View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10156_low_2 (Length: 438)
Name: NF10156_low_2
Description: NF10156
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10156_low_2 |
 | |
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| [»] scaffold0046 (1 HSPs) |
| | |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 28469118 - 28469550
Alignment:
| Q |
1 |
taattggctatccactatgcatttgcaatactggcc-tctcttattaacttattctgaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
99 |
Q |
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| T |
28469118 |
taattggctatcaactatgcatttgcaatactggccctctcttattaacttcttctaaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
28469217 |
T |
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| Q |
100 |
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199 |
Q |
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| T |
28469218 |
ttatggcggtttgaatgatgggttgtttctacttagtttgtgtttatattgatatgtacggtggagatctatggtagaaagctatggcatgttaattggc |
28469317 |
T |
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| Q |
200 |
aattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatttagatgaaagattttgctgtcacatatgcatcattgttttgtgataatttt |
299 |
Q |
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| T |
28469318 |
aattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatctagatgaaagattttgctgtcacatgtgcatcattgttttgtgataatttt |
28469417 |
T |
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| Q |
300 |
caagagttcctgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
399 |
Q |
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| T |
28469418 |
caagagttcttgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggacaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
28469517 |
T |
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| Q |
400 |
atagacatctctcgtgattggacctttgcttct |
432 |
Q |
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| T |
28469518 |
aaagacatctctcgtgattggaccttttcttct |
28469550 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 34734616 - 34734184
Alignment:
| Q |
1 |
taattggctatccactatgcatttgcaatactggcc-tctcttattaacttattctgaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
99 |
Q |
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| T |
34734616 |
taattggctatcaactatgcatttgcaatactggccctctcttattaacttcttctaaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
34734517 |
T |
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| Q |
100 |
ttatggaggtttgaatgatgggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtgtagatctatggtagaaagctatgacatgttaattggc |
199 |
Q |
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| T |
34734516 |
ttatggcggtttgaatgatgggttgtttctacttagtttgtgtttatattgatatgtacggtggagatctatggtagaaagctatggcatgttaattggc |
34734417 |
T |
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| Q |
200 |
aattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatttagatgaaagattttgctgtcacatatgcatcattgttttgtgataatttt |
299 |
Q |
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| T |
34734416 |
aattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatctagatgaaagattttgctgtcacatgtgcatcattgttttgtgataatttt |
34734317 |
T |
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| Q |
300 |
caagagttcctgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
399 |
Q |
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| T |
34734316 |
caagagttcttgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggacaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
34734217 |
T |
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| Q |
400 |
atagacatctctcgtgattggacctttgcttct |
432 |
Q |
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| T |
34734216 |
aaagacatctctcgtgattggaccttttcttct |
34734184 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0046 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0046
Description:
Target: scaffold0046; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 75921 - 75490
Alignment:
| Q |
1 |
taattggctatccactatgcatttgcaatactggcc-tctcttattaacttattctgaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
99 |
Q |
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| T |
75921 |
taattggctatcaactatgcatttgcaatactggccctctcttattaacttcttctaaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
75822 |
T |
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| Q |
100 |
ttatggaggtttgaatgatgggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtgtagatctatggtagaaagctatgacatgttaattggc |
199 |
Q |
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| T |
75821 |
ttatggcggtttgaatgatcggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtggagatctatggtagaaagctatggcatgttagttggg |
75722 |
T |
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| Q |
200 |
aattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatttagatgaaagattttgctgtcacatatgcatcattgttttgtgataatttt |
299 |
Q |
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| T |
75721 |
aattaatagggtagttgcaatttacgttagatttatggtcttccatatctagatgaaagattttgctgtcacatgtgcatcattgttttgtgataatttt |
75622 |
T |
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| Q |
300 |
caagagttcctgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
399 |
Q |
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| T |
75621 |
caagagttcttgaagaaatccatgg-tagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
75523 |
T |
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| Q |
400 |
atagacatctctcgtgattggacctttgcttct |
432 |
Q |
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| T |
75522 |
aaagacatctctcgtgattggaccttttcttct |
75490 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 24966600 - 24966169
Alignment:
| Q |
1 |
taattggctatccactatgcatttgcaatactggcc-tctcttattaacttattctgaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
99 |
Q |
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| T |
24966600 |
taattggctatcaactatgcatttgcaatactggccctctcttattaacttcttctaaaactattcatggagtaattgttgtgggaatggtttagagaaa |
24966501 |
T |
|
| Q |
100 |
ttatggaggtttgaatgatgggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtgtagatctatggtagaaagctatgacatgttaattggc |
199 |
Q |
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| T |
24966500 |
ttatggcggtttgaatgatcggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtggagatctatggtagaaagctatggcatgttagttggg |
24966401 |
T |
|
| Q |
200 |
aattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatttagatgaaagattttgctgtcacatatgcatcattgttttgtgataatttt |
299 |
Q |
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| T |
24966400 |
aattaatagggtagttgcaatttacgttagatttatggtcttccatatctagatgaaagattttgctgtcacatgtgcatcattgttttgtgataatttt |
24966301 |
T |
|
| Q |
300 |
caagagttcctgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
399 |
Q |
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| T |
24966300 |
caagagttcttgaagaaatccatgg-tagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttca |
24966202 |
T |
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| Q |
400 |
atagacatctctcgtgattggacctttgcttct |
432 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
24966201 |
aaagacatctctcgtgattggaccttttcttct |
24966169 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 86 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 29317995 - 29317723
Alignment:
| Q |
86 |
atggtttagagaaattatggaggtttgaatgatgggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtgtagatctatggtagaaagctatg |
185 |
Q |
| |
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|
| T |
29317995 |
atggtttagagaaattatggaggtttgaatgatgggttgtttctacttggtttgtgtttatattgatatgtacggtggagatctatggtagaaagctatg |
29317896 |
T |
|
| Q |
186 |
acatgttaattggcaattaatagggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatttagatgaaagattttgctgtcacatatgcatcattgt |
285 |
Q |
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| T |
29317895 |
gcatgttaattggcaattaatatggtagttgcaatttacgtcagatttatggtcttccatatttagatgaaagattttgatgtcacatgtgcatcattgt |
29317796 |
T |
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| Q |
286 |
tttgtgataattttcaagagttcctgaagaaatccatggttagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaac |
358 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29317795 |
tttgtgataactttcaagagttcctaaagaaatccatggttagagtgtgtagagggagaaagcttatgcaaac |
29317723 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 354 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 29315611 - 29315533
Alignment:
| Q |
354 |
caaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttcaatagacatctctcgtgattggacctttgcttct |
432 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
29315611 |
caaaccgtccaaaaagtaacattttggtcatattaccccaatttcaaaagacatctctcgtgattggaccttttcttct |
29315533 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 29318505 - 29318429
Alignment:
| Q |
1 |
taattggctatccactatgcatttgcaatactgg-cctctcttattaacttattctgaaactattcatggagtaatt |
76 |
Q |
| |
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| T |
29318505 |
taattggctatccactatgcatttgcaatactggccctctcttattaacttcttctaaaactattcatggagtaatt |
29318429 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University