View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10167_low_23 (Length: 328)

Name: NF10167_low_23
Description: NF10167
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10167_low_23
NF10167_low_23
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-312)||(17420646-17420957)
chr2 (1-312)||(28468719-28469031)
chr2 (3-312)||(21998268-21998580)
chr2 (112-312)||(45428780-45428981)
chr2 (18-312)||(7185123-7185419)
chr2 (112-312)||(32956037-32956238)
chr2 (118-312)||(39947795-39947990)
chr2 (112-312)||(45137115-45137315)
chr2 (112-312)||(25965002-25965210)
chr2 (1-174)||(42505582-42505757)
chr2 (201-286)||(35464313-35464398)
chr2 (198-255)||(25515549-25515606)
chr2 (201-290)||(31367308-31367397)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (1-312)||(29622107-29622419)
chr1 (112-312)||(52802320-52802521)
chr1 (112-312)||(47502505-47502705)
chr1 (112-312)||(35258556-35258755)
chr1 (129-312)||(19527226-19527409)
chr1 (112-312)||(23275787-23275991)
chr1 (1-312)||(30890139-30890451)
chr1 (112-312)||(51320904-51321104)
chr1 (122-312)||(45825087-45825266)
chr1 (140-312)||(31783411-31783587)
chr1 (112-257)||(22524317-22524461)
chr1 (112-290)||(11183368-11183549)
chr1 (1-312)||(19924833-19925132)
chr1 (190-286)||(11196148-11196244)
chr1 (145-257)||(2425113-2425224)
chr1 (198-306)||(49857632-49857740)
chr1 (112-153)||(2425528-2425569)
chr1 (146-174)||(30890653-30890681)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (1-312)||(40357963-40358275)
chr4 (19-308)||(50274829-50275120)
chr4 (1-312)||(21022571-21022883)
chr4 (112-312)||(55407470-55407674)
chr4 (118-312)||(50901677-50901870)
chr4 (112-312)||(48256254-48256455)
chr4 (118-312)||(67788-67981)
chr4 (119-312)||(51683397-51683592)
chr4 (19-312)||(30726424-30726718)
chr4 (1-312)||(1308797-1309109)
chr4 (22-312)||(1089267-1089558)
chr4 (191-312)||(37021766-37021887)
chr4 (119-306)||(10753126-10753312)
chr4 (119-306)||(10966895-10967081)
chr4 (119-306)||(11083705-11083891)
chr4 (119-306)||(21538151-21538337)
chr4 (198-306)||(46436521-46436628)
chr4 (198-306)||(14297401-14297509)
chr4 (198-306)||(14315650-14315758)
chr4 (112-178)||(8109583-8109649)
chr4 (200-283)||(4720080-4720163)
chr4 (147-180)||(37021903-37021936)
chr4 (146-174)||(1308567-1308595)
[»] scaffold0634 (1 HSPs)
scaffold0634 (1-312)||(7496-7808)
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (21-312)||(45064339-45064631)
chr8 (1-312)||(15036411-15036723)
chr8 (20-312)||(41249756-41250049)
chr8 (18-312)||(39938899-39939194)
chr8 (117-312)||(39846669-39846867)
chr8 (112-312)||(40076933-40077133)
chr8 (112-312)||(43211696-43211895)
chr8 (112-312)||(39252199-39252401)
chr8 (112-312)||(43188239-43188439)
chr8 (119-312)||(25864623-25864815)
chr8 (117-312)||(34822700-34822898)
chr8 (1-312)||(42485221-42485533)
chr8 (192-312)||(39601985-39602105)
chr8 (1-312)||(489312-489624)
chr8 (18-180)||(39601798-39601961)
chr8 (206-312)||(5303904-5304010)
chr8 (119-180)||(35026684-35026745)
chr8 (198-283)||(37327080-37327164)
chr8 (198-290)||(24249759-24249851)
chr8 (190-257)||(2984390-2984457)
chr8 (112-156)||(5304009-5304053)
chr8 (119-255)||(45127946-45128082)
chr8 (231-287)||(22495216-22495272)
chr8 (219-263)||(35026740-35026784)
chr8 (146-174)||(489082-489110)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (1-312)||(3501575-3501889)
chr3 (36-312)||(50963067-50963344)
chr3 (112-312)||(3975896-3976096)
chr3 (112-312)||(4008006-4008206)
chr3 (19-312)||(50216561-50216858)
chr3 (112-312)||(42165353-42165552)
chr3 (112-312)||(44229905-44230103)
chr3 (118-312)||(47073890-47074086)
chr3 (112-312)||(596949-597148)
chr3 (112-312)||(49196130-49196330)
chr3 (120-312)||(51807167-51807359)
chr3 (112-312)||(42756343-42756543)
chr3 (112-312)||(30255685-30255885)
chr3 (118-312)||(20917700-20917893)
chr3 (118-312)||(20926662-20926855)
chr3 (112-312)||(48888926-48889133)
chr3 (112-274)||(48563132-48563295)
chr3 (188-312)||(42805945-42806061)
chr3 (200-286)||(31045302-31045388)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (1-312)||(28876721-28877033)
chr5 (4-312)||(8580188-8580497)
chr5 (1-312)||(14372-14684)
chr5 (18-312)||(7757419-7757714)
chr5 (120-312)||(512455-512647)
chr5 (112-312)||(19228355-19228555)
chr5 (118-312)||(42942169-42942364)
chr5 (112-312)||(38968285-38968487)
chr5 (112-312)||(42537333-42537539)
chr5 (1-312)||(28241482-28241794)
chr5 (119-312)||(8701907-8702099)
chr5 (198-306)||(40624613-40624720)
chr5 (119-312)||(17658520-17658712)
chr5 (193-306)||(20422210-20422323)
chr5 (146-174)||(28241252-28241280)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (19-312)||(34738459-34738756)
chr7 (36-312)||(17835190-17835466)
chr7 (112-312)||(10517171-10517370)
chr7 (112-312)||(27453302-27453502)
chr7 (112-312)||(39460718-39460918)
chr7 (112-312)||(47776523-47776724)
chr7 (112-312)||(47672768-47672968)
chr7 (1-312)||(15073911-15074223)
chr7 (120-312)||(36977794-36977988)
chr7 (118-312)||(37340500-37340694)
chr7 (1-312)||(42507710-42508022)
chr7 (112-312)||(9494478-9494689)
chr7 (119-312)||(14689741-14689933)
chr7 (198-290)||(17741163-17741255)
[»] scaffold0293 (1 HSPs)
scaffold0293 (112-312)||(411-605)
[»] scaffold0180 (1 HSPs)
scaffold0180 (112-312)||(15306-15505)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (117-312)||(31768895-31769095)
chr6 (190-312)||(6320246-6320368)
chr6 (122-312)||(24088465-24088657)
chr6 (119-302)||(3380971-3381153)
chr6 (201-286)||(30424143-30424228)
chr6 (112-152)||(6320371-6320411)
[»] scaffold0155 (1 HSPs)
scaffold0155 (119-305)||(8401-8586)
[»] scaffold0101 (1 HSPs)
scaffold0101 (24-284)||(40746-41007)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (18-179)||(18111-18272)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (18-179)||(54572-54733)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (240-287)||(251183-251230)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 17420646 - 17420957
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcatttcacga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  17420646 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaacctcccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaatccatttcacga 17420745  T
Q  101 attctcaaccttcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  17420746 attctcaaccttcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttagaaaaattagag 17420845  T
Q  201 tagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17420846 tagtttgcatgtggttagggttgatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgatcattgaatgtagttgttgcctatgttgt 17420945  T
Q  301 ttaaatcataat 312  Q
    ||||||||||||    
T  17420946 ttaaatcataat 17420957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 28468719 - 28469031
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||    
T  28468719 atctgaacttaaacagatggcagaaccagaacctcccatttccaaaaaacctccaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacg 28468817  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||    
T  28468818 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcatttgaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaatta 28468916  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28468917 gagtagtttgtatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtaattgttgcctatgt 28469016  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  28469017 tgtttaaatcataat 28469031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 312
Target Start/End: Original strand, 21998268 - 21998580
Alignment:
Q  3 ctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaa--ccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||    
T  21998268 ctgaacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttccaaaaaaaaccttctaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacg 21998366  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||    
T  21998367 aattg-caagcaaatcaattgtacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaatta 21998465  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  21998466 gagtagtttgtatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagtaattgataattgaatttatttgttgtctatgt 21998565  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  21998566 tgtttaaatcataat 21998580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 45428780 - 45428981
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa-attagagtagtttgcat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||| |||||||||||||| ||    
T  45428780 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttaaaaaaaaaattagagtagtttgtat 45428879  T
Q  211 gtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcata 310  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  45428880 gtggttagggttgatttaaaaaatgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctacgtagtttaaatcata 45428979  T
Q  311 at 312  Q
    ||    
T  45428980 at 45428981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 18 - 312
Target Start/End: Original strand, 7185123 - 7185419
Alignment:
Q  18 tcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  7185123 tcgcagaaccagaacttcccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatca 7185220  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaat-tagagtagtttgcatgtg 213  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||       | |||||  |||||||||||| |||||    
T  7185221 agtgcgcattatcacaagtaagttgtgtcaataattttaatgttaatgttgatttgtttaggttgatttttaaaaaaaaaaatagagtagtttgtatgtg 7185320  T
Q  214 gttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7185321 gttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgttgtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 7185419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 32956238 - 32956037
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa-ttagagtagtttgcat 210  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||| ||||||||||||| ||    
T  32956238 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtgccaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaaattagagtagtttgtat 32956139  T
Q  211 gtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcata 310  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  32956138 gtggtttgggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtacttgttgcctatgttgtttaaattata 32956039  T
Q  311 at 312  Q
    ||    
T  32956038 at 32956037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Original strand, 39947795 - 39947990
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnn-agaaaaattagagtagtttgcatgtggtt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||        | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  39947795 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatcataatgttaatatgtttaggttgattttttttaaaaaaattagagtagtttgtatgtggtt 39947894  T
Q  217 agggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39947895 agggttgattttaaaattgacaattcgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 39947990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 45137315 - 45137115
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  45137315 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgatagtgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatg 45137216  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  45137215 tggttaaggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttcttgcctatgttatttaaatcataa 45137116  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  45137115 t 45137115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 25965002 - 25965210
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaat--------tagagtag 203  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |       | ||||||        ||||||||    
T  25965002 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatcataatgttagtttgtttaggtttattttaaaaaaaaaataaaaaaaatagagtag 25965101  T
Q  204 tttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgttta 303  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  25965102 tttgcatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgtttcctatgttgttta 25965201  T
Q  304 aatcataat 312  Q
    |||||||||    
T  25965202 aatcataat 25965210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 42505757 - 42505582
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||| |||| |||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  42505757 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattttcaaattctctccaatcttc-accaaatccattttcac 42505659  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgttta 174  Q
    |||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42505658 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgttta 42505582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 201 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 35464398 - 35464313
Alignment:
Q  201 tagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagtt 286  Q
    ||||||||||||||||||| || || |   |||||| | | ||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||    
T  35464398 tagtttgcatgtggttaggatttatgtatgaattgacattctgatgattgcatgtgtagtttatgaatttataaatgaatgtagtt 35464313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 25515606 - 25515549
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgt 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |   |||||| | ||||||||||||||||    
T  25515606 gagtagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgt 25515549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 290
Target Start/End: Original strand, 31367308 - 31367397
Alignment:
Q  201 tagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttg 290  Q
    |||||||||||||||||||||| || |   |||||| | |||||||||||||| | |||||||  |||| |||| ||||| || ||||||    
T  31367308 tagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatatatagtttatgaatttataaatgaatttatttgttg 31367397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 29622419 - 29622107
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||    
T  29622419 atctgaacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacg 29622321  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||    
T  29622320 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaatta 29622222  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29622221 gagtagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 29622122  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  29622121 tgtttaaatcataat 29622107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 52802320 - 52802521
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnn-agaaaaattagagtagtttgcat 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        | |||||||||||||||||||||    
T  52802320 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgattttttttaaaaaaattagagtagtttgcat 52802419  T
Q  211 gtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcata 310  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  52802420 gtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaagaattgataaatgaatgtagttgttgcttatgttgtttaagtcata 52802519  T
Q  311 at 312  Q
    ||    
T  52802520 at 52802521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 47502505 - 47502705
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  47502505 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaattagagtagtttgcatg 47502604  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47502605 tggttagagttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtaatttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 47502704  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  47502705 t 47502705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35258755 - 35258556
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  35258755 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaataataatgttagtttgtttaggtttatttttaaa-aaaaattagagtagtttgcatg 35258657  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35258656 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatttagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 35258557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 129 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 19527409 - 19527226
Alignment:
Q  129 caagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttc 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||       | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  19527409 caagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaagttgattttaaaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggttatggttgatttt 19527310  T
Q  229 aaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19527309 aaaattgacaatttgatgattgcatgtgtattttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 19527226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 23275991 - 23275787
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa----ttagagtagtttg 207  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||||    |||||||||||||    
T  23275991 tcaactgcacgttatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttaaaaaaaaaaaaaattagagtagtttg 23275892  T
Q  208 catgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatc 307  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23275891 catgtggttagggttgatttttaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatc 23275792  T
Q  308 ataat 312  Q
    |||||    
T  23275791 ataat 23275787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 30890139 - 30890451
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  30890139 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaaattctctccaatcttc-accaaatccattttcac 30890237  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | |||||||    
T  30890238 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagttttttaaaaaaatt 30890336  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  30890337 -gagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcctatg 30890435  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    | |||||||| |||||    
T  30890436 tagtttaaattataat 30890451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 51320904 - 51321104
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtca--atcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgca 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  | |  |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||| ||||||||||||||    
T  51320904 tcaactgcacattatcacaagtaagttgaataataatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttta--aaaaaaaatagagtagtttgca 51321001  T
Q  210 tgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcat 309  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51321002 tgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatattgtttaaatcat 51321101  T
Q  310 aat 312  Q
    |||    
T  51321102 aat 51321104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 122 - 312
Target Start/End: Original strand, 45825087 - 45825266
Alignment:
Q  122 attatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggt 221  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||   || |         ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45825087 attatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttattt---ttaaa--------aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggt 45825175  T
Q  222 taatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45825176 tgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaatcataat 45825266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 140 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 31783587 - 31783411
Alignment:
Q  140 tgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnn----agaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattg 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |           | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  31783587 tgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggtttattttttataaaaaaaaaattagagtagtttgtatgtggttagggttgattttaaaattg 31783488  T
Q  236 agaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31783487 acaatttgatgattgtatgtgtagtttaggaattgataaataaatgtagttgttgcctatgttctttaaatcataat 31783411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 112 - 257
Target Start/End: Original strand, 22524317 - 22524461
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       | |||||||||||| |||||||||    
T  22524317 tcaactgcaaattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgattttttaa-aaaaattagagtggtttgcatg 22524415  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgt 257  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22524416 tggttagggttgattttaaaattgataatttgatgattgcatgtgt 22524461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 112 - 290
Target Start/End: Original strand, 11183368 - 11183549
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnna---gaaaaattagagtagtttgc 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||| |       |   ||||||||||||||||||||    
T  11183368 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaattattttaatgattatgttagtttgtttaggtttatttaaaaaaaagaaaaattagagtagtttgc 11183467  T
Q  209 atgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttg 290  Q
    |||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||    
T  11183468 atgtggttagagttgattttaaaattgacaatttgatgattacatgtgtagtttatgaattgataaattaatgtagttgttg 11183549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 19924833 - 19925132
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaa--ccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-ca 97  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||    
T  19924833 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaaacattcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttca 19924931  T
Q  98 cgaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaat 195  Q
    ||||||  ||| |   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||               |||||     
T  19924932 cgaattg-caagcaaatcaagtgcgcattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaagtttttta---------------aaaaaa 19925015  T
Q  196 tagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctat 295  Q
    | |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19925016 ttgagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcctat 19925115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 190 - 286
Target Start/End: Original strand, 11196148 - 11196244
Alignment:
Q  190 aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagtt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||    
T  11196148 aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttgattttaaaattgacattttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaattaatgtagtt 11196244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 145 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2425224 - 2425113
Alignment:
Q  145 atcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttga 244  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||    
T  2425224 atcattttaatcataatgttaatttgtttaggttgattttttaa-aaaaattagagtagtttgtatgtggttagagttgattttaaaattgataatttga 2425126  T
Q  245 tgattgcatgtgt 257  Q
    |||||||||||||    
T  2425125 tgattgcatgtgt 2425113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 198 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 49857740 - 49857632
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49857740 gagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgataattttatcattgcatgtgtagtttatgttttgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 49857641  T
Q  298 tgtttaaat 306  Q
    |||||||||    
T  49857640 tgtttaaat 49857632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 112 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 2425569 - 2425528
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcatttta 153  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2425569 tcaactgcgcattatcacaagtaagttgtgtcaatcatttta 2425528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 174
Target Start/End: Original strand, 30890653 - 30890681
Alignment:
Q  146 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30890653 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 30890681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 40358275 - 40357963
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||    
T  40358275 atctgaacataaccagaacgcagaatcaaaacctcccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacg 40358177  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||    
T  40358176 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgattttttaaaaaaaatta 40358078  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40358077 gagtagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 40357978  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  40357977 tgtttaaatcataat 40357963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 308
Target Start/End: Original strand, 50274829 - 50275120
Alignment:
Q  19 cgcagaaccagaacctt-ccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  50274829 cgcagaaccagaacctttccatttccaaaacatcttcaaaattcacaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatca 50274926  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtgg 214  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |       | |||||||||||||||||||||||||    
T  50274927 actgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttaatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatgtgg 50275026  T
Q  215 ttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatca 308  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50275027 ttagggttaattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatca 50275120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 21022883 - 21022571
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    ||||||||| || |||| |||| ||||||||| | |||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||| || | | ||||||| ||||| ||||    
T  21022883 atctgaactaaaccagaacgcaaaaccagaacttcccatttccaaaacaatttctaaattctcaattgctctccaatcttc-accaaatccattttcacg 21022785  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||| |     
T  21022784 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgattttttttaaaaaaatt 21022686  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21022685 gagtagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 21022586  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  21022585 tgtttaaatcataat 21022571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 55407674 - 55407470
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa----ttagagtagtttg 207  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||||    |||||||||||||    
T  55407674 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttaaaaaaaaaaaaaattagagtagtttg 55407575  T
Q  208 catgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatc 307  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55407574 catgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaatc 55407475  T
Q  308 ataat 312  Q
    |||||    
T  55407474 ataat 55407470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Original strand, 50901677 - 50901870
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50901677 gcacattatcacaagtaagttgcatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaa-aaaaattagagtagtttacatgtggtta 50901775  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  50901776 gggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaattcataat 50901870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 48256455 - 48256254
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa-ttagagtagtttgcat 210  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| |       | ||||| ||||||||||||||||    
T  48256455 tcaactgcacattatcacaagtaaattgtatcaatcattttaatgataatattagtttgcttaggtttatttttttaaaaaaaattagagtagtttgcat 48256356  T
Q  211 gtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcata 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48256355 gtggttagggttaattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgtagtttaaatcata 48256256  T
Q  311 at 312  Q
    ||    
T  48256255 at 48256254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Original strand, 67788 - 67981
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  67788 gcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatga-aatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 67886  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  67887 gggttgattttaaaattgacaatttaatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaataaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatgataat 67981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 119 - 312
Target Start/End: Original strand, 51683397 - 51683592
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa--attagagtagtttgcatgtggtt 216  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  51683397 cacattatcacaagtaagttatatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggtt 51683496  T
Q  217 agggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51683497 agggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtattttatgaattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaatcataat 51683592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 30726718 - 30726424
Alignment:
Q  19 cgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  30726718 cgcagaaccacaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatca 30726621  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtgg 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | ||||||| ||||||||||||| |||    
T  30726620 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagtttttaaaaaaaatt-gagtagtttgcatttgg 30726522  T
Q  215 ttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| || ||     |||||| ||||| || |||||| ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30726521 ttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcacgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagttgttgcctatgtagtttaaatcataat 30726424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1309109 - 1308797
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  1309109 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaaattctctccaatcttc-accaaatccattttcac 1309011  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | |||||||    
T  1309010 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagttttttaaaaaaatt 1308912  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  1308911 -gagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcatatg 1308813  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    | |||||||| |||||    
T  1308812 tagtttaaattataat 1308797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 1089558 - 1089267
Alignment:
Q  22 agaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tcaagt 117  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   ||||||    
T  1089558 agaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatcaagt 1089461  T
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |         ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1089460 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagtttttttaaaaaatt-gagtagtttgcatgtggtta 1089362  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    || || ||     |||||| ||||| || |||||| ||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||    
T  1089361 ggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcaagtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcatatgtagtttaaataataat 1089267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 191 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 37021887 - 37021766
Alignment:
Q  191 aaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttg 290  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  37021887 aaaattagagtagtttgtatgtggttagagttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttg 37021788  T
Q  291 cctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  37021787 catatgttgtttaaatcataat 37021766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 10753312 - 10753126
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| || |       | ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10753312 cacattatgacaagtaagttgcatcaatcattttaatcataatgttagtttgtttagtttaagtttttta-aaaaatatgagtagtttgcatgtggttag 10753214  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaat 306  Q
    |||| ||     |||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  10753213 ggtttatgaatgaattgacaatttgaacattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagatgttgcctatgctgtttaaat 10753126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 10967081 - 10966895
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| || |       | ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  10967081 cacattatgacaagtaagttgcatcaatcattttaatcataatgttagtttgtttagtttaagtttttta-aaaaatatgagtagtttgcatgtggttag 10966983  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaat 306  Q
    |||| ||     |||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  10966982 ggtttatgaatgaattgacaatttgaacattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagatgttgcctatgctgtttaaat 10966895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 11083891 - 11083705
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||    | |||||||  ||| ||||||||| |||||||||||| |       | ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11083891 cacattatcacaagtaagtaccattaatcattgcaatcttaatgttagtttgtttaggttaagttttgaaaaaaaatt-gagtagtttgcatgtggttag 11083793  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaat 306  Q
    |||| ||     |||||| |||||||| |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11083792 ggtttatgaatgaattgacaatttgatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagttgttgcctatgctgtttaaat 11083705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 21538337 - 21538151
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| ||||||||| || |         ||||  || ||||||||||||||||||||    
T  21538337 cacattatcacaagtaagttgcatcaatcattttaatcataatgttagtttgtttagtttaagtttttttaaaaatata-agtagtttgcatgtggttag 21538239  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaat 306  Q
    |||| ||     |||||| |||||||  |||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21538238 ggtttatgaatgaattgacaatttgaacattgcatgggtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaat 21538151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 198 - 306
Target Start/End: Original strand, 46436521 - 46436628
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||  ||||||||||||||| ||||     
T  46436521 gagtagtttgcacgtg-ttagggttaattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattaataaacgaatgtagttgttgcttatgc 46436619  T
Q  298 tgtttaaat 306  Q
    |||||||||    
T  46436620 tgtttaaat 46436628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 198 - 306
Target Start/End: Original strand, 14297401 - 14297509
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14297401 gagtagtttgcatgtggttaggttttatgaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 14297500  T
Q  298 tgtttaaat 306  Q
    |||||||||    
T  14297501 tgtttaaat 14297509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 198 - 306
Target Start/End: Original strand, 14315650 - 14315758
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14315650 gagtagtttgcatgtggttaggttttatgaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 14315749  T
Q  298 tgtttaaat 306  Q
    |||||||||    
T  14315750 tgtttaaat 14315758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 178
Target Start/End: Original strand, 8109583 - 8109649
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggtt 178  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8109583 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtt 8109649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 200 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 4720163 - 4720080
Alignment:
Q  200 gtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgta 283  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  | | |||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||| ||| ||||||||    
T  4720163 gtagtttgcatgtggttagggtttacgtaagaattgacattttgatgattgcgtgtgtagtttatgaattggtaaatgaatgta 4720080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 37021936 - 37021903
Alignment:
Q  147 cattttaatgttaatgttaatttgtttaggttga 180  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37021936 cattttaatgataatgttaatttgtttaggttga 37021903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 1308595 - 1308567
Alignment:
Q  146 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308595 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 1308567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0634 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0634
Description:

Target: scaffold0634; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 7496 - 7808
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||    
T  7496 atctgaacttaaacaaatcgcagaaccagaacctcccatttccaaaacactttctaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacg 7594  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||    
T  7595 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaatta 7693  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7694 gagtagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 7793  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  7794 tgtttaaatcataat 7808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 183; Significance: 6e-99; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 21 - 312
Target Start/End: Original strand, 45064339 - 45064631
Alignment:
Q  21 cagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tcaagt 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   ||||||    
T  45064339 cagaaccagaacctttcatttccaaaaaaccttctaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatcaagt 45064436  T
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  45064437 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaattagagtagtttgtatgtggtta 45064536  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45064537 gggttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcttaat 45064631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 15036723 - 15036411
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| | ||    
T  15036723 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaacctcccattttcaaaaaactttctaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcgcg 15036625  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |       | ||||||||    
T  15036624 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaaataagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggtttatttttttaaaaaaatta 15036526  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15036525 gagtggtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagttcaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 15036426  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  15036425 tgtttaaatcataat 15036411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 41250049 - 41249756
Alignment:
Q  20 gcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tcaag 116  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||    |||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||||    
T  41250049 gcagaaccagaacttcccatttccaaaacttgttcaaaattcacaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatcaag 41249952  T
Q  117 tgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||    
T  41249951 tgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgatttttttttaaaaattagagtagtttgcatgtggtt 41249852  T
Q  217 agggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41249851 agggtagattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 41249756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 39939194 - 39938899
Alignment:
Q  18 tcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct-tcaa 115  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | | ||||| | ||||| ||||||||   | |   ||||    
T  39939194 tcgcagaaccagaacttcccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaagtccattttcacgaattgaaagcaaatcaa 39939096  T
Q  116 gtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggt 215  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  39939095 ttgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgattttttaaaaaaaattagagtagtttacatgtggt 39938996  T
Q  216 tagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39938995 tagggttgattttaaaattgataatttgatgattacatgtatagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 39938899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 117 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 39846867 - 39846669
Alignment:
Q  117 tgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnn---agaaaaattagagtagtttgcatgtg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |          | ||||| ||||||||||||||||||    
T  39846867 tgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttataaaaaaaaaatagagtagtttgcatgtg 39846768  T
Q  214 gttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39846767 gttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 39846669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 40077133 - 40076933
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  40077133 tcaagtgcacattatcagaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaattagagtagtttgcatg 40077034  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40077033 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattatatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagctgttgcctatgttgtttaaatcataa 40076934  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  40076933 t 40076933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 43211696 - 43211895
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||       | |||||||||||||||||| |||    
T  43211696 tcaactgcacattaccacaagtaagttgtgtcaatcattttaatcataatgttaatttgttttggttgattttttta-aaaaattagagtagtttgtatg 43211794  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    || |||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43211795 tgcttagggttgattttaaaattgacaattcgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 43211894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 39252199 - 39252401
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa---ttagagtagtttgc 208  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||   |||||||||||||     
T  39252199 tcaagtgcgcgttatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttaaaaaaaaaaaattagagtagtttgt 39252298  T
Q  209 atgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatca 308  Q
    ||||||||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39252299 atgtggttagg-ttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattaataaatgaatgtagttgttgcatatgttgtttaaatca 39252397  T
Q  309 taat 312  Q
    ||||    
T  39252398 taat 39252401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 43188239 - 43188439
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  43188239 tcaactgcatattgtcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatg 43188338  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43188339 tggttatggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattaataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaatcataa 43188438  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  43188439 t 43188439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 119 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 25864815 - 25864623
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25864815 cacattatcacaagtaagttgtattaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaatattagagtagtttgcatgtggttag 25864716  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25864715 ggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtag-ttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 25864623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 117 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 34822898 - 34822700
Alignment:
Q  117 tgcacattatcacaagta--agttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa-ttagagtagtttgcatgtg 213  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||| |||||||||||||||||||    
T  34822898 tgcacattatcacaagtataagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatgtg 34822799  T
Q  214 gttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34822798 gttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttggttaaatcataat 34822700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 42485533 - 42485221
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  42485533 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaaattctctccaatcttc-accaaatccattttcac 42485435  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | |||||||    
T  42485434 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagttttttaaaaaaatt 42485336  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  42485335 -gagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcctatg 42485237  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    | |||||||| |||||    
T  42485236 tagtttaaattataat 42485221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 192 - 312
Target Start/End: Original strand, 39601985 - 39602105
Alignment:
Q  192 aaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgc 291  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  39601985 aaattagagtagtttgtatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgc 39602084  T
Q  292 ctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  39602085 ctatgttgtttaaatcataat 39602105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 489624 - 489312
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||| |||| |||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  489624 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattttcaaattctctccgatcttc-accaaatccattttcac 489526  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | |||||||    
T  489525 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaaatttttaaaaaaaatt 489427  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
     |||||||||||||||||||||| || |      |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  489426 -gagtagtttgcatgtggttaggttttacaaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcctatg 489328  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    | |||||||| |||||    
T  489327 tagtttaaattataat 489312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 180
Target Start/End: Original strand, 39601798 - 39601961
Alignment:
Q  18 tcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | |  |||||||||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  39601798 tcgcagaaccagaacttcccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttcg-ccaaattcattttcacgaattg-caagcaaatca 39601895  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttga 180  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39601896 actgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttga 39601961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 206 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 5304010 - 5303904
Alignment:
Q  206 tgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaa 305  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5304010 tgcatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttcatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaa 5303911  T
Q  306 tcataat 312  Q
    |||||||    
T  5303910 tcataat 5303904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 119 - 180
Target Start/End: Original strand, 35026684 - 35026745
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttga 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35026684 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttga 35026745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 198 - 283
Target Start/End: Original strand, 37327080 - 37327164
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgta 283  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  37327080 gagtagtttgcatgtg-ttagggttaattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgta 37327164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 198 - 290
Target Start/End: Original strand, 24249759 - 24249851
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |   |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  24249759 gagtagtttgcatgtggttagggttgatataggaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttg 24249851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 190 - 257
Target Start/End: Original strand, 2984390 - 2984457
Alignment:
Q  190 aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgt 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2984390 aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgt 2984457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 112 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 5304053 - 5304009
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatg 156  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5304053 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatg 5304009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 255
Target Start/End: Original strand, 45127946 - 45128082
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    ||||||||||||||||||| |  | ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |         ||||| | ||||||||||||||||||||     
T  45127946 cacattatcacaagtaagtagcattaatcaatttaatcttaatgttagtttgtttaggttaagtttttttaaaaaaattgagtagtttgcatgtggttat 45128045  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgt 255  Q
    |||| || |   |||||| | ||||||||||||||||    
T  45128046 ggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgt 45128082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 287
Target Start/End: Original strand, 22495216 - 22495272
Alignment:
Q  231 aattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttg 287  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  22495216 aattgacattttgatggttgcatgtgtagtttacgaattgataaatgaatgtagttg 22495272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 219 - 263
Target Start/End: Original strand, 35026740 - 35026784
Alignment:
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagttta 263  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35026740 ggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagttta 35026784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 489110 - 489082
Alignment:
Q  146 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  489110 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 489082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 3501889 - 3501575
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | || | | ||||||| ||||| ||||    
T  3501889 atctgaacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttccaaaaaaccttctaaattctcaatttcttttcaatcttc-accaaatccattttcacg 3501791  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa--t 195  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||  |    
T  3501790 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttaaaaaaaaaaat 3501692  T
Q  196 tagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctat 295  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3501691 tagagtagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctat 3501592  T
Q  296 gttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||||    
T  3501591 gttgtttaaatcataat 3501575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 36 - 312
Target Start/End: Original strand, 50963067 - 50963344
Alignment:
Q  36 ccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaag 132  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   ||||||| |||||||||||||    
T  50963067 ccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatcaagtgtacattatcacaag 50963164  T
Q  133 taagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaa 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  50963165 taagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaattagagtagtttgtatgtggttagggttgattttaaaa 50963264  T
Q  233 ttgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50963265 ttgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 50963344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 3975896 - 3976096
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||    
T  3975896 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaattagagtagtttgtatg 3975995  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3975996 tggttagggttgatttaaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattggcaattgaatgtagttgttgcctatgtagtttaaatcataa 3976095  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  3976096 t 3976096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 4008206 - 4008006
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||    
T  4008206 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatcataatgttaatttgtttaggttgattttttaaaaaaaattagagtagtttgtatg 4008107  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4008106 tggttagggttgattttaaaattgacaattcgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 4008007  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  4008006 t 4008006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 50216858 - 50216561
Alignment:
Q  19 cgcagaaccagaacctt-ccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  50216858 cgcagaaccagaacctttccatttccaaaacatattcaaaattcacaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatca 50216761  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaa--aaattagagtagtttgcatgt 212  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||       |     |||||||||||||||||||||    
T  50216760 actgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgtaaatttgtttaggttgatttttttatttttaaattagagtagtttgcatgt 50216661  T
Q  213 ggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50216660 ggttagggttgattttaaaattgataatttgatgattgcatgtgtaatttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 50216561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 42165353 - 42165552
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||    
T  42165353 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtgtccatcattttaatcataatgttaatttgtttaggttgatttttaaa-aaaaattagagtagtttgtatg 42165451  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42165452 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 42165551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 44229905 - 44230103
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||||| |||||||||||||||    
T  44229905 tcaattgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttaa--aaaaaaatcagagtagtttgcatg 44230002  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44230003 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaaacataa 44230102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 47074086 - 47073890
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa--attagagtagtttgcatgtggt 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       | ||||  | |||||||||||| |||||||    
T  47074086 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgatttttaaaaaaaataaatagagtagtttgtatgtggt 47073987  T
Q  216 tagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47073986 tagggttgattttaaaattgacaatttgatgaatgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatattgtttaaatcataat 47073890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 596949 - 597148
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||          ||| |||||||||||||||||    
T  596949 tcaattgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatcataatgttaatttgtttaggttgattttttttttaaa-ttagagtagtttgcatg 597047  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  597048 tggttagggttgatttaaatattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcccatgttgtttaaatcataa 597147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 49196330 - 49196130
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  49196330 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcactttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatg 49196231  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49196230 tggttaaggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaatcataa 49196131  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  49196130 t 49196130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 120 - 312
Target Start/End: Original strand, 51807167 - 51807359
Alignment:
Q  120 acattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagg 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| |       | |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  51807167 acattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgtcagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggttatg 51807266  T
Q  220 gttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
     || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51807267 attgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaatcataat 51807359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 42756343 - 42756543
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  42756343 tcaactgcacattatcacaagtcagttgtatcaatcattttaataataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatg 42756442  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42756443 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatggatgtagttgttgtctatgttgtttaaatcataa 42756542  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  42756543 t 42756543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 30255885 - 30255685
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  30255885 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataaggttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatg 30255786  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||| ||||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30255785 tggttagggttgattttaaagttgacaatttgatgattgcatgtttagtttgtgaattgctaaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 30255686  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  30255685 t 30255685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 20917893 - 20917700
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20917893 gcacattatcacaagtaagttgtatcaatcatcttaatgata-tgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 20917795  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20917794 gggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtatagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaatcataat 20917700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 20926855 - 20926662
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20926855 gcacattatcacaagtaagttgtatcaatcatcttaatgata-tgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 20926757  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20926756 gggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtatagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaatcataat 20926662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 48888926 - 48889133
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa-------attagagtagt 204  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |       | ||||       |||||||||||    
T  48888926 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaagtttatttaaaaataaaaataaaaaattagagtagt 48889025  T
Q  205 ttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaa 304  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  48889026 ttgcatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaa 48889125  T
Q  305 atcataat 312  Q
    ||||||||    
T  48889126 atcataat 48889133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 112 - 274
Target Start/End: Original strand, 48563132 - 48563295
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa-attagagtagtttgcat 210  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||| |||||||||||||||||    
T  48563132 tcaactgcacattatcataagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttaaaaaaaaaaattagagtagtttgcat 48563231  T
Q  211 gtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataa 274  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||    
T  48563232 gtggttaaggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtctatgaattgataa 48563295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 188 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 42806061 - 42805945
Alignment:
Q  188 agaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttg 287  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||        |||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  42806061 agaaaaattagagtagtttgtatgtggttagggttgattttaaaattgataatt--------gcatgtatagtttatgaattgataaatgaatgtagttg 42805970  T
Q  288 ttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||    
T  42805969 ttgtctatgttgtttaaatgataat 42805945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 200 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 31045388 - 31045302
Alignment:
Q  200 gtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagtt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||     |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  31045388 gtagtttgcatgtggttagggtttatgaatgaattgacattttgatgattgcatgtgtagtttataaattgataaacgaatgtagtt 31045302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 181; Significance: 9e-98; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Original strand, 28876721 - 28877033
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccat-ttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||| ||||| |||    
T  28876721 atctgaacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctccaatcttcc--ccaaatccattttcac 28876818  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||    
T  28876819 gaattg-caagcaaatcaagtggccattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgatttttttaaaaaaatt 28876917  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  28876918 agagtagtttgtatgtggttagggttgaattcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattaaatgtagttgttgcctata 28877017  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||||||||||||||    
T  28877018 ttgtttaaatcataat 28877033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 4 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 8580497 - 8580188
Alignment:
Q  4 tgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaat 102  Q
    ||||| ||| |||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| |||||||    
T  8580497 tgaacataaccagaacacagtaccagaacctcccatttccaaaaaaccttctaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaat 8580399  T
Q  103 tctcaacctt--caagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagag 200  Q
    |  ||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||    
T  8580398 tg-caagcaaaccaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgattttttaaaaaaaattagag 8580300  T
Q  201 tagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgt 300  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8580299 tagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgt 8580200  T
Q  301 ttaaatcataat 312  Q
    ||||||||||||    
T  8580199 ttaaatcataat 8580188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 14684 - 14372
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacg 99  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | | || |||| ||||| ||||    
T  14684 atctgaactaaaccagaacgcagaaccagaacttcccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttcaac-aaatccattttcacg 14586  T
Q  100 aattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||    
T  14585 aattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgattttttaaaaaaaatta 14487  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  14486 gagtagtttgtatgtggttagggttgatttcaaaattgaaaatttgatgattgcatgcgtagtttaggaattgataaataaatgtagttgttgcctatgt 14387  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||||||    
T  14386 tgtttaaatcataat 14372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 312
Target Start/End: Original strand, 7757419 - 7757714
Alignment:
Q  18 tcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | | |||||||  |||| ||||||||  ||| |   |||    
T  7757419 tcgcagaaccagaactttccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatctattttcacgaattg-caagcaaatca 7757516  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtgg 214  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| ||||||    
T  7757517 actgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgattttttaaaaaaaattagagtagtttgtatgtgg 7757616  T
Q  215 ttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7757617 ttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaattataat 7757714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 120 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 512647 - 512455
Alignment:
Q  120 acattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagg 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  512647 acattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaaatagagtagtttgcatgtggttagg 512548  T
Q  220 gttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  512547 gttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaatcataat 512455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 19228555 - 19228355
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |         ||||| || |||||||||||||    
T  19228555 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttttaaaaaaatatagtagtttgcatg 19228456  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19228455 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 19228356  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  19228355 t 19228355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 42942364 - 42942169
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaa-ttagagtagtttgcatgtggtt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42942364 gcacattatcacaagtaagttgcatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaaattagagtagtttgcatgtggtt 42942265  T
Q  217 agggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42942264 agggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgctgtttaaatcataat 42942169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 38968285 - 38968487
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa--attagagtagtttgca 209  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||         | ||||  ||||||||||||||||    
T  38968285 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgttaaggtttctttttaaaaaaaaaaattagagtagtttgca 38968384  T
Q  210 tgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcat 309  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38968385 tgtggttagggtttattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaatcat 38968484  T
Q  310 aat 312  Q
    |||    
T  38968485 aat 38968487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 42537333 - 42537539
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa------attagagtagtt 205  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |       | ||||      ||||||||||||    
T  42537333 tcaactgcacattatcacaagcaagttgtatcaatcattttaatgataatgttggtttgtttaggtttattttaaaaaaaaaataaaaattagagtagtt 42537432  T
Q  206 tgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaa 305  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42537433 tgcatgttgttagggttaattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgttaaaa 42537532  T
Q  306 tcataat 312  Q
    |||||||    
T  42537533 tcataat 42537539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 28241794 - 28241482
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  28241794 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaaattctctccaatcttc-accaaatccattttcac 28241696  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | |||||||    
T  28241695 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtaccaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagtttttaaaaaaaatt 28241597  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  28241596 -gagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagatgttgcctatg 28241498  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    | |||||||| |||||    
T  28241497 tagtttaaattataat 28241482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 119 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 8702099 - 8701907
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||  | | |||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |       | ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8702099 cacattatcacaagtaagtactattaatcattgcaatcttaatgttaatttgtttaggttaagtttttaa-aaaaatttgagtagtttgcatgtggttag 8702001  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    | || ||     |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  8702000 gttttataaatgaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagtagttgcatatgttgtttaaatcataat 8701907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 198 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 40624720 - 40624613
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  40624720 gagtagtttgcatgtg-ttagggttaattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtattttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgc 40624622  T
Q  298 tgtttaaat 306  Q
    |||||||||    
T  40624621 tgtttaaat 40624613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 312
Target Start/End: Original strand, 17658520 - 17658712
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||| ||||||    | |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |       | ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  17658520 cacattatcacaggtaagtaccattaatcattgcaatgttaatgttaatttgtttaggttaagtttttta-aaaaatttgagtagtttgtatgtggttag 17658618  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    | || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17658619 gtttgataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatttattgataaatgaatgtagttgtggcctatgttgtttaaatcataat 17658712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 193 - 306
Target Start/End: Original strand, 20422210 - 20422323
Alignment:
Q  193 aattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcc 292  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| || |   |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  20422210 aatttgagtagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgacaatttgatgattggatgtgtagtgtatgaattgataaatgaatgtagttgttgtc 20422309  T
Q  293 tatgttgtttaaat 306  Q
    |||||| |||||||    
T  20422310 tatgttatttaaat 20422323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 28241280 - 28241252
Alignment:
Q  146 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28241280 tcattttaatgttaatgttaatttgttta 28241252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 312
Target Start/End: Original strand, 34738459 - 34738756
Alignment:
Q  19 cgcagaaccagaacctt-ccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || | | |||||||  |||| ||||||||  ||| |   |||    
T  34738459 cgcagaaccagaacctttccatttccaaaacatcttcaaaattcacaatttctctccaatcttc-accaaatctattttcacgaattg-caagcaaatca 34738556  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa--attagagtagtttgcatgt 212  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       | ||||  |||||||||||||||||||    
T  34738557 tctgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgatttttaaaaaaaaaaattagagtagtttgcatgt 34738656  T
Q  213 ggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34738657 ggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttacctatgttgtttaaatcataat 34738756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 36 - 312
Target Start/End: Original strand, 17835190 - 17835466
Alignment:
Q  36 ccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaag 132  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||||||||||||||||||||    
T  17835190 ccatttccaaaacaatttcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaag 17835287  T
Q  133 taagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaa 232  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       | |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||    
T  17835288 taagttgt-tcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttgatttttttaaaaaaattagagtagtttgtatgtggttaaggttgattttaaaa 17835386  T
Q  233 ttgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17835387 ttgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 17835466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 10517171 - 10517370
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||    
T  10517171 tcaactgcacattatcacaagtaagctgtgtcaatcattttaatcataatgttaatttgtttaggttgattttttaa-aaaaattagagtagtttgtatg 10517269  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10517270 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 10517369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 27453502 - 27453302
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  27453502 tcaattgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttaaaaaaaaaattagagtagtttgcatg 27453403  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27453402 tggttagagttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttacctatgttgtttaaatcataa 27453303  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  27453302 t 27453302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 39460718 - 39460918
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | ||||||||||||||||||||||    
T  39460718 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaattagagtagtttgcatg 39460817  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39460818 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctattttgtttaaatcataa 39460917  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  39460918 t 39460918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Original strand, 47776523 - 47776724
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaa-attagagtagtttgcat 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||| |||||||||||||||||    
T  47776523 tcaactgcacattatcacaagtaaggtgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttaaaaaaaaattagagtagtttgcat 47776622  T
Q  211 gtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcata 310  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47776623 gtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttaggaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcata 47776722  T
Q  311 at 312  Q
    ||    
T  47776723 at 47776724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 47672968 - 47672768
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||||||| |||||||||||||    
T  47672968 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaattatagtagtttgcatg 47672869  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || | ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47672868 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtataatctatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 47672769  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  47672768 t 47672768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 15074223 - 15073911
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  15074223 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcac 15074125  T
Q  99 gaattctcaacct-tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatta 197  Q
    ||||| | | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |       | |||||||     
T  15074124 gaattgtaagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatattaatttgtttatgttaagttttttaaaaaaatt- 15074026  T
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgt 297  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15074025 gagtagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagttgttgcctatgt 15073926  T
Q  298 tgtttaaatcataat 312  Q
     ||||||||||||||    
T  15073925 agtttaaatcataat 15073911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 120 - 312
Target Start/End: Original strand, 36977794 - 36977988
Alignment:
Q  120 acattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnn--agaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |         | ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  36977794 acattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttattttttttaaaaaaaatctgagtagtttgcatgtggtta 36977893  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36977894 gggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 36977988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 118 - 312
Target Start/End: Original strand, 37340500 - 37340694
Alignment:
Q  118 gcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggtta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||| |||||||||||| |       | |||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37340500 gcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaacaataatgttagtttgtttaggtttatttttttaaaaaaattatagtagtttggatgtggtta 37340599  T
Q  218 gggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    || || |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37340600 ggattgattttaaaattgacaatttgatgatttcatgtgtagtttatgaattgaaaaatgaatgtacttgttgcctatgttgtttaaatcataat 37340694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 42508022 - 42507710
Alignment:
Q  1 atctgaacttaaacagatcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cac 98  Q
    ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| |||    
T  42508022 atctggacataaccagaacgcagaaccagaacctctcatttacaaaaaaacattcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcac 42507924  T
Q  99 gaattctcaacct--tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaatt 196  Q
    |||||  ||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | |||||||    
T  42507923 gaattg-caagcaaatcaagtgcacattatcacaagtaacttgtgtcaaacattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagttttttaaaaaaatt 42507825  T
Q  197 agagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatg 296  Q
     || ||||||||||||||||||| || ||     |||| | ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42507824 -gactagtttgcatgtggttaggttttataaatgaattaacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtagttgttgcctatg 42507726  T
Q  297 ttgtttaaatcataat 312  Q
    | ||||||||||||||    
T  42507725 tagtttaaatcataat 42507710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 9494689 - 9494478
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaa-----------aattagag 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||           ||||||||    
T  9494689 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaataaaataaaaaaattagag 9494590  T
Q  201 tagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgt 300  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9494589 tagtttgcatgtggtttgggttgattttaaaattgaaaatttgatggttgcatgtgtaatttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgt 9494490  T
Q  301 ttaaatcataat 312  Q
    ||||||||||||    
T  9494489 ttaaatcataat 9494478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 119 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 14689933 - 14689741
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||    | |||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |       | |||||||  ||||||||| |||||||||     
T  14689933 cacattatcacaagtaagtaccattaatcattgcaatggtaatgttaatttgtttaggttaagtttttaaaaaaaattt-agtagtttgtatgtggttaa 14689835  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    | || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  14689834 gtttgataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatttattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaatgataat 14689741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 198 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 17741255 - 17741163
Alignment:
Q  198 gagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttg 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||     |||||| | ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  17741255 gagtagtttgcatgtggttagggtttatgaatgaattgacattttgaagattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttg 17741163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0293 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0293
Description:

Target: scaffold0293; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 605 - 411
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||         |||||||||||||||||| |||    
T  605 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaat------ttgtttaggttgattttttttaaaaaattagagtagtttgtatg 512  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  511 tggttagggttgatttcaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgtagtttaaatcataa 412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0180 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0180
Description:

Target: scaffold0180; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 112 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 15505 - 15306
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatg 211  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||       | |||||||||||||||||| |||    
T  15505 tcaactgcacattatcataagtaagttgtgtcaatcattttaatcataatgttaatttgtttaggttgattttttaa-aaaaattagagtagtttgtatg 15407  T
Q  212 tggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15406 tggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataaatgaatgtagttattgcctatgttgtttaaatcataa 15307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 117 - 312
Target Start/End: Original strand, 31768895 - 31769095
Alignment:
Q  117 tgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnag-aaaaattagagtagtttgcatgtggt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||    
T  31768895 tgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttgattttttttttaaaaattagagtagtttgcatgtggt 31768994  T
Q  216 tagggttaatttcaaaattgagaatttgatga----ttgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataa 311  Q
    ||||||| |||| ||||| || ||||||||||    |||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31768995 tagggttgattttaaaatcgacaatttgatgattgcttgcatgtgtggtttaggaattgacaaatgaatgtagttgttgcttatgttgtttaaatcataa 31769094  T
Q  312 t 312  Q
    |    
T  31769095 t 31769095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 190 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 6320368 - 6320246
Alignment:
Q  190 aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgtt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  6320368 aaaaattagagtagtttgcatgtggttagggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgtt 6320269  T
Q  290 gcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  6320268 gcctatgttgttaaaatcataat 6320246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 122 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 24088657 - 24088465
Alignment:
Q  122 attatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaat--tagagtagtttgcatgtggttagg 219  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||||   |||||||||||||||||||||||     
T  24088657 attatcacaaataagttgtatcaatcattttaatgataatgttagtttgtttaggtttatttttaaaaaaaaaaaatagagtagtttgcatgtggttagt 24088558  T
Q  220 gttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaatcataat 312  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  24088557 gttgattttaaaattgacaatttgataattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgtctatgttgtttaaatgataat 24088465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 302
Target Start/End: Original strand, 3380971 - 3381153
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||    | |||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |       | ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  3380971 cacattatcacaagtaagtaccattaatcattgcaattttaatgttaatttgtttaggttaagttttttaaaaaaatt-gagtaatttgcatgtggttag 3381069  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgttt 302  Q
    | || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  3381070 gttttataagtgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgcattgatgaatgaatatagttgttgcctatgctgttt 3381153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 201 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 30424228 - 30424143
Alignment:
Q  201 tagtttgcatgtggttagggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagtt 286  Q
    |||| ||||||||||||| ||| || |   |||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  30424228 tagtgtgcatgtggttagagtttatgtatgaattgacattttgatgattgcatgtatagtttaggaattgataaatgaatgtagtt 30424143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 6320411 - 6320371
Alignment:
Q  112 tcaagtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcatttt 152  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6320411 tcaactgcacattatcacaagtaagttgtatcaatcatttt 6320371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 119 - 305
Target Start/End: Original strand, 8401 - 8586
Alignment:
Q  119 cacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttag 218  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |       | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8401 cacattatcacaagtaagttgcatcaattattttaatgataatgttagtttgtttaggtttaatttttaa-aaaaattagagtagtttgcatgtggttag 8499  T
Q  219 ggttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaa 305  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8500 ggttgattttaaaattgacaatttgatgattgcatgtatagtttatgaattgataaatgaatgtagttgttgcctatgttgtttaaa 8586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0101 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0101
Description:

Target: scaffold0101; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 24 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 41007 - 40746
Alignment:
Q  24 aaccagaaccttccatttccaaaaaacc-ttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tcaagtgc 119  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   ||||||||    
T  41007 aaccagaacctcccatttacaaaaaaacattcaaaattctcaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatcaagtgc 40910  T
Q  120 acattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttgannnnnnnagaaaaattagagtagtttgcatgtggttagg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |       | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40909 acattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttatgttaagttttttaaaaaaatt-gagtagtttgcatgtggttagg 40811  T
Q  220 gttaatttcaaaattgagaatttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtag 284  Q
     || ||     |||||| ||||| || |||||||||||||||||   |||||||| |||||||||    
T  40810 ttttataaatgaattgacaatttcatcattgcatgtgtagtttatgtattgataaatgaatgtag 40746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 18272 - 18111
Alignment:
Q  18 tcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||    |||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  18272 tcgcagaaccagaacttcccatttccaaaattt-ttcaaaattcacaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatca 18176  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18175 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttg 18111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 179
Target Start/End: Original strand, 54572 - 54733
Alignment:
Q  18 tcgcagaaccagaaccttccatttccaaaaaaccttcaaaattctcaatttctctcccatttcctaccaaattcattt-cacgaattctcaacct--tca 114  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||    |||||||||| |||||||||||| || | | ||||||| ||||| ||||||||  ||| |   |||    
T  54572 tcgcagaaccagaacttcccatttccaaaattt-ttcaaaattcacaatttctctccaatcttc-accaaatccattttcacgaattg-caagcaaatca 54668  T
Q  115 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgttaatgttaatttgtttaggttg 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54669 agtgcacattatcacaagtaagttgtgtcaatcattttaatgataatgttaatttgtttaggttg 54733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 240 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 251230 - 251183
Alignment:
Q  240 tttgatgattgcatgtgtagtttagaaattgataattgaatgtagttg 287  Q
    |||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  251230 tttgataattgcatgtgtagtttatgaattgataaatgaatgtagttg 251183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University