View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10170_low_7 (Length: 373)

Name: NF10170_low_7
Description: NF10170
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10170_low_7
NF10170_low_7
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-366)||(43874637-43875002)
chr2 (1-366)||(43863478-43863847)
chr2 (1-366)||(43866953-43867321)
chr2 (100-366)||(38989526-38989792)
chr2 (3-57)||(38989423-38989477)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (3-362)||(777614-777976)
chr3 (154-281)||(476508-476635)
chr3 (155-284)||(7033645-7033774)
chr3 (165-362)||(481452-481649)
chr3 (153-281)||(8032801-8032932)
chr3 (168-296)||(1186729-1186860)
chr3 (168-296)||(1204793-1204924)
chr3 (168-296)||(1304166-1304297)
chr3 (231-288)||(7029644-7029701)
chr3 (230-281)||(13490423-13490474)
chr3 (237-269)||(13485474-13485506)
chr3 (102-296)||(5360509-5360706)
chr3 (4-56)||(1186544-1186596)
chr3 (4-56)||(1204608-1204660)
chr3 (4-56)||(1304430-1304482)
chr3 (12-52)||(7033517-7033557)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (100-366)||(52187240-52187506)
chr4 (2-57)||(52187136-52187191)
[»] scaffold0438 (1 HSPs)
scaffold0438 (153-281)||(5783-5914)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (153-281)||(26291402-26291533)
chr8 (153-281)||(26304659-26304790)
chr8 (153-281)||(26338014-26338145)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (156-276)||(14288419-14288539)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (160-198)||(34800051-34800089)
chr6 (13-53)||(7175105-7175145)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (231-275)||(7022590-7022634)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 43875002 - 43874637
Alignment:
Q  1 tctttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggttacgatatattgtttggtcggatacaaatatttccnnnnnnntt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||    
T  43875002 tctttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggttacgatatattgtttggtcggatacaaatatttccaaaaaaatt 43874903  T
Q  101 gaatttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43874902 gaatttgccaacattaaccagcttgtctttaaagtacattgccttgcattgaagtgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaat 43874803  T
Q  201 cgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgcgacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43874802 cgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgcgacc 43874703  T
Q  301 ttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43874702 ttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 43874637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 43863847 - 43863478
Alignment:
Q  1 tctttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaact-tctcttaatctttctggttacgatatattgtttggtcggatacaaatatttccnnnnnnnt 99  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |    
T  43863847 tctttccctcttccttcttttcatgtcacacattaacggtctctttatctttctggttacgatatattgtttggtcagataccaatatttccaaaacatt 43863748  T
Q  100 tgaatttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgatggctgt---gtcgagcccttttcaacatttaacatgtt 196  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| || |||| ||||| | ||||||||| |||   ||||||||||| || |||| |||||||||    
T  43863747 tgaatttgccagcattaaccaccttgtctttaaagtacttttcctttcatcgcagtgatgatggttgtctcgtcgagcccttctcgacatataacatgtt 43863648  T
Q  197 gaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgc 296  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43863647 ggatcgtttgatcattgacagttgtatagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaggcttgtcaatttaactatacttatggatgattgc 43863548  T
Q  297 gaccttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 366  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43863547 gaccttgcgatcaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 43863478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 43867321 - 43866953
Alignment:
Q  1 tctttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggttacgatatattgtttggtcggatacaaatatttccnnnnnnntt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       ||    
T  43867321 tctttccctcttgcttcttttcgtgtcacacattaacgtctcttaatctttctggttacgatatattgtttggtcagataccaatatttccaaaaaattt 43867222  T
Q  101 gaatttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgatggctgtgtcg---agcccttttcaacatttaacatgttg 197  Q
     ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||| | ||||| ||| |||||||   |||||||||| |||||||||||||||    
T  43867221 aaatctgccagcattaaccagcttgtctttaaagtacttttcctttcatcgcagtgatgctggttgtgtcgtcgagcccttttcgacatttaacatgttg 43867122  T
Q  198 aatcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgcg 297  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  43867121 aatcgtttgatcattgacagttgtatagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactataattatgcatgattgtg 43867022  T
Q  298 accttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 366  Q
    | | |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43867021 agcctaagaccattatcggaacctattttggactcgagctgtatgctccaagtcttcaaacctttgctt 43866953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 100 - 366
Target Start/End: Original strand, 38989526 - 38989792
Alignment:
Q  100 tgaatttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaa 199  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |||||||   ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38989526 tgaatttgccatcattaaccaacttgtctttaaagtactttgcctttgctcgaagtgataatggttgtgttgagcccttttccacatttaaaatgttgaa 38989625  T
Q  200 tcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgcgac 299  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||  |      
T  38989626 tagtttgatcattgactgttgtatagttctggacgcacaaaatctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaagtatacttatgtgggcttctgtt 38989725  T
Q  300 cttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 366  Q
    | || |||  |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  38989726 cctgagacatatattggaatctattttggaatcgagctatatgctccaagtcttcataactttgctt 38989792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 57
Target Start/End: Original strand, 38989423 - 38989477
Alignment:
Q  3 tttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggtt 57  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  38989423 tttccgtcttgcctcttttcatgtcacactttaaagtctcttaatctttctggtt 38989477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 3 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 777976 - 777614
Alignment:
Q  3 tttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggttacgatatattgtttggtcggatacaaatatttccnnnnnnnttga 102  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  | ||  ||||||||       ||||    
T  777976 tttccatcatgcttcttttcatgtcaaactttaacgtctcttaatctttctggtttccatatattgtttggtcacaaactcatatttccaaattttttga 777877  T
Q  103 atttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgat---ggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaa 199  Q
    |||| ||| ||||||| |||| |||| | |||||  ||||||| || ||   |||||||   |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  777876 atttaccagcattaacaagcttgtctctgaagtattttgcctttcagcgcggtgatgataatgtttgtgtcgagccattttcaacatttaaaatgttgaa 777777  T
Q  200 tcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgcgac 299  Q
    | |||||||||||||  ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| ||||||  |||||| ||     
T  777776 tagtttgatcattgattgttgtatagttatggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaaacttgttagttttactatccttatgtgtgattgtgat 777677  T
Q  300 cttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaaccttt 362  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  777676 cttgagacctatatcggaacttattttgaactcgagctatatgctccatgtcttcataccttt 777614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 154 - 281
Target Start/End: Original strand, 476508 - 476635
Alignment:
Q  154 atgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatc 253  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||   ||| || ||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  476508 atgatgatggttgcgtcgaccccttttccacatttaacatgttgaatactttgatcattgacttatgtgtaattctggatgcacaaaaccttcgcatttc 476607  T
Q  254 aagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  476608 aagtaccaagcttctcaatttaactata 476635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 155 - 284
Target Start/End: Original strand, 7033645 - 7033774
Alignment:
Q  155 tgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatca 254  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| | |||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||| | |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  7033645 tgatgatggtcgtgtcgagcccttttccaaatttaaaatgttaaatagtttgatcattgatagttgtatggtttgtgatgcacaaaacctttgcatatca 7033744  T
Q  255 agtaccaagcttgtcaatttaactatactt 284  Q
    ||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  7033745 agtcccaagcttgttagtttaactatactt 7033774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 165 - 362
Target Start/End: Original strand, 481452 - 481649
Alignment:
Q  165 tgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagc 264  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||||||||| | ||| || ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  481452 tgtgtcgaccccttttccgcatttaacatgttggatactttgatcattgactgctgtgtacttctggatgcacgaaacctttgcatttcaagtaccaagc 481551  T
Q  265 ttgtcaatttaactatacttatggatgattgcga-ccttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaaccttt 362  Q
    || ||| ||||||||||  |||| ||||| | || ||| | || |||| || |||||||||| ||| | ||| |||||||||||| | |||| ||||||    
T  481552 ttctcagtttaactatatgtatgtatgatggtgatcctaggga-caatttcagaacctatttcggaattgagttatatgctccaactgttcataccttt 481649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 153 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 8032932 - 8032801
Alignment:
Q  153 aatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgttta---gttcaggatgcacaaaacctttgca 249  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||| ||   ||| |  |||||||||||||| |||    
T  8032932 aatgatgatggttgtgtcgatcccttttctgcatttaacatgttgactactttgatcattgacaaatgtgtacttgttgacaatgcacaaaaccttcgca 8032833  T
Q  250 tatcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8032832 tttcaaataccaagcttgtcaatttaactata 8032801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 168 - 296
Target Start/End: Original strand, 1186729 - 1186860
Alignment:
Q  168 gtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcagg---atgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagc 264  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| || ||  ||   |||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  1186729 gtcgaccccttttccacatttaacatgttgaatactttgatcattgaccgctgtgtacttaggggtaatgcacaaaaccttcgcatttcatgtaccaagc 1186828  T
Q  265 ttgtcaatttaactatacttatggatgattgc 296  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  1186829 ttctcaatttaactatacgtatgtatggttgc 1186860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 168 - 296
Target Start/End: Original strand, 1204793 - 1204924
Alignment:
Q  168 gtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcagg---atgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagc 264  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| || ||  ||   |||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  1204793 gtcgaccccttttccacatttaacatgttgaatactttgatcattgaccgctgtgtacttaggggtaatgcacaaaaccttcgcatttcatgtaccaagc 1204892  T
Q  265 ttgtcaatttaactatacttatggatgattgc 296  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  1204893 ttctcaatttaactatacgtatgtatggttgc 1204924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 168 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 1304297 - 1304166
Alignment:
Q  168 gtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcagg---atgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagc 264  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| || ||  ||   |||||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  1304297 gtcgaccccttttccacatttaacatgttgaatactttgatcattgaccgctgtgtacttaggggtaatgcacaaaaccttcgcatttcatgtaccaagc 1304198  T
Q  265 ttgtcaatttaactatacttatggatgattgc 296  Q
    || ||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  1304197 ttctcaatttaactatacgtatgtatggttgc 1304166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 231 - 288
Target Start/End: Original strand, 7029644 - 7029701
Alignment:
Q  231 gatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatgg 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  7029644 gatgcacaaaacctttgcatatcaagtcccaagcttgttaatttaagtttacttatgg 7029701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 230 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 13490474 - 13490423
Alignment:
Q  230 ggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  13490474 ggatgcgcaaaacctttgcatatcaagtaccaaacttgtccaattaactata 13490423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 13485506 - 13485474
Alignment:
Q  237 caaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtc 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13485506 caaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtc 13485474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 102 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 5360706 - 5360509
Alignment:
Q  102 aatttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatc 201  Q
    ||||| ||| |||||||||  | |||| |||||  | |||||||  |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||   |||||||||||||  |     
T  5360706 aatttcccagcattaaccactttgtctctaaagagccttgccttttatcgcaatgatgatggttttgtcgaccccttttccgaatttaacatgttgtcta 5360607  T
Q  202 gtttgatcattgacagttgtttagttcagg---atgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgc 296  Q
     ||||| ||||||| | ||| || |||  |   |||||||||||| | | || ||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| ||||||||    
T  5360606 ctttgagcattgaccgctgtgtacttcttgctaatgcacaaaaccatcgtatttcaagtaccaagcctgttaatttaactatacaaatgtatgattgc 5360509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 56
Target Start/End: Original strand, 1186544 - 1186596
Alignment:
Q  4 ttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggt 56  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  1186544 ttccctcctgtttcttttcatctcacactttaacgtctcttaatcttactggt 1186596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 56
Target Start/End: Original strand, 1204608 - 1204660
Alignment:
Q  4 ttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggt 56  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  1204608 ttccctcctgtttcttttcatctcacactttaacgtctcttaatcttactggt 1204660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 1304482 - 1304430
Alignment:
Q  4 ttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggt 56  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  1304482 ttccctcctgtttcttttcatctcacactttaacgtctcttaatcttactggt 1304430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 52
Target Start/End: Original strand, 7033517 - 7033557
Alignment:
Q  12 tgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttc 52  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  7033517 tgcttcttttcatgtaacactttaacttctcttaaactttc 7033557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 100 - 366
Target Start/End: Original strand, 52187240 - 52187506
Alignment:
Q  100 tgaatttgccaacattaaccagctcgtctttaaagtacattgccttgcatcgaaatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaa 199  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||| ||| |||   ||||  ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  52187240 tgaatttgccagcattaaccaacttgtctctaaagtactttggcttttgtcgaggtgatgatggttgtgtcgagcccttttccacgtttaaaatgttgaa 52187339  T
Q  200 tcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaatttaactatacttatggatgattgcgac 299  Q
      ||||| |||||||| ||||| ||||||  || |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||   ||||  |      
T  52187340 cagtttggtcattgactgttgtatagttctcgacgcacaaaaactttgcatatcaagtgccaaacttgtcaatttaagtatacttatgtgggattctgtt 52187439  T
Q  300 cttgcgaccaatatcggaacctattttggactcgagctatatgctccaagtcttcaaacctttgctt 366  Q
    | || |||| || | |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52187440 cctgagacctatgttggaatctattttggaattgagctatatgctccaagtcttcatacctttgctt 52187506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 57
Target Start/End: Original strand, 52187136 - 52187191
Alignment:
Q  2 ctttccctcttgcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttctggtt 57  Q
    |||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  52187136 ctttccttcttgcatcttttcatgtcgcactttaacgtctcttaatctttctggtt 52187191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0438
Description:

Target: scaffold0438; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 281
Target Start/End: Original strand, 5783 - 5914
Alignment:
Q  153 aatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgttta---gttcaggatgcacaaaacctttgca 249  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||  ||| ||   ||| |  |||||||||||||| |||    
T  5783 aatgatgatggttgtgttgatcctttttccacattcaacatgttgactactttgatcattgacaaatgtgtacttgttgacaatgcacaaaaccttcgca 5882  T
Q  250 tatcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5883 tttcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 5914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 281
Target Start/End: Original strand, 26291402 - 26291533
Alignment:
Q  153 aatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgttta---gttcaggatgcacaaaacctttgca 249  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||  ||| ||   ||| |  |||||||||||||| |||    
T  26291402 aatgatgatggttgtgttgatcctttttccacattcaacatgttgactactttgatcattgacaaatgtgtacttgttgacaatgcacaaaaccttcgca 26291501  T
Q  250 tatcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26291502 tttcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 26291533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 281
Target Start/End: Original strand, 26304659 - 26304790
Alignment:
Q  153 aatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgttta---gttcaggatgcacaaaacctttgca 249  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||  ||| ||   ||| |  |||||||||||||| |||    
T  26304659 aatgatgatggttgtgttgatcctttttccacattcaacatgttgactactttgatcattgacaaatgtgtacttgttgacaatgcacaaaaccttcgca 26304758  T
Q  250 tatcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26304759 tttcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 26304790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 153 - 281
Target Start/End: Original strand, 26338014 - 26338145
Alignment:
Q  153 aatgatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgttta---gttcaggatgcacaaaacctttgca 249  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||||  ||| ||   ||| |  |||||||||||||| |||    
T  26338014 aatgatgatggttgtgttgatcctttttccacattcaacatgttgactactttgatcattgacaaatgtgtacttgttgacaatgcacaaaaccttcgca 26338113  T
Q  250 tatcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 281  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26338114 tttcaagtaccaagcttgtcaatttaactata 26338145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 14288539 - 14288419
Alignment:
Q  156 gatgatggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttgaatcgtttgatcattgacagttgtttagttcaggatgcacaaaacctttgcatatcaa 255  Q
    ||||||||| |||| ||||| |||||| ||| ||||| |||||||  |||||||||||| |  |||  ||||  ||||  ||||||||| |||||||| |    
T  14288539 gatgatggccgtgttgagcctttttcatcatgtaacaagttgaatactttgatcattgaaaaatgtcaagttgtggataaacaaaacctctgcatatcta 14288440  T
Q  256 gtaccaagcttgtcaatttaa 276  Q
    ||||||  ||||| |||||||    
T  14288439 gtaccacacttgttaatttaa 14288419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 34800089 - 34800051
Alignment:
Q  160 atggctgtgtcgagcccttttcaacatttaacatgttga 198  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  34800089 atggctgtgttgagcccttttcaacatgtaacatgttga 34800051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 7175145 - 7175105
Alignment:
Q  13 gcttcttttcatgtcacacattaacttctcttaatctttct 53  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  7175145 gcttcttttcatgtcacactttaacatctcttaacctttct 7175105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 231 - 275
Target Start/End: Original strand, 7022590 - 7022634
Alignment:
Q  231 gatgcacaaaacctttgcatatcaagtaccaagcttgtcaattta 275  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||    
T  7022590 gatgcacaaaacctttgcatatcaagtatcacacttgtcacttta 7022634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University