View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1017-INSERTION-7 (Length: 657)

Name: NF1017-INSERTION-7
Description: NF1017
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1017-INSERTION-7
NF1017-INSERTION-7
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-657)||(13347547-13348194)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 13348194 - 13347547
Alignment:
Q  7 aacattagccacgattttctaaatgtacaattgtagaagtaagggtaaccatgaaatctctatatttgtatagattattttagatacattacacnnnnnn 106  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          
T  13348194 aacattagccacgaatttctaaatgtacaattgtagaagtaagggtaaccatgaaatctctatatttatatagattattttagatacattacactttttt 13348095  T
Q  107 nnnnnnggcacaacatacatattgcacattttattaaaatgcataaacactaagcacatgcataaggcggtccaaacccttgcttaggtttagggtttca 206  Q
          || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13348094 tttt--ggtacaacatacat--tgcacattttattaaaatgcataaacactaagcacatgcataaggcggtccaaacccttgcttaggtttagggtttca 13347999  T
Q  207 ggaagnnnnnnnttt-ataaatttcttaccgttagcgtgactagtacatatgtttagccgaccttgatacatacatattttatcttattcaggagttgta 305  Q
    |||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13347998 ggaagaaattttttttataaatttcttaccgttagcgtgactagtacatatgtttagccgaccttgatacatacatattttatcttattcaggagttgta 13347899  T
Q  306 caaggatgggcagcactgataatggggttgttctccggctcgattccatggtttaccatgatggtaatccacaaaagatcaaagctacttcaaaaagtgg 405  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13347898 caaggatgggcagcactaataatggggttgttctccggctcaattccatggtttaccatgatggtaatccacaaaagatcaaagctacttcaaaaagtgg 13347799  T
Q  406 atgacacaatggcagtgctgcacactcatgcaattgcaggaagtcttggaggaattctcactggtctttttgctgagccaaaattgaactccttgttcta 505  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13347798 atgacacaatggcagtgttacacactcatgcaattgcaggaagtcttggaggaattctcactggtctttttgctgagccaaaattgaactccttgttcta 13347699  T
Q  506 tggtgtttacaataaatatgttggtctattttatggaatacaaatgaacatggctagtactggagtcagacaaataggaatccaactccttggaattttg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13347698 tggtgtttacaataaatatgttggtctattttatggaatacaaatgaacatggctagtactggacgcaggcaaataggaatccaactccttggaattttg 13347599  T
Q  606 tttgttatctttgttaatgttgtaagtacaagtttgatatgtctcttcattc 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13347598 tttgttatctttgttaatgttgtaagtacaagtttgatatgtctcttcattc 13347547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University