View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10174_low_11 (Length: 445)

Name: NF10174_low_11
Description: NF10174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10174_low_11
NF10174_low_11
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-445)||(4713153-4713598)
chr7 (57-438)||(4854579-4854962)
chr7 (5-394)||(4784926-4785315)
chr7 (5-394)||(4817355-4817744)
chr7 (2-360)||(4862559-4862917)
chr7 (8-398)||(4698284-4698674)
chr7 (1-62)||(4847108-4847169)
chr7 (74-160)||(4652390-4652476)
chr7 (74-143)||(4635744-4635813)
chr7 (74-160)||(4629779-4629865)
chr7 (74-160)||(4665805-4665891)
chr7 (74-143)||(4660688-4660757)
chr7 (293-372)||(4642362-4642441)
chr7 (258-372)||(4671298-4671412)
chr7 (89-143)||(4671527-4671581)
chr7 (293-369)||(4635518-4635594)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (83-143)||(18926908-18926968)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 445
Target Start/End: Original strand, 4713153 - 4713598
Alignment:
1 gactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4713153 gactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattc 4713252  T
101 ggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4713253 ggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttaca 4713352  T
201 atgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4713353 atgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgttt 4713452  T
301 gcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaagtttgat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4713453 gcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaagtttgat 4713552  T
401 gcgacgcaaaaaggaggaagtaaagc-ataggttgaatattcattt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
4713553 gcgacgcaaaaaggaggaagtaaagcaataggttgaatattcattt 4713598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 57 - 438
Target Start/End: Original strand, 4854579 - 4854962
Alignment:
57 acctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttgga 156  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
4854579 acctacgaaacaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttggatcatttattgga 4854678  T
157 taaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataaca 256  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
4854679 taagaaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaaggagtgatagttgaagagatggtggacccattcataaaggactctataaca 4854778  T
257 agtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagc 356  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
4854779 agtgagtgtttgaaattttattgtcaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacggatgtctatgagtgatgtggttggaactttagagc 4854878  T
357 ttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaagtttgatgcgacgca--aaaaggaggaagtaaagcataggttgaata 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
4854879 ttgcgttgaaattggttatgagtggggagaatagtaagtttgatgcgacccaagaaagggaggaattaaagcataggttgaata 4854962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 5 - 394
Target Start/End: Original strand, 4784926 - 4785315
Alignment:
5 catgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggag 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| | |||| | ||| | | ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |    
4784926 catgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtg 4785025  T
105 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatga 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||    
4785026 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatga 4785125  T
205 aggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcat 304  Q
    |||| || || ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
4785126 aggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcat 4785225  T
305 ggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaag 394  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||| | || |  ||||||| ||||||| |||||    
4785226 gatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaag 4785315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 394
Target Start/End: Original strand, 4817355 - 4817744
Alignment:
5 catgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggag 104  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| | |||| | ||| | |  |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |    
4817355 catgtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtg 4817454  T
105 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatga 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||  |||||||||||| ||||||  |   ||| || || |||  ||| ||||||||||||    
4817455 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagtttggctgtttggtttcaaacatgttacaatga 4817554  T
205 aggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcat 304  Q
    |||| || || ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
4817555 aggtatggtaattgaagatatggtggacccgttcattaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggtgttaaattgtttgcat 4817654  T
305 ggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaag 394  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||| | || |  ||||||| ||||||| |||||    
4817655 gatgatggaaatcaacgaatgtcgatgagtgatgtggttgcgacattagagtttgcattgcagttagagatgagtgaggaggatagtaag 4817744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 4862917 - 4862559
Alignment:
2 actcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcg 101  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||| | |||||||| |||||||| | |||||| ||  | | ||||||||| || || |||||||| || ||||    
4862917 actcacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcg 4862818  T
102 gagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaa 201  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||  || ||| |||||| ||   | || | || |||  |||||||||||||    
4862817 gtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgttcttctgaaaagaaaaaagcgagtttagtcgtttggtttcaaaaatgttacaa 4862718  T
202 tgaaggtgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttg 301  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
4862717 tgaaggtgtcataattgaagagatggtagatccgttcataaaagattctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtcaaatggttttaagttgtttg 4862618  T
302 catggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgc 360  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||    
4862617 catgacgatggaaatcaacgaatgtcaatgagtgatgttgttggagctttagagtttgc 4862559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 8 - 398
Target Start/End: Original strand, 4698284 - 4698674
Alignment:
8 gtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggagttg 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | || ||||| ||||| || | |||||| ||  | | |||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||    
4698284 gtcagcactaaggtgaagggtagtctcgggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttg 4698383  T
108 tgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataaggaaaaagtgaacatggttgctttgttcaaaaaatgttacaatgaagg 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||| ||   | ||   || |||| ||| |||||||||||||||    
4698384 tgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttccaaagatgttacaatgaagg 4698483  T
208 tgtgatagttgaagagatggtggacccgttcataaaggactctataacaagtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggt 307  Q
    ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||| | ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
4698484 tgtgatcatcgaagagatggtggacccgttcataaaggattctataacggctgaatgtctaaaaagttattgccaaatggtgttgagttgtttgcatgat 4698583  T
308 gatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggttatgagtggggaggatggtaagtttg 398  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| | ||||  || |||| |||||||  ||||||||    
4698584 gatggaaatcaacggatgtcgatgagtgatgttgttggagctttagagtttgcattgcagttggagataagtgaggaggatactaagtttg 4698674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Original strand, 4847108 - 4847169
Alignment:
1 gactcatgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctac 62  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
4847108 gactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaatgttacctac 4847169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4652476 - 4652390
Alignment:
74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 160  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
4652476 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 4652390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4635813 - 4635744
Alignment:
74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
4635813 actcttaaatcagacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttgg 4635744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4629865 - 4629779
Alignment:
74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 160  Q
    ||||| || |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
4629865 actctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 4629779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4665891 - 4665805
Alignment:
74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 160  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
4665891 actctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 4665805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 74 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4660757 - 4660688
Alignment:
74 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
4660757 actctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccaccattgg 4660688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4642441 - 4642362
Alignment:
293 agttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaattggt 372  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||   || |||||| | |||||||||  ||||||| |||||||| |||||||    
4642441 agttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaattggt 4642362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 258 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 4671412 - 4671298
Alignment:
258 gtgagtgtttgaaatgttattgtgaaatggtgttgagttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagct 357  Q
    ||||||||||| ||| ||||||  |  ||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||   || |||||| | |||||||||  ||||||| |    
4671412 gtgagtgtttggaatattattgcaagttggcgttgagttgcttgcatgatgatggaactcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtt 4671313  T
358 tgcgttgaaattggt 372  Q
    || |||| |||||||    
4671312 tgtgttgcaattggt 4671298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 89 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4671581 - 4671527
Alignment:
89 gtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||    
4671581 gtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttgg 4671527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 4635594 - 4635518
Alignment:
293 agttgtttgcatggtgatggaaatcaacgaatgtctatgagtgatgtggttgggactttagagcttgcgttgaaatt 369  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||   || |||||| | |||||||||  ||||||| |||||||| ||||    
4635594 agttgtttgcatgatgatggaattcaacgaccctcaatgagtcaagtggttgggggtttagagtttgcgttgcaatt 4635518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 83 - 143
Target Start/End: Original strand, 18926908 - 18926968
Alignment:
83 tctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttgg 143  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
18926908 tctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttgg 18926968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University