
Alignment:
4 caacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcacc 103  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
8378021 caacgggcctcaaccaattatgagcactca-caaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcacc 8377923  T
104 acacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagcac 203  Q
    || | ||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||    
8377922 acgcaacaatgaatgtatgcatgcgacacctgcatattaactccacaaaatagacaactcacaatgaatatccgactaaattaatcactgtcttaaccac 8377823  T
204 ctgctagagaca 215  Q
    ||||||||||||    
8377822 ctgctagagaca 8377811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 3 - 226
Target Start/End: Original strand, 58612 - 58833
Alignment:
3 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaacgaagaaacgataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgaatcccaaccaattataggcac 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
58612 acaacgagcctcaaccaattatgagcactcaaaaaggaaacaataagccccaaccaattatgggcactcaagacttcgggtcccaaccaattatgggcac 58711  T
103 cacacgacaataaatgtatgcatgcgacacataattattaactccacaaaatagatcgctcacaatgagtatccgaccaaattaatcattgtcttaagca 202  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||| ||||||||| | | | |||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||    
58712 cacgcgacaatgaatgtatgcatgcgacagctggttattaattccacaaaaaacacctctcataatgagtaaccgactaaattaatcat--tcttaacca 58809  T
203 cctgctagagacacaaattacacc 226  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||    
58810 cctgctagagacacagattgcacc 58833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University