View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF10176_low_8 (Length: 442)
Name: NF10176_low_8
Description: NF10176
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF10176_low_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 1608521 - 1608105
Alignment:
| Q |
19 |
atatcacacatttgttatatgcaacataaactcttattattttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattgtt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1608521 |
atatcacacatttgttatatgcaacataaactcttattattttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattgtt |
1608422 |
T |
|
| Q |
119 |
catgctctttttcttatcatcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcct |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1608421 |
tatgctctttttcttatcatcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcca |
1608322 |
T |
|
| Q |
219 |
aagccatgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaag |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1608321 |
aagccatgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaag |
1608222 |
T |
|
| Q |
319 |
ctcttaccatgcaaaaagaagcacaagaaaattctcaacaacaacaaaactcattggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaa |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1608221 |
ctcttaccatgcaaaaagaagcacaagaaaattctcaacaacaacaaaactcatttgtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaa |
1608122 |
T |
|
| Q |
419 |
cacaatttttcatctca |
435 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1608121 |
cacaatttttcatctca |
1608105 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 1632011 - 1631595
Alignment:
| Q |
19 |
atatcacacatttgttatatgcaacataaactcttattattttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattgtt |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1632011 |
atatcacacatttgttatatgcaacataaactcttattattttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattgtt |
1631912 |
T |
|
| Q |
119 |
catgctctttttcttatcatcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcct |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1631911 |
tatgctctttttcttatcatcaattttctcaacagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcca |
1631812 |
T |
|
| Q |
219 |
aagccatgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaag |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1631811 |
aagccatgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaag |
1631712 |
T |
|
| Q |
319 |
ctcttaccatgcaaaaagaagcacaagaaaattctcaacaacaacaaaactcattggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaa |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1631711 |
ctcttaccatgcaaaaagaagcacaagcaaattctcaacaacaacaaaactcattggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaa |
1631612 |
T |
|
| Q |
419 |
cacaatttttcatctca |
435 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1631611 |
cacaatttttcatctca |
1631595 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 1625520 - 1625112
Alignment:
| Q |
23 |
cacacatttgttatatgcaacataaactcttattattttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattgttcatg |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
1625520 |
cacacatttgttatatgcaacataaactctt----tatttcaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattatttatg |
1625425 |
T |
|
| Q |
123 |
ctctttttcttatcatcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcctaagc |
222 |
Q |
| |
|
||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1625424 |
ctcgttttcgtatcttcaattttctccatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcgagcaaaatagattggtggtgcaatttaacaccacatcctaagc |
1625325 |
T |
|
| Q |
223 |
catgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaagctct |
322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1625324 |
catgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaagctct |
1625225 |
T |
|
| Q |
323 |
taccatgcaaaaagaagcacaagaaaattctcaacaacaacaaaactcattggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaacaca |
422 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
1625224 |
taccatgcaaaaagaagcacaagacaattctcaacaacaacaaaactcatcggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctagttgaaaacaca |
1625125 |
T |
|
| Q |
423 |
atttttcatctca |
435 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
1625124 |
atttttcatctca |
1625112 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 435
Target Start/End: Original strand, 10818540 - 10818947
Alignment:
| Q |
25 |
cacatttgttatatgcaacataaactcttattat-tttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacattgttcatgc |
123 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
10818540 |
cacatttgt-atatgcaacacaaactcttatttcatttttaaactcttcaattattctacaattgaattatggcaatcattggaaaaacatggttcgtgc |
10818638 |
T |
|
| Q |
124 |
tctttttcttatcatcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcctaagcc |
223 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10818639 |
tctttttcttatcttccattttctcaatagtctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcctaagcc |
10818738 |
T |
|
| Q |
224 |
atgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaagctctt |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
10818739 |
atgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagaattgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaccaagctctt |
10818838 |
T |
|
| Q |
324 |
accatgcaaaaagaagcacaagaaaattctcaacaacaacaaaactcattggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaacacaa |
423 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
10818839 |
accatgcaaaaagaagcacatgaaaattct---caacaacaaaactcatcggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatatgaaaatacaa |
10818935 |
T |
|
| Q |
424 |
tttttcatctca |
435 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
10818936 |
tttttcatctca |
10818947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 18786466 - 18786053
Alignment:
| Q |
23 |
cacacatttgttatatgcaacataaactcttattattttttaaactcttcaattattctacaattgaa-ttatggcaatcattggaaaaacattgttcat |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
18786466 |
cacacatttgttttatgcaacataaactcttgttattttttaaaatcttcaattattctacaactgaaattatggcaatcattggaaaaacattgtttat |
18786367 |
T |
|
| Q |
122 |
gctctttttcttatcatcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcctaag |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18786366 |
gctctttttcttatcttcaattttctcaatagcctcatcaagaaaaggaccttcctcaagcaacatagattggtggtgcaatttaacaccacatcctaag |
18786267 |
T |
|
| Q |
222 |
ccatgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcatttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttcaattagccttaaaacaagctc |
321 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
18786266 |
ccatgcaaacactacacaacacaaatgaacaatcacttcaaaatcaaacatagagttgaattcagggaaatgcttgttaaattagccttaaaccaagctc |
18786167 |
T |
|
| Q |
322 |
ttaccatgcaaaaagaagcacaagaaaattctcaacaacaacaaaactcattggtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatttgaaaacac |
421 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18786166 |
ttaccatgcaaaaagaagcacaagataattctcaacaacaacaaaactcatccgtgcataaaacggttcatgctgattgtttcaagctatttgaaaacac |
18786067 |
T |
|
| Q |
422 |
aatttttcatctca |
435 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
18786066 |
aatttttcatctca |
18786053 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 375 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 10144758 - 10144721
Alignment:
| Q |
375 |
gtgcataaaacggttcatggtgattgtttgaagctatt |
412 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10144758 |
gtgcatgaaacggttcatcgtgattgtttgaagctatt |
10144721 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University