View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF10173_low_1 (Length: 797)
Name: NF10173_low_1
Description: NF10173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10173_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 785
Target Start/End: Original strand, 56168518 - 56169285
Alignment:
| Q |
18 |
atcacaggatcagagggagattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
117 |
Q |
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| T |
56168518 |
atcacaagatcagagggagattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
56168617 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
56168618 |
gatgtggctcatgttatcaactatgatatgcctgggaatattgaaatgtacacccatcgtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggcta |
56168717 |
T |
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| Q |
218 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatga |
317 |
Q |
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| T |
56168718 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatga |
56168817 |
T |
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| Q |
318 |
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417 |
Q |
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| T |
56168818 |
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56168917 |
T |
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| Q |
418 |
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517 |
Q |
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56168918 |
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56169017 |
T |
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| Q |
518 |
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617 |
Q |
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| T |
56169018 |
ttaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatggctgactagagttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataatt |
56169117 |
T |
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| Q |
618 |
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717 |
Q |
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| T |
56169118 |
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56169217 |
T |
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| Q |
718 |
cttttatgattttgtttatcactttctctaggctgtgctaacctattttatgtaaatttgctgatgtc |
785 |
Q |
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56169218 |
cttttatgattttgtttatcactttctctaggctgtgctaacctattttatgtaaatttgctgatgtc |
56169285 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 561; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 561; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 707192 - 706522
Alignment:
| Q |
18 |
atcacaggatcagagggagattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
117 |
Q |
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| T |
707192 |
atcacaggatcagagggaaattagtcttgaaggatttaggaccaagagatataatgtgcttgttgcaaccgatgttgctggacgtggtattgacattcct |
707093 |
T |
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| Q |
118 |
gatgtggctcatgttatcaactatgatatgcctgggaatattgaaatgtacacccatcgtattgggcgtactggtcgtgcaggaaagacaggtgtggcta |
217 |
Q |
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| T |
707092 |
gatgtggctcatgttatcaactatgatatgcctgggaatattgaaatgtacacccatcgtattgggcgtaccggccgtgcaggaaagacgggtgtggcta |
706993 |
T |
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| Q |
218 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacctgaattggcaaggcatga |
317 |
Q |
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| T |
706992 |
caacattcctgactcttcaggacactgatgtcttttatgaacttaagcagatgctcattcagagtaacagtcctgttccacatgaattggcaaggcatga |
706893 |
T |
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| Q |
318 |
agcttccaaattcaagccaggatctattcctgacagaccacctaggcgaaatgacactgtttttgcccattagagaactttcttttgaggtttaaaggca |
417 |
Q |
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| T |
706892 |
agcttccaaattcaagccaggatctattcccgacagaccacctaggcgaaacgacactgtttttacccattagagaactttc--ttgaggtttaaaggca |
706795 |
T |
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| Q |
418 |
tatatgcgtattgcaggtaataatatcaatgaacattttgctagtgatgcttaggagcctaatatgtgcggttatatataggatcgtgtataaagttcaa |
517 |
Q |
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| T |
706794 |
tatatgcatattgcaggta--aatatcaatgaatattttgcaagtgatgcttaggagcctaatatgtgcgattatatataggatcttgtatgaaattcaa |
706697 |
T |
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| Q |
518 |
ttaaggcattccttttgtcctgatatcattgtcattgctattgttatgcctgactagagttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgataatt |
617 |
Q |
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ttaaggcattccttttgtcctgatatcattgccattgctattgttatgcctgactagagttgctacctgtttattatatttctaacaagaattgatagtt |
706597 |
T |
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618 |
ttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggcattaacgtttgtcttatgcctattatgatataatgctt |
692 |
Q |
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| T |
706596 |
ttagatgacaatcttttgattggtcttgttatttggtgttaatctttgttttatgcttattatgatataatgctt |
706522 |
T |
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