View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF10176_high_6 (Length: 424)

Name: NF10176_high_6
Description: NF10176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF10176_high_6
NF10176_high_6
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (18-413)||(13412787-13413180)
chr5 (35-276)||(13453771-13454012)
chr5 (21-252)||(13419291-13419522)
chr5 (41-266)||(13385424-13385649)
chr5 (21-252)||(13426182-13426413)
chr5 (21-240)||(13446854-13447073)
chr5 (21-259)||(13393632-13393870)
chr5 (41-266)||(13389245-13389470)
chr5 (35-250)||(13373035-13373250)
chr5 (110-249)||(13378832-13378971)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (40-266)||(47601099-47601325)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (114-222)||(28430701-28430809)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 13413180 - 13412787
Alignment:
Q  18 acatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatatagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413180 acatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatatagg 13413081  T
Q  118 tgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413080 tgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaag 13412981  T
Q  218 gaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagattcaggtaccatacaatatgtgattcatttgattttgagatg 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13412980 gaagcaatagaacacttaggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagattcaggtgccatacaatatatgattcatttgattttgagatg 13412881  T
Q  318 cattatttcagaaatcgacaattataatttataaacacatattattgataaatttttagggtgcaattggtactttggatggtattattgacacag 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13412880 cattatttcagaaatcgacaattataatttataaacac--attattgataaatttttagggtgcaattggtactttggatggtattattgacacag 13412787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 13454012 - 13453771
Alignment:
Q  35 gctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtg 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||    
T  13454012 gctgctcctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtg 13453913  T
Q  135 gacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacactt 234  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  13453912 gacttggccatatggccgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacactt 13453813  T
Q  235 gggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagat 276  Q
      |||| || |||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  13453812 acgagcggactcatttctaataagccgtgatccaaagcagat 13453771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 13419522 - 13419291
Alignment:
Q  21 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 120  Q
    ||||||||||   ||| |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||| |  ||||||||||    
T  13419522 tacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgt 13419423  T
Q  121 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13419422 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaa 13419323  T
Q  221 gcaatagaacacttgggagctgattcatttct 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13419322 gcaatagaacacttgggagctgactcgtttct 13419291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 41 - 266
Target Start/End: Original strand, 13385424 - 13385649
Alignment:
Q  41 cctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttg 140  Q
    |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  13385424 cctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttg 13385523  T
Q  141 gccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagc 240  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  13385524 gtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagc 13385623  T
Q  241 tgattcatttctgataagtagtgacc 266  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13385624 tgattcatttctgataagtcgtgacc 13385649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 13426413 - 13426182
Alignment:
Q  21 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 120  Q
    ||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||   ||||  |||||| ||||||||| |  ||||||| ||    
T  13426413 tacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgt 13426314  T
Q  121 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13426313 tgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaa 13426214  T
Q  221 gcaatagaacacttgggagctgattcatttct 252  Q
    || |||||||| || |||||||| || |||||    
T  13426213 gcgatagaacatttaggagctgactcgtttct 13426182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 13447073 - 13446854
Alignment:
Q  21 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 120  Q
    ||||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||    
T  13447073 tacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagt 13446974  T
Q  121 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  13446973 tgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaa 13446874  T
Q  221 gcaatagaacacttgggagc 240  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  13446873 gcaatagaacacttaggagc 13446854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 259
Target Start/End: Original strand, 13393632 - 13393870
Alignment:
Q  21 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 120  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |    
T  13393632 taccacttgaatctgctgctcctctcctttgtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtat 13393731  T
Q  121 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||| || || |||||||| || |||||||| || |||||||||||||| || |||||||| || |||    
T  13393732 tgttggtcttggtggacttggtcacttgggtgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaa 13393831  T
Q  221 gcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataagt 259  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||    
T  13393832 gcaatagaaaacctaggagctgattcatttcttataagt 13393870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 41 - 266
Target Start/End: Original strand, 13389245 - 13389470
Alignment:
Q  41 cctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttg 140  Q
    |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||| ||| || |||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13389245 cctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttg 13389344  T
Q  141 gccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagc 240  Q
    | || |||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||| || || ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  13389345 gtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacacttaggagc 13389444  T
Q  241 tgattcatttctgataagtagtgacc 266  Q
     |||||||||||||||||| ||||||    
T  13389445 cgattcatttctgataagtcgtgacc 13389470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13373250 - 13373035
Alignment:
Q  35 gctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtg 134  Q
    |||| |||||| |||||||| ||  |||| |||||||| ||| |   || |||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  13373250 gctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtg 13373151  T
Q  135 gacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacactt 234  Q
    || | || |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| || || || || || || ||||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  13373150 gattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacactt 13373051  T
Q  235 gggagctgattcattt 250  Q
     |||||||| ||||||    
T  13373050 aggagctgactcattt 13373035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 13378971 - 13378832
Alignment:
Q  110 catataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaaca 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| || || ||  | ||||| || |||||||    
T  13378971 catataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaaca 13378872  T
Q  210 aagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatt 249  Q
    || | |||||||| || |||| ||| |||||||| |||||    
T  13378871 aaaagaaggaagccattgaacgcttaggagctgactcatt 13378832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 40 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 47601325 - 47601099
Alignment:
Q  40 tcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggactt 139  Q
    |||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601325 tcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggactt 47601226  T
Q  140 ggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggag 239  Q
    || || |||||||| || || || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||  ||| ||||    
T  47601225 ggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggag 47601126  T
Q  240 ctgattcatttctgataagtagtgacc 266  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||    
T  47601125 ctgactcatttttgataagtcgtgacc 47601099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 114 - 222
Target Start/End: Original strand, 28430701 - 28430809
Alignment:
Q  114 taggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaaga 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||| || || ||||||||| |    
T  28430701 taggtgtggttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaaaa 28430800  T
Q  214 aaaggaagc 222  Q
     ||||||||    
T  28430801 gaaggaagc 28430809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University