View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10173_low_7 (Length: 365)

Name: NF10173_low_7
Description: NF10173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10173_low_7
NF10173_low_7
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (103-348)||(1716444-1716690)
chr5 (1-217)||(7524968-7525185)
chr5 (14-266)||(3643591-3643843)
chr5 (105-213)||(4103249-4103357)
chr5 (80-184)||(5350672-5350777)
chr5 (108-215)||(16037861-16037966)
chr5 (146-210)||(19261152-19261216)
chr5 (103-163)||(13636366-13636426)
[»] chr2 (27 HSPs)
chr2 (1-296)||(30731928-30732225)
chr2 (1-221)||(30733984-30734205)
chr2 (17-220)||(32918077-32918281)
chr2 (1-292)||(9020771-9021064)
chr2 (103-293)||(2841010-2841202)
chr2 (17-220)||(43850046-43850250)
chr2 (1-273)||(9026730-9027003)
chr2 (1-274)||(8973255-8973529)
chr2 (1-220)||(9008018-9008238)
chr2 (144-273)||(9031997-9032126)
chr2 (103-273)||(9016437-9016611)
chr2 (103-273)||(9030342-9030512)
chr2 (70-215)||(19232359-19232504)
chr2 (105-296)||(8988375-8988568)
chr2 (136-292)||(9023371-9023528)
chr2 (104-273)||(8992092-8992262)
chr2 (110-210)||(10763878-10763978)
chr2 (150-237)||(8979302-8979389)
chr2 (150-292)||(8984617-8984760)
chr2 (110-215)||(6471709-6471813)
chr2 (106-189)||(17225659-17225743)
chr2 (103-213)||(35701893-35702003)
chr2 (103-186)||(17275862-17275945)
chr2 (80-162)||(8912989-8913074)
chr2 (1-57)||(8992294-8992349)
chr2 (179-214)||(39814115-39814150)
chr2 (188-273)||(8975639-8975724)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (1-296)||(14669599-14669896)
chr1 (1-228)||(14706077-14706305)
chr1 (10-228)||(14708567-14708786)
chr1 (1-228)||(14654231-14654458)
chr1 (1-228)||(14664022-14664249)
chr1 (9-234)||(14716274-14716500)
chr1 (1-220)||(14683747-14683967)
chr1 (5-217)||(14652525-14652738)
chr1 (5-217)||(14662316-14662529)
chr1 (23-220)||(14674478-14674676)
chr1 (23-220)||(14681596-14681794)
chr1 (17-220)||(14679856-14680060)
chr1 (80-292)||(33987994-33988208)
chr1 (1-220)||(38175420-38175640)
chr1 (9-226)||(28366097-28366315)
chr1 (1-221)||(14667007-14667222)
chr1 (122-220)||(14676629-14676727)
chr1 (100-214)||(11872471-11872585)
chr1 (139-211)||(37422175-37422247)
chr1 (145-220)||(28698550-28698625)
chr1 (104-163)||(14703134-14703193)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (16-293)||(11652298-11652576)
chr4 (10-293)||(3461042-3461326)
chr4 (10-225)||(49106428-49106644)
chr4 (70-226)||(50077158-50077315)
chr4 (2-250)||(49108524-49108773)
chr4 (105-216)||(26998735-26998846)
chr4 (111-216)||(26984668-26984773)
chr4 (105-216)||(48205832-48205943)
chr4 (103-189)||(21503706-21503792)
chr4 (112-215)||(41013548-41013651)
chr4 (110-210)||(26982549-26982646)
chr4 (108-181)||(35806165-35806238)
chr4 (117-216)||(49533638-49533730)
chr4 (110-153)||(54677590-54677633)
chr4 (110-160)||(34481105-34481155)
chr4 (157-210)||(6431957-6432010)
chr4 (176-212)||(34481155-34481191)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (16-293)||(41841058-41841336)
chr8 (9-221)||(10944297-10944510)
chr8 (17-224)||(40054305-40054513)
chr8 (19-215)||(37679757-37679953)
chr8 (144-348)||(42220880-42221083)
chr8 (103-220)||(44878980-44879097)
chr8 (103-220)||(44880824-44880941)
chr8 (17-217)||(37682057-37682258)
chr8 (117-295)||(42555090-42555269)
chr8 (144-292)||(42091945-42092093)
chr8 (105-200)||(44582870-44582965)
chr8 (174-220)||(42872514-42872560)
chr8 (111-163)||(44583111-44583162)
chr8 (103-157)||(42554655-42554709)
chr8 (1-66)||(42872408-42872471)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (61-226)||(10795840-10796006)
chr6 (2-226)||(10791543-10791768)
chr6 (20-217)||(30521242-30521440)
chr6 (20-163)||(13136608-13136752)
chr6 (105-215)||(8875691-8875803)
chr6 (103-174)||(11333273-11333344)
chr6 (18-91)||(10509478-10509551)
chr6 (111-210)||(21216032-21216131)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (103-217)||(27134511-27134625)
chr7 (103-211)||(8128149-8128256)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (169-215)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (106-163)||(5450-5507)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 103 - 348
Target Start/End: Original strand, 1716444 - 1716690
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccatt-ggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaag 201  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716444 cccccttaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaag 1716543  T
Q  202 gccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttctgaactagcgatgtgggactatttgcaat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716544 gccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttctgaactagcgatgtgggactatttgcaat 1716643  T
Q  302 cgcctggcactagcttgctcttgtatggcatggcatggccaacaaag 348  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716644 agcctgggactagcttgctcttgtatggcatggcatggccaacaaag 1716690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 7525185 - 7524968
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||| |||||||  |||||||||||||||||   || |||| |||||||||| ||| |||||||||  |||| || || ||||||||||| | | ||||    
T  7525185 aaaaaattaaactaaaattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcc 7525086  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525085 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 7524986  T
Q  200 aggccgagaaaggtatga 217  Q
    ||||||||||||||||||    
T  7524985 aggccgagaaaggtatga 7524968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643591
Alignment:
Q  14 tgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||   | |||| | |||| || | |||||||||| |    | |  || |||||| |||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccag-ccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaa 3643745  T
Q  113 aaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 212  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643744 aaagtaatttaatatcgtgtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  213 tatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcactt 266  Q
    ||||| || ||||     |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  3643644 tatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatccactcactt 3643591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 105 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 4103357 - 4103249
Alignment:
Q  105 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 204  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||     
T  4103357 ccctaaaaaaagcaatttaatatcgtgtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaatgct 4103258  T
Q  205 gagaaaggt 213  Q
    |||||||||    
T  4103257 gagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 80 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 5350777 - 5350672
Alignment:
Q  80 tagcaagctacttaagtggcctcc-cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagata 178  Q
    |||||||||||||  |||| |||  |||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  5350777 tagcaagctactttggtggactctacccctcaagaaataaatttaatatcgtgtggaccattgtcccacatatcagatattaaactgataacaatagata 5350678  T
Q  179 ctacac 184  Q
    ||||||    
T  5350677 ctacac 5350672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 16037966 - 16037861
Alignment:
Q  108 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||| ||||| |||||||    ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  16037966 tcaaaaaagtaatttaatatcgtttgacccattagaccac-tatcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgag 16037869  T
Q  208 aaaggtat 215  Q
    ||| ||||    
T  16037868 aaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 146 - 210
Target Start/End: Original strand, 19261152 - 19261216
Alignment:
Q  146 acatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 210  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  19261152 acatatcagatatttaacggataagaacatatattacacttgatcttaatcaaaaggctgagaaa 19261216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 13636426 - 13636366
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 163  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  13636426 ccccctcaagaacttaatttaataccgtgtggaccgttgatccacatatcagatattaaac 13636366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 27)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 30732225 - 30731928
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  30732225 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaagctaccaaagtggcc 30732126  T
Q  101 tcccccc-tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732125 tccccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 30732026  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttctgaacta-gcgatgtgggactattt 296  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| | ||  |||||||||  ||||   |||| |||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  30732025 aggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcagttgctttcttgactactcgatgtgggactattt 30731928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 30734205 - 30733984
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| || || |||||| | |||||||||||||||||||||| || ||||     
T  30734205 aaaaatttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggct 30734106  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734105 tctccccctaaaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 30734006  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagtta 221  Q
    |||||||||||||||| |||||    
T  30734005 aggccgagaaaggtataagtta 30733984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32918281 - 32918077
Alignment:
Q  17 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaa 115  Q
    ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||||  | |||| || |||||||||||||    
T  32918281 attggtgaggtgcgccaaactaatgctatagtgcaacgcattagcgacacaagagaagcagagtagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaa 32918182  T
Q  116 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918181 gtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 32918082  T
Q  216 gagtt 220  Q
    |||||    
T  32918081 gagtt 32918077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 9021064 - 9020771
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| |  |||||   ||||||| | ||||||| || | || |||||    
T  9021064 aaaaatttgaacttgaattggtggggtgcacca-acctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcc 9020966  T
Q  101 tccc-ccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 198  Q
    || | ||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020965 tctcaccctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 9020866  T
Q  199 aaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 292  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| |||||    
T  9020865 aaggccgagaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcacttgctttcatgaacaaccgatgtaggact 9020771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 103 - 293
Target Start/End: Original strand, 2841010 - 2841202
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841010 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 2841109  T
Q  203 ccgagaaaggtatgag--ttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggacta 293  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |  ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||    
T  2841110 ccgagaaaggtatgagagttaaaa-aggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggacta 2841202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 43850250 - 43850046
Alignment:
Q  17 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaa 115  Q
    |||||| ||||||||||  || |||| |||||||||| ||| | |||||||  ||||| | | |||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||    
T  43850250 attggttgggtgcgccaagcctatgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaa 43850151  T
Q  116 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    || |||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850150 gtgatttaatatcatgtgactcattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 43850051  T
Q  216 gagtt 220  Q
    |||||    
T  43850050 gagtt 43850046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9027003 - 9026730
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||  ||| | ||||||   |||| || | |||||||||| | || ||| |    
T  9027003 aaaaatttgaacttgaattggaggggtgtgccag-ccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtc 9026905  T
Q  101 tccccc-ctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 198  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026904 tctcccactcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 9026805  T
Q  199 aaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttct 273  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||||||||  |||||||  |||||||||||||    
T  9026804 aaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcacttgctttct 9026730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 8973529 - 8973255
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||||||||| |||   | ||||   |||| || |  ||||||||| | || ||| |    
T  8973529 aaaaatttgaacttgaattggtggggcgcgccagctca-tgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtc 8973431  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 198  Q
    || |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973430 tctcccccttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 8973331  T
Q  199 aaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttctg 274  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||  |||||| |||||||    
T  8973330 aaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttctg 8973255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9008238 - 9008018
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  ||| | ||||||   |||| || | || |||| || | || |||||    
T  9008238 aaaaaattgaactagaattggtggggtgtgccag-cgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcc 9008140  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtg-tgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 198  Q
    || ||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008139 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 9008040  T
Q  199 aaggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  9008039 aaggccgagaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 144 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9032126 - 9031997
Alignment:
Q  144 ccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttatt 243  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |  ||    
T  9032126 ccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgctt 9032027  T
Q  244 ttatatctcacatccactcacttgctttct 273  Q
    ||||||  |||||||  |||||||||||||    
T  9032026 ttatataccacatcccttcacttgctttct 9031997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 103 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9016611 - 9016437
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaacc---gataagaacagatactacacttgatcttagccaa 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  ||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9016611 ccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaa 9016512  T
Q  199 aaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttct 273  Q
    |||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  9016511 aaggtcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcacttgctttct 9016437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 103 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 9030512 - 9030342
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||  |||| | ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9030512 ccccctcaaaaaagtaatttaatactgtgtgacccattgagccacttctcaaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 9030413  T
Q  203 ccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttct 273  Q
    || |||||  |||||||| ||||||| ||| |||| |  |||||||| ||||||||  |||||||| ||||    
T  9030412 ccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgcattct 9030342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 215
Target Start/End: Original strand, 19232359 - 19232504
Alignment:
Q  70 agaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgata 168  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||| || |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  19232359 agaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgtgtgacccaatgggtcacatatcag-tattaaactgata 19232457  T
Q  169 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232458 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 105 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 8988568 - 8988375
Alignment:
Q  105 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||   |||  |||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8988568 ccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgccaaaaggc 8988469  T
Q  204 cgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggactattt 296  Q
    | |||| ||||| |||| ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||   ||||||||||||||||    
T  8988468 caagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattt 8988375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 136 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 9023528 - 9023371
Alignment:
Q  136 ccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgc 235  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  9023528 ccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgc 9023429  T
Q  236 ttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 292  Q
    || |  |||||||| |||||||   ||||||| |||| ||||| | ||||||||||||    
T  9023428 ttatgcttttatatatcacatctcttcacttgatttcttgaacaaccgatgtgggact 9023371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 104 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992092
Alignment:
Q  104 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||| ||||  |||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  203 ccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttct 273  Q
    | |||||||| ||||||||||||| | |||||||| |  |||||||| ||||||||  |||||| ||||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttct 8992092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 110 - 210
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  110 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 209  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgtatggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgagaa 10763977  T
Q  210 a 210  Q
    |    
T  10763978 a 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 150 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 8979389 - 8979302
Alignment:
Q  150 atcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgctt 237  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  8979389 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgctt 8979302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 150 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 8984760 - 8984617
Alignment:
Q  150 atcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatat 249  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||| |  ||||||||    
T  8984760 atcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatat 8984661  T
Q  250 ctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 292  Q
     ||||||||  ||||||| |||| ||||| | ||||||||||||    
T  8984660 atcacatcccttcacttgttttcttgaacaaccgatgtgggact 8984617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Original strand, 6471709 - 6471813
Alignment:
Q  110 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 209  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||  ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||    
T  6471709 aaaaaagtaacttaatatcatgtgatccattagaccgtatatcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaa 6471807  T
Q  210 aggtat 215  Q
    ||||||    
T  6471808 aggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 106 - 189
Target Start/End: Original strand, 17225659 - 17225743
Alignment:
Q  106 cctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgat-aagaacagatactacacttgat 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  17225659 cctcaaaaaagtaatttaatatcgtatgattcattggaccagatatcagttattaaaccgataaaaaacagatactacacttgat 17225743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 103 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 35702003 - 35701893
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||    |||| |||||||||| |||||||||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |    
T  35702003 ccccctcaaaaaagtaaactaatatcgtgtgacttgttggcccacatatcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaag 35701904  T
Q  203 ccgagaaaggt 213  Q
      |||||||||    
T  35701903 ttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 17275945 - 17275862
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacactt 186  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| | | ||| ||| |||||||||  |||||||||||    
T  17275945 ccccctcaaaaatgtaattcaatatcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaacgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 8913074 - 8912989
Alignment:
Q  80 tagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatc--gtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaa 162  Q
    |||||||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||| | ||||||||    
T  8913074 tagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgtgattcattggaccacatattatatattaaa 8912989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 8992349 - 8992294
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacat 57  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  8992349 aaaaatttgaacttgaattggaggggtgcgccag-cccatgcaatagtgcaacacat 8992294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 179 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  179 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 214  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975639
Alignment:
Q  188 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttct 273  Q
    ||||||||||||||||  |||||  |||||||| |||| || |||||||| |  |||||||| ||||||||  ||||||| |||||    
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttct 8975639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 296
Target Start/End: Original strand, 14669599 - 14669896
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| |||    
T  14669599 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacaagaggattagtagcaagctactaaagttgcc 14669698  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669699 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 14669798  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttctgaacta-gcgatgtgggactattt 296  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |||| | ||  |||||||||  ||||   |||| |||||||||  ||||  ||||||||||||||||    
T  14669799 aggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatcagacatgttctcagttgctttcttgactactcgatgtgggactattt 14669896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 14706305 - 14706077
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||||||||||||| |||| |||    
T  14706305 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgttatagtgcaacacatagtcaacacacaagaggattagtagcaagctactaaagttgcc 14706206  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706205 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 14706106  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagttaaaagatg 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14706105 aggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14706077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708567
Alignment:
Q  10 aacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  109 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 14708587  T
Q  209 aaggtatgagttaaaagatg 228  Q
    |||||||||||| |||||||    
T  14708586 aaggtatgagttgaaagatg 14708567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 14654231 - 14654458
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | || ||||||||||||| ||||||||    
T  14654231 aaaaatttaa-cttgaattggtggggtgagccaagccaatgctatagtgcaacatattggcgacacacgagaggactcgtagcaagctactgaagtggcc 14654329  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14654330 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 14654429  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagttaaaagatg 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14654430 aggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14654458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 14664022 - 14664249
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| | || ||||||||||||| ||||||||    
T  14664022 aaaaatttaa-cttgaattggtggggtgagccaagccaatgctatagtgcaacatattggcgacacacgagaggactcgtagcaagctactgaagtggcc 14664120  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664121 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 14664220  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagttaaaagatg 228  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14664221 aggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14664249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 9 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 14716500 - 14716274
Alignment:
Q  9 aaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccc 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |  ||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  14716500 aaacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccc 14716401  T
Q  108 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716400 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  208 aaaggtatgagttaaaagatgcactcg 234  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatgaactcg 14716274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14683967 - 14683747
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||||||||  ||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||||||||| |||| |||    
T  14683967 aaaaatttaactttggattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggtgacacacgagaggactagtagcaagctactaaagttgcc 14683868  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683867 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 14683768  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14683767 aggccgagaaaggtatgagtt 14683747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14652738 - 14652525
Alignment:
Q  5 atttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-c 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||   |||| | |||||||||||||||||||||| || |||| || |    
T  14652738 atttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctc 14652639  T
Q  104 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652638 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggc 14652539  T
Q  204 cgagaaaggtatga 217  Q
    ||||||||||||||    
T  14652538 cgagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 14662529 - 14662316
Alignment:
Q  5 atttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-c 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||   |||| | |||||||||||||||||||||| || |||| || |    
T  14662529 atttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctc 14662430  T
Q  104 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662429 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggc 14662330  T
Q  204 cgagaaaggtatga 217  Q
    ||||||||||||||    
T  14662329 cgagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14674676 - 14674478
Alignment:
Q  23 ggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatt 121  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||    
T  14674676 ggggtgtgccaaaccaatgctatagtgcaatacattgttgacacccgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatt 14674577  T
Q  122 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14674576 taatatcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 14674478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 23 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14681794 - 14681596
Alignment:
Q  23 ggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatt 121  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||    
T  14681794 ggggtgtgccaaaccaatgctatagtgcaatacattgttgacacccgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatt 14681695  T
Q  122 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14681694 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagtt 14681596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14680060 - 14679856
Alignment:
Q  17 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaa 115  Q
    |||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |  |||| || |||||||||||||    
T  14680060 attggtcgggtgcgccaagccaatgctgtagtgcaacgcattggcaacactcaagaagcctagtagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaa 14679961  T
Q  116 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14679960 gtaatttaatatcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 14679861  T
Q  216 gagtt 220  Q
    |||||    
T  14679860 gagtt 14679856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 80 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 33988208 - 33987994
Alignment:
Q  80 tagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagata 178  Q
    |||||||||| | || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33988208 tagcaagctattgaaatggcctctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgtgtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagata 33988109  T
Q  179 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaac 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |  |||||||| |||| |||  |||||||||||| |||||    
T  33988108 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgctttcttgaac 33988009  T
Q  278 tagcgatgtgggact 292  Q
     | ||||||||||||    
T  33988008 aaccgatgtgggact 33987994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 38175420 - 38175640
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcc 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||||||||||| |  |||  ||||||||||||||   |||||||  | || || || ||||||||||| | ||||      
T  38175420 aaaaaattgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtt 38175519  T
Q  101 tc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175520 tctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 38175619  T
Q  200 aggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  38175620 aggccgagaaaggtatgagtt 38175640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 226
Target Start/End: Original strand, 28366097 - 28366315
Alignment:
Q  9 aaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccc 107  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||  ||||||||  | |  |||||||||||||||||  | | | ||| |||||    
T  28366097 aaactttaattggtgggatgcgccag-ccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccc 28366195  T
Q  108 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtc-cacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccga 206  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366196 ttaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccga 28366295  T
Q  207 gaaaggtatgagttaaaaga 226  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  28366296 gaaaggtatgagttgaaaga 28366315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 14667007 - 14667222
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaag-tggc 99  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || | |||| | |||||||| |       ||||| ||  ||||    
T  14667007 aaaaatttgagcttggattggtggggtgcgccaagccaatgctatagtgcaacacactggcaacactcgagaagccttg-------ctactaaaaatggc 14667099  T
Q  100 ctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 198  Q
     || ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667100 ttctccccctagaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  199 aaggccgagaaaggtatgagtta 221  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtta 14667222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 122 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14676727 - 14676629
Alignment:
Q  122 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676727 taatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 14676629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 100 - 214
Target Start/End: Original strand, 11872471 - 11872585
Alignment:
Q  100 ctcccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 199  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  11872471 ctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaa 11872570  T
Q  200 aggccgagaaaggta 214  Q
    |||||||||||||||    
T  11872571 aggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 139 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 37422247 - 37422175
Alignment:
Q  139 ttggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422247 ttggaccacatatcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28698625 - 28698550
Alignment:
Q  145 cacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28698625 cacatatcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagtt 28698550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14703193 - 14703134
Alignment:
Q  104 cccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 163  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  14703193 cccctaaaaaatttaatttaatatcgtgtggactattggtccacatatcaaatattaaac 14703134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 16 - 293
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652576
Alignment:
Q  16 aattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||| | |||||||||| |  |||||| || ||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagccca-tgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaa 11652396  T
Q  115 agtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 214  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652397 aataatttaatatcgtgtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  215 tgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggacta 293  Q
    ||||||||||||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  11652497 tgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggacta 11652576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 293
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461326
Alignment:
Q  10 aacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccct 108  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| || |||| |||||||||| ||| |||||||| | |||| || | |||||||||| | || |||| || ||||||    
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccag-cctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccct 3461140  T
Q  109 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461141 taaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  209 aaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggacta 293  Q
    ||||||||| || |||||    ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcacttgctttcttccacaagcgatgtgggacta 3461326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Original strand, 49106428 - 49106644
Alignment:
Q  10 aacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccct 108  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |  |||| ||||||||||||||   ||||||| |||||  | |||||||||||||| | ||| | || ||||||    
T  49106428 aactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccccct 49106527  T
Q  109 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106528 caaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 49106627  T
Q  209 aaggtatgagttaaaag 225  Q
    |||||||||||| ||||    
T  49106628 aaggtatgagttgaaag 49106644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 70 - 226
Target Start/End: Original strand, 50077158 - 50077315
Alignment:
Q  70 agaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgata 168  Q
    ||||||| | |||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  50077158 agaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactgata 50077257  T
Q  169 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaaga 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50077258 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 50077315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 250
Target Start/End: Original strand, 49108524 - 49108773
Alignment:
Q  2 aaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcct 101  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||||   |  |||| ||||||||||||||   ||||||| |||||| | | ||||||||||||    || | |    
T  49108524 aaaaattaaactaggattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgactt 49108623  T
Q  102 c-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108624 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 49108723  T
Q  201 ggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatc 250  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||   || |||||| ||||||||||    
T  49108724 ggccgagaaaggtatgagttgaaatataggctggcttctgattttatatc 49108773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 105 - 216
Target Start/End: Original strand, 26998735 - 26998846
Alignment:
Q  105 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 204  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998735 ccctaaaaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 26998834  T
Q  205 gagaaaggtatg 216  Q
    ||||||||||||    
T  26998835 gagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 111 - 216
Target Start/End: Original strand, 26984668 - 26984773
Alignment:
Q  111 aaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984668 aaaaagtaatttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 26984767  T
Q  211 ggtatg 216  Q
    ||||||    
T  26984768 ggtatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 105 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 48205943 - 48205832
Alignment:
Q  105 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  48205943 ccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtaaaccaatggtccacatataagatattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggcc 48205844  T
Q  205 gagaaaggtatg 216  Q
    ||||||||||||    
T  48205843 gagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 103 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 21503792 - 21503706
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgat 189  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  21503792 ccccctcaaaaaaataatttaatatcgtgtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 112 - 215
Target Start/End: Original strand, 41013548 - 41013651
Alignment:
Q  112 aaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 211  Q
    |||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| ||||||||||||||||     
T  41013548 aaaaataatttaataccatgtgaacccttggtccacatatcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaa 41013647  T
Q  212 gtat 215  Q
    ||||    
T  41013648 gtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26982646 - 26982549
Alignment:
Q  110 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 209  Q
    |||||| | |||||||||| ||| || ||||| ||||||||| ||||| |||||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26982646 aaaaaaatgatttaatatcatgtaaatcattgatccacatattagatactaaac---taataacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaa 26982550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 108 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 35806238 - 35806165
Alignment:
Q  108 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatacta 181  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  |||| |   |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  35806238 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgcgactcattagattacatatcatatattaaactgataagaacaaatacta 35806165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 117 - 216
Target Start/End: Original strand, 49533638 - 49533730
Alignment:
Q  117 taatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 216  Q
    |||||||||||||||||| | ||||    |||||||||||||||     ||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  49533638 taatttaatatcgtgtgacctattgagtaacatatcagatatta-----ataagaacagata-tgcacttgatcttagcc-aagggccgagaaaggtatg 49533730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 54677633 - 54677590
Alignment:
Q  110 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatca 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  54677633 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccattagaccacatatca 54677590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 160
Target Start/End: Original strand, 34481105 - 34481155
Alignment:
Q  110 aaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatatta 160  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||||| | ||||||||||||||||    
T  34481105 aaaaaagtaatttaatatcttgtggatcattgattcacatatcagatatta 34481155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 210
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  157 attaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 210  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 176 - 212
Target Start/End: Original strand, 34481155 - 34481191
Alignment:
Q  176 atactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34481155 atactacactcgatcttagccaaaaggctgagaaagg 34481191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 148; Significance: 5e-78; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 16 - 293
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841336
Alignment:
Q  16 aattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctcccccc-tcaaaaa 114  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||| | ||||||| | |||||||||| |   ||||| || |||| |||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagccca-tgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaa 41841156  T
Q  115 agtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 214  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841157 agtaatttaatatcgtgtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  215 tgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggacta 293  Q
    |||||| |||||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggacta 41841336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 221
Target Start/End: Original strand, 10944297 - 10944510
Alignment:
Q  9 aaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctcccccc- 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |   ||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||     
T  10944297 aaacttgaattggtggggtgcgccaaaccaatgctatagtgcaacgcaatagtgacactcaagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctcccca 10944396  T
Q  108 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10944397 tcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggtcgag 10944496  T
Q  208 aaaggtatgagtta 221  Q
    ||||||||||||||    
T  10944497 aaaggtatgagtta 10944510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 40054513 - 40054305
Alignment:
Q  17 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaa 115  Q
    |||||||||||||||||  |  |||| ||||||||||||||   ||||||  |||||||| | |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  40054513 attggtggggtgcgccaagcttatgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaa 40054414  T
Q  116 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054413 gtaatttaatatcgtatgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 40054314  T
Q  216 gagttaaaa 224  Q
    || ||||||    
T  40054313 gaattaaaa 40054305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 37679953 - 37679757
Alignment:
Q  19 tggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagt 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||| | || ||| | |||||||||||    |||||||| ||||||||| |||      
T  37679953 tggtggggtgcgccagaccattgctatagtgcaacacaaaggcgacacaga-gaggcccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaata 37679855  T
Q  118 aatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    |||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679854 aatttaatatcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 144 - 348
Target Start/End: Original strand, 42220880 - 42221083
Alignment:
Q  144 ccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttatt 243  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||| |   ||||| |||  ||    
T  42220880 ccacatatcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgctt 42220978  T
Q  244 ttatatctcacatccactcacttgctttct-gaactagcgatgtgggactatttgcaatcgcctggcactagcttgctcttgtatggcatggcatggcca 342  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  42220979 ttatatctcatatccac-cacttactttctagaactagcgatgtgggactatttgcaatagcttgggactagcttgttcttgtatggcatgacatggcca 42221077  T
Q  343 acaaag 348  Q
    ||||||    
T  42221078 acaaag 42221083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 103 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 44879097 - 44878980
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879097 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 44878998  T
Q  203 ccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    ||||||||||||||||||    
T  44878997 ccgagaaaggtatgagtt 44878980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 103 - 220
Target Start/End: Original strand, 44880824 - 44880941
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880824 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 44880923  T
Q  203 ccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    ||||||||||||||||||    
T  44880924 ccgagaaaggtatgagtt 44880941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 37682258 - 37682057
Alignment:
Q  17 attggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctcccc-cctcaaaaaa 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |  || |||||   |||  |||| |||||||||| ||  |||| ||| |  ||| ||||||    
T  37682258 attggtggggcgcgccagaccaatgcaatagtgcaacgtaaagatgacacttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaa 37682159  T
Q  116 gtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37682158 caaatttaatatcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtat 37682059  T
Q  216 ga 217  Q
    ||    
T  37682058 ga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 117 - 295
Target Start/End: Original strand, 42555090 - 42555269
Alignment:
Q  117 taatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 216  Q
    ||||||||||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  42555090 taatttaatatcgtgtgattcattgaaccacatatcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatg 42555189  T
Q  217 agttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggactatt 295  Q
    |||| |||| ||  ||  ||||   |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  42555190 agttgaaagttgagctaccttcaggttttatatatcacatccactcacttgctttcttaaactatcgatgtgggactatt 42555269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 144 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 42092093 - 42091945
Alignment:
Q  144 ccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttatt 243  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||   | ||||||  ||    
T  42092093 ccacatatcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggtt 42091995  T
Q  244 ttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 292  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  42091994 ttatatctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggact 42091945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 105 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 44582965 - 44582870
Alignment:
Q  105 ccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |   | ||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582965 ccctcaaaaaagtaatttaatatcatagaatccattgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 220
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872560
Alignment:
Q  174 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 220  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 42872560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 111 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 44583162 - 44583111
Alignment:
Q  111 aaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 163  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||    
T  44583162 aaaaagtaatttaatatcgtgtgtaccatt-gttcacatatcagatattaaac 44583111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 157
Target Start/End: Original strand, 42554655 - 42554709
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagata 157  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||    
T  42554655 ccccctcaaaaaaataatttaatatcgtgtaattcattgacccacatatcagata 42554709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 66
Target Start/End: Original strand, 42872408 - 42872471
Alignment:
Q  1 aaaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacac 66  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  42872408 aaaaaattaaactt-aattggtggggtgcgtcagccca-tgcaatagtgcaacacatagacgacac 42872471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 61 - 226
Target Start/End: Original strand, 10795840 - 10796006
Alignment:
Q  61 cgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatatt 159  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  10795840 cgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgacccattgggtcacatatcagatatt 10795939  T
Q  160 aaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaaga 226  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10795940 aaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 10796006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 226
Target Start/End: Original strand, 10791543 - 10791768
Alignment:
Q  2 aaaatttaaacttgaattggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcct 101  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||  ||  ||  |||| |||||||||| ||    |||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||| |    
T  10791543 aaaagttaaactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggctt 10791642  T
Q  102 c-ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791643 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 10791742  T
Q  201 ggccgagaaaggtatgagttaaaaga 226  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  10791743 ggccgagaaaggtatgagttgaaaga 10791768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 30521440 - 30521242
Alignment:
Q  20 ggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggcctc-ccccctcaaaaaagta 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||  ||||||||   |||  || | ||||||||||    ||||| ||| |||||||||||||  |    
T  30521440 ggtggggtgcgccaggccaatgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataa 30521341  T
Q  119 atttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 217  Q
    ||| ||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521340 attgaatatcgtgtgaggcgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 13136752 - 13136608
Alignment:
Q  20 ggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctacttaagtggc-ctcccccctcaaaaaagta 118  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||||  | |||| |  ||| ||||||||||||    
T  13136752 ggtggggtgcgccaaactaatgctatagtgcaacgcattagcgacacaagagaagcagagtagcaagctactgcaatggctcctccctctcaaaaaagta 13136653  T
Q  119 atttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 163  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13136652 atttaatatcgtgtggaccattggtccacatatcagatattaaac 13136608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 105 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 8875803 - 8875691
Alignment:
Q  105 ccctcaaaaaagta--atttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8875803 ccctcaaaaaagtataatttaatatcgtgtaatctattggaccacatatcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaagg 8875704  T
Q  203 ccgagaaaggtat 215  Q
    ||| |||| ||||    
T  8875703 ccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 11333344 - 11333273
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaaca 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11333344 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgatccgttggaccacatatcagatattaaactgataagaaca 11333273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 10509551 - 10509478
Alignment:
Q  18 ttggtggggtgcgccagaccaatgctatagtgcaacacattgacgacacacaagaagcctagtagcaagctact 91  Q
    |||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10509551 ttggtggggtgctccaagccaatgctatagtgcaacgcattagcgacacacaagaagccgagtagcaagctact 10509478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 21216131 - 21216032
Alignment:
Q  111 aaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 210  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||| |||||| || |||||    
T  21216131 aaaaagtaatttaatattttgtgattcattgagccacatataagatattaaactgataagaatagatgctatacatgatcttagtcaaaagaccaagaaa 21216032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 103 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27134625 - 27134511
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||    
T  27134625 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtttgactcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaagg 27134526  T
Q  203 ccgagaaaggtatga 217  Q
    |||| ||||||||||    
T  27134525 ccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 103 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 8128256 - 8128149
Alignment:
Q  103 ccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaaccgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 202  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  | ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||     
T  8128256 ccccctcaagaaataaatttaatattgtgtga-ccattggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaaccaaaaga 8128158  T
Q  203 ccgagaaag 211  Q
     ||||||||    
T  8128157 acgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 215
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  169 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 5507 - 5450
Alignment:
Q  106 cctcaaaaaagtaatttaatatcgtgtgaaccattggtccacatatcagatattaaac 163  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5507 cctcaaaaaataaatttaatatcgtgtgaacaattggcccatatatcagatattaaac 5450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University