View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10167_low_1 (Length: 718)

Name: NF10167_low_1
Description: NF10167
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10167_low_1
NF10167_low_1
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (18-704)||(6917240-6917926)
chr3 (274-704)||(6590575-6590987)
chr3 (182-514)||(6142586-6142921)
chr3 (37-514)||(6721488-6721965)
chr3 (274-510)||(7750397-7750627)
chr3 (365-513)||(6245776-6245918)
chr3 (271-514)||(6266086-6266323)
chr3 (306-508)||(13270019-13270215)
chr3 (365-514)||(6169380-6169523)
chr3 (18-509)||(6882643-6883131)
chr3 (271-514)||(6900483-6900720)
chr3 (268-406)||(8568475-8568613)
chr3 (586-704)||(7750787-7750905)
chr3 (276-405)||(8455026-8455155)
chr3 (18-134)||(6591130-6591246)
chr3 (321-514)||(6259599-6259786)
chr3 (268-435)||(4388435-4388602)
chr3 (18-149)||(6265830-6265961)
chr3 (268-342)||(6479573-6479647)
chr3 (268-342)||(6519753-6519827)
chr3 (280-352)||(5250545-5250617)
chr3 (268-342)||(6554029-6554103)
chr3 (268-342)||(6736354-6736428)
chr3 (19-95)||(6142426-6142502)
chr3 (268-352)||(6947633-6947717)
chr3 (457-512)||(6238237-6238292)
chr3 (18-95)||(6169030-6169107)
chr3 (280-339)||(8590105-8590164)
chr3 (18-105)||(13270359-13270446)
chr3 (479-513)||(6850162-6850196)
chr3 (29-83)||(7750149-7750203)
chr3 (18-95)||(6259338-6259415)
[»] scaffold0425 (2 HSPs)
scaffold0425 (268-342)||(7068-7142)
scaffold0425 (479-513)||(13270-13304)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (304-441)||(35139880-35140017)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (269-339)||(6572892-6572962)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 683; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 683; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 704
Target Start/End: Original strand, 6917240 - 6917926
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917240 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaaga 6917339  T
Q  118 tccatggttaaaaggaaacagtaactgctccaaaaattctccgttccttttataaacacagtcaagaacaagcaaatatttcttgcccatcagcaacagt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6917340 tccatggttaaaaggaaacagtaactgctccaaaaattctccgttccttttataaacacagtcaagaacaagcaaatatttcttgcccattagcaacagt 6917439  T
Q  218 aacaattgacgttggagtatttccaagtttttactttttggtggagaacaaaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917440 aacaattgacgttggagtatttccaagtttttactttttggtggagaacaaaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctg 6917539  T
Q  318 aatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaac 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917540 aatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaac 6917639  T
Q  418 tatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatggta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917640 tatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatggta 6917739  T
Q  518 caatcatcatccacccaaaatgcatttggaaatatctgcggagtgactccatctttattacttgcttgaagtcccaatctatcctgtttctctgcaagaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917740 caatcatcatccacccaaaatgcatttggaaatatctgcggagtgactccatctttattacttgcttgaagtcccaatctatcctgtttctctgcaagaa 6917839  T
Q  618 actctaccttctgtatcaatgcttcaatcctagcctcaaatcctcgattactaaaaagtgaaagaaagtgttgcatcctgccctttg 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6917840 actctaccttctgtatcaatgcttcaatcctagcctcaaatcctcgattactaaaaagtgaaagaaagtgttgcatcctgccctttg 6917926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 274 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 6590987 - 6590575
Alignment:
Q  274 cctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaa 373  Q
    |||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |  |||||||  ||||| || || ||||||    
T  6590987 cctgagaattgatcgggtgagatgaacaagatcaaaagattttgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctccagtatcttgtggtccttgtaa 6590888  T
Q  374 acaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaa 473  Q
    |||||  | |||||||| || ||||| |||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||  |||||| |      |||| ||||||||| |||||||    
T  6590887 acaagccgggcaagggttgtcttacccatcccaatcatacccactatacagattatgggtacatggttgtga------ctgtgactgtctgaaagtaaaa 6590794  T
Q  474 attcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatggtacaatcatcatccacccaaaatgcatttggaaatatctgcggagtgactccatcttt 573  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  |||   |||   ||  |||| |||| |||||||| ||||| |||| | |||     
T  6590793 atttaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatgacagatacatgtgcca---aaggtgcagttggtaatatctggggagtcactctaccttc 6590697  T
Q  574 attacttgcttgaagtcccaatctatcctgtttctctgcaagaaactctaccttctgtatcaatgcttcaatcctagcctcaaatcctcgattactaaaa 673  Q
    ||||         ||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  6590696 atta---------agtcccaatttatccttttgatctgcaagaaactctaggttctgtatcaatgctttaatcctagcttcaaatcctcgattaataaaa 6590606  T
Q  674 agtgaaagaaagtgttgcatcctgccctttg 704  Q
     ||||||||||| || | ||| |||||||||    
T  6590605 cgtgaaagaaagcgtcgtatcttgccctttg 6590575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 182 - 514
Target Start/End: Original strand, 6142586 - 6142921
Alignment:
Q  182 agaacaagcaaatatttcttgcccatcagcaacagtaacaattgacgttggagtatttccaagtttttactttttggtggagaaca---aaatgacctga 278  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |   |||||||||||||||||||||||||| || ||  | || ||  ||  |   ||||||||| |    
T  6142586 agaacaagcaaaaatttcttgcccattagcaactgctgcaattgacgttggagtatttccaagtcttgaccatgtgctgctgatgactgaaatgacctaa 6142685  T
Q  279 gaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaag 378  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||  || | ||||||||||||| |||||||| |  ||||||   ||| | || |||||||||| ||     
T  6142686 gaattgatagggtgagactaacaagatcaaaagatcttggaacatggacccaagcattaagttcaaattgctcctgtatcctgtggtcattgtaaataaa 6142785  T
Q  379 ttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattca 478  Q
     ||||||||||| || ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||  |||||||| | |    
T  6142786 ctgcgcaagggttgtcttacctatcccaggaagacctactatactgattatgggtacccggttgtcaccgtcactttcactgtctgtaagtaaaaaatta 6142885  T
Q  479 attatttcctctttctcatgctctctaccatatatg 514  Q
    || |||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  6142886 atcattttctctttctcatggtatctaccatatatg 6142921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 6721965 - 6721488
Alignment:
Q  37 taaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaagatccatggttaaaaggaaac 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||||| | |   |||||||||   |||||| |||      
T  6721965 taaatgaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcccgtgttgtcacgatcatcttacttcctgaagatccacatttaaaaagaagt 6721866  T
Q  137 agtaactgctccaaaaattctccgttccttttataaacacagtcaagaacaagcaaatatttcttgcccatcagcaacagtaacaattgacgttggagta 236  Q
    |||||||||||| | |  |  || |   | ||    ||||  || |||||||||||||||||||| ||| ||||||   ||  ||||| ||||||||| |    
T  6721865 agtaactgctcccatatcttcccatctatgttcctgacaccatctagaacaagcaaatatttctttcccctcagcatatgttgcaattcacgttggagca 6721766  T
Q  237 tttccaagtttttact---ttttggtggagaacaa---aatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggaccca 330  Q
    ||  |||||  |||||   || | |||| ||||||   | |||| ||||||||| || || ||||| || || ||||||||||||||||  || ||||||    
T  6721765 ttatcaagtcattactaaattctcgtggtgaacaatgaattgacttgagaattgtttgggcgagacgaagaacatcaaaagattctgaaagatagaccca 6721666  T
Q  331 agctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatg 430  Q
    ||||||||||||    |||||||  ||| | || |||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  6721665 agctttaagttcatattgctccactatcctgtggtcattgtaaacaagctgggcaagggttgtcttacctatcccaatcagacccactatactgattatg 6721566  T
Q  431 ggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatg 514  Q
    || ||| |||||      ||||||||||| || || || || || |  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  6721565 ggcacctggttg------tcactgtcactatcagaaagcaagaaattgattatttcttctttctcatgctctcgaccatatatg 6721488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 274 - 510
Target Start/End: Original strand, 7750397 - 7750627
Alignment:
Q  274 cctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaa 373  Q
    ||||||||||| || |||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |  |||||    ||||| || || ||||||    
T  7750397 cctgagaattgcttgggtgagatgaacaagatcaaaagattctgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttgtggtcgttgtaa 7750496  T
Q  374 acaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtac-ccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaa 472  Q
    |||||| | |||| ||| || ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||   ||||       ||||||| ||||||||| ||||||    
T  7750497 acaagtcgggcaatggttgtcttacccatcccaatcacacccactatactgattatgggtacaaaggtt-------tcactgtaactgtctgaaagtaaa 7750589  T
Q  473 aattcaattatttcctctttctcatgctctctaccata 510  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  7750590 aattcagtcatttcctctatctcatgctccctaccata 7750627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 365 - 513
Target Start/End: Original strand, 6245776 - 6245918
Alignment:
Q  365 tcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctg 464  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |      || ||||||||    
T  6245776 tcattgtaaacaagctgcgcaagggttgtcttacctatcccgtccagacccactatactgattatggatacccggttgtaacc------gtgactgtctg 6245869  T
Q  465 atagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatat 513  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6245870 aaagtaaaaattcaattatttcttctttctcatgctctctaccatatat 6245918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 271 - 514
Target Start/End: Original strand, 6266086 - 6266323
Alignment:
Q  271 tgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattg 370  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  | ||  || ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |  ||||||   ||| |||| ||||||    
T  6266086 tgacctgagaattgatttgatgagatgatcataattaaaagtttctgaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattg 6266185  T
Q  371 taaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagta 470  Q
    |||||||| || |||||||  || ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||||||||| | ||||       |||| || ||| ||||| ||||    
T  6266186 taaacaagctgggcaagggctgtcttaccaatccccgtcagacccactatactgattatgggtagctggtt------ctcaccgtgactatctgaaagta 6266279  T
Q  471 aaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatg 514  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6266280 aaaaatcaatcatttcctcttgctcatgctctctaccatatatg 6266323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 306 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 13270215 - 13270019
Alignment:
Q  306 caaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatccc 405  Q
    |||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| |  ||||||   ||| |||| |||||||||||||| || |||||||  || ||||| |||||    
T  13270215 caaaagattctggaacatagacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgagcaagggctgtcttacccatccc 13270116  T
Q  406 aataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctcta 505  Q
     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||      || |||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  13270115 catcagacccactatactgattatgggtacccggttgacacca------tccctgtctgaaagtataaaatcgattatttcctctttctcatgctctcta 13270022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 365 - 514
Target Start/End: Original strand, 6169380 - 6169523
Alignment:
Q  365 tcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctg 464  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||      |||| || ||||| ||    
T  6169380 tcattataaacaagctgcgcaagggttgtcttacctatcccgttcagacccacgatactgattatgggtacccggttg------tcaccgtgactgtatg 6169473  T
Q  465 atagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatg 514  Q
    | |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6169474 aaagtaaaaaatcaattatttcttctttctcatgctctctaccatatatg 6169523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 509
Target Start/End: Original strand, 6882643 - 6883131
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaaga 117  Q
    ||||||| || ||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||| | |   |||||    
T  6882643 cactctcctccaattgctttaagtgtattagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatgtgttgtcacaatcatcttacttcctgaaga 6882742  T
Q  118 tccatggttaaaaggaaacagtaactgct-ccaaaaattctccgttccttttataaacacagtcaagaacaagcaaatatttcttgcccatcagcaacag 216  Q
    ||||   || ||| |||   |||||| || |||   ||||| |||   ||||  | ||||  || |||||||||||||||||||||||| | |||||| |    
T  6882743 tccacatttcaaaagaatttgtaactcctcccacgtattct-cgtctattttgcacacaccatctagaacaagcaaatatttcttgcccgttagcaactg 6882841  T
Q  217 taacaattgacgttggagtatttccaagtttttactttt---tggtggagaacaaaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagat 313  Q
     |  |||||| ||||||||||||| |||| || ||| ||   || || |  |  |||||| || ||| || ||  |||| ||| |||||||| |||||||    
T  6882842 cagaaattgatgttggagtatttcaaagtcttcactattgtctgttgaaatatgaaatgagctaagatttaatccggtgggactaacaagattaaaagat 6882941  T
Q  314 tctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagac 413  Q
    |||| | |||  ||||||||||||||||| | ||||||| | ||| | |  |||||||||||||| || || || || || ||||| ||||| || ||||    
T  6882942 tctggaacattcacccaagctttaagttcaaaatgctccgtgatcatgtcgtcattgtaaacaagctgggcgagagttgtcttacccatccccatcagac 6883041  T
Q  414 caactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccat 509  Q
    | |||||||| ||||||||| |  |||||      ||||||| | |||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6883042 ccactatactaattatgggtgcaaggttg------tcactgtgaatgtcagaaagtaaaaatttaattaattcctctttctcatgctctctaccat 6883131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 271 - 514
Target Start/End: Original strand, 6900483 - 6900720
Alignment:
Q  271 tgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattg 370  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||  ||| | |  |||| |    
T  6900483 tgacctaagaattgattgggtcagacgaacaagatcaaaagattccgaaacatggacccaagctttaatttcaaaatgctccacgatcatgtcgtcatag 6900582  T
Q  371 taaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagta 470  Q
    |||||||| || || ||||| || ||||| |||||||| | ||| |||| |||||||||||||||  |||||        |||||||||||| || ||||    
T  6900583 taaacaagctgggcgagggttgtcttacccatcccaatcacacccactacactgattatgggtacttggttg------cgactgtcactgtcggaaagta 6900676  T
Q  471 aaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatg 514  Q
    || | || |||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||    
T  6900677 aatagtcgattatttcgtatttctcaagctctctatcatatatg 6900720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 268 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 8568613 - 8568475
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatca 367  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  |||| |   ||||| || |||    
T  8568613 aaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctatcttgtggtca 8568514  T
Q  368 ttgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatccca 406  Q
    ||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||    
T  8568513 ttgtagacaagtcgagcaagggtggtcttacccatccca 8568475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 586 - 704
Target Start/End: Original strand, 7750787 - 7750905
Alignment:
Q  586 aagtcccaatctatcctgtttctctgcaagaaactctaccttctgtatcaatgcttcaatcctagcctcaaatcctcgattactaaaaagtgaaagaaag 685  Q
    ||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||    
T  7750787 aagtcccaatctatccttttgatcagcaagaaactctaggttctgtatcaatgcttcaatcctatcttcaaatcctcgcttaataaaaagtgaaagatag 7750886  T
Q  686 tgttgcatcctgccctttg 704  Q
     || ||||| | |||||||    
T  7750887 cgtcgcatctttccctttg 7750905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 276 - 405
Target Start/End: Original strand, 8455026 - 8455155
Alignment:
Q  276 tgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaac 375  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| | ||||||| | ||||| |  |||||||| ||    
T  8455026 tgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacac 8455125  T
Q  376 aagttgcgcaagggtcgtattacctatccc 405  Q
    ||| |  |||||||| || ||||| |||||    
T  8455126 aagcttagcaagggtggttttacccatccc 8455155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 6591246 - 6591130
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaaga 117  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| | |  ||||||    
T  6591246 cactctcctccaattgatttaaatcaactagctgggtggatcccatgattgatgctacttccttgtcatgcgttgtcaccatcatcttacttccagaaga 6591147  T
Q  118 tccatggttaaaaggaa 134  Q
    ||||||| |||| ||||    
T  6591146 tccatggctaaacggaa 6591130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 514
Target Start/End: Original strand, 6259599 - 6259786
Alignment:
Q  321 catggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactat 420  Q
    |||||||||||||||||| ||| |  ||||||   ||| |||| |||||||||||||| || |||||||  || ||||| |||||  | ||||| |||||    
T  6259599 catggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttacccatccccgtcagacccactat 6259698  T
Q  421 actgattatgggtacccggttgtcagcatcactgtcactgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatatatg 514  Q
    ||||||||||| |||| |||| || |      ||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  6259699 actgattatggatacctggtt-tcgg-----ttgtaactgtctgaaagtaaaaatttgattatttcctctttttcacgttctctaccatatatg 6259786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 4388602 - 4388435
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatca 367  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| || ||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||||||||||||| | ||||||  ||||| |  | |||    
T  4388602 aaatgacctcagaattgctttggtaagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacgtagacccaagctttaagttcaaaatgctctttcatcctgcggtca 4388503  T
Q  368 ttgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatcccaataagaccaactatactgattatgggtac 435  Q
    ||||| ||||| || ||||| || || ||||| || |||   ||||| ||||| |||||||| |||||    
T  4388502 ttgtacacaagctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtac 4388435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 149
Target Start/End: Original strand, 6265830 - 6265961
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaaga 117  Q
    ||||||| || ||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | | | ||||| ||  |||||| |||||||| ||| ||||| ||| |||||||    
T  6265830 cactctcctccaattgctttaaatgaagtagtcgtgtggatctcataactaacgctacctcactgtcatgtgttgtcacgatcatcttacctcgagaaga 6265929  T
Q  118 tccatggttaaaaggaaacagtaactgctcca 149  Q
    |||| |||||| |||||  ||||| |||||||    
T  6265930 tccacggttaagaggaagtagtaaatgctcca 6265961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 268 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 6479647 - 6479573
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttc 342  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  6479647 aaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcataagattctgaaacatagacccatgctttaagttc 6479573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 268 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 6519827 - 6519753
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttc 342  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  6519827 aaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacatcatcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttc 6519753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 280 - 352
Target Start/End: Original strand, 5250545 - 5250617
Alignment:
Q  280 aattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctcc 352  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  5250545 aattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacatagacccaagctttaagttcaaaatgctcc 5250617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 6554103 - 6554029
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttc 342  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  6554103 aaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttc 6554029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 342
Target Start/End: Original strand, 6736354 - 6736428
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttc 342  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  6736354 aaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttc 6736428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 95
Target Start/End: Original strand, 6142426 - 6142502
Alignment:
Q  19 actctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtca 95  Q
    |||||| || |||||||| |||| ||||| ||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6142426 actctcctccaattgcttcaaatgaagtatccgagcggaactcatgcttgatgctacttccttgtcatgtgttgtca 6142502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 352
Target Start/End: Original strand, 6947633 - 6947717
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctcc 352  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | | |||||| | |||||| || | |||||||    
T  6947633 aaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacgtagacccatgttttaaggtcaaaatgctcc 6947717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 457 - 512
Target Start/End: Original strand, 6238237 - 6238292
Alignment:
Q  457 actgtctgatagtaaaaattcaattatttcctctttctcatgctctctaccatata 512  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6238237 actgtctgaaagtaaaaattcgactatttcctctttttcacgctctctaccatata 6238292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 95
Target Start/End: Original strand, 6169030 - 6169107
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtca 95  Q
    ||||||| || |||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  6169030 cactctcctccaattgccttaaatgaagtatctgggtggatctcatgactgatgcaacttctttatcatgtgttgtca 6169107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 339
Target Start/End: Original strand, 8590105 - 8590164
Alignment:
Q  280 aattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaag 339  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||    
T  8590105 aattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattcagaaacatagacccatgctttaag 8590164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 13270446 - 13270359
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatctt 105  Q
    ||||||| || |||||| |||||| || || |||| |||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| |||| ||| |||||    
T  13270446 cactctcctccaattgccttaaatgaattatccggttggatctcatgactgatgctacttcattatcatgtgtcgtcacgataatctt 13270359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 479 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 6850196 - 6850162
Alignment:
Q  479 attatttcctctttctcatgctctctaccatatat 513  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6850196 attatatcctctttctcatgctctctaccatatat 6850162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 29 - 83
Target Start/End: Original strand, 7750149 - 7750203
Alignment:
Q  29 aattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgt 83  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  7750149 aattgatttaaacgaagtagccgggtggatgccatgattgatgctacttcattgt 7750203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 95
Target Start/End: Original strand, 6259338 - 6259415
Alignment:
Q  18 cactctcttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtca 95  Q
    ||||||| || |||||| ||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  6259338 cactctcctccaattgccttagatgaattatccgggtggatctcatgactgatgctacttctttatcatttgtcgtca 6259415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 7142 - 7068
Alignment:
Q  268 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttc 342  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| || ||| |||||||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  7142 aaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttc 7068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 479 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 13304 - 13270
Alignment:
Q  479 attatttcctctttctcatgctctctaccatatat 513  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13304 attatatcctctttctcatgctctctaccatatat 13270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 304 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 35140017 - 35139880
Alignment:
Q  304 atcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggtcgtattacctatc 403  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |  |||||    ||| |||| ||||||||||||||||| |  ||||| || |||||  ||    
T  35140017 atcaaaagattcagaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcatgtatcctatggtcattgtaaacaagttgggttagggttgtcttacccttc 35139918  T
Q  404 ccaataagaccaactatactgattatgggtacccggtt 441  Q
    || || ||||| || ||||||||||||| |||| ||||    
T  35139917 cccatcagacccacaatactgattatggatacctggtt 35139880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 6572962 - 6572892
Alignment:
Q  269 aatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaag 339  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||  |||||| |||| |||  |||||||||||||||||||    
T  6572962 aatgacctaagaattgttttggtgagtccaacagcatcaaatgattttgagacatggacccaagctttaag 6572892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University