View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10169_low_1 (Length: 413)

Name: NF10169_low_1
Description: NF10169
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10169_low_1
NF10169_low_1
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-413)||(47256640-47257052)
chr7 (1-413)||(47242512-47242925)
chr7 (1-413)||(47283385-47283794)
chr7 (1-412)||(47278793-47279201)
chr7 (1-413)||(47299026-47299432)
chr7 (1-413)||(47292419-47292825)
chr7 (1-413)||(47267423-47267829)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-413)||(32731183-32731592)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 47257052 - 47256640
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47257052 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 47256953  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256952 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgcattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 47256853  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256852 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcaccgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 47256753  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256752 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgat 47256653  T
Q  401 ggttgcaagtaat 413  Q
    |||||||||||||    
T  47256652 ggttgcaagtaat 47256640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 47242925 - 47242512
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  47242925 gtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaatgc 47242826  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    | || || ||||||||||  | | | ||| |||||   ||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||     
T  47242825 aattaccgtaatatccaacaaacaaagaagggtta---gcactaaacctggaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctat 47242729  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtat----gcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgc 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||    | |||||| |||  |||||||| ||||||||||| ||||||| |    
T  47242728 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataatatgcagtgataagatcaaattaatgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcac 47242629  T
Q  297 agctatgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattca 396  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  47242628 agctatgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggactacgatagtagtatcttcttctttgatgtaggtatttggcgaaagtatttgttcgtattca 47242529  T
Q  397 cgatggttgcaagtaat 413  Q
    ||||||||||| |||||    
T  47242528 cgatggttgcatgtaat 47242512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 47283794 - 47283385
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |  |||||||||||| || |||| |||||||| ||    
T  47283794 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggtttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 47283695  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    |||| |||||||||||||  || | |||| ||| |   || |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||     
T  47283694 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtca---gccctaaaccttgaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaa 47283598  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||  ||| | |||| |||  |||||||| ||||| |||| |||| || ||||||    
T  47283597 ctgcaatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattgacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagct 47283498  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggacta---caatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcac 397  Q
    |||||||    ||| ||||||||||||||||||||||    | ||| || ||||||||||||| ||    |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  47283497 atgtgagaaagtgtaaagaagaaagattgatggactatggtagtagcagcatcttcttccttgttg---atatttgacgtaagtatttgttcatattcac 47283401  T
Q  398 gatggttgcaagtaat 413  Q
    ||||||||||||||||    
T  47283400 gatggttgcaagtaat 47283385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 47279201 - 47278793
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | ||||||||||||| |  |||||||||||| || |||| |||||||| ||    
T  47279201 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactccataacctaaaggatttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaac 47279102  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    |||| |||||||||||||  || | |||| ||| |   || |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||     
T  47279101 agttaccataatatccaacaagtggcgaatggtca---gccctaaaccttgaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaa 47279005  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||  ||| | |||| |||  |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||    
T  47279004 ctgcaatgcttttgtacggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgtactgcattgacgaaggtgaaatggaatcaaacgacgaatctcagct 47278905  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtag---tatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcac 397  Q
    ||| |||     || ||||||||||| ||||||||||   ||| ||    ||||||||||||| ||    |||||| || |||||||||||| ||||||     
T  47278904 atgcgagtaagcgtaaagaagaaagagtgatggactatggtagcagcaacatcttcttccttgttg---atatttgacgaaagtatttgttcgtattcat 47278808  T
Q  398 gatggttgcaagtaa 412  Q
    |||||||||||||||    
T  47278807 gatggttgcaagtaa 47278793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 47299026 - 47299432
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||| | | |||||| ||    
T  47299026 gtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggtttccacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaac 47299125  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    |||| || || |||||||  || | ||||   || ||| || ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| || ||||||||||  ||||     
T  47299126 agttaccgtagtatccaacaagtggcgaa---ttgttaacattaaacctcgagcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaa 47299222  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||||| || |||||||||| |||  ||||| |||  |||||||| |||||||||| ||||||  |  |||    
T  47299223 ctgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcgaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggct 47299322  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgat 400  Q
    |||| ||  | | | |||||||||||||||||||||| |  || |||||||| |||||| ||    |||||||||| ||| |||||||| ||||||  ||    
T  47299323 atgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagtatctttttccttaat---tgtatttggcgaaagaatttgttcgtattcaaaat 47299419  T
Q  401 ggttgcaagtaat 413  Q
    ||||||| |||||    
T  47299420 ggttgcatgtaat 47299432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Original strand, 47292419 - 47292825
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |  ||| |||||||| ||||| | | |||||| ||    
T  47292419 gtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatggatttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaac 47292518  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    |||| || ||||||||||  || | ||||  |||| |     ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| || |||| ||| |  ||||     
T  47292519 agttaccgtaatatccaacaagtggcgaattgttaatgt---taaacctcgagcgtgcattgacgacgcacatcattcgtacctctttatccgcctctaa 47292615  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||||| || |||||||||  |||  ||||| |||  |||||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  47292616 ctgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcaaatgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcgcagct 47292715  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgat 400  Q
    |||| ||  | | | |||||||||||| |||| |||| |  || ||||||||||||||| |||   |||||||||| ||  |||||||  |||||| |||    
T  47292716 atgtcagaagctctaaagaagaaagatcgatgaactagagaagcagtatcttcttccttaatg---gtatttggcgaaaaaatttgtttgtattcaagat 47292812  T
Q  401 ggttgcaagtaat 413  Q
    ||||||| |||||    
T  47292813 ggttgcatgtaat 47292825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 47267829 - 47267423
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| |  ||| |||||||| ||||||| | |||||| ||    
T  47267829 gtaacttcagcttttaattttcttaccaactccacagcataacctaatgagtttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgccgggtaagcaaaac 47267730  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    | || || || |||||||  || | ||||   || |||||| |||||||||| |||| ||| || || ||||||||||| |  || |||||||  ||||     
T  47267729 aattaccgtagtatccaacaagtggcgaa---ttgttagcattaaacctcgaacgtgcattgacaatacacatcattcgtatctcgtcatctgcctctaa 47267633  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||| |||  || || ||   |||||||| |||||||||| |||||| | || |     
T  47267632 ctgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtggtacaatggcgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcacaaca 47267533  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgat 400  Q
    ||||  |  |   | ||||||||||||||||| ||||   | || |||||||||||||||||    ||||||| || ||  |||||||| |||||| |||    
T  47267532 atgtctgaagtcctaaagaagaaagattgatgaactagggttgtggtatcttcttccttgat---tgtatttgacgaaaaaatttgttcgtattcatgat 47267436  T
Q  401 ggttgcaagtaat 413  Q
    ||||||| |||||    
T  47267435 ggttgcatgtaat 47267423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 32731592 - 32731183
Alignment:
Q  1 gtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatac 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32731592 gtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggtttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaatac 32731493  T
Q  101 agttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcgagcgtgtattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctac 200  Q
    | || || ||||||||||| | | | ||| ||   |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||     
T  32731492 aattaccgtaatatccaataaacaaagaaggg---ttagcactaaacctggaacgtgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctat 32731396  T
Q  201 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtatgcagtgcactgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| |||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32731395 ctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcactgataagatcaaatgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcgcagct 32731296  T
Q  301 atgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggactacaatagtagtatcttcttccttgatgtacgtatttggcggaagtatttgttcatattcacgat 400  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  32731295 atgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggactacgatagtagtatcttcttctttgatgtaggtatttggcgaaagtatttgttcgtattcacgat 32731196  T
Q  401 ggttgcaagtaat 413  Q
    ||||||| |||||    
T  32731195 ggttgcatgtaat 32731183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University